修頤和園到底花了多少錢？並無統計，戶部會計科目中並無「園工」一目，所有支出，大部分隱藏於海防經費及內務府請撥款項中。當甲申朝局大翻覆，醇王用事後，十一年九月詔設海軍衙門，「先從北洋精練水師一支以為之倡，此外分年次第興辦」，特派醇王「總理海軍事務，所有沿海水師悉歸節制調遣」，此外設會辦、幫辦各二員，會辦為慶王奕劻及李鴻章；幫辦則是正紅旗漢軍都統善慶及兵部右侍郎曾紀澤，北洋成軍則由李鴻章專司其事；善慶為神機營出身，為醇王的幫手；曾紀澤出使英法，畀予幫辦名義，等於海軍衙門派駐國外的代表。
中國海軍的濫觴，始於同治五年左宗棠奏設船政局，以沈葆楨為船政大臣，在福州馬尾設廠造船；次年李鴻章亦在上海高昌廟設立江南製造局，於同治七年造成第一號輪船，命名「恬吉」；八年福州船政局所造之船亦可下水，命名「萬年青」，較「恬吉」為大。此外，由兩廣總督瑞麟向英國訂購兵船六艘為始，海軍船隻的擴充，一直採取自造、外購並重的政策。
到得光緒十年馬江之役，證明自造艦船，實不及外購者精良，因而政策有顯然的改變；同時「洋員」的比重亦顯著增加，隨之而來的是各種新式的制度及訓練方式，海防經費支出甚鉅，於是在海防捐以外，復開海防新捐。
清朝捐官的名目甚多。最初以軍需、河工支出浩繁，不得已開辦捐例，以濟急用；到後來成了各省彌補不足的常例。但捐了官雖有「部照」，而要補缺，又是另一回事，僅有空銜，而無實惠，報捐者自是躊躇不前，為了「招攬生意」，便不得不另開新例，而以補缺機會較佳為號召，這樣便又創設了「加捐花樣」的制度，即是先捐資格，後捐補缺優先，最硬的是「十成實銀」班，即不打折扣，亦不以餉票等等抵充，十足繳納現銀，名謂「新班遇缺先」，亦稱之為「大八捐花樣」。及至「海防新例」一出，將其餘的班次都壓了下去，成為終南捷徑。海防經費亦因而大見充裕。
海防經費如何得以移用為修頤和園的工費？有個內務府想出來的絕妙的移花接木之法，即是在昆明湖設立北京水師學堂；同時設立者有廣東黃埔的水師學堂。其事在光緒十三年，由此可知當十四年二月，下詔修頤和園以為太后頤養之所之前，此事早已在開始進行了。
當然，昆明湖設水師學堂，總也要有一點因緣附會的憑藉。稽諸史籍，萬壽山本名甕山，昆明湖本名大泊湖，又名西湖，在遼金時，此地即為離宮之一，名為好山園，其東有耶律楚材墓。園燬於何時，已無可考。
乾隆十五年，以次年為太后六旬萬壽，高宗命於山半建「大報恩延壽寺」，又疏濬大泊湖，深廣兩倍於舊，因於湖之北濱，建石欄，設戰船，仿福建廣東巡洋制度，由福建調水師營官，教練香山健銳營兵弁水操，每逢三伏天在湖內操演。此湖亦即取漢武帝伐昆明意，易名昆明湖。及至南巡歸來命工部侍郎三和仿江南名勝修園，題名清漪。三和自乾隆十八年當工部侍郎，至三十八年歿於任上，一官亘二十年之久，專為高宗起造園林。有此一段淵源，所以在決定修園以前，先設水師學堂，藉此名目，修園的工料均由海防經費中開支。且為遮人耳目計，德宗曾幾次奉慈禧太后觀操；至光緒十六年園成，水操亦即停止。
清漪園廢址，範圍甚廣，當年後山另附一園名惠山，即有八景之多；故自乾隆十六年濬治西湖開始，直至四十年方始落成，五十七年復又重修，倘按昔時規模施工，將成為一個銷金的無底洞，「海防新例」年復一年，永無休止之時。為此，閻敬銘想盡辦法反對，而不能收如同治年間諫停園工的效果者，由於昔有諸王支持言路；此刻清流既盡，言官如李慈銘所形容的「仗馬」，以不鳴為貴，復有醇王一手主持於下，以致於閻敬銘孤掌難鳴，唯有求去以為無言的抗議。
十四年年底，有了一個諫阻的機會，大內不戒於火，火起於太和門西旁的貞慶門，其時為十二月十五半夜，西風甚烈，因向東延燒至昭德門，至十六日午後始熄，翁同龢謂之為「奇災」。於是御史屠守仁、洪良品、吳兆泰等皆有封奏言修省。翁同龢十二月二十日記：
訪爕臣，本擬因火災上言，請停工作，惜經費、開言路、杜倖門，今日聞已有懿旨，萬壽山頤和園工程，除正路及佛殿外，其餘一切皆停罷，則此摺為贅疣矣。
爕臣謂孫家鼐，安徽壽州人，咸豐九年狀元；光緒四年以侍講學士入直毓慶宮，時官兵部右侍郎。他與翁同龢的關係，猶如翁與李鴻藻的關係。
這是自我譬解，亦是自欺之詞，他的內心實在也很痛苦，且聽他此事之前之後的心聲。十二月十八日，太和門被災後兩天記：
謁丹初（閻敬銘）相國，此老獨居深念，談時事涕泗橫流，畢竟君子，畢竟讀書人，吾滋愧矣。
每年除夕，翁同龢例有回顧一年，總結的感想。這年十二月廿九日除夕記：
今年五月地震，七月西山發蛟，十二月太和門火，皆天象示儆。雖鄭工合龍為可喜事，然亦不足稱述矣！況火輪馳驁於昆湖，電燈照耀於禁林，而津通開路之議，廷論譁然，朱邸之意漸回，北洋之議未改。歷觀時局，憂心忡忡，忝為大臣，能無愧恨？
光緒十三年六月初一，鄭州黃河決口，朝命特派禮部尚書李鴻藻督辦河工，需費浩繁；加以皇帝大婚，初步預算為四百萬；而頤和園工程又踵事增華，無怪閻敬銘涕泗橫流。
鄭州河決，漫口寬至五百五十餘丈，為咸豐五年銅瓦廂決口以來最大的一次河患。李鴻藻經營經年，費銀至九百萬兩之鉅，終以款料不繼，憤而請停辦。嚴旨切責，終於在十二月十九日合龍。
天津至通州開辦鐵路，由李鴻章倡議，為醇王所支持。反對者以翁同龢為首，理由是資敵、擾民、失業，而真正的原因是，庫款調度，已感竭蹶，不能再事興作。後以醇王表示可緩，議格不行，所謂「朱邸之意淅回，北洋之議未改」，即指此而言。翁同龢與李鴻章在重大政策上的分歧，以此事為始。
至於頤和園工程，實際上不但未停止，且亦未縮小範圍。如東華錄所載光緒十六年九月十六上諭，御史吳兆泰奏請停止頤和園工程一摺，末段云：
該御史備員臺諫，乃輒以工作未停，有累聖德，並以畿輔被災，河決未塞等詞，摭拾瀆陳，是於朕孝養之心，全未體會，實屬冒昧已極。吳兆泰著交部嚴加議處。
「工作未停」一語，已說得非常明白。而吳兆泰「交部嚴加議處」，則慈禧已有惱羞成怒的模樣。不過嚴議也只是一句話，以後不了了之，尤足以看出，德宗與翁同龢都是同情吳兆泰的，「交部嚴加議處」不過敷衍慈禧太后的面子而已。
不獨頤和園，甚至圓明園也修復了一部分。翁同龢十七年正月廿二日記：
是日皇太后詣醇賢親王園寢，於圓明園之雙鶴齋用膳。
圓明園為英法聯軍所燬後，在同治十二年議重修時，課查尚殘存有十三處，「雙鶴齋」為其中之一。圓明園重修之議作罷，則仍為到處殘垣頹壁的一座廢園，即令雙鶴齋房屋在，內部陳設全無，且道路破壞，倘非重修，何能迎太后在此傳膳？
頤和園究竟在甚麼時候完工，並無明確的記載，僅有十七年四月二十日的兩道上諭，第一道是：
前經降旨修葺頤和園，恭備皇太后慈輿臨幸，現在工程將次就竣，欽奉慈諭，於四月二十八日幸頤和園，即於是日駐蹕，越日還宮。從此慈駕往來游豫，頤養沖和，數十年宵旰勤勞，稍資休養，孺懷實深慶慰。所有一切應行事宜，著各該衙門敬謹預備。
第二道是：
本月二十八日皇太后駐蹕頤和園，朕是日先往祗候跪接，王公百官均穿蟒袍補褂，於三座門外跪接。朕於是日仍還畫舫齋。五月初一日，皇太后由頤和園還西苑，王公百官仍穿蟒袍補褂於三座門外跪接。
上諭在慈禧幸園八日之前，猶謂「將次就竣」，可見非短期間內可以竣工。而四月廿八日的「典禮」，可視之為慈禧正式「退休」的開始。事實上亦只有此後的兩三年，為德宗真正親政的日子。
德宗大婚與親政，是在光緒十五年接踵舉行，大婚為正月廿七日，親政為二月初三日。翁同龢教導的「門生」，至此畢竟成立了。因而在正月廿二日，慈禧及德宗召見翁同龢於養心殿東暖閣，此為「獨對」，意義不同尋常，所以翁同龢日記中，所記特詳：
首言昨屠仁守事，對「御史未知大禮，然其人尚是臺中之賢者。」
（慈禧太后）曰：「吾心事汝等全不知。」
對：「此非該御史一人之言，天下臣民之言也，即臣亦以為如是。」
屠仁守字梅君，湖北孝感人，同治十三年進士，為李鴻藻門生。所上封事，言歸政事。德宗接掌大權分兩個階段，十二年六月，慈禧召見醇王，面諭定明年正月歸政。醇王與翁同龢等面商，奏請慈禧太后訓政；俟德宗二十歲時歸政；數經週折，懿旨始允「再訓政數年」。
十三年正月十五，德宗親政，但政事仍由訓政的慈禧太后裁