十六歲的皇帝即位以後，宮闈風波不斷。首先是兩宮太后之爭，當內閣奉旨召集廷議，議上兩宮徽號時，新任御用監掌印太監，正在極力巴結周貴妃的夏時，突然出現在內閣大堂，大聲說道：「奉諭：皇上為貴妃所出，應獨尊貴妃為皇太后。」
此言一出，滿座皆驚。李賢問道：「是奉上諭，還是貴妃之諭？」
夏時一愣，遲疑了一會答說：「是貴妃之諭，亦是皇上之諭。」
顯而易見的，這是「假傳聖旨」。李賢搖搖頭說：「雖上諭不能遵。」
「李閣老，」夏時厲聲問說，「你打算抗旨？」
「夏太監，」彭時插進來問道，「今上之諭與先帝之諭，何者為重？」
「那還用說？」
「你是說，應以先帝之諭為重！那麼請你覆奏：先帝遺命：『錢皇后千秋萬歲後，與朕同葬。』內閣敬謹書之於冊。如果皇后不能遵為太后，千秋萬歲後，何得與先帝合葬？」
這一問，將夏時問倒了。「那麼，」他問，「你們說該怎麼辦呢？」
「兩宮並尊。」
周貴妃亦知這是爭不過的事，只好同意。內閣又議，兩宮太后，應有所區分，才便於稱謂，於是議上稱錢皇后為慈懿皇太后；單稱皇太后，即指母以子貴的周貴妃。
這是三月初一的事，隔了一個月，風波又起了，先帝定於五月初八下葬，陵寢定名為「裕陵」。四月初，李賢、彭時面奏，裕陵應修造三壙，居中葬先帝，東西兩生壙留待兩宮太后之用。皇帝復下廷議，而夏時後又傳諭不得營三壙，但亦沒有說只能修造兩壙。
「兩宮太后千秋萬歲以後的大事，還早得很。」李賢說道，「不如暫從緩議。」
下葬以後，籌備大婚。由於牛玉極力勸說，說動了周太后，立吳氏為皇后。皇帝心不以為然，但天性至孝，不敢違命。七月廿一日，行了合巹大禮。
剛剛過了滿月，八月廿二日那一天，又起風波，這回的風波可大了。原來阿菊干預皇帝、皇后的房幃之事，不過言詞很正大：不可貪戀燕好，致誤朝政。皇后知道了心裡很不舒服，跟牛玉談起，牛玉勸她立中宮之威。皇后年輕不識輕重，在坤寧宮升皇后寶座，傳召宮正司女官，將阿菊找了來，訓斥了一頓，下令責罰，用紫檀戒尺重責五十，阿菊的手掌腫起半寸高。
阿菊很厲害，疼得淚珠在眼眶內打轉，就是不哭出聲來。回到她所住的長寧宮，叫人取來一塊大冰，將手掌覆在上面，藉以減輕痛楚。
「萬歲爺駕到。」
一聽傳宣之聲，阿菊迅即移步床前，和衣倒下，迴面向裏。皇帝一進來，首先觸及眼簾的，便是那塊大冰。
「這是幹甚麼？」
宮女面面相覷，無人作聲。禁不住皇帝連連喝問，便有個年長些的宮女回答：「請萬歲爺自己問阿菊好了。」
從皇帝即位以後，對她改了稱呼，逕呼其名，但只是一個字：「菊！」他問，「你怎麼啦？」
阿菊不作聲，推她的身子，依舊不理。不過皇帝倒是有所發現了，拉起她的右手來看。
「怎麼腫得這樣子？是讓馬蜂螫了？」
「不錯！」阿菊倏地坐了起來，下床又用冰去鎮痛。
「在哪裏？」
「坤寧宮。」
「坤寧宮？」皇帝越看越可疑，指著年長的那個宮女說，「到底怎麼回事？快說！」
「是——」那宮女跪下來說，「中宮娘娘傳了阿菊去問話，回來就成了這樣子了。」
皇帝恍然大悟，大聲說一句：「傳懷恩！」
這就不是一場風波，而是震動宮闈的大風暴了！怒不可遏的皇帝，要以其人之道還治其人之身，照樣用紫檀戒尺打皇后的手心，特召司禮監掌印太監懷恩來執行責罰。
懷恩不願奉詔。原來太監多出身寒微，而懷恩卻是世家子弟，他是山東高密人，原任兵部侍郎戴綸的姪子，宣德年間戴綸獲罪抄家，懷恩方幼，被閹割為小黃門，賜了現在的名字。懷恩賦性耿直，「帝後敵體，皇后失德，充其量廢立，豈有施以體罰之理。」他說，「萬歲爺不可鬧這個傳之後世的笑話。」
皇帝打皇后的手心，確是個天大的笑話。皇帝總算忍住了，「好！」他說，「就廢立。」
「這得先奏請兩宮皇太后允許。」
「我去。」
皇帝只面奏了周太后，她也覺得皇后未免過分，但結褵剛剛滿月，遽爾廢立，似乎駭人聽聞，便說：「你倒跟李先生商量商量，看他怎麼說。」
「這是家務，不必找他們。再說，並非無故廢立，兒子只聽娘一句話好了。」
「你能不能等一等？」
「不能。」皇帝率直說道，「她不是不知道阿菊的功勞，打阿菊等於打我。」
「好吧！」周太后又問，「廢了吳氏你打算立誰呢？」
「這——兒子也是聽娘一句話。」
「立王氏好了。」
「是。」
於是皇后即日移出坤寧宮，改送到俗稱為「冷宮」的西苑安樂堂。隨即由懷恩擬了一道詔書：「先帝為朕簡求賢淑，已定王氏，育於別宮待期。太監牛玉竟敢蒙蔽皇太后，請復選吳氏。冊立禮成之後，朕見其舉動輕佻，禮度率略，德不稱位，因察其實，始知非預立者，用是不得已請命皇太后，廢吳氏於別宮。」
至於牛玉，責打一百大板以後，謫發南京孝陵衛去種菜，同時他的親族亦大受連累，姪子太常少卿牛綸、外甥吏部員外郎楊琮，並皆革職。最倒楣的是，平曹石之亂，論功第一的懷寧侯孫鏜，因為與牛玉是姻親，亦被革爵除名。
廢立的詔書送到內閣，李賢見生米已煮成熟飯，不必再有所言。但對孫鏜革爵除名，認為孫鏜功大，得官亦並非靠牛玉的援引，請懷恩轉奏，予以寬宥。得旨：「停祿閒住。」解除了掌理左軍都督的職務。
接下來便是冊立王氏為皇后，並封同時待年的柏氏為賢妃。皇后之父王鎮，本為金吾左衛指揮使，因女而貴，升為中軍都督同知。
「阿菊，」皇帝問說，「你喜歡甚麼封號？」
皇帝想封阿菊為妃，而諸妃位號，只用「賢、淑、莊、敬、惠、順、康、寧」八字。除柏氏已封賢妃，阿菊還有七個字可選。她懂皇帝的意思，卻故意裝糊塗。「我喜歡的封號，你不會給我。」她說，「我想封貴妃。」
貴妃僅次於皇后，位在眾妃之上。皇帝面有難色，期期艾艾地不知道怎麼回答她了。
「你不要急！我也知道你現在辦不到。你剛剛即位，不能做讓人批評的事。就算你不顧一切要封我做貴妃，我也不要，因為那一來人家會疑心，吳氏打入安樂堂，倒像是我搗的鬼。」阿菊停了一下又說，「你知道的，我的出身低，志氣高。當皇后不夠格，可是只要我肚子爭氣，將來你萬年以後，我會當太后。」
「好啊！」皇帝很高興地說，「只要你生子，我立刻封你為貴妃，你的兒子立為東宮。不過，你可真是要肚子爭氣，如果皇后比你先得子，你的兒子就只能封王了。」
「生兒育女，不是女人家一個人的事。」
阿菊心計極深，這是暗示皇帝疏遠皇后，勿使有孕。當然，皇帝是否懂得並願意照她的暗示行事，並不可必；在她盡其在我，唯有多求有效的種子方。因而悄悄找她的同事，平時很談得來的太監張敏商議這件事。
這張敏是福建同安縣金門人，此地設有千戶所，是海防要地，但地瘠民貧，居民多出海討生活；亦有極少數的人，自願「淨身」，充當宦官。這張敏是由一名鎮守福建的太監帶進京的，為人極其謹厚，阿菊已將他當作心腹看待。
「如今最有名的醫生，是從前太醫院院使盛啟東的胞弟，御醫盛宏，等我去找他。」
找到盛宏，他表示婦科並不擅長，引薦他的一個同事，亦是御醫，名叫孫光甫。
「這個得寵的宮女，多大年紀？身子如何？」
「三十五歲。」
「三十五歲？」孫光甫大為詫異，「皇上才十六歲，寵一個三十五歲的宮女？」
「是的。」
「身子如何？」
「長得有點胖，身子可好得很。」
「以前生育過沒有？」
「光甫，」盛宏插嘴說道，「虧你還是御醫，問出這種外行話來，宮女生子就有封號了，哪裏會生育過！」
孫光甫自己也失笑了，但旋即神情肅然。「開個方子可以，不過我不敢保險。」他說，「年紀大了，又長得胖，很難受孕。再說，我也沒有親自診斷過，只能虛擬一方。」
張敏無奈，只好請孫光甫處了方再說。要送謝禮，孫光甫不受，表示「無功不受祿」，說到這話，種子方決無效驗可知。張敏回宮，據實告訴