交代了這件事，皇帝開始一意對付年羹堯跟九阿哥，儘量找他們兩個人的錯處，不過對九阿哥還只是責備，對年羹堯便是追究。一個月之中，「著令年羹堯明白回奏」的要案，不下二、三十件之多。當然，每一件都是年羹堯無法說得明白的。
到了四月裏，先革陝西巡撫胡期恆的職，接著將年羹堯調為杭州將軍，川陝總督派岳鍾琪署理，撫遠大將軍印收繳。上諭由吏部咨行，四月十八日到西安，上下都震動了！
有人勸他起兵造反，有人勸他俯首聽命。年羹堯方寸大亂，經過四天的反覆思量，才寫了一個密摺謝恩。而這四天的耽延，使得皇帝大為懷疑，事實上也確是如此，果然感恩，自然立即上摺，何致遲至四天之久？
事實上，年羹堯從回任以後，不斷召集心腹，密議進止的種種情形，皇帝十知八九，因為他有許多耳目，分佈在西北。其中最重要的一個是年羹堯的侍衛高其素，其兄是雲貴總督高其倬。
高其倬亦是漢軍，而且與年羹堯同期，不但同期，而且是連襟。此人亦是翰林出身，居官謹飭，只是才具稍短，所以皇帝曾經有諭給他，說是「事事問年羹堯」。及至這一次年羹堯入覲，皇帝大為不滿，決定要翦除他時，首先就想到高其倬，應該有所佈置。
皇帝心想，高其倬之與年羹堯接近，是奉旨辦理，不好責備他，而且據雲南藩司李衛上奏，高其倬亦沒有什麼勾結年羹堯的證據。但要收服他為己所用，卻需使個能讓他感德懷恩，又痛恨年羹堯的手段。
於是，他在雍正二年年底，寫了一道密諭給高其倬，說年羹堯談到雲南的吏治，認為一無可取，而且刑名、錢穀、鹽政，以及雲南特產，專供戶部鑄製錢之用的銅礦，「皆不可問」。高其倬不稱雲貴總督之任。
皇帝告訴他說，知道高其倬居官清正，所以完全不信年羹堯的話。而且自己認錯：「朕命爾事事問年羹堯之前諭，大錯矣！今當此諭共爾，朕實愧之。」
皇帝肯用這種方式，作為慰撫，高其倬豈有不感動之理。所以立刻上摺聲明。他說：「臣之與年羹堯，臣本非後進，受其栽培提挈之恩，又因生平小器，硜硜守分，不肯為夤緣趨附之行。彼此原在一族，又是連襟，然起初相見極稀，交情亦淡。後欽奉聖祖仁皇帝特旨，全族下翰林俱在國史館幫修功臣列傳，從此在一館行走，日日相見。」
對於交情之由來，他說得相當坦率：「臣謂年羹堯才長，可以勝繁劇之任，年羹堯亦知臣拘謹，不敢為敗檢之事，以此相知，實非因親戚綢繆。」
接下來說彼此的蹤跡：「自年羹堯為四川巡撫之後，十七年不相見，或半年一年、亦有間二三年者，有書札問候。然昔日相識之舊意尚在，是以臣前於皇上之前，不敢隱諱，曾奏稱與臣相好，不謂其遂至誣及臣之操守名節。」
此後便是自辯其如何不曾貪污，請皇帝「命員徹底清查。」最後又因為他的胞弟高其素，因中武進士派為侍衛，而由年羹堯挑帶至陝西，「不勝愁慮」，請皇帝將高其素仍舊調回。
皇帝自然大加慰撫，深表信任，然後收服了高其素，死心塌地為皇帝作監視年羹堯的工作。
因此當調杭州將軍的謝恩摺到京後，接著便有高其素的密奏上達，道破年羹堯的打算是：藉故拖延，還希冀著有恩命會讓他留任。又說年羹堯部下，頗有人認為皇帝如此對待功臣，令人寒心。
由於既有成見，又有此報告，皇帝認為年羹堯的奏摺中，字裏行間，不免譏訕負氣，因而用同樣尖酸的口吻批答。
在「跪讀諭旨，感入五中」下，硃批是：「若不實感，非人心也。」意謂本為死罪，而用這樣降調的處分，如果有人心，應該實實在在地感激。倘不知感，就不算是人。
說皇帝「教誨詳明，切中臣病，臣得自知悔艾」這一句下面，批的是：「我君臣二人，實知愧悔方好。」
皇帝的愧悔，自然是看錯了年羹堯。
「不使終於廢棄，寵命下頒」的「寵」字，皇帝便覺有譏訕之意。以前迭賜殊恩，皆用「寵」字，今受譴責，亦用此字樣，其情可惡！而皇帝特藉此題目做了兩句文章：「自此受寵若驚，方可法古大臣之萬一。不然，我二人為千古大笑話矣！」
這是警告，倘非戒慎恐懼，舊行不改，恐不免伏誅。以前水乳交融曾說，「我二人做個千古君臣知遇榜樣，全天下後世欽慕流涎」，不道是這樣一個君臣相仇、非殺不可的「榜樣」，豈不是「千古大笑話」？
對杭州將軍之命，年羹堯說：「似此殊恩。臣身受之，臣心知之，而口不能言。」這確是負氣的話。皇帝針鋒相對地在「身受」之下批道：「朕加矣！」在「心知」之下批道：「汝知矣！」無異當面詢問：「這一下你知道我的厲害了吧？」
身受心知，口不能言，然則如何？年羹堯說道：「惟有愛惜軀命，勉供厥職，效犬馬之餘力，冀圖報於萬一。雖經具疏奏謝天恩，而感刻之私，此衷仍難自已，謹再繕摺，恭謝以聞。」
這段話相當糟糕！「愛惜軀命」頗有忍死「須臾」之意，而「圖報」之「報」、「感刻」之「刻」，皆可從反面去看。以前後文氣來看，年羹堯似乎說了這麼一句話：君子報仇，三年不晚。
因此，皇帝除了在「愛惜軀命」之下，批了句：「朕實一字也道不出，惟仰面視天耳」以外，另有一大篇硃諭。
第一段說：「朕聞得早有謠言云：『帝出三江口，嘉湖作戰場』之語。朕今用你此任，況你亦奏過浙省觀象之論。朕想你若自稱帝號，乃天定數也，朕亦難挽。若你自不肯為，有你統朕此數千兵，你斷不容三江口令人稱帝也！此二語不知你曾聞得否？」
第二段是兩件令年羹堯「明白回奏」之事。因為支吾敷衍，皇帝大為不滿，即以作個引子，與年羹堯賭神罰咒，爭辯一番：「再你明白回奏二本，朕覽之實實心寒之極！看此光景，你並不知感悔。上蒼在上，朕若負你，天誅地滅；你若負朕，不知上蒼如何發落你也！我二人若不時常抬頭上看，使不得！你這光景，是顧你臣節，不管朕之君道，行事總是譏諷，文章口是心非口氣。加朕以聽讒言、怪功臣之咎，朕亦只得顧朕君道，而管不得你臣節也，只得天下後世朕先站一個是字了。不是當要的主意，大悖謬矣！若如此，不過我君臣止於貽笑天下後世，作從前黨羽之暢心快事耳！言及此，朕實不能落筆也！可愧！可愧！可怪！可怪！」
所謂「不是當要的主意」，意在言外，自然是指約束九阿哥而言。那一道密旨，皇帝自然也要收繳，但也是遲了四天才送，越發使得皇帝心疑不已。
於是皇帝在猜疑年羹堯謀反之外，更顧慮到他還有憑此密旨，來掀開皇帝陰私的挾持之意，更非殺此人不可了。
不過，他也實在怕鬧出「千古君臣的大笑話」來。殺年羹堯容易，要殺年羹堯而讓中外大臣覺得皇帝一再寬容、仁至義盡，實在是年羹堯自速其死，皇帝為了朝廷的綱紀不得不殺，卻不是件容易的事，必須一步一步來。
第一步是查年羹堯的財產，以便將來抄家，也是斷絕他造反的本錢。皇帝早得密報，年羹堯從回任以後，便有二十車的箱籠行李，從西安出潼關，到了河南，便不知去向了，所以密令田文鏡嚴查。
田文鏡很能幹，居然查到，實際上是十八車，由河南到直隸，最後停留地點是保定。在那裏，年羹堯買了前任漕運總督王梁一所大宅，由他親信家人嚴二看守，這十八車行李，便卸在這所大宅之內。
於是直隸總督李維鈞，為皇帝認定是年羹堯一黨。直隸境內之事，河南巡撫能查得到，本省地方長官豈有不知之理？知而不報，自是徇庇。
形勢內外皆張，而年羹堯始終不肯死心，以為皇帝只是看他權高震主，只要自己表示無意弄權，皇帝為了不願鬧笑話，仍會優容。所以，在五月初上了一個密摺，請求到浙江以後，賞假半年，以便養病，接著在五月十三又上了一個密摺。
「跪讀上諭三道，輾轉深思，汗流浹背，愧悔莫及。惟自知愧悔而感激益深，感激益深而恐懼彌甚。雖已具摺遵旨回奏，然臣之負罪如山，萬死莫贖，既不敢久羈陝省，亦不敢遽赴浙江，聞江南儀正縣地方，為南北水陸分途，今將川陝總督衙門欽部案件並臣任內皇上密交事務面與署督臣岳鍾琪逐一交代明白。臣於雍正三年五月十七日啟程，前至儀正縣，靜候綸音，理合奏明，伏祈聖主，大施再造之恩，曲賜生全之路，庶幾犬馬之微軀，猶圖矢報於將來。臣不勝驚惶待罪之至。」
這個摺子寫得壞透了。年羹堯的想法是。皇帝既拿「帝出三江口，嘉湖作戰場」這句由擁護「朱三太子」的遺民，所製作傳佈的口號，用來警告他不可有謀逆之心，那麼為了避免嫌疑，最好是不赴浙江。在江蘇儀正縣南北水陸分途之處待命，希望調他回京，乃是自明心跡之意。
但「既不敢久羈陝省，亦不敢遽赴浙江」這句話，實在是講不通的，接下文「靜候綸音」來看，則又頗有挾持之意。
皇帝覺得這是一個有力的把柄，也是一個極好的