康熙二十八年正月初二，頒布南巡閱視河工的上諭。正月初八一早，皇帝率領皇太子至慈寧宮向太后辭行，然後啟駕，文武百官在午門外跪送；扈從的諸王大臣，都在永定門外上馬，旌旗絡繹，長達二十餘里，按站徐行。出直隸，入山東，祭了泰山，繼續南下，正月二十二到了山東與江蘇交界的郯城縣。
這個縣份是有名的要衝，煩劇難治。黃六鴻便因在這裡當縣令，頗有治績，方始得行取為「行人」，陞轉言官。這回他也隨扈，舊地重遊，倍感興奮。皇帝率同兩江總督傅臘塔、河道總督王新命。漕運總督馬世濟、原任河道總督靳輔，及其他有關的部院大臣，巡視新開的中河，便從郯城開始。黃六鴻自然而然地成了大官們的嚮導，建立了許多關係，更為興頭。
第二天，御舟自清河縣渡黃河，出清口後臨幸揚州，決定巡視浙江，因此改變了行程，經鎮江東去，駐蹕蘇州，然後往南，經嘉興到達杭州，這時已是二月初了。
原來皇帝這回到杭州，並非久慕西湖的水光山色，想一遊為快。而是巡視中河，看到河工人員堤上露宿，晝夜不懈來防治的境況，想到數千年前大禹治水，艱苦可想，油然起了敬慕之心，決定到了杭州，還要渡錢塘到紹興去祭一祭禹陵。
紹興沒有行宮，臨時備辦，不但糜費錢糧，苦累地方，而且也為時所不許。因此，皇帝變通辦法，將御舟泊在會稽山下，住就住在船上。
由於食宿交通不便，隨扈的人不多，能在御舟上陪伴的，更只有極少的幾個近臣，其中之一是高士奇。致祭前夕，晚來無事，皇帝找了他來閒談。
「夏朝的都城在山西解州的安邑，」皇帝問說，「大禹怎麼會崩在這裡？」
高士奇知道皇帝好學，每到一地，總要垂詢當地的風土歷史，所以早有準備，事先請教過以淵博著稱的翰林院檢討朱彝尊，將有關禹陵史跡的書籍，都找來看過，所以此時能夠從容奏對。
「大禹即位的第八年，會諸侯於越之苗山，計算治水出力的功績，不幸崩逝，就葬在苗山。山主為會稽，稽核的稽，也就是計算的計。」
「當時治水，不知道有沒有什麼圖經之類的冊籍留下來？」
「有的。據說紹興府城東南十五里，有座山，其形如匱，就叫石匱山，即大禹藏書之處。不過，」高士奇又說，「夏朝至今，將及四千年，即有其書，也早已與草木同朽了。」
「可是功績不朽，至今遺愛在民。我很想做一篇《禹陵頌》，你替我擬個稿子來！」
「是。容臣徹夜構思，明天寫呈。」
「不必忙。回到杭州交卷也不要緊。」
「是。」
「禹陵有什麼古跡？」
「最有名的是梅梁。」高士奇引《四明圖經》的記載回奏，「寧波大梅山頂，有一株極大的梅樹。梁武帝時重修禹廟，伐此大梅樹作大梁，吳興太守張僧繇在樑上畫了一條龍。有一天大風雨，有人發現鏡湖裡面有兩條龍相鬥。第二天看到梅樑上水漬淋漓，上面還黏著浮萍，才知道兩龍相鬥，其中之一就是樑上所畫的這條龍，因此，用一條鐵鏈子將梅梁鎖住。」高士奇緊接著說，「這自然是不經之談，豈有真龍而能以鐵索羈絆得住的？」
「那也不然！」皇帝說道，「如果是條孽龍，非鎖起來不可。」
一聽這話，高士奇不免替太子捏一把汗——今年十六歲的太子行二、嫡出，孝誠仁皇后赫舍里氏，即因誕育太子，難產而崩。太子資質極佳，聰明異常，因而為曾祖母孝莊太后所溺愛，養成了驕恣暴虐的性情，稍不如意，就會毒打隨從。有一回甚至掌摑大臣，為皇帝所知，召來痛罵了一頓。皇帝跟左右談到太子，常說他是一條「孽龍」，所以高士奇有此感想。
二月十四日，皇帝率領皇太子及大學士王熙等，致祭禹陵，一如祭孔那樣，行了三跪九叩的大禮。禮部尚書張玉書恭讀御製的祭文。禮畢率眾瞻仰禹廟，荒涼殘破，皇帝大為嘆息。
因此，一回到杭州，便在行宮召見閩浙總督王騭、浙江巡撫金鋐，頗有責備之詞，隨後頒發上諭一道，責令地方官修理禹陵，增添守祀人役；同時發出御筆「地平天成」四字，製匾懸掛；又賞守陵農戶紋銀二百兩。第二天，高士奇將請翰林捉刀的四言《禹陵頌》及序文草稿呈上，皇帝親筆謄寫，以「御製」的名義發出。然後回鑾，在蘇州停留了三天，轉往江寧。
皇帝巡幸各地。皆特設行宮，惟獨江寧例外，駐蹕織造衙門西花園。原來江寧織造曹寅，與皇帝有特殊的淵源，曹寅之父名叫曹璽，原是上三旗中正白旗的包衣。上三旗包衣組成內務府，管理皇室的家務，諸如皇帝大婚，皇子、皇女的哺育等等，需要婦人執役時，多在內務府包衣的眷屬中選取，名為「婦差」。曹璽的妻子孫氏，即是當今皇帝幼年的保姆。滿洲人最畏懼的一件事是「出天花」，也就是「痘疹」，皇子、皇女出痘，唯恐傳染，必須遷出宮禁，謂之「避痘」。皇帝幼年出痘時，即由孫氏攜帶，住在西苑北海隱僻之處。孫氏提攜扶抱，悉心照料，出痘險症，安然度過，而且光鮮無恙，一個痘瘢都不曾留下。
及至世祖以痘疹駕崩，大位本應由居長的皇二子福全繼承，但孝莊太后的教父湯若望，力主由皇三子繼位。便是當今皇上。湯若望所持的理由是：「三阿哥」出過痘了。推原論始，孫氏看護之勞，無異擁立之功，皇上自然感激在心。
皇帝初即位時，由四名顧命大臣輔政，其中之一的鰲拜，專擅跋扈，漸不可制。於是皇帝與心腹密議，設計除鰲拜，先挑選一批年輕的侍衛及內務府子弟，勤練摔角，然後等到鰲拜進宮回事時，故意挑一張三條腿的凳子賜坐，鰲拜一坐下來便傾跌在地，侍衛們一擁而上，逮捕鰲拜，皇帝以硃諭將他交王大臣治罪。這是康熙八年的事，皇帝十六歲。而參預密計的心腹中，便有與皇帝年齡相彷彿的曹寅。
其時曹璽已外放為江寧織造，至康熙二十三年曹璽病歿，曹寅奉旨以內務府慎刑司郎中，繼任父職。皇帝第一次南巡時，即住江寧織造衙門，這一回亦復如此。這不是特示親切，而是為了可以免除若干儀制上的隔閡，起居及辦事，可保有種種方便。
此外還有一個特殊原因，織造這個差使，例由內務府郎中充任，外省官員得以專摺言事者，只有駐防將軍、總督、巡撫，以及三年一任的提督學政，但織造的本職，雖是五品的郎中，卻以身份特殊，也可上摺。
而且這些奏摺，並不經過議政大臣，而是直達御前，實質上是專為皇帝所做的私人報告，因此稱為「密摺」。既為密摺，當然言無顧忌；事實上有些密摺是根據皇帝的密諭呈覆的調查報告，諸如地方大吏的操守政績、遺老的各種活動，深居九重的皇帝縱非瞭若指掌，而能知其梗概，是無可疑的。
密摺所陳，不盡可靠。地方大吏陳述民情，更不免虛飾，但皇帝有個很巧妙的辦法來測驗真偽。皇帝規定，有關農作收成、小民生計的情況，都須奏報，例如每年入冬以後的第一次瑞雪，或者久旱得雨，都應馳奏，說明得雪、得雨幾寸。此外，糧價也須定期報聞。皇帝便從不同的報告中比較異同，測知何者為真、何者不實？
比較下來，只有曹寅的密奏最實在。有時他的奏摺，獨持異說，皇帝特派專人查訪，仍舊證明他是對的，因而獲得皇帝完全的信任，在判斷江南地方大吏的是非時，常以曹寅的意見為根據。
因此，當皇帝第一次南巡駐蹕織造署，每晚都會召見曹寅，賜一張小凳子，好讓他造膝密陳，這回亦復如此。
「傅臘塔的官聲怎麼樣？」
「清官。」
「江西贛縣知縣劉瀚芳那一案，怎麼樣？」
江西贛縣知縣劉瀚芳，為百姓上控到兩江總督衙門：私徵銀米十餘萬兩銀子；書辦、衙役狐假虎威，復又從中勒索苛擾。傅臘塔派人調查屬實後，參劾藩司多弘安、臬司吳延貴、贛南道鍾有德曲予庇護，奏請革職。皇帝雖然照準了，但怕傅臘塔處置過當，所以有此一問。曹寅知道皇帝的意思，只答了三個字：「不冤枉。」
君臣問答，就是這樣要言不煩的簡短之詞。但談到「朱三太子」一案，曹寅就不能用兩三個字來回奏了。
「朱三太子」是前朝崇禎朝的一個皇子，民間反清復明的活動，一直奉此名義以行。皇帝在削平三藩之亂、治河也已見效以後，所不能放心的就是這個「朱三太子」。
原來前明思宗生有七子，長子慈烺，立為東宮太子；第二子夭折；第三子慈燦封定王；第四子慈煥封永王。崇禎十七年二月十九日，李自成破京城之日，思宗命皇后周氏、貴妃袁氏、曾承寵的其他妃嬪宮眷自縊；又在昭仁殿劍砍長平公主，斷一臂而未死，思宗不忍再下手，後來為太監送至周皇后之父嘉定伯周奎家。
繼而召來十六歲的太子及十四歲的定王、十三歲的永王。思宗命送太子至周奎家，兩王則交太監攜出宮去，避匿民家，特意叮囑：「千萬勿露出皇子的痕跡。在民間，年長的稱之為公公；年輕的，亦要叫伯伯、叔叔。幸而不死，要記著將來為父