當天晚上，徐乾學便在碧山堂邀郭琇小飲，談到皇帝近來頗為煩惱，說為臣下者，應為聖主分憂。郭琇便問：「皇上的煩惱是什麼呢？」
「無非權臣跋扈。」
「皇上乾綱獨斷，既有所惡，何不罷黜？」
「你知道不知道，皇上親政之初，曾經立過誓，要待大臣如弟兄，這話——」
「這話我也聽說過。可是親愛不是姑息。」
「不錯，應該愛之以德。不過凡事不能無因而至。」徐乾學停了一下問，「你明白我的意思？」
「我明白。」郭琇點點頭，想了一會說，「古人有言：『疏不間親』，大臣在皇帝是弟兄。像我，只是遠房的子弟，上章彈大臣，不正犯了『疏不間親』之戒？」
「年兄顧慮周詳，處事正該如此。可是，你應該看得出來，從古以來的納諫之君，除了唐太宗就數今上了。而且，」徐乾學加強了語氣說，「依我看，今上猶賢於唐太宗。」
「喔，」郭琇很注意地問，「何以見得？」
「你還記得魏徵仆碑之事嗎？」
這是個很有名的故事，郭琇當然記得。貞觀十七年正月，魏徵病故，唐太宗命百官九品以上皆赴喪，陪葬昭陵。下葬之日，唐太宗登御苑西樓，望哭盡哀，自製碑文，親書上石，人臣哀榮，至矣盡矣。但不過五個月工夫，唐太宗聽信讒言，以為魏徵生前結黨好名，手錄前後諍諫之詞，以示起居郎褚遂良，暴帝之短，因而下令將所撰魏徵墓碑仆倒。原來預備跟魏徵結親家，以衡山公主尚魏徵之子叔玉的喜事，亦就此作罷。
「唐太宗與魏徵的君臣遇合不終；而今上對大臣恩禮，始終保全，這就是賢於唐太宗之處。」
這等於明告郭琇，如能直言極諫、彈劾權臣，不但為皇帝嘉納，而且決無後患。因此，郭琇下了決心，第二天開始草擬了一道嚴劾明珠、余國柱一黨的奏摺，先交徐乾學斟酌妥當，方始繕正封遞。
奏摺的案由是「為特參大臣背公結黨，納賄營私，仰請乾斷，立賜嚴譴，以清政本事」，以下列參八款，大意是說明珠與余國柱結為死黨；旗人則以戶部侍郎佛倫、左都御史葛思泰，及明珠的族姪工部右侍郎傅臘塔為爪牙，凡總督、巡撫、藩司、臬司缺出，以及學道差滿調派，都先要議價，非滿其貪壑不止。因此地方大吏到差，無不大事剝削；學道則多方索賄，士風文教，因之大壞。
至於明珠招搖攬權的手段是：「諭者或稱其賢，則向彼云：由我力薦。或稱其不善，則向彼云：上意不喜，吾當從容挽救。每日啟奏畢出中左門，滿漢部院諸臣及其腹心，拱立以待，皆密語移時，上意無不宣露。」
又在考選六科給事中及各道御史時，往往先與其人訂明條件，考上以後，凡有本章，先要讓他們看過。言官受此挾制，所以從無人參劾他們的劣跡。郭琇形容明珠說：「自知罪戾，見人輒用柔顏甘語，百般款曲，而陰行鷙害，意毒謀險。最忌者言官，恐發其奸狀。」所以在佛倫當左都御史時，見御史李時謙奏對稱旨，吳震方頗有參劾，即借事陷害，聞者駭然。
最後的結論是：「明珠一人，其智足以窺探上旨，其術足以彌縫其罪惡。又有餘國柱奸謀附和，負恩之罪，書之罄竹難盡。皇上鼓舞臣僚，責其實心報效，臣受非常殊眷，若捨豺狼而問狐狸，即為辜負聖恩，臣罪滋大。臣固知其黨羽賓繁，睚眥必報，恃有聖主當陽，何所畏忌？伏祈霆威，立加嚴譴，簡用賢能，俾贊密勿。」
這一來朝局自然有所變動，有人失意歸里，便有人彈冠相慶。李天馥升任工部尚書；徐乾學亦由左都御史調為刑部尚書，而且奉派與王熙同為會試總裁，碧山堂中，賀客盈門，十分興頭。
但徐乾學人在闈中，卻有件不放心之事。原來于成龍、馬齊、關音布奉旨往武昌審理張汧、祖澤深互控一案，已有覆奏到京，除了審實張、祖二人均有貪污實際以外，還審出祖澤深結交大學士余國柱，轉託色楞額從輕發落，以及張汧在被彈劾以前，派人到京行賄情事。張汧、祖澤深均已押解進京，上諭派吏部、「三法司」——刑部、都察院、大理寺合稱三法司，以及馬齊、于成龍會審。最使徐乾學不安的是，傅臘塔已由工部侍郎調為刑部侍郎，如果受明珠指使，窮究此案，他跟高士奇都脫不得干係。
幸而有一條路子可以設法。徐乾學的胞弟，順治十六年狀元徐元文，有個門生翁叔元，在吏部是當家的侍郎。徐元文在翰林院掌院時，很提拔翁叔元，所以由他出面囑託，翁叔元保證，必當全力斡旋。
到得會審的那天，由刑部滿尚書圖訥，及剛由山西巡撫內調為左都御史的馬齊主審。先提張汧上堂，圖訥看著案卷問道：「你曾經派人帶了八萬兩銀子，進京行賄，受賄的是哪些人？」
「人數太多，記不得了。」
「你要說實話！你以為這樣子推諉敷衍，就可以搪塞得過去，那就大錯特錯了。」
「我不敢，實在是人數太多，一時想不起來。」張汧停了一下說，「只記得有徐尚書。」
「哪個徐尚書？」
「還有哪個？自然是新任刑部的徐尚書。」
「還有呢？」
「還有，就是高詹事了。」
「還有呢？」
張汧不作聲。馬齊便說：「你可心地放明白一點兒！你別以為曾任封疆，『刑不上大夫』。」他提高了聲音問道：「掌刑的在哪裏？」
「小人在！」堂下差役齊聲答應著，隨即聽見「嘩喇喇」一陣暴響，一副夾棍摔落在青磚地上。
「實在記不起了。堂上大人，打死我吧！」
這樣公然頂撞，馬齊臉色大變，翁叔元趕緊拉一拉圖訥的衣服，低聲說道：「今天就問到這裡好了，明天再問。」
圖訥比較持重，點點頭對馬齊說：「先退堂，咱們商量一下。」
馬齊也同意了，堂諭「還押」，隨即商量，是否該用刑訊？大理寺少卿陳紫芝附和馬齊的意見，圖訥、于成龍不置可否，只有翁叔元深明皇帝的意向，獨持異議。
「『三木之下，何求不得？』倘或株連過廣，不是皇上的意思，那時就很難補救了。不如先遞『綠頭牌』請皇上召見，該寬該嚴，請旨遵辦，比較妥當。」
「對！」圖訥介面說道，「請旨總是不會錯。」
其時宮門已將下鑰，等把書有銜名的綠頭牌遞了進去，侍衛傳旨：只召圖訥、馬齊、于成龍三人進見。好久，才看到這三個人從乾清門退了出來。
「虧得老兄提議，請旨遵辦。」圖訥說道，「皇上的意思，不必滋蔓，只就已經審問屬實的人定罪好了。」
這道奏摺，皇帝並未「明發」，並未交議。因為第一，多少想保持明珠的顏面；第二，大臣優劣，皇帝另有所見，除了明珠、余國柱以外，其餘的人，郭琇應參不參；不應參的卻列名彈章，如果交議，事情就變得複雜，因此口述大意，命徐乾學擬了命大小群臣清白乃心、勤慎奉職的上諭；處分亦親自裁定，內閣大學士處分了四員，明珠、勒德洪革去大學士，交領侍衛內大臣酌用；李之芳休致回籍；余國柱革職。吏部尚書科簡坤原品休致；戶部尚書佛倫、工部尚書熊一瀟解任。至於郭琇所參的傅臘塔，皇帝認為清廉幹練，不但不應處分，而且宜加重用。左都御史葛思泰亦頗盡職，郭琇是參錯了。
「光是張汧、祖澤深兩個人？」
「那倒不止。」圖訥答說，「還有色楞額、徐國相。」
「余大冶呢？」翁叔元又問，「不追究了？」
余大冶是指余國柱。因為祖澤深曾請他轉託色楞額包庇，照例提傳他到案對質。其人已回原籍，皇帝認為亦無須再傳了。
於是重新集議，由於色楞額在陛辭請訓時，曾有「審問不實，甘受誅戮」的話，所以擬了斬監侯的罪名；張汧、祖澤深貪污瀆職，都是絞監候；湖廣總督徐國相與張汧同城，不行參奏，顯係徇情庇護，應行革職。覆奏以後，奉到硃批，除色楞額改為充軍以外，餘如所議。
徐乾學、高士奇雖然倖免牽連，但不能沒有表示。徐乾學便上了一道奏摺，說張汧因為向他行賄被拒，「銜恨誣報」，幸而聖明在上，不然幾遭誣陷，但「備位卿僚，仍為貪吏誣搆，皇上覆載之仁，不加譴斥，臣復何顏出入禁近，有玷清班。反躬劾責，不能自已，伏冀聖慈，放歸田裡。」
高士奇的奏摺，大意相同。但皇帝對他們的奏摺都沒有批；原因是等四月間辦完恭送太皇太后梓宮至昌瑞山暫安奉殿以後，皇帝打算將內外大臣來一次徹底調整，重布新政。徐乾學辭官，不妨併案辦理；而高士奇與徐乾學一案，亦就連帶擱置了。
六部堂官到了五月裏，或滿或漢，都有變動。徐乾學與高士奇的奏請都批准了，批的是：「覽奏情辭懇切，准以原官解任，其修書總裁等項，著照舊管理。」准許辭官，但仍在南書房當差，擔任纂修《大清會典》、《一統志》的職務，純然做了文學侍從之臣。
徐乾學的遺缺，由李天馥調補；翁叔元則升了工部尚書。督撫調動，使徐乾學、高士奇大感意外的