且說都中郊外李員外家中，有一處園林，稱畸園。園子不大，卻極詭僻。圍牆不規整，折彎極多，高矮不齊；裡頭樹木蓊鬱，任其生長，不甚修剪；不種花草，只放怪石；池塘頗大，其形若磬，池邊有一亭名曰「倒亭」，從池中倒影上看，恰是一攢尖頂在上、厚亭基在下的尋常亭子，但若正面望去，每每令人瞠目撟舌，幾疑是幻——攢尖頂倒栽在地下，亭柱伸上去，撐著個厚厚的平頂，且由那平頂上吊下一張腿兒朝上的圓桌，周遭還吊著四個反放的綉墩，並有一圈反置的圍欄。這畸園乃照陳也俊所繪圖樣造成。
陳家祖上，曾封君山伯，與妙玉——當時並無此法號，石頭且以此代稱——祖上交好，君山伯逝後，其子襲一等於，與妙玉祖父亦友善，那時兩家在蘇州所住官署相鄰，官署間有一園林，兩署側門均可通；彼時那一等子的孫子，名陳也俊，正與妙玉同齡，都是十來歲的樣子，常到那園子里淘氣，而妙玉極受祖母溺愛，有時祖母亦縱他到園子里嬉戲玩耍。陳也俊與當年的妙玉，在那園子中捉迷藏、掏促織、盪鞦韆、摸魚兒，漸漸鑄成青梅竹馬之情。後來兩家都督促孩子跟著西賓攻讀《四書》、《五經》，兩個人課餘仍得便溜入園中嬉戲，曾一起偷讀《莊子》，醉心於成為一個「畸於人而侔於天」的「畸人」。有一回妙玉望著池中亭子倒影道：「為何亭子在水鏡里偏頂干朝下？」陳也俊便拍胸起誓：「來日我一定讓你在水鏡里看到亭頂子在上！」兩家都知二人的親密，也算得門當戶對，雙方祖母均有婚配之意；誰知祖輩們相繼去世，而因官場上的朋黨之爭，其父輩後來攀附不一，陳也俊父親未得襲封，成了白衣，棄仕經商，販運起太湖石，妙玉家便視其為異類，再不通往來。
有公爵家遣官媒婆來妙玉家，欲將妙玉指配到其府上作童養媳，來日可望成為誥命夫人，妙玉父母擬允，妙玉卻哭鬧抗拒，以致拒進飲食，直鬧到去了玄墓蟠香寺帶髮修行。後妙玉父母雙亡，他繼承了幾箱家財，並一個丫頭兩個嬤嬤共三名世仆，輾轉到了京城牟尼院，後賈府為元妃省親要行佛事，下帖子將他請進大觀園攏翠庵。妙玉進賈府大觀園後，為何格外厚待那賈寶玉？因他從寶玉的談吐作派中，設想出了離別後的陳也俊那應有之品格；且他從冷眼旁觀中，窺破了賈寶玉與林黛玉之間那悖於名教的徹腑情愛，他對之艷羨已極；表面上，他心在九重天上，視人間情愛請事如污事穢行，其實，他常常忍不住將那賈寶玉當作陳也俊的影子，對之別有情愫；又以比如說斥責黛玉：「你這麼個人，竟是個大俗人，連水也嘗不出來……隔年蠲的雨水那有這樣輕浮，如何吃得！」心中想的是：寶玉對你那樣痴情，你也真是身在福中不知福，實在該敗一敗你的興頭！歲月推移，人事睽隔，他也並不指望這輩子與陳也俊怎麼樣了，便以極度的冷漠高傲，壓住心底的隱情。「相與於無相與，相為於無相為」，他把一切皆化為零，自己高倨於零之上。他活得冰雪般潔凈，亦冰雪般凄美。那陳也俊呢，父母雙亡後，子承父業，販運太湖石謀生。父母在世時，多次欲給他娶親，曾將那通判傅試之妹傅秋芳包辦給他，他以離家出走為威脅，拒不迎娶。後朋友們也曾為他張羅過婚事，均被他婉辭。他的心中，只存著妙玉一人。他很晚方知妙玉在大觀園攏翠庵中。男扮女裝投靠李員外時，他並不知道妙玉已移到畸園庵室。李員外將陳也俊安排在畸園一隅的侔於天齋里居住。
那日，陳也俊踱出齋外，恰遇妙玉在池畔閑步，二人心中都驚詫不置。面上卻猶如昨天還在一起閑話過一般，毫不動容。那妙玉停步，只望著那「倒亭」並那倒影，若有所思。陳也俊便踱到妙玉身邊，問他：「水鏡中的亭子，望去如何？」
那妙玉心內酥癢，臉上卻空無表情，淡淡的道：「未免膠柱鼓瑟了。」
陳也俊道：「這園子是我畫的樣子，那邊廂很有些怪石，你無妨用以破悶。」
妙玉道：「你們檻內人，時時有悶，須求化解。其實何用苦尋良方。只要細細參透：縱有千年鐵門檻，終須一個土饅頭』這兩句好詩，也就破悶而出；有大造化了。」
陳也俊便知，妙玉是難從檻外，回到檻內了。不過他仍心存痴想，指望憑藉著「水滴石穿，繩鋸木斷」的耐性，漸漸引動妙玉，邁回那個門檻。二人在園中款款而行。妙玉指點著那些怪石，道：「我曾有句：『石奇神鬼搏，木怪虎狼蹲。』其實不過是憑空想來，沒曾想你這園子里，觸目皆是如此。可見心中的神鬼虎狼，是很容易活跳到心外，倒讓人防不勝防的。」陳也俊聽在耳中，雖覺怪異難解，卻也品出了些潤心的味道。這妙玉拼力壓抑「不潔之欲」，以空靈高蹈極度超脫來令任何一個接近者尷尬無措、自覺形穢，求得心的勝利，可是，究竟有幾個人能知他、諒他，喜他、愛他呢？在那大觀園裡，李紈就當眾道出：「可厭妙玉為人，我不理他！」就是自稱跟他十年比鄰而居，乃貧賤之交，並以他為半師半友的邢岫煙，背地後也苛評他道：「僧不僧，俗不俗，男不男，女不女，成個什麼道理！」唯有賈寶玉說過，他乃「世人意外之人」，算是他的一個真知己；但那賈寶玉在妙玉心中，原只是心中的陳也俊之替代物；現在陳也俊真的活現於自己面前，究竟能否如賈寶玉似的，是個些微有知識的人，那還真是個謎哩！妙玉心中掙扎得厲害，尋思中不禁瞥了陳也俊一眼，陳也俊原一直盯住他看，二人目光短暫相接，擊出心中萬千火星。忙都閃開了。妙玉便轉身移步而去。
妙玉所居的庵室，在畸園另一角上，是一處另隔開的小小院落，裡面有五六間屋子，內中一應傢具用器色色俱備；屋子只是原木青磚，不加粉飾，琴張等將其中正房布置成禪堂，四個人安頓下來，倒也儼如攏翠庵再現。陳也俊有意不問妙玉怎的在此、住到幾時，妙玉也不問陳也俊何以飄然而至、欲住多久。畸園來畸人，倒也對榫。
兩日過去，傍晚時分，嬤嬤們在櫥下備齋，琴張出園去附近集上買線回來，徑到妙玉書房報信：當時妙玉正在給焦尾琴調弦，見琴張神色不對，且不理他；琴張報說：「集上的人議論紛紛……」
妙玉截斷他道：「攘攘市集，乃檻內最穢之地，你快莫在我面前提起。且你既買妥青線，快將琴囊破處補好，方是正理。」
琴張道：「實在是此事師傅不能不知——那賈寶玉，在運河碼頭被官府捉拿，說是要由忠順王親自押往南京，在那邊收監。聽說那邊監里更其可怖，收監時脖子、手、腳九條鏈子鎖住，站在鐵蒺藜籠里，稍一晃蕩，立刻刺破皮肉……」
妙玉理弦之手，不禁木然，心如刀剜，卻不動聲色。琴張說到最後，忍不住議論說：「師傅莫又要嗔我妄聽多嘴，那賈寶玉也著實可憐可嘆！剛才我因心內慌張，進門險些撞到夫人身上，丫頭、婆子正圍著他，要出門給什麼人拜壽去，我忙跪下謝罪，夫人倒不介意，讓我起來告訴他為何慌神兒到這地步，還以為是你病了我去買葯，我就把剛才跟你說的事告訴了他，那夫人道，他聽員外說了，忠順王有話，那寶玉的罪名，可大可小，可收監可放行，若有人拿著成窯瓷去為寶玉說情，他可網開一面。夫人笑道，王爺自然是玩笑，卻也可見只要那寶玉從此虔誠敬服聖上，莫再胡塗亂寫，應可免再人牢獄之苦。又安慰我道：出家人沒怎麼聽見過世上的事，什麼九條鏈子云雲，就把你唬成這樣！又囑我莫對你說……」
琴張說時，隨時預備讓妙玉截斷，這回卻居然容他一口氣道出了如許多的話來，不禁微微詫異，自己停住，只望著妙玉。那妙玉調琴弦的手指微微顫動著，一根弦綳得越來越緊，忽然妙玉指下的一根琴弦猛的斷了，倒把琴張嚇了一跳；妙玉定了定神，吩咐琴張：「你且縫補琴囊。我且去蒲團上坐一會兒，莫來擾我。」
琴張縫補琴囊時，漸漸消退了在集上所聽消息的刺戟。齋飯熟了，飄來麵筋的香味。嬤嬤來請師傅和他用齋，似乎與昨日相似的一天就此快要過去，而明日又會與今日相似。
然第二日，妙玉、琴張等的生活大變。那日大運河渡門，碼頭邊舟船雲集，航道中的大小船隻，有揚帆下行的，有收帆待靠的，一派繁忙景象。只見妙玉、琴張從一輛兩隻騾子馱著的騾轎上下來，兩位嬤嬤從一輛驢車上下來，早有兩位騎馬的男子先到，等候在碼頭的一位男子，系李員外家管事的，迎上來，告訴妙玉船已備妥，且行李已都運人艙內。另一位穿長衣系玉佩的，便是陳也俊。妙玉忽然決定買舟南下，歸於江南，李員外夫婦聞之，心知他是畸人，必行畸事，勸阻兩句，見妙玉志堅，也就隨他，李員外夫人道：「若那邊不舒服，再回畸園就是，庵堂給你留著，裡面一應物品，皆保留不動。」
那陳也俊聞妙玉忽要回南，初甚驚詫，然自己一旦愛上畸人，也只能是愛畸隨畸，雖愣了一陣，卻也不去打探所以然，那日竟冒險去往碼頭送行。因官府早已出告示，道他已被正法，當年那緝拿他的畫影圖形，早被俗人遺忘，故也並無人在碼頭認出他來。
妙玉臨上船前，見他