「三藩之亂」已經四年了，局勢的演變，證明皇帝所作的「撤藩」的決定是睿智的。
最初是四藩，清朝開國以後的四個異姓王；定南王孔有徵早死而無嗣，剩下三藩：在雲南的平西王吳三桂，在廣東的平南王尚可喜，在福建的靖南王耿精忠，名為鎮守，實同割據。尤其於盤踞西南半壁的吳三桂，自從康熙元年以弓弦絞殺永曆帝由榔，斬絕明祀以後，逐漸跋扈，用人則吏部、兵部不得過問，用財則戶部不得稽遲，每年耗費軍餉二千餘萬兩銀子，鄰近數省的收入不足以供應，還要取給於東南財賦之區。「他要幹什麼？養那麼多兵！大亂之後，悉索敝賦地徵斂了百姓的脂膏，去填他的貪壑，這是公平的嗎？照這樣子歲糜鉅餉，何時才能修水利、勸麻桑、興文教，與民休息，出現太平歲月？」這一連串的疑問，從皇帝十四歲親政時，就已困擾著他。
多少日子積下來的深思熟慮，終於在一次御前會議中表達了出來：撤藩。沒有人相信吳三桂和耿精忠能像宋朝那班開國的將領那樣接受勸告，奉還兵權於朝廷，以享厚祿為己足。此舉只能導致一個後果：激起叛亂。
八旗的重臣都期期以為不可，而二十歲的皇帝，斷然作了決定，「撤亦反，不撤亦反！」他說，「不如先發制人。再拖下去，吳三桂羽翼更盛，越發難制。」
擁護皇帝的主張的，只有極少的幾個人：戶部尚書米思翰、兵部尚書明珠、刑部尚書莫洛。至於漢大臣，在這種論用兵的廷議中，是沒有發言的餘地的。
吳三桂、耿精忠、尚可喜的兒子尚之信，果然都反了。
平亂的軍事起先很吃力，但皇帝深具信心；所以在親裁調兵籌餉的大政，以及不分晝夜，批閱軍報、指授方略之餘，依舊親近儒臣，不廢講學。這樣到了康熙十六年；也就是三藩之亂進入第五個年頭，戰勢已在控制之下，平定只是時日遲早而已。
那用兵的四年之中，皇帝更瞭然於治亂之道；明朝的遺民志士還很多，然而吳三桂卻不能得到他們的助力，因為吳三桂不忠、不孝復不義。一個皇朝的興廢，全繫於人心的向背；而人心的向背先要看讀書人的態度，讀書人的態度又決定於這個皇朝的做法，講究仁義禮樂的孔孟之道，讀書人自然就會擁護。
他深切了解人心望治，明朝的那班遺民志士，只是在感情上還惓惓﹡於故主；而故主之祀已絕，就只有隱於巖壑，自了一生。然而作為天下之主，不容此輩高蹈，盛運宏開，要靠大家一起來努力；尤其是讀書人，應有先憂後樂的天下之志，責任更重。（﹡惓惓，同「拳拳」；誠懇的意思。）
於是，他決定特開制科，名為「博學弘儒」。
制科是皇帝下制敕，特別舉行的一定期考試，以待非常之才，盛行於唐朝，名目甚多，有特重品行的「賢良方正」，識拔骨鯁之士的「直言極諫」，選取將材的「軍謀越眾」，而最通行的是訪求「博學」，或稱「博學鴻詞」，或稱「博學通識」。自南宋以來，制科不常舉行；明朝有「舉薦」的制度，不行制科。因此，這是規復盛唐舊制，成為一代盛典。
康熙十七年己未，正月二十三日，頒下上諭：
自古一代之興，必有博學弘儒，振起文運，闡發經史，潤色詞章，以備顧問著作之選。朕萬幾時暇，遊心文翰，思得博洽之士，用授典學。我朝定鼎以來，尊儒重道，培養人才、四海之廣，實無奇才碩彥，學問淵通，文藻瑰麗，可以追蹤前喆者？凡有學行兼優，文詞卓絕之人，不論已未出仕，著在京三品以上及科道官員；在外督、撫、布、按，各舉所知，朕將親試錄用。其餘內外各官，果有真知灼見，在內開送吏部；在外開報於該督撫，代為題薦。務會虛公廷訪，期得真才，以副朕求賢右文之意。
上諭是發給吏部的，吏部再錄諭分行京內外大小衙門。照上諭上說，凡是官員，都可薦舉賢才；但話雖如此，訪求遺賢的主要責任，還是落在各省的總督、巡撫、布政使、按察使身上。其中有些人，是非要徵請到京不可的。
這幾個人是有名的遺老，第一個是顧炎武，這年已經六十六歲，卜居陝西華陰，早年有志恢復明室，而且守著他的絕食而死的亡母之誡：「弗事二姓」，為何垂暮又肯失節？因此縣官到門，堅臥不起；如果強迫他上路，那也很簡單，一把并州利剪，或者一包毒藥，就可了結。以後靠他的外甥徐乾學、徐元文的斡旋，總算免了這場麻煩。
第二個是黃宗羲，他是明朝東林鉅頭，與楊漣、左光斗同時被害的黃尊素的長子，亦是反清有名的；此時已經六十九歲，歸隱浙東，致力於著述及講學，為一代儒家，當然亦不肯受徵召。以老病的理由，推辭掉了。
再有一個是李顒，為關中理學大儒，學者稱為「二曲先生」；縣官到門徵請，李二曲叫家人回報，說病重不能動身。那縣官當差巴結，一定要把他弄到京城，於是連床抬了上路，李二曲水漿不入口，預備絕食自盡，只好放他回去，一回盩厔﹡，鎖入窰洞，除了顧炎武以外，什麼客都不見。（﹡盩厔，陝西省縣名。）
還有一個是山西人傅山，字青主，這年已經七十四歲，辭謝不赴，縣官也是派人抬了床上路，到了京城崇文門外二十里之處，無論如何不肯再往前進，否則就自殺。
於是找了個野廟把他安置下來。在野大老，自有人尊敬，大學士馮溥，素有愛才之名，首先去探望，接著公卿畢集，而傅青主睡在板床上，來既不迎，去亦不送，只說病重不能應試。他的同鄉，左都御史魏象樞代為陳奏，奉旨免試，這原是很好的事，不想另生枝節。
受官照例要謝恩，傅青主不受亦不謝，而馮溥非強迫他這麼做不可。於是依然連床抬著到宮門；傅青主一望見由「大明門」所改的「大清門」的門額，頓時淚流滿面，從床上滾了下來，仆倒在地。
這一下搞得非常沒趣，而有人還要簸弄著讓他望宮門磕頭；魏象樞見機，趕緊伸手阻攔，「好了，好了！」他說：「這就是謝過恩了。」
俗語道得好，「有人辭官歸故里，有人漏夜趕科場」，有顧炎武、黃宗羲、李顒、傅青主等人，寧死不受徵召；亦有人以為這是登龍捷徑，千方百計，謀求薦舉。因此盛傳薦舉有價，公價是二十四兩銀子；有人做了這樣兩首詩：
博學弘儒本是名，寄聲詞客莫營營。此周休得尤臺省；門第還須怨父兄。
補牘何因也動心？紛紛求薦竟如林！縱然博得虛名色，袖裡應持廿四金。
這是指在京的人而言，由各省舉薦的，大多高才博學，四海知名，而且頗多寒士。「長安居，大不易」，皇帝知道了徵士的苦楚，特地囑咐大學士索額圖和明珠，交由戶部酌量給與衣食。因此從康熙十七年十一月起，待詔的徵士，每人每月給米三斗、銀三兩。於是「文酒之會」便多了，徵士把杯聯吟之地，常在虎坊橋西炭廠的眾春園。於是又有人作詩譏嘲：
薦雄徵牘掛衡門，欽召金牌插短轅。京兆酒錢分賜後，大家攜醵眾春園。
有一天雅集，正當興高采烈之際；有人託跑堂送了一首詩到席間，結句是：「從此長安傳盛事，杯盤狼藉醉巢由」。巢父、許由是上古高士；許由居穎川之濱，帝堯召為九州長；許由聽得這話，認為他的耳朵都已受污，因而以穎川之水洗耳。當時巢父正在牧牛，怕許由洗耳的水污了牛口，特地牽牛到上游去飲水。舉此典故，譏諷得非常刻毒；然而這無非是不與其選的人，有意輕薄而已。
「輕薄出於自取！」這是陸隴其所說的話——他是浙江平湖人，字稼書；曾祖名叫陸溥，在江西豐城當縣丞，有一次押運軍餉到南京，夜過采石磯時，忽然發現船中漏水，他跪下來向天禱告：「船中如果有一文錢是由非法而來，願葬身魚腹。」就在祝禱自明心跡以後，船不漏了！天亮檢視，船底破了一個洞；但是，有水草裹著三條魚，恰好塞住漏洞。以後他的兒子也就是陸隴其的祖父，紀念先德，特地將他的新居題名「三魚堂」；陸隴其的文集也就叫《三魚堂集》。
他是康熙九年的進士，講理學專家朱子；但絕不是空談心性的腐儒。康熙十四年授職為嘉定縣令，縣令雖小，可以「滅門」，而陸隴其從不用他「父母官」的權威，老百姓打官司，他不派如狼似虎的皁隸去抓人，如果是宗族相爭，找他們的族長；鄉里相爭，則找當地的長者，或者叫原被兩告自己相約而至，細訴曲直。
他的聽訟，全遵感化的宗旨，常常有父子反目，兄弟相仇，打上了官司；經他苦口婆心，反覆開導，被勸得相擁而泣，和好如初的。
做縣官的兩件大事：刑名、錢糧。追完錢糧稱為「比」；比期一到，不完就要打屁股。他定了一種「掛比法」；掛是掛名，到比期把欠糧的名字公告出來，等百姓自己來完。同時找了欠糧的人來，這樣勸告：「錢糧是朝廷的國課，不是進我縣官的腰包。你們如果重視公事，完清錢糧，身心俱泰；我亦就可以安逸了。我的安逸不是在家裡享清福；是可以勻出功夫來替一縣做事。你們想想看，我跟你們沒有仇，何苦一到比期就要打你們。再說，一動刑，你們