侯方域字朝宗，行三。河南歸德府商邱縣人。商邱，元朝名為睢陽，春秋時為梁國的都城，陳宗石詞中所謂「千里睢陽，三更梁苑」，其實都是指他的岳家。
侯家先世是「戍籍」。所謂「戍籍」即是有罪充軍至某地所記的戶籍，被視為賤民之一，至方域的祖父始貴。
侯方域的祖父名執蒲，兩榜出身，官至太常寺正卿。太常寺司職祭典。天啟年間魏忠賢想代熹宗代行南郊祀天大典，侯執蒲事先得知消息，在魏忠賢不曾矯詔宣佈此事以前，上了一道奏疏，說天壇常有「宮奴閹豎，連行結隊，走馬射彈，狂遊嬉戲，」以為「刑餘不宜近至尊，而況天神饗祀之地？請下所司論治。」這是指著和尚罵禿，魏忠賢大怒。侯執蒲見機，辭官而歸。在朝時，陳貞慧的父親陳於庭，當吏部左侍郎，與東林鉅頭高攀龍、趙南星，並負天下重望，對侯執蒲頗有照應；所以侯陳兩家，算起來是三代四輩的交情。
侯執蒲有子五人，長子即是侯方域的父親侯恂，以進士為言官。天啟四年閹黨大攻東林時落職而歸。崇禎元年復起，由廣西道御史轉太僕寺少卿，擢兵部右侍郎，為時不過兩年。崇禎三年出駐昌平，稱為「督治侍郎」。其時正當前一年冬天，清兵入關，直薄京城；以及袁崇煥被殺，祖大壽兵變之後，各路勤王之師雲集近畿達二十餘萬之多。負守關全責的是明末第一流人物孫承宗，但道路阻隔，指揮不靈；所以侯恂守昌平，碌碌無所表現，真是坐守而已。唯一的一件得意事，便是識拔了左良玉。侯方域《壯悔堂文集》「寧南侯傳」記左良玉遼東人，投軍以戰功得為遼東都司。有兵無餉，少不得常幹沒本錢的買賣。有一次搶了一大票，不想竟是運到錦州的餉銀，論法當斬；而同犯丘姓很夠義氣，一肩擔承，左良玉得以不死。當然，官是丟掉了。傳云：
「既失官，久之，無聊，乃走昌平軍門，求事司徒公。司徒公嘗役使之，命以行酒。冬至，宴上陵朝官，良玉夜大醉，失四金巵；旦日，謁司徒公請罪。司徒公曰：『若七尺軀，豈任典客哉？吾向誤若，非若罪也！』」
按：司徒公即謂侯恂。昌平為明十三陵所在地。侯恂的職責之一，即是守護陵寢。是故冬至朝官祭陵，侯恂以「地主」身分，設宴相待。其中最可注意的是「命以行酒」四字，其中大有文章。
明朝中葉以後，龍陽之風甚熾，軍中不攜婦人，常以面目姣好的兵卒陪酒侍寢。「行酒」二字是含蓄的說法，所以侯方域的同社文友賈開宗，於此四字之旁有夾註：「寧南出身如此。」觀下文失金酒巵以後，左良玉請罪，侯恂答覆他的話，情景自見；而孔東塘作《桃花扇》派腳色，左良玉以小生應工，可知亦有微意在內。
崇禎四年春天，清太宗製成紅衣大砲；秋天舉兵侵明，進圍大淩河新城。侯恂奉旨赴救，《寧南侯傳》記：
「榆林人尤世威者為總兵官，入見司徒公曰：『大淩河當天下勁兵處，圍不易解。世威當行，今既以護陵不可，公且遣將；誰當往者？中軍將王國靖，書生也；左右將軍更不可任。』司徒公曰：『然則誰可？』世威曰：『獨左良玉可耳！顧良玉方為走卒，奈何帥諸將？』司徒公曰：『良玉初任此，吾獨不能重良玉乎？』即夜遣世威前諭意。漏下四鼓，司徒公竟自詣良玉邸舍，請焉。
「良玉初聞世威往，以為捕之；繞床語曰：『得非丘磊事露耶？』走匿床下，世威排闥呼曰：『左將軍，富貴至矣！速命酒飲我。』引出而諭其故，良玉失色；戰慄立，移時乃定，跪世威前，世威且跪且掖起之。
「而司徒公至，乃面與期，詰旦會轅門，大集諸將，以金三千兩送良玉行，賜之巵酒三令，箭一，曰：『三巵酒者，以三軍屬將軍也！令箭，如吾自行。諸將士勉聽左將軍命，左將軍今日已為副將軍，位諸將上。吾拜官疏，夜即發矣！』
「良玉既出，以首叩轅門墀下曰：『此行倘不建功，當自刎其頭。』已而果連戰松山、杏山下；錄捷功第一，遂為總兵官。良玉自起謫校至總兵，首尾僅歲餘；年三十二。」
這段記述，稍嫌誇張，而大致皆為事實。自此以後，左良玉成為動關安危的大將。而侯恂的仕途亦很得意，崇禎六年五月，調升為戶部尚書。侯方域進京侍父，即在此時。其時年十六，已中了秀才，也娶了親。第二年，代父草擬屯田奏議，計分官屯、軍屯、兵屯、民屯、商屯，腹屯、邊屯、墾種、考課、信任等十目，洋洋萬言，條暢練達，期於可行。但此時大局已成鼎沸魚爛之勢，民間有「田」字詩，所謂「昔為富之基，今成累字頭」，有田者寧願流離道途，乞討為生，不願回鄉耕種，藉以逃避「加派」。在這種情況下談屯墾，無異紙上談兵。此奏上否不可知；即上亦不能行，可為斷言。但以十七歲的少年，能草成這樣的大文字，雖說是在侯恂指導之下所完稿，亦是一件了不起的事。明末四公子中，侯方域頗留意經濟政事，有用世之志；卻以生不逢辰，英才無由得展。以小見大，侯方域個人的悲劇，亦正是時代的悲劇。
當侯恂就事一個月之後，首輔周延儒為溫體仁所排擠而去官。不過溫體仁雖取代為首輔，猶不敢彰明較著與東林、復社為難，所以侯恂亦得安於其位。
到了崇禎九年，東林健者文震孟被排擠罷相以後，溫體仁羽毛已豐，職掌度支的侯恂乃為體仁唆使言官奏劾糜餉，被捕下獄，直到崇禎十四年方始出獄。
侯恂明史無傳，他的落職獲罪，繫獄五年之久，始末如何，侯方域詩文中皆未提及。所謂「糜餉」，或非虛誣。
侯方域初到金陵在崇禎十一年。南歸的原因是在應鄉試。第二年方始結識李香君。侯方域《李姬傳》：
「李姬者，名香，母曰貞麗。貞麗有俠氣，嘗一夜博，輸千金立盡。所交接皆當世豪傑；尤與陽羨陳貞慧善。姬為其養女，亦俠而慧，略知書，能辨別士大夫賢否。張學士溥、夏吏部允彝急稱之。少，風調皎爽不群，十三歲，從吳人周如松受歌《玉茗堂四傳奇》，皆能盡其音節；尤工琵琶詞，然不輕發也。
「雪苑侯生，己卯來金陵，與相識。姬嘗邀侯生為詩，而自歌以償之。初，皖人阮大鋮者，以阿附魏忠賢論城旦，屏居金陵，為清議所斥；陽羨陳貞慧，貴池吳應箕，實首其事，持之力。大鋮不得已，欲侯生為解之；乃假所善王將軍日載酒食，與侯生游。姬曰：『王將軍貧，非結客者，公子盍叩之。』侯生三問，將軍乃屏人述大鋮意。姬私語侯生曰：『妾少從母識陽羨君，其人有高義；聞吳君尤錚錚。今皆與公子善，奈何以阮公負至交乎？且以公子之世望，安事阮公？公子讀萬卷書，所見豈後於賤妾耶？』侯生大呼稱善，醉而臥。王將軍者，殊怏怏，因辭去不復通。
「未幾，侯生下第，姬置酒桃葉渡，歌琵琶詞以送之。曰：『公子才名文藻，雅不減中郎；中郎學不補行，今琵琶所傳詞固妄，然嘗昵董卓，不可掩也。公子豪邁不羈，又失意，此去相見未可期，願終自愛，無忘妾所歌琵琶詞也。妾亦不復歌矣！』侯生去後，而故開府田仰者，以金三百鍰邀姬一見；姬固卻之。開府慚且怒，思有以中傷姬。姬嘆曰：『田公寧異於阮公乎？吾向之所贊於侯公子者謂何？今乃利其金而赴之，是妾賣公子矣！』卒不往。」
李貞麗為陳貞慧所眷，亦見余淡心《板橋雜記》。可以猜想得到，侯方域之結識李香君，是從陳貞慧同遊而起。至於阮大鋮原與侯家有舊，胡介祺撰《侯朝宗公子傳》云：
「大鋮僉壬凶險，顧少有俊才，其朱黨閹時，司徒公絕愛之。後以身陷大逆，見擯君子，猶欲以世講之誼，與公子通殷勤，且欲藉公子以解於四公子之徒，公子拒之峻。」
侯方域本人有《癸未去金陵日與阮光祿書》，作於崇禎十六年左良玉打算由九江移軍金陵之前，第一段敘述彼此的淵源：
「執事，僕之父行也。神宗之末，與大人同朝，相得甚歡；其後乃有欲終事執事而不能者，執事當自追憶其故，不必僕言之也。大人削官歸，僕時方少，每侍，未嘗不念執事之才而嗟惜彌日。」
按：此言侯恂與阮大鋮同朝，始而情誼相孚；繼而縱跡相違，則因阮大鋮投身閹黨之故。天啟年間，侯恂削職家居，而仍痛惜阮的才具，可知侯阮之間，並無私憾。
「乃僕稍長，知讀書，求友金陵，將職途，而大人送之曰：『金陵有御史成公勇者，雖於我為後進，我常心重之，汝至當以為師。又有老友，方公孔焰，汝當持刺拜於床下。』語不及執事。及至金陵，則成公已得罪去，僅見方公，而其子以智者！僕之夙交也，以此晨夕過從，執事與方公同為父行，理當謁，然而不敢者，執事當自追憶其故，不必僕言之也。」
按：成勇天啟五年進士。崇禎十年行取為南京吏部主事，後改御史。崇禎十一年九月以劾楊嗣昌「入樞兩年，一籌莫展」而革職充軍。於此可知，侯方域初到金陵，在此年九月以後。
方以智的父親方孔，其時新奉復起之命，以右僉都御史巡撫湖廣。此時當因長江上游，群盜蠭起，道路阻隔，尚未赴任。
「晨夕過