果然，第二天慈禧太后召見醇王，面諭鐵路停辦。醇王亦宛轉上言，代為乞恩，保全老臣的體面。慈禧太后本有向李鴻章示惠之意，自然樂從。
因此，儘管有人頌揚皇太后聖明，面諭醇王停辦鐵路，李鴻章由於軍機否認此說，所以照常備妥圖說，送請軍機處呈遞御前。接著便發了廷寄，說李鴻章建議「試辦阿城至臨清鐵路為南北大道樞紐，阿城臨清二處，各造倉廒數所，以備儲米候運等語，所陳係為運糧起見，不無可采。」以下就用孫毓汶的見解，近黃河一帶的鐵路，是否會被大水沖刷，不可不預為籌計，責成崧駿、陳士傑及河道總督成孚，派人詳細勘查，據實復奏。最後特別告誡：「其建設倉廒及轉運應辦事宜，著按照所陳各節，悉心會商，妥為籌議，一併迅速奏聞。」
這道上諭還算切實，李鴻章相當滿意。復奏如何，自然影響成敗，而陳士傑雖不和睦，所好的是掌握關鍵的崧駿，未調漕督以前是直隸藩司，平日書信往來，稱之為「弟」，是這樣不同泛泛的關係，李鴻章便有把握，崧駿一定會附和其議，力贊其成。
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同一天還有一道緊要上諭，就是設立海軍衙門，為預先所計議的，特派醇王總理海軍事務，「所有沿海水師，悉歸節制調遣」。
在醇王總理之下，有兩會辦、兩幫辦，滿漢各半。會辦是奕劻與李鴻章，幫辦是正行旗漢軍都統善慶與還在倫敦、尚未交卸出使大臣職務的兵部右侍郎曾紀澤。懿旨中又特別宣示：北洋精練海軍一支，著李鴻章專司其事。
上諭一下，李鴻章第一件事是呈遞謝恩摺子，同時也要預備召見。這就必得跟醇王先見一次面，估量慈禧太后可能會問到的話，商量應該如何回答。那知他未到適園，醇王先就送了信來，說這天上午，慈禧太后召見軍機，曾提到駐德使館有人來信，指控李鳳苞訂船的弊端，迫不得已，只有由總理衙門將王詠霓的來信，送交軍機呈遞。同時又面奉懿旨：
下一天召見李鴻章。
接到這個信息，李鴻章暗暗心驚。不想小小刑部主事的一封私函，竟會上達天聽，倘或因此惹起風波，陰溝裏翻了船，才是丟人的大笑話。
所幸的是，王詠霓的原信，張蔭桓已覓來一個抄本，找出來細細參詳，還有可以辯解之處，比較放心了。不過為了表示問心無愧，要出以泰然，醇王那裏，反倒不便再去，免得他疑心自己為此事去探聽口氣。因而只寫了一封回信，提到李鳳苞之事，說他亦非常詫異，如果真有弊端，李鳳苞就是辜恩溺職，應該嚴辦。
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到了宮裏，才知道內奏事處已傳懿旨：李鴻章與醇王一起召見。兩人匆匆見面，談不到幾句話，已經「叫起」了。
進殿先看慈禧太后的臉色，黃紗屏掩映之下，不甚分明，只聽得慈禧太后微微咳嗽，聲音發啞而低，李鴻章凝神靜聽，連大氣都不敢喘，真有屏營戰兢之感。
「辦海軍是一件大事。」慈禧太后閒閒發端：「史書上說的『樓船』，那能跟現在的鐵甲船比？將來等船從外洋到了，你們都該上去看一看才好。」
「是！」醇王答說：「船一到，臣就會同李鴻章去看。」
「這倒也不必忙在一時，總先要操演純熟了，才有個看頭。這三條鐵甲船，派誰管帶？」
這下該李鴻章回答了：「原有副將劉步蟾他們二十多個人，派到德國，一面照料造船工程，一面學習駕駛、修理。這一次幫同德國兵弁，駕駛回國，等他們到了大沽口，臣要詳細考查，再稟知醇親王，請旨派定管帶。」
「德國兵弁把船開到，自然要回國。咱們自己的人，接得下來，接不下來呢？」
「一時自然接不下。臣跟醇親王已經商量過，酌留德國兵弁三兩年，把他們的本事都學會了，再送他們回國。」
「可以。」慈禧太后拈起御案上的一封信，揚了一下：「有人說，鎮遠的工料不及定遠，造價反而貴了。這是怎麼說？」
「鎮遠鐵甲厚薄，一切佈置，都跟定遠一樣，不同的是，定遠水線之下，都是鋼面鐵甲，鎮遠的水線之下，參用鐵甲。這因為當時外洋鋼價，突然大漲，不能不變通辦理。當時奏明有案的。」
「濟遠呢？」慈禧太后將信往外一移，「這個王詠霓來的信，你們看看！」
於是醇王先看，看完不作聲，將信隨手遞給李鴻章，他假意看了一遍，恭恭敬敬地將原信繳呈御案，方始不慌不忙地分辯。
「王詠霓是親眼目睹，臣還沒有見過濟遠，不知道王詠霓的話，說得對不對？不過，他說濟遠不能跟定遠、鎮遠一起回國，似乎言過其實，如今濟遠已經跟定遠、鎮遠一起東來了。」
「我也覺得他的話，不免過分，可是也有說得有理的。」
「是！」李鴻章答道：「濟遠是一條快船，當時是仿英國的新樣子定造的，因為是頭一回，有些地方不大合適，臣亦早已寫信給曾紀澤，託他跟許景澄商量，新訂的兩條船，盡力修改圖樣。總之，好的地方，務必留著，不好的地方，務必改掉。」
「原該如此。不過，如今既有這麼許多毛病，只怕枝枝節節地改也改不好。七爺，你看，是不是打個電報給他們，那兩條新船先緩一緩，等事情水落石出了以後再說？」
「這，」醇王轉臉，低聲問道：「少荃你看呢？」
李鴻章想說：「兩條新船已經跟人家訂了建造合同，付過定洋。如果緩造，要賠補人家的損失，太不合算。」這幾句話已到口邊，發覺不妥，就不肯出口了。
「皇太后聖明，理當遵諭辦理。」
「那就這樣辦了。」醇王答說，「臣回頭就發電。」
「李鳳苞這個人，」慈禧太后看著李鴻章問，「他是甚麼出身？」
「他是江蘇崇明的生員——。」
李鴻章奏報李鳳苞的簡歷：此人精於歷算測繪之學，為以前的江蘇巡撫丁日昌所賞識，替他捐了個道員，派在江南製造局當差。曾主辦吳淞炮台，繪製地球全圖，還譯過許多聲光化電之書，在洋務方面頗有勞績。
光緒元年丁日昌當福建巡撫，兼充船政大臣，特地調李鳳苞為船政局總考工。以後遣派水師學生留學，由李鳳苞充任監督，帶領出洋。
光緒四年繼劉錫鴻為駐德國使臣，以迄於今。
「李鳳苞對造船，原是內行，而且在外洋多年，洞悉洋人本性。不過，臣與他本無淵源，只覺得他很幹練，操守亦還可信。而況他是朝廷駐德的使臣，這幾年既然向德國訂造鐵甲船，臣自然委託他經理。」
這是李鴻章為自己開脫責任。慈禧太后懂他的意思，點頭說道：「原不與你相干。將來等船到了，有沒有像王詠霓所說的那些情弊，當然要切切實實查一查。你也不必迴護他。」
最後這句話頗見份量。李鴻章誠惶誠恐地答道：「臣不敢！」
「七爺！」慈禧太后遂即吩咐：「你就傳話給軍機擬旨吧！你一個，李鴻章一個，」她想了一下又說：「再派奕劻。就是你們三個，會同去查。」
這重公案，到此算是有了處理的辦法。雖然面子上不甚好看，但還算是不幸中的大幸，因為醇王與奕劻都可以講得通。倘或交都察院或者兵部，甚至刑部查辦，要想大事化小，小事化無就不容易了。
「李鴻章！」慈禧太后談到一件耿耿於懷的事，「蠶池口的天主教堂，那麼高！西苑的動靜，都在洋人眼裏了。實在不大妥當。六月裏，神機營找過一個英國人，他上了一個條陳，說有法子讓他們遷走。這件事別人辦不了，你得好好費心。」
李鴻章在天津就聽說過此事，料知責無旁貸，也約略思量過應付之道，此時自然毫不遲疑地應承：「皇太后請放心！臣盡力去辦，辦妥為止。」
這個答覆簡捷痛快，慈禧太后深為滿意，轉臉對醇王說道：「你就把那個條陳交給李鴻章吧！」
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等李鴻章回到賢良寺，總理衙門已將條陳送到。上條陳的英國人叫敦約翰，十年前曾由英國公使威妥瑪介紹，與李鴻章見過一面。在他的印象中，此人謹慎能幹，頗可信賴。因此，李鴻章對他的條陳，相當重視，急著要看。
原本是英文，由北洋衙門的洋務委員伍廷芳，連夜趕譯成中文。接著便將敦約翰約了來，當面商談。
「你為北堂所上的條陳，我已經看到了。今天要跟你細細請教。」
等伍廷芳譯述了李鴻章的話，敦約翰答道：「神機營有個姓恩的道員，是我的朋友，他來跟我說：北堂建在內城，鄰近宮殿，大不相宜，能不能把這個教堂拆掉？我告訴他說，拆教堂這件事，褻瀆宗教，是極大的忌諱，切不可魯莽。他請我想辦法，我考慮了好久，認為只有一個辦法或者可行，就是在京城裏，另外找一處大小相稱的地方，照北堂原來的規模，新造一所教堂，作為交換