一夜過去，長門炮台傳來捷報，有兩艘法國兵艦進口，讓穆圖善打傷了一艘。他原駐離長門二十里的連江縣，從前天下午起，已移駐長門。法國兵艦雖然進出頻繁，無奈炮口不能移動，而法國兵艦已經窺知底蘊，測量射程，改變航向，可以很輕易地避開炮火，所以能守株待兔打傷它那麼一條船，說來還著實難能可貴。
但是，沿岸其他各處炮台，卻幾乎為法國兵艦掃蕩無餘。守台官兵，望風而遁，因而法軍可以派兵上岸，用烈性的腐蝕劑，灌入炮口，毀壞炮身。
然而有一點是可以確定的，法軍始終不敢登陸。因此，張佩綸和何璟都敢露面了，兩人在瘡痍滿目的船局見面，商量出奏。
奏稿是何璟帶了來的，大意是說，法軍曾經登陸，大敗而遁，惜乎水師挫敗。這表示陸路有功，水上失利，換句話說：何璟以總督的身分，掌理全省兵馬，不辱所命，辱命的只是專責指揮水師的會辦大臣。
「我不能列銜。」張佩綸雖是敗軍之將，在何璟面前卻依然是欽差大臣的派頭，「師船既毀，炮台亦多壞了，我輩如此僨事，如果再粉飾奏報，欺罔之罪，豈復可逭？」
「那，幼翁，」何璟問道，「你說該怎麼報？」
「據實奏報。」張佩綸答說，「無論如何這段要刪掉。」
何璟想了一會說：「也好。稿子還是我去預備。」
這個會銜的奏摺，應該由將軍、總督、巡撫、會辦大臣一起奏報，輾轉會商，得要一些日子。張佩綸心想，反正責任是推不掉的，倒不如自己做得光明磊落些，接在那個自請逮治的電報之後，進一步先自陳罪狀。
於是強打精神，親自動筆，擬了個「馬尾水師失利，請旨嚴議逮問」的摺子。當然，這個摺子是決不會據實奏報的。
大致論兵力則敵強我弱，論處境則敵逸我勞，而尤其著重在雖有制勝之道，無奈事與願違，這取勝之道，就是他一再建議的「先發」。當然，他也必須反覆申述明知其不可為而為的苦心孤詣：「大致六月二十以前船略相等，而我小彼大，我脆彼堅。六月二十以後，彼合口內外，常有十二、三艘，出入活便，而我軍則止於兵船七艘，炮船兩艘。臣心以為憂，密召諸將，以兵不厭詐，水戰尤爭吸呼，欲仍行先發之計，而諸將枕戈待旦，多者四十餘日，少者亦二、三十日，均面目枯槁，憔悴可憐。加以英美來船，與法銜尾，奇謀秘策，不復可施。臣知不敵，顧求援無門，退後無路，惟與諸將以忠義相激發而已。」
這段文章，張佩綸整整推敲了一個時辰，方始覺得愜意。言內有退步，言外有餘哀，「先發」的「奇謀秘策」，明明是朝廷不準，卻絕不歸怨於朝廷，反而說將士「憔悴可憐」，不忍督責，而「英美來船」又成掣肘，無形中為朝廷不準先發的失策作開脫，當然也是為保全和局的李鴻章作開脫。然則一切的一切，自都心照不宣了。
接下來是敘開戰前的情形：
「當六月下旬，英提督晤何如璋，以調處告，稅務司賈雅格，屢函告督臣，又有英提督、英領事欲調處之說，其辭甚甘，其事則宕，臣亦知其譎詐，無如與國牽掣何？」
這是再一次提醒，非不可先發致勝，無奈英美兵艦成為投鼠欲忌之器。而提到英美調處，特為指明何如璋與「督臣」何璟，是暗中聲明，他不曾與洋人有往來，不負貽誤和局的責任。
然後就要談開戰當日的情況。這一段最難著筆，他只有含混而言：
「初一、二日大雨如注，風勢猛烈，初二子夜、初三黎明，臣屢以手書飭諸管駕，相機合力，有『初三風定，法必妄動』之語。比潮平，而法人炮聲作矣！臣一面飭陸軍整隊，並以小炮登山，與水師相應，一面升山巔觀戰。」
這一段是昧著良心說話，他根本未曾「升山巔觀戰」，所以所敘的戰況，多為耳食之言。而既升山巔，又如何下了山，就不交代了。在說明損失以後，緊接著便抒感想：
「此次法人譎詐百出，和戰無常，彼可橫行，我多顧慮，彼能約從，我少近援。一月之久，彼稔知我疆吏畛域，士卒孤疲，復乘雨後潮急，彼船得勢，違例猝發，天實為之，謂之何哉？」
這是表示形禁聲格，既非朝廷調度無方，亦非將士不能用命，從上到下，沒有人該負戰敗的責任，當然他亦不任咎戾。但這層意思，只能暗在內，在表面上，他必須自陳無狀。
就是自陳罪狀，也必得有一番怨艾之意，來佔住身分，他說：「各船軍士，鏖戰兩時，死者灰燼，存者焦傷，臣目擊情形，實為酸痛。臣甫到閩，孤拔踵至，明不足以料敵，材不足治軍，妄思以少勝多，露廠小船，圖當大敵，卒至寇增援斷，久頓兵疲。軍情瞬息千變，既牽於洋例，不能先發以踐言，復誤於陸居，不能同舟以共命，損威貽禍，罪無可辭。惟有仰懇宸斷，將臣即行革職，拿交刑部法罪，以明微臣愧悚之忱，以謝士卒死綏之慘。」
「誤於陸居」是他避重就輕的巧妙說法，因為以他的職責，等於地方官與城共存亡一樣，師船多焚，一身無恙，未免難以交代。「誤於陸居」就表示想與船同殉，亦無機會，再進一步說，倘或他是住在船上，身當前敵，親自指揮，或者不致這樣一敗塗地。錯來錯去錯在「陸居」，這個「誤」字，他自己覺得筆力千鈞，莫可移易。
文章做到這裡，已經終結，但還有奇峰突起的一段話：
「日來洋商及我軍傳說，或雲法損六船；或雲孤拔受傷已死；或雲烏波管駕已死；或雲法焚溺近三百人。要之，我軍既已大挫，彼亦應稍有死傷，傳聞異辭，即確亦不足釋恨。惟此奏就臣所目見，參以各軍稟報，不敢有一字含糊，一語粉飾，再蹈奏報不實之罪。」
這就是說，水師雖然挫敗，法軍亦有相當損傷，有過有功，原可相抵，不過他自責過甚而已。「即確亦不足釋恨」這句話，更是得意之筆，搖曳生姿，嫵媚無限。
寫完這個摺子，暫且不發，到第三天又加一個附片，專陳「陸軍接仗情形」。黃超群、方勳當時早就嚇得不敢出頭，張佩綸卻鋪敘戰功，大為誇獎：
「伏查船政露廠臨河，防護既無巨炮，曲折並無繚垣，實非可戰可守之地。此次法人以大船大炮環攻三日，我軍兵單械缺，力實難支，而黃超群等扼險堅持於炮煙彈雨之中，晝夜並不收隊，尚復出奇設伏，截殺法兵多名，卒全船廠，實非微臣意料所及。法船退後，臣查點機廠料件，偶有遺失，煙筒亦傷其二，各屋千創百孔，而大件機器猶在，船署屹然獨存，黃超群等以兵輪既挫，口不言功，惟水師之失，罪在微臣，船廠獲全，功歸陸將。」
他這樣諱敗為勝，一則是表示他與「諸將以忠義相激發」的統馭有功，再則是收買人心，好為他掩飾棄師潛逃的不堪之狀。當然，這個單銜的奏摺，他高興怎麼說，就怎麼說，可是與將軍督撫會銜的摺子不能矛盾，否則兩相參看，馬腳盡露，就變作弄巧成拙了。
因此，張佩綸又要了會銜的奏稿來，仔細檢點，並無矛盾，方始拜發了單銜的奏摺。而京中的電報已紛至沓來，指示戰守方略以外，且已明詔對法宣戰。