招商局是李鴻章假公濟私的利藪。先以「各省在滬殷商，或自置輪船，行駛各埠；或挾資本，依附西商之籍，若中國自立招商局，則各商所有輪船股本，必漸歸官局，似足順商情而強國體」為名，在同治十三年奏准「試辦」。而這年浙江漕米北運，海舶不足，由李鴻章策動浙江海運局總辦，候補知府朱其昴建議，即由未來的招商局承運浙漕二十萬石，酬庸的條件是由朱其昴籌辦招商局事宜。
設在上海的招商局，不由兩江總督或江蘇巡撫管轄，卻由北洋大臣遙制。李鴻章當然也知道此舉攬權過甚，遇到稍微厲害些的兩江督撫，一定會據理而爭。所以試辦之初，特為聲明：「所有盈虧，全歸商認，與官無涉。」將招商局的性質確定為商辦，就當然可以拒絕任何衙門的干預。
但是招商局名為商辦，其實是官辦，戶部雖只借出制錢二十萬串，合銀六萬兩，而東南各省藩庫、海關，由於李鴻章的力量，都有「閒款」放在招商局生息，利息極薄，在七八厘之間。至於營運收入，光是漕米一項，每一石發水腳銀五錢三分一厘，一年以運漕六十萬石計，就可以坐收三十萬銀子，真正是包賺不虧的無本生意。
為了招商局的籌辦，由浙漕海運，沙船不敷應用而來，所以不得不籠絡掌管浙江海運已有十餘年的朱其昴，而李鴻章所信任的，卻是常州的一個秀才，捐班州縣分發到直隸的盛宣懷。盛宣懷又聯絡廣東一個商人唐廷樞來對抗朱其昴，李鴻章聽從盛宣懷的策劃，先奏請以唐廷樞為總辦，朱其昴為會辦，之後加委盛宣懷和徐潤為會辦，而朱其昴的胞兄朱其詔創局有功，似乎不便抹煞，為了掩人耳目，亦加派在內。招商局合計一總辦、四會辦，而實權都握在盛宣懷手中，間接也就是握在李鴻章手中。
由於招商局在營運上享有特權，所以一開辦生意就好，但亦是一開辦弊端就生，開支浮濫，冗員極多，帳目中不明不白的支出，比比皆是。好在名為商辦，任何人亦不能干涉。若想干涉，有李鴻章擋在面面，告到京裏，軍機處和總理衙門，都是李鴻章的同年沈桂芬當權，也是「內外相維」，全力彌縫，怎麼樣也不能將招商局的那筆爛帳掀開來，更不用說想掘盛宣懷的根。
不過兩三年工夫，招商局已設了十九個分局，有十艘輪船跑南北洋航線，南起香港，北至牛莊，營業鼎盛。這一來上海的洋商船公司，如太古、怡和、旗昌各洋行，不能不聯合起來排擠招商局，壓低運值，爭攬客貨。招商局為謀對抗，必須增加資本，擴大規模，正好美商旗昌銀行，經營不善，股票跌價，盛宣懷設計收買旗昌銀行，談判成功，收買旗昌洋行的輪船，作價二百萬兩，碼頭、棧房作價二十二萬兩。由李鴻章奏准，兩江撥借五十萬兩，浙口、江西、湖北共同撥借五十萬兩。在這筆交易中，盛宣懷很發了一筆財，照例的回扣以外，還「戴了帽子」。而從旗昌買來的船，計有江輪九艘、海輪七艘、小輪四艘、躉船六艘，數目雖不少，性能卻不見得好，成了招商局一個極重的包袱，每個月須虧負五六萬銀子之多。
這是光緒二年年底的事。不到一年，就有個御史上奏，指責招商局「置船過多，載貨之資，不敷經費，用人太濫，耗費日增。」
董俊翰的奏摺中又說：「招商局各輪船每屆運載漕糧之際，各上司暨官親幕友，以及同寅故舊，紛紛薦人，平時亦復絡繹不絕。至所薦之人，無非純為圖謀薪水起見，求能諳練辦公者，十不獲一，甚至官員中亦有掛名應差，身居隔省，每月支領薪水者。」這是承漕運的遺習，照例用來「調劑」候補州縣的辦法，無足為奇，只不過從無「隔省」不相干的人，亦可「掛名應差」。這所謂「隔省」就是指直隸而言。
這個奏摺，措詞不算峻厲，但按常規，理應查辦，卻由於沈桂芬的斡旋，只命南北洋大臣通盤籌劃，認真整頓。這反倒給了李鴻章一個機會，明裏張大其詞，說英商太古洋行如何「跌價傾軋」，暗中承認購自旗昌洋行的輪船「年久朽敝」，而整頓之法，主要的是各省官帑，超過「商股」將及三倍的一百九十萬銀子，「緩息三年」，到光緒六年起，分五期拔本，每年繳還三十八萬兩。換句話說，是公家免息借出巨款，供盛宣懷之流的「商人」去做生意。同時還有一個附片：「請旨敕下江蘇、浙江督撫，漕米須分四五成撥給招商局輪船承運，不得短少，餘歸沙船裝載，以示體恤。此外江西、湖北採買漕米，仍照案歸局運津」。李鴻章說這些整頓辦法，「上不虧國、下不病商」。同時在摺尾聲明，這個摺子是他「主稿」。暗示招商局歸北洋所管，與南洋大臣的關係不大。
招商局那些「商總」因禍得福，而盛宣懷則更是官運亨通，補了天津道為李鴻章籌辦電報局。但是旗昌洋行一案，風風雨雨，流言始終不息，而內幕亦逐漸揭露。盛宣懷經手這筆交易，有明暗兩面的好處，明的是得回扣百分之五，暗的是旗昌經營不善，股票跌價，盛宣懷以七折收購，再由旗昌出面實足賣給招商局。明暗兩面的好處，總計百分之三十五，二百二十二萬兩銀子，有七十多萬落入盛宣懷私囊。至於李鴻章分到多少，無可究詰，只是李家在招商局有乾股，卻是盡人皆知之事。
轉眼三年已過，到了該拔本的時候，招商局的「商總」又出了花樣，以積欠旗昌洋行船價六十九萬兩，不能不先行拔還，「以免外人貽笑」的理由，請李鴻章出奏，以每年所運漕米應領水腳運費抵還。這就是說，如果各省漕米不交招商局承運，應拔官帑，即無著落。此外又有一個附片，一則說：「招商局之設，係由各商集股作本，按照貿易規程，自行經理」；再則說：「創辦之初，奏明盈虧全歸商認，與官無涉」；三則說：「商務應由商任之，不能由官任之，輪船商務，牽涉洋務更不便由官任之。」這樣反覆聲明「商辦」，就是為五年以後留餘地，只要每年有六十六萬石漕米北運，水腳運費抵還官帑，則到了光緒十年，官帑還清，整個招商局就都落入「商總」手中了。
但是到了六月間，兩江的局面有了變化，劉坤一調任江督兼南洋大臣。他是老湘軍的系統，當然不會像沈葆楨、吳元炳那樣聽李鴻章的話。於是，湘淮兩系的利益，在東南膏腴之地發生了衝突。
首先發難的是王先謙，官拜國子監祭酒，也是響噹噹的清流，奏摺之中有建言、有搏擊，筆鋒所及，盛宣懷首當其衝，王先謙替他下了八個字的考語：「營謀交通，挾詐漁利。」
「挾詐漁利」，即指收買旗昌輪船有瞞天過海的計謀在內；「營謀」當然是指百計取悅於李鴻章，得獲重用而言；「交通」二字，在這些地方常為「交通宮禁」、「交通近侍」的省略語，這倒也不是無的放矢，而且王先謙本人也牽涉任內。盛宣懷走通了李蓮英的路子，常有「孝敬」，而王先謙據說用過李蓮英的錢，人言藉藉，大損清譽，然而並不影響他彈劾盛宣懷，尤其是因為其中有整頓招商局的建議，更不能不發交南北洋大臣處理。
這是光緒六年十月底的事，沈桂芬正攬大權，因而批覆王先謙的諭旨，只令飭李鴻章和劉坤一，認真整飭。劉坤一主張徹查，李鴻章認為不必，只要分年拔還官帑一事有著落，即可奏復。正在相持不下時，除夕那天，沈桂芬一命嗚呼，等於盛宣懷失卻一座靠山，處境大為不利。
果然，只不過隔了半個月——光緒七年正月十五，劉坤一單銜復奏，說「王先謙所奏，未為無因」，指盛宣懷「蠹帑病公，多歷年所，現在乃復暗中勾串，任意妄為」，將他於「收購旗昌時每兩抽取花紅五厘，私自以七折收購旗昌股票，對換足額，以飽私囊」的內幕，和盤托出以後，嚴詞抨擊：「濫竽仕途，於招商局或隱或躍，若有若無，工於鑽營，巧於趨避，所謂狡兔三窟者！此等劣員，有同市儈，置於監司之列，實屬有玷班聯，將來假以事權，亦復何所不至？」因而請旨，「即將盛宣懷予以革職，並不準其干預招商局務」。
疆臣劾司道，很少有這樣嚴厲的措詞，只是等劉坤一來動手，為時已晚，盛宣懷已「成了氣候」。李鴻章因為一方面還要重用他來辦電報、開煤礦；一方面公私兩端都無形中受了他的挾制。私的不必說，公的上頭，李鴻章不知保過盛宣懷多少次，說他「心地忠實」，說他「志切匡時」，而結果為劉坤一罵得這等不堪，則如無一言辯解，自己又何以交代？向來保舉匪人，舉主連帶要受處分，果然盛宣懷革了職，自己亦脫不了干係。因此，李鴻章只好抹煞良心，硬起頭皮，為盛宣懷硬頂。
他是這樣為盛宣懷「辯誣」，說此人「在臣處當差有年，廉勤幹練，平日講求吏治，熟諳洋務商情，遂委以會辦之銜，往來查察。盛宣懷與臣訂明不經手銀錢。亦不領局中薪水，遇有要務，則與唐廷樞等籌商會稟。」談到旗昌一案，說是「即盛宣懷首發其議，亦於大局有功無過。況當日唐廷樞等於洋商已有成議，始邀盛宣懷由湖北前赴金陵，謁見沈葆楨。其事前之關說，事後之付價，實皆唐廷樞等主之也。」
這個奏摺實在不高明，言不順、理不直、氣不壯。收買旗昌輪船，要特地從湖北將盛宣懷邀到金陵去