被革了職的潘英章，由雲南的督撫，派人解送進京，一到就被收押，不準任何人跟他見面。但一關好幾天，並未提堂審問。這因為張之萬不如潘祖蔭那樣有魄力。期望分擔責任的人，越多越好，要求加派大員查辦。軍機處問了惇王的意思，奏請加派戶部尚書閻敬銘，刑部左侍郎薛允升會同辦理，因而耽誤了下來。
當然，審問潘英章，並不需他們親自到堂，各派親信司官，連同趙舒翹，一共是五個人會審。
「潘英章！」趙舒翹問道：「你跟崔尊彝等人，是何關係，先說一說。我可告訴你，你是革了職的，不說實話，就會自討苦吃。」
在用刑的威脅之下，潘英章非常知趣，「我一定說實話。崔尊彝是雲南善後局總辦，同官一省，向來交好，周瑞清是世交。」他說，「龍繼棟原是我當知縣的時候的幕友，知縣交代，虧空了一筆公款，是龍繼棟拿他的住屋借了給我抵債的。」
「李郁華呢？」
「李郁華到雲南做過考官，因為是同鄉，彼此有過往來。」
「你跟崔尊彝是怎麼起意，進京來遊說雲南報銷案的？」
「崔尊彝為報銷案很著急，急於了結以後，預備辭官回家。去年我補了永昌府，奉旨進京引見，崔尊彝亦要進京，當時便託我替他幫忙，找周瑞清託戶部司員代辦，較為省事。這完全是因為怕戶部書辦有意刁難的緣故。」
問到這裡，趙舒翹先看一看由順天祥、百川通兩家查出來的帳目，記明崔尊彝由雲南匯到京裏的銀子是十八萬五千兩，另外借用順天祥兩萬八千兩，總數二十一萬三千兩。這筆巨款的來路去向，一直不明，此刻弄清楚了潘英章的人事關係，便得從這裡入手，查問究竟，案情就容易清楚了。
於是他問：「匯到順天祥的銀兩總數，你知道不知道？」
「當然知道，共計十八萬五千兩，公款只有十萬七千六百兩——。」
這筆公款是預備辦報銷津貼部裏用的，此外有崔尊彝、潘英章私人的款子，以及代雲南官員匯到京裏的私款，總計十八萬五千兩。編列三個字號：福、恆、裕。如果是公款開支，便用「福記」名下的存款，而這個戶頭，最初只支用了五萬兩。
「到京以後，我就找周瑞清談報銷的事，周瑞清不願意管，再三懇求，他才答應——。」潘英章彷彿有些礙口似的，停了下來。
「答應了怎麼樣？」
潘英章想了一會，終於老實招供，「周瑞清到戶部去打聽，這個案子歸雲南司主稿孫家穆承辦。正好龍繼棟跟孫家穆同司，所以託他跟孫家穆去商量，講定津貼八萬兩，先付五萬。後來在周家付了孫家穆四萬五，餘款——。」
「慢點！」會審的沈家本打斷他的話問：「說定五萬，怎麼又變了四萬五？」
「是這樣的，」潘英章很吃力地說，「我請周瑞清扣下五千兩，等到兵、工兩部議准，手續都清楚了以後再付。」
「那麼，其餘的三萬兩呢？」
「其餘三萬兩，等崔尊彝到京，結案以後自己付。」
「既然這樣，扣下五千兩在情理上就不通了。如果你認為孫家穆沒有辦妥，兵、工兩部未曾議准，可以扣住那三萬兩不給，為甚麼先扣五千兩？」沈家本問道，「你想想看，是不是情理不通？」
他問得含蓄，趙舒翹卻是直揭其隱，「這五千兩，」他問，「是不是給周瑞清的酬勞？」
潘英章早就在路上便接到警告了，千萬不能牽涉到周瑞清跟他以上的人物，所以用斬釘截鐵的聲音答道：「決不是！」
「然則所為何來？好了，這話暫且也不問你。」趙舒翹說：
「你再往下講。」
「到後來我就不大問到這件事了，一來要忙著引見，二來，水土不服、身子不爽，一直在龍家養病。」
「龍繼棟也用過百川通的銀票，是你送他不是？」
「不是！」潘英章說，「我自己有一萬銀子，劃出五千給龍繼棟，是還他的房價。另外送了四百兩銀子，是津貼他的飯食，送他老太太的壽禮。」
「李郁華呢？有沒有幫著你遊說？」
李郁華是個不能「共事」的人，潘英章一到京，跟周瑞清和龍繼棟談起雲南報銷案時，就受到過警告。此時老實答供，同時又說：「李郁華曾經一再問起，我也不敢冷落他，所以拿崔尊彝託買東西這件事，轉託李郁華去辦。」
「這是甚麼意思呢？」
潘英章苦笑不答。其實這是無須問得的，當然是藉此「調劑」之意，要問的是，李郁華得了多少「好處」？
「託李郁華買的甚麼東西？」
「是人參、鹿茸這些珍貴藥材。」
「交給他多少錢？」
「是——，」潘英章想了想說，「兩千五百多兩銀子，細數記不得了，是開了單子買的。」
「李郁華是不是照單子買了？」沈家本問。
「大致照單子的。」潘英章說，「有些東西買不到，或者貨色不好沒有買。一共買了兩千一百多兩銀子。」
「這就是說，多下四百兩銀子，可曾繳回？」
潘英章遲疑了一會才答：「送給他了。」
問官相視而笑，又彼此小聲商量了一下，由剛毅問道：
「你將你替崔尊彝經手的帳目，說一遍看。」
「是！」潘英章眨著眼思索了好一會，很謹慎地答說：「備用報銷銀一共十萬七千六百兩，我代崔尊彝買東西，花了九千四百多兩，餘下一萬五千八百多，交給他本人了。」
「那十萬七千六百兩，是雲南的公款？」
「是的。」
「這一說，除掉部費八萬兩，餘下的兩萬七千六百兩，是崔尊彝挪用了？」
沈家本的這一問，分清了眉目，略有倦意的問官，無不精神一振，凝視著潘英章，要看他怎麼說？
潘英章有些緊張，結結巴巴地回答：「這，這也可以這麼說。」
「甚麼叫『也可以這麼說』？事實俱在！現在我們替崔尊彝算筆帳看，他自己私項是三萬二千兩，借用順天祥兩萬八千兩。就是六萬，再挪用公款兩萬七千六百兩，總共八萬七千六！」沈家本提高聲音問道：「一個道員進京引見，何致於用到這麼多錢？」
翻來覆去的盤問，問到這一句上，才是擊中要害。但問官的想法不同，有人求水落石出，有人講「就事論事」，趙舒翹感念潘祖蔭在王樹汶這一案上的自悔魯莽，歉然謝過，因而對他在雲南報銷案上所持的「完贓減罪」，不事苟求的宗旨，覺得應該做到「不為已甚」這句話。而此時正是他該執持宗旨的時候。
於是，他先咳嗽一聲，意示他有話要說，接著看一看左右，是打個招呼，等於在說：「稍安毋躁，且等我說完。」
未說之前，先看一看潘英章的神態。他眨著眼，凝望著磚地，顯得非常用心的樣子，此時只要一聲斷喝，便可以教他張皇失措，但趙舒翹不願意這麼做。
草草問了幾句，吩咐還押，接下來便是提審孫家穆。潘英章未到案以前，都推得一乾二淨，此刻人證俱在，無可抵賴，他見風使舵，覺得不如和盤托出，一則見得誠實不欺，再則責任分開來擔負，罪名可減，所以一堂下來，案情縱非水落石出，大致也都明白了。
當然，周瑞清是個關係特殊重要的人物，孫家穆只管在報銷上替崔尊彝彌縫，他所收的四萬五千銀子，都分了給本司的官吏，與堂官無涉。如說王文韶、景廉受賂巨萬，當然是周瑞清過付。但是，牽涉到一二品大員，非司官所能訊問，因而在眼前，要問他的，也只是如何在崔尊彝、孫家穆之間說合而已。
他的供詞與潘英章的話無甚出入，問到應付五萬，何以只付四萬五，為何留下五千？他卻說不出一個究竟。只表示那五千兩銀子，一直未曾動用，仍舊存在順天祥，便是他未曾受過任何「好處」的明證。
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案子辦到這裡，分開兩部分在「追」，明的是追人追贓，照孫家穆所供，凡曾分到錢的官員，是奏請解任或革職，到案應訊，書辦則由步軍統領衙門，派兵逮捕。有的逃掉、有的畏罪自盡、有的心驚肉跳，但也頗有人鼓掌稱快，認為經此雷厲風行的一番整頓，官場風氣，將可丕然一變。
暗的部分是重新調集順天祥、百川通的帳簿，清查崔尊彝的收支，要想揭開一個疑團：何以他進京一趟，要用掉八萬多兩銀子。
盈千上萬的進出，自然用的是銀票。由崔尊彝寫條子通知順天祥、百川通開票，而銀票承兌，大致亦可查明來龍去脈，銀樓、綢緞鋪、藥店，都有他們往來相熟的銀號代為兌過崔尊彝所開的票子。一筆一筆追根到底，連崔尊彝花在「八大胡同」的纏頭之資，亦很清楚，這樣結算下來，有著落的花銷，總計是五萬三千多，還有三萬四千多銀子，不知去向。
「這用到那裏去了呢？」沈家本向問官表示看法：「三萬四千多銀子，不是一個小數，總要有個交代。不然——。」
不然如何呢？他雖未說，大家亦都瞭解，言官未見得肯默爾以息。
「再