從中午審到晚上，商人也好，戶部的書辦也好，都是支吾其詞，始終不肯透露實情，秋審處的總辦，主審本案的剛毅相當焦急。
「堂上一直在催！」他跟他的同僚說，「上諭上『定須究出實情』這句話，得有交代，我看，只好動刑了。」
刑部司官問案，重在推求案情，難得用刑，但這一案情況特殊，大家都覺得剛毅的辦法亦未嘗不可，只有另一個總辦沈家本，態度比較緩和。
「那些票號掌櫃，戶部書辦，平日起居豪奢，何嘗吃過苦頭？只要嚇一嚇他們就行了。」沈家本說，「能不動刑，最好不動。」
「你倒試試看！」剛毅不以為然，「我原來也是這麼想，無奈民性刁頑，真是不到黃河心不死。明天一定得有個結果，此案千目所視，刑部不能丟面子。」
於是第二天問案的情形就不同了，傳了提牢廳的差役伺候著。將人犯帶上堂來，剛毅先提警告，倘有人不說實話，自己皮肉受苦。接著便從商人王敬臣問起。
「王敬臣，你開票號，豈有不知同行例規的道理？凡是捐官上兌，請誥封之類的，應納官項，向例都由票號經手代辦。你們跟六部書辦，都有往來，外省官員匯到票號的銀子，用到甚麼地方，那有不曉得的道理？你說，雲南匯來的銀子，是怎麼支出去的？」
「回老爺的話，實在不知道。」
「還說不知道！」剛毅大怒，使勁拍著桌子說：「我教你知道！掌嘴！五十。」
「喳！」值堂差役齊聲答應。
其中一個右手套著皮掌，踏上前來，對準王敬臣的臉就抽，左右開弓，手法極其熟練。王敬臣「嘩嘩」大叫，抽不到十下，就打落了兩個牙齒，滿嘴是血。
「我招，我招！」
只要犯人一說「招」，行刑的就得住手，不然便有處分，但其中當然也有出入。王敬臣為人吝嗇，從吃上官司，一個小錢都不肯花，差役恨他，所以「招」字已經出口，還使勁抽了他一巴掌，將門牙都打掉了。
這一下識得厲害，王敬臣比較老實了，說聽潘英章談過，雲南匯來的銀子，是辦報銷用的。崔尊彝到京以後，曾經有兩封給周瑞清的信，是由他鋪子裏的夥計送去的。
「信上說些甚麼？」
「回老爺的話，信是封口的。」
剛毅自己也發覺了，這話問得多餘，便又喝道：「還有甚麼話？一起說了，省得費事。」
「小的不敢隱瞞，就是這些話。」
看樣子，也就是如此了。剛毅吩咐押下王敬臣，另問戶部跟工部的書辦。
這些人就不如王敬臣那樣老實，熬刑不招。剛毅自覺刑部司官，須格外講法，不便動用大刑，只好改換方式，請沈家本用水磨功夫去套問。
旁敲側擊，一層一層慢慢往裏逼，總算從戶部書辦褚世亨口中套出幾句話，雲南報銷案是雲南司一張一盧兩書辦擬的稿，派辦處一陳一沈兩書辦經手覆核以後，才送上司官，轉呈堂官畫的稿。
所獲雖不多，無論如何是抓著了線索。剛毅當面向堂官細陳經過，決定採取穩健而不放鬆的宗旨，即刻行文戶部，將張、盧、陳、沈四書辦「嚴密查傳，迅予咨復。」
覆文很快地就到了，說這四個書辦都傳不到，已經奏請捉拿。
「這太不成話了！」潘祖蔭很生氣，「奉了旨就咨戶部，請他們看管書辦，結果還是讓他們逃走。這算怎麼回事？」
「回大人的話，」剛毅答道：「這明明是有意縱放，正見得畏罪情虛。大可嚴參。」
「參是要參的，案子還是要辦，只是線索中斷，如之奈何？」
「不要緊，還有周瑞清一條線索。」
於是據實奏陳，指責戶部雲南司司官「難保無知情故縱情弊」，除查取職名飭令聽候查辦以外，周瑞清既曾與崔尊彝通信，則洪良品所參，並非無因。只是周瑞清為三品大員，未經解任，不便傳訊，奏請飭令周瑞清將崔尊彝的原信呈案，以便查核。
此奏一上，不但照準，而且因為周瑞清既有接受崔尊彝信函情事，特命「解任聽候傳質」。這一下顯得案子又擴大了，不過周瑞清倒還沉著，看到上諭，首先就派聽差當「抱告」，拿了崔尊彝的兩封信呈上刑部。
信裏不過泛泛通候之語，於案情無關。剛毅看完了，往桌上一丟，冷笑著說：「這又何足為憑？崔尊彝給他的信，當然很多，隨意找兩封不關痛癢的送來，以為可以搪塞得過去，這不太拿人當傻小子了嗎？」
因為有此反感，他「一朝權在手，便把令來行」，派一官兩役去傳周瑞清。
「這就不對了，上諭是『聽候傳質』，質者對質，是跟崔潘二人對質，此刻怎麼可以傳我？」
「是跟王敬臣對質。」派去的「七品小京官」說話也很厲害，「上諭並未明指跟崔、潘對質。請吧，『是福不是禍，是禍逃不過。』」
周瑞清無奈，只得乖乖地跟著走。
不過，周瑞清到底只是解任，並非革職，所以刑部司官亦不敢過分難為他，邀到部裏，以禮相見，圍著一張圓桌相談，就算是「傳質」了。
問話的三個人，預先作過一番商議，不必問崔、潘賄託之事，就問了他也決不肯說，不如側面探詢他跟崔、潘的交情，或者蛛絲馬跡，有助於案情的瞭解。
這樣，問話的語氣恰如閒談交遊。周瑞清字鑒湖，便稱他「鑒翁」，鑒翁長，鑒翁短，相當客氣，周瑞清亦就不能不據實相告。他說他與潘英章一向熟識，跟崔尊彝在以前沒有見過面。只因他有個捐班知縣的侄子，分發雲南，跟崔尊彝一起在軍營裏當差，交情很好。他的侄子在雲南因為水土不服而得病，全虧崔尊彝盡心照料，所以他亦很感激其人。
光緒元年開恩科，周瑞清放了江南的主考，取中的舉人中，有一個崔應科，是崔尊彝的堂弟，加上了這一層淵源，才通信認為世交，崔尊彝的信中，稱他為「世丈」的由來在此。他亦承認，崔尊彝對這位「世丈」，常有接濟，但小軍機無不如此，逢年過節都有外官的饋贈，無足為奇。
「鑒翁，」沈家本問道，「有件事，不知有所聞否？聽說潘道由昆明進京的時候，就不打算再回雲南了，在雲南的產業都已處置淨盡，一家十三口靈柩，亦都盤回安徽。」
「這倒不甚清楚。」
「據安徽奏報，潘道至今未歸，他是六月底出京的，現在九月初，計算途程，早該回家。不知道他逗留在那裏？」沈家本緊接著說：「鑒翁跟他至好，自然有書信往來，可能見告？」
周瑞清想了一下答道：「我沒有接到過他的信。不過他一家十三口靈柩，都寄停在荊州，或者因為迂道湖北，耽誤了歸程，亦未可知。」
這話就頗為可疑，話鋒中聽得出來，崔尊彝的行蹤，他是知道的。不過，既然他不肯承認，亦就無可究詰，很禮貌地將他送了回去。
※※※
案子擱淺了。整個關鍵在崔尊彝和潘英章身上，這兩個人不到案，就是將在逃的書辦抓到了，依然無用，因為沒有對證，便可抵賴。
就在這個時候，剛毅升了官，外放為廣東的一個好缺，潮嘉惠道。潘祖蔭指派趙舒翹接手，主辦本案。他手裏原有件王樹汶的案子，因為塗宗瀛調職，接任河南巡撫的李鶴年，聽信任愷的話，力主維持原讞，河南京官大譁，言官紛紛上奏指摘，彈劾李鶴年包庇任愷，因而又指派河道總督梅啟照複審。而梅啟照居然又跟當年楊乃武一案中的胡瑞瀾一樣，站在巡撫這一面。所以趙舒翹建議堂官，由刑部提審，估計全案人犯解到，總在年底。有此一段空閒的工夫，正好接辦本案。
閱過全卷以後，他提出一個看法，認為正本清源，先要就事論事，查核雲南報銷案中，那一項可以報銷，那一項不可以報銷？
潘祖蔭認為這話很有道理，並且引伸他的看法，確定了辦理此案的宗旨，將案內所有涉嫌人犯匯齊。審訊對質，要問枉法不枉法，當以應銷不應銷為斷。
於是傳訊戶部及工部的承辦雲南報銷案的司官，各遞「親供」。有的說：「軍需用款，均按照同治十二年前成案辦理」；有的說：「查照咸豐年間例案核辦」；有的說：「遵照同治九年奏定章程核銷」，各人一個說法，各人一個根據，紛歧疊出而語焉不詳，刑部只知道其中必有毛病，卻不知毛病何在？
這就只有一個辦法了，奏請飭下戶部、工部堂官，指派幹練的司官秉公核算，一時帳簿紛繁，算盤滴答，刑部大堂，熱鬧非凡。
這一來，王文韶裝聾作啞就有裝不下去之勢了，因為說他受賄巨萬，他可以表示清者自清，濁者自濁，總有水落石出的一天，所以越泰然便越顯得問心無愧。但在他署理戶部尚書任內，已經核銷結束的案子，奉旨重新核算，便無異朝廷明白宣告：王文韶不可信任。
不但他自己如此想法，清流也在等候這樣一個時機。自然又是張佩綸動手，等慈禧太后萬壽一過，便上了一個「請飭樞臣引嫌乞養，以肅政體而安聖心」的摺子，將王文韶貶得一文不值，說他「即無穢跡，本亦常才，就令伴食中書