就為的閻敬銘整頓積弊，戶部的許多黑幕，逐漸被掀了起來，最駭人聽聞的是以戶部侍郎署理尚書的王文韶和另一名軍機大臣，牽涉在一樁報銷案內，傳聞納了巨賄。
這樁報銷案，屬於邊遠省分的雲南。向來軍費報銷，是戶部司官與書辦的生財大道。雲南的報銷案在上年年底就已經發動，派出糧道崔尊彝和永昌府潘英軍，攜帶巨資，來京打點。走的是太常寺正卿周瑞清的路了。
周瑞清是軍機章京，為他向王文韶、景廉遊說。時機甚巧，「董太師」為張佩綸一道彈章，在京察案中刷了下來，王文韶署理部務，大權在握，足可了事。但戶部書辦要十三萬銀子，講價講不下來的當兒，閻敬銘快將到京，怕他不受賂遺，公事公辦，所以戶部書辦讓步，以八萬兩銀子了結。
凡是軍費報銷案子，雖由戶部主管司承辦，但一定要知會兵部和工部，牽涉既廣，難包內幕不會洩露，倘或說了無用，則徒然結怨，不過私下誹薄嘆息而已。如今閻敬銘大刀闊斧在整頓，便有熱心的人揭露弊端。消息傳到御史陳啟泰耳中，多方打聽，人言鑿鑿，便上了一道奏摺，指參周瑞清，而且說明存銀處所，語氣中也關連到戶部堂官，自然不能不辦。
但是，查辦的諭旨，十分簡單，只說：
「御史陳啟泰奏：太常寺卿周瑞清包攬雲南報銷，經該省糧道崔尊彝，永昌府知府潘英章來京匯兌銀兩，賄託關說等語，著派麟書、潘祖蔭確切查明，據實具奏。」
不提王文韶和景廉，同時只指派刑部滿漢兩尚書查辦，知道內幕的人心裡有數，王文韶和景廉是軍機大臣，當然要先作回護之計，所以只當作通常弊案，輕描淡寫。清流中人，雖然寶廷和陳寶琛已放了福建和江西的鄉試考官，去掉了兩枝健筆，但張佩綸、鄧承修，以及後起之秀的盛昱，都在京內，大為不滿，私下表示，倘或刑部不能秉公查辦，就連麟書和潘祖蔭一起參。
麟書聽得這話，大起恐慌，潘祖蔭卻相當沉著，抱定按部就班、公事公辦的宗旨，首先就指派司官去打聽雲南糧道崔尊彝和永昌府知府潘英章的下落。
這要找吏部，因為崔尊彝和潘英章都是升了官進京引見的，潘英章是在上年九月裏到京的，引見過後，十月中旬「驗放」，過了兩個月領到「部照」，應該早就回雲南永昌府上任去了。
崔尊彝原來是個補道，分發雲南，派充「善後局總辦」，也就是雲南軍務的後路糧台，軍費報銷正該由他主辦。他是這年春天放的糧道，進京引見以後，六月初十「驗放」，十二天以後就領到了「部照」，卻不回雲南到任，請假回安徽原籍掃墓。
「這就有毛病了。」麟書對潘祖蔭說，「閻丹翁是五月裏到任的，不久就有雲南報銷案的傳聞。崔尊彝是案內主角，十二天拿到部照，快得出奇，且又請假回籍，這明明是聽得風聲不妙，有意避開。」
「這話不錯。不過，我們該按規矩辦，逃得了和尚逃不了廟，回籍也好，赴任也好，只要案子裏要傳他，盡可行文該管省分辦理，這不必擔心，現在要防商人逃走，先動手要緊。」
於是即時知會步軍統領衙門，去抓兩個人，一個順天祥匯兌莊的掌櫃王敬臣，一個是乾盛亨匯兌局的掌櫃閻時燦，因為陳啟泰的原摺中說：崔尊彝和潘英章「匯兌銀兩」，就是由雲南匯到這兩處地方，而且存貯備用的。
王敬臣和閻時燦已經得到消息，雖感驚慌，卻並未逃走，因為一逃便是「畏罪」，再也分辯不清，所以等官差一到，泰然跟隨而去。
帶到刑部衙門，由秋審處的司官審問，因為是傳訊證人，所以便衣談話。先帶王敬臣，供稱是雲南彌勒縣人，到京已經五年，在打磨廠開設順天祥匯兌莊，專做京城與雲貴兩省的匯兌生意。
「雲南善後局崔總辦，有沒有從昆明匯款到你那裏？」
「不知道。」王敬臣答道，「小號向來照同行的規矩，認票不認人。」
「永昌府潘知府，拿票子到你那裏兌過銀子沒有？」
「有的。」
「甚麼時候？」
「從去年冬天到今年春天，陸續取用，不止一次。」
「一共幾次，總數多少？」
「總數大概六萬多銀子，一共幾次記不得，小號有帳好查的。」
「你開個單子來。」
王敬臣退了下去開單子。趁這空隙提閻時燦，他是山西票號發源地的平遙縣人，在巾帽衚衕開設乾盛亨匯兌局。
問他的話跟問王敬臣的相同，一樣也開了單子，由昆明匯來的銀子，每處都是六萬七千兩，但崔尊彝另外在順天祥借用了兩萬八千兩。
「這樣看起來，你跟崔總辦是有交情的。」秋審處司官抓住這一點追問。
「崔總辦在雲南多年，署理過藩台，雖沒有交情，名氣是知道的。」王敬臣又說，「他借銀自然有保人，小號不怕他少。」
「保人是誰？」
「就是永昌府潘知府。」
「那麼，你怎麼又相信潘知府呢？」
「回老爺的話。」王敬臣答道，「潘知府是現任知府，『放京債』的當然相信。」
「好，我再問你，崔總辦、潘知府在你鋪子裏取了銀子，作甚麼用？」
「那就不知道了。」
問到閻時燦，也是這樣回答。京裏的匯兌莊及票號，都結交官場，凡有外官來京打點，都由他們牽線過付，崔、潘二人的銀子作何用途，決無不知之理，只是他們要推諉，無奈其何。唯有交保飭回。
這下一步，刑部六堂官的意見不同，有的主張正本清源，先傳崔尊彝、潘英章到案，弄明白了案情再說，有的卻以為不妨請旨令飭周瑞清先遞「親供」。
商量結果，讓周瑞清先遞「親供」，有許多不妥，第一，片面之詞，礙難憑信；第二，周瑞清是軍機章京，案情未明瞭以前，不宜將軍機處的人牽涉在內。因此決定奏請飭下雲南及安徽的督撫，飭令潘英章，崔尊彝「迅速來京，赴部聽候質訊。」
上諭照準，而且對太常寺卿周瑞清作了處置：「著聽候查辦，毋庸在軍機章京上行走。」
周瑞清被撤出軍機，「聽候查辦」，而且用的是明發上諭，可見得慈禧太后對這一案的態度，是要秉公辦理，不問周瑞清有何背景。因而便頗有人為王文韶擔心。
於是關於京朝大老明爭暗鬥的流言，傳說甚盛，有人說，這是李鴻藻所領導的北派，對繼承沈桂芬衣缽，在南派最得意的王文韶的打擊；有人說，董恂丟官，疑心是王文韶想奪他的戶部尚書，所以指使他的會試門生陳啟泰報復。說法不一，而都對王文韶不利。