星變帶來的憂懼不安，因為慈禧太后的「報大安」而消失了一大半，在她自己，所記得的只是「女主出政令」這句話。這一年多以來，為了中俄交涉，她抑鬱在心，積之已久，第一恨自己力不從心，其次，有孝貞慈安太后在，凡事畢竟不能獨斷獨行。如今情形完全不同了，心情暢快，意氣發舒，覺得時局雖然艱難，其實大有可為，一切只在自己的手腕。
就在這時候，接到一個密摺，是奉旨巡閱長江水師的彭玉麟，參劾兩江總督劉坤一，說他「嗜好素深，又耽逸樂，年來精神疲弱，於公事不能整頓，沿江炮台，多不可用，每一發炮，煙氣瞇目，甚或坍毀。」又說他「廣蓄姬妾，稀見賓客，且縱容家丁，收受門包，在兩廣總督任內，所築炮台，一經霪雨，盡皆坍毀。」措詞異常率直。
慈禧太后是知道彭玉麟的，賦性剛介耿直，知人論世，難免偏激，因此，她對這個奏摺上的話，不甚深信。但遇到這樣的案子，必得派大員查辦，因而發交軍機議奏。
軍機卻深感為難，仍舊只能請旨。因為查辦兩江總督，至少得派個大學士，大學士出京查案，風聲太大會影響政局的安定。而且要查的是江防，亦非深諳兵事的，不能勝任。
「最為難的是，劉坤一、彭玉麟都是朝廷倚重的大臣，人才難得，總宜保全。如果查有實據，也還罷了，倘或其中不盡不實，劉坤一必又奏劾彭玉麟，鬧成兩敗俱傷，似非保全之道。」恭王又說，「此事關係甚大，臣等不敢擅專，總得先請皇太后定下宗旨，臣等方好遵循。」
慈禧太后見恭王如此怕事，自然不滿，但細想一想，他的話亦不是全無道理，因而問道：「如果派人查辦，你們看是誰去好？」
「如果真的要查辦，自以左宗棠為宜。不過，左宗棠正請病假，天氣又熱，長途跋涉，不甚相宜。」恭王又說，「這一案，派大員出京，必定引起外間揣測，平添許多風波。臣請旨，是否可以寄信給劉坤一，讓他明白回奏。」
「那沒有用。」慈禧太后大為搖頭，「讓劉坤一回奏，當然是為他自己辯護，那時再派人去查，就不是保全之道了。我想——，」她沉吟了好一會說：「左宗棠的性情我知道，他不宜於查案，從前查辦郭嵩燾，說的話不公平。」
接著，慈禧太后指示，就派彭玉麟密查。這是辦事的創格，但細細想去，卻是極高明的一著，第一，不必特派大員出京，而彭玉麟本在江南，順便密查，不著痕跡。其次，原由彭玉麟參劾。復派彭玉麟密查，等於讓他更作詳細的報告，復奏為原奏之續，就好像不曾查辦過劉坤一。恭王認為這樣做法，最好的是，沒有奉旨查辦的第三者，將來案情或大或小，或嚴譴或保全，都可操縱自如，所以欣然承旨，由衷地頌揚聖明。
兩江的參案，未有結果，陝甘的人事卻須有所變動。曾國荃本無意去主持陝甘的軍務，而在這半年之中，不但自己體弱多病，並且家庭中連番拂逆，先是他的胞侄，曾國藩的次子紀鴻，會試屢次落第，這年五月間鬱鬱以終。接著，他自己又死了一個兒子，情懷灰惡，堅決求去。
恭王深知他的心境，已經答應讓他休息一個時期，但繼任人選頗費躊躇。左宗棠當然沒有回任的道理，就是他自己願意再度出鎮西陲，朝廷亦不會相許，因為割斷了他跟劉錦棠、張曜等人的關係，便等於變相收回兵權，不宜讓他再統舊部，形成尾大不掉的局面。但陝甘畢竟仍是湖南人的天下，所以曾國荃的繼任人選，亦必得仍是湖南人，才能籠罩得住。
這番調動，重在防務，與尋常的督撫遷調，情況不同。所以恭王事先曾與李鴻章商議，預備以劉坤一調任陝甘，丁寶楨在四川的聲名很好，應該移督兩江。空下來的四川總督一缺，照李鴻章的打算，最好讓他老兄湖廣總督李瀚章調補。丁寶楨這幾年在四川極力整頓，吏治非吳棠在日所可同日而語，稅收更有起色，光是協解北洋購置鐵甲船的鹽稅，就有三十萬兩之多，所以李瀚章如能調為川督，在李鴻章來說，公事上先就可以得心應手。
於是，不等彭玉麟奏復，恭王先就奏明慈禧太后，召劉坤一進京陛見，由彭玉麟署理兩江總督，作為一次督撫大調動的第一步。
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左宗棠一月假滿，又續假一月，這次慈禧太后批是批准了，卻是疑惑。
因此，在召見醇王時，特地問道：「最近見著了左宗棠沒有？」
「半個月前，臣去看過他。」醇王答道，「精神還不差，只是興致不好。」
「為甚麼呢？」
「大概辦事不大順手。」
慈禧想了想說：「是不是有人跟他過不去？」
這是指寶鋆，醇王不便肯定，答一聲：「皇太后聖明。」
「你倒看看他去。」慈禧太后說，「勸勸他。到底是替朝廷立過功勞的人，年紀也這麼大了，問問他自己有甚麼意思。」
醇王銜命去訪問時，左宗棠正短衣蒲扇，在家納涼。
在親貴中，醇王最看重左宗棠，他亦往往倚恃醇王作擋箭牌。所以接得門上通報，絲毫不敢怠慢，具衣冠、開中門，將貴客迎了進來，要用待親王的禮節參見，讓醇王硬攔住了。
寒暄之際，先問病情。左宗棠便滔滔不絕地，將他頭面浮腫、胸有痞塊這些毛病的由來，從頭談起。醇王一面聽、一面看，心裡在想，能這樣起勁講話，就有病也不重，便等他談得告一段落時，勸他銷假上朝。
「宗棠許國以馳驅，自然『鞠躬盡瘁，死而後已』。」他以諸葛亮自命，所以自然而然地引用了《出師表》的話，「不過，衰病侵尋，有增無減，釋杖不能疾趨，跪拜不能復起，當差的儀制尚且難得周全，其他還談得到嗎？多承王爺垂愛，一定能體諒七十老翁的苦況。等假滿以後，無論如何要請開缺、開差使。那時要請王爺在慈聖面前，代為陳明苦衷。」
「老年不宜跪拜，上朝是一大苦事，我是知道的。」醇王說道，「朝廷優禮勳臣，廟堂籌劃，倚重老成，只怕慈聖也不肯放你回山。」
「是！」左宗棠答道，「雖然開了缺，我暫時仍舊住在京裏，以備朝廷顧問。如果明後年託天之福，八方無事，那時再乞骸骨，想來亦萬無不能邀準的道理。」
看他言詞懇切，醇王認為真意已經探明。天氣這麼熱，自己固然不耐久坐，而做主人的衣冠陪客，更覺不忍，便起身告辭。第二天特為進宮請見慈禧太后，將所見所聞，據實面奏。
「左宗棠的意思我懂了，他是想開掉軍機的差使，光是當大學士。」慈禧太后說，「不過，我看他實在不宜於做京官，得找個好地方，讓他去養老。」
左宗棠將要外放，就在這一刻便決定了，但「好地方」卻一時難找。
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當劉坤一奉召到京前後，彭玉麟的復奏也到了。
非常出人意外地，彭玉麟的復奏，竟是為劉坤一多所開脫。原奏說「沿江炮台多不可用，每一發炮，煙氣瞇目，甚或坍毀」並非劉坤一的錯處，錯在兩江軍需總局坐辦趙繼元。
此人是安徽太湖人，同治二年的翰林，原是正途出身，卻在散館以後，又捐了個道員，分發江蘇。這是有道理的，因為他的妹夫就是李鴻章，這時正署理兩江總督，郎舅無迴避之例，便派了軍需總局的肥差，一直把持到如今，才為彭玉麟不顧一切地「掀」了出來：「兩江軍需總局，原係總督札委局員，會同司道主持。自趙總元入局，恃以庶常散館，捐升道員出身，又係李鴻章之妻兄，賣弄聰明，妄以知兵自許，由是局員營員派往修築者，皆惟趙繼元之言是聽。趙繼元輕前兩江總督李宗羲為不知兵，忠厚和平，事多蔑視。甚至督臣有要務札飭總局，趙繼元竟敢違抗不遵。直行己意。李宗羲旋以病告去，趙繼元更大權獨攬，目空一切。炮台坍塌、守台官屢請查看修補，皆為趙繼元蒙蔽不行。」
趙繼元如此頑劣，彭玉麟以巡閱長江水師，整頓江防的職責，曾經插手干預，但並無效果，他在奏摺中說：
「臣恐劉坤一為其所誤，力言其人不可用。劉坤一札調出局，改派總理營務，亦可謂優待之矣，而趙繼元敢於公庭大眾向該督臣力爭，仍要幫理局務。本不知兵，亦無遠識，嗜好復深，徒恃勢攬權，妄自尊大，始則自炫其長，後則自護其短，專以節省經費為口實，惑眾聽而阻群言，其意以為夷務有事，不過終歸於和，江防海防，不過粉飾外面，故一切敷衍，不求實際。其實妄費甚多，當用不用。大家皆瞻徇情面，以為局員熟手軍需，營務歸其把持。將來海疆無事，則防務徒屬虛文，一旦有事，急切難需，必至貽誤大計。夫黜陟之柄，操自朝廷，差委之權，歸於總督，臣不敢擅便。惟既有見聞，不忍瞻徇緘默，恐終掣實心辦事者之時，而無以儆局員肆妄之心。」
奏摺到達御前，慈禧太后大有警悟，李鴻章的勢力遠達兩江，是她知道的，卻想不到是這樣根深蒂固。上海的製造局、招商局、以及將要開通的上海、天津陸路電報線，都在李鴻章手裏。再加上他有這樣一個至親盤踞在兩江軍需總局，歷任總督都無奈其何，變成南北洋防