於是曾國藩派了一名戈什哈，去送程儀，兩名司官每人一百兩，這在「曾中堂」，出手已經算很闊的了。送鄭敦謹的是二百兩，附了一封曾國藩親筆寫的信，說這筆程儀，是致送同年，不是饋贈欽差，同時表明，絕非公款，是從他個人的薪給中分出來的，請鄭敦謹無論如何不可推卻，否則就是不念交情。
鄭敦謹還是「不念交情」，斷然謝絕。到了二月初六，攜帶隨從，上船回京，一路悶悶不樂，每每終宵長吁短歎。這樣到了清江浦，便得起旱換車北上，新任漕運總督張兆棟把他接到衙門裏去住，留他盤桓數日，鄭敦謹無可無不可地答應了。
不久，從江寧來的消息，鄭敦謹和曾國藩會銜的奏摺，已奉上諭批准，馬新貽「著再加恩，照陣亡例賜恤，並於江寧省城建立專祠，用示篤念藎臣，有加無已至意。」而張文祥也就在上諭到達的第二天伏法，行刑的地點在江寧城北小營，曾國藩親臨監視。兩江總督親蒞刑場，監視正法，是從未有過的事，因而引起許多揣測，說倘非如此，或者會有意想不到的變故，唯有曾國藩親臨坐鎮，才得安然無事。
鄭敦謹又聽到消息，說馬家的報復甚酷，定製了一把刀、一把鉤，交給劊子手作行刑之用。凌遲重刑，數十年難得一見，有人說只「扎八刀」，有點臠割的意思就行了，有人說要用「魚鱗剮」，一片片細切。而張文祥則是介乎其間，用定製的鉤子紮住皮肉往上一拉，快刀割切，鉤一下，割一下，自辰至未，方始完事，張文祥始終不曾出聲。
於是鄭敦謹以一種奇怪的、豁達的聲音對張兆棟說：「我的責任已了！該回去了。」
「春寒料峭，起旱苦得很，何不再玩些日子？」張兆棟說，「反正案子已了，回京覆命就晚些也不要緊。」
「我不回京。」鄭敦謹搖搖頭說，「我回家。」
張兆棟愕然，想了一下說道：「想來老前輩出京時就已請了假，順道回籍掃墓？」
「『田園將蕪胡不歸』！」鄭敦謹朗聲唸了這一句，又黯然搖頭：「九陌紅塵，目迷五色，我真的厭倦了。」
張兆棟大為詫異：「老前輩聖眷優隆，老當益壯，著實還有一番桑榆晚景，何以忽有浩然歸去之志？」
「早歸早好。」鄭敦謹說：「滌相是抽身不得，以致於不能克保全名。像我，駑馬戀棧，只恐真如滌相所說的，『名既裂矣，身敗在即！』歸去，歸去！嶽麓山下，白頭弟兄，負暄閒話，強似千里奔波來審無頭命案！」
這一說張兆棟才知是為馬新貽一案，受了委屈，先還當他是發發牢騷，解勸了一番，也就丟開了。誰知第二天一早，鄭敦謹親自來跟張兆棟要求，派一名專差為他遞告病的奏摺，同時請張兆棟替他雇一隻官船到長沙，竟真個要辭官回裏了。「老前輩何必？」張兆棟說，「就要告病，等回京復了命再奏請開缺，也還不遲。」
「那就辭不成功了。」鄭敦謹說，「士各有志，老兄成全了我吧！」
說到這話，張兆棟不便再勸，當天就派了專差，為他遞摺，接著又傳淮安府首縣的山陽知縣辦差，派了一隻大號官船，床帳衾褥，動用器具，一律新置，作為對這位刑部尚書的敬意。
那兩名司官，自然也要苦勸，而鄭敦謹執意不聽。問他辭官的原因，他答了八個字：「外慚清議，內疚神明。」說唯有辭了官，才能消除對馬新貽和他的家屬，以及孫衣言、袁保慶等人的疚歉之感。
「此案外界閒言閒語很多。大人這樣子一辦，見得朝廷屈法，恐怕上頭會不高興。」
「那也是沒法子的事，」鄭敦謹說，「只怕不高興的不是朝廷，是我們湖南同鄉。然而我也顧不得了！屈法是無奈之事。若以為屈法是顧全大局，以此自寬自解，恬然竊位，豈不愧對職守？」
說到這話，那兩名司官心裡也很難過。原來是打算著辦這件名案可以出一出風頭，就像總理衙門的章京陳欽辦天津教案那樣，雖然費心費力，到底名利雙收。誰知年前衝寒冒雪，吃盡辛苦到江寧，落得這麼個窩囊的結果，除了曾國藩的一百兩程儀以外，甚麼也沒有撈到！
於是吃了一頓張兆棟特備的，索然寡味的離筵，水陸異途，各奔前程。鄭敦謹趁一帆東風，過洞庭湖回長沙，兩名司官走旱路回京覆命。一到部就為同事包圍，都要知道鄭尚書辭官的真相。
最後連恭王也知道了，特地傳諭，叫那兩名司官到軍機處去見他，詢向鄭敦謹倦勤的原因，那兩名司官不敢隱瞞，照實答覆。於是恭王也就據實陳奏兩宮太后，因為兩宮太后也覺得事出突然，頗為懷疑，曾經一再問起，恭王不能不奏。
「我說呢，鄭敦謹年紀雖大，精神一向很好，怎麼一下子就告了病。原來其中還有這麼多隱情！」慈禧太后停了一下又說：「不過他就是告病，也該回京復了命再說，就這麼擅自回籍，也太說不過去了。」
聽她的語意不滿，恭王怕惹出「交部議處」的話來，會引起各方的揣測，又生是非，因而趕緊為鄭敦謹進言：「這一案，鄭敦謹勞而無功，不免覺得委屈。臣等叫人寫信勸他銷假，請兩位皇太后，暫時不必追究了。」
既然恭王為他乞情，慈禧太后也就算了，「最好讓他銷假。」她說，「不然，面子上不好看。」
這話就算說得很重了，恭王不敢再多說甚麼，只答應一聲：「是！」
「倭仁的病，怎麼樣了？」慈安太后問。
「不行了！」恭王微微搖頭，「不過拖日子罷了。」
「那是先帝敬重的人。」慈安太后看著右面，用徵詢的語氣說，「給他一個甚麼恩典，沖沖喜吧！」
「也好！」慈禧太后看著恭王問：「你們倒看看，怎麼辦才合適？」
問到這一層，恭王恰好可以陳奏擬議中的辦法。大學士本以官文為首，他已在正月裏病故，這是個滿缺，該由瑞常以協辦大學士坐升，瑞常空出來的一個缺，照例由六部之首的吏部尚書升任，而文祥是在同治六年就已調任吏部，等著拜相，此時順理成章地得了協辦。但是四位大學士，兩殿兩閣，需要重新安排，官文所遺的文華殿大學士，為殿閣之首，依慣例應該由曾國藩以武英殿大學士改授，但入閣是倭仁在先，科名亦是倭仁早，因此，倭仁以文淵閣改為文華殿，亦未始不可。
等恭王把這番周摺奏明以後，兩宮太后一致認可，以倭仁為文華殿大學士。這是名義上的「首輔」，說到做官，算是「一人之下，萬人之上」，無以復加的高官。但是沖喜沒有能把倭仁沖好，到四月裏假滿，再賞假兩個月，並頒賜人參，這就再無銷假之期了。師傅的恤典，一向優厚，加贈太保，入祀賢良祠，賜謚第一個字自是「文」字，第二個不出大家所料，是理學大臣專享的「端」字。
這一下又出一個大學士缺，應該由文祥坐升，以他的聖眷，兩宮太后應該早有交代，但一直不提，就知道事情有變化了。
一打聽，是兩廣總督瑞麟的兒子，刑部主事懷塔布在替他父親活動入閣。瑞麟是內務府管銀庫出身，家資豪富，兩廣總督又是有名的肥缺，加以瑞麟於慈禧太后娘家有恩，文祥已知道爭他不過。果然，等瑞麟為大婚進貢的珍品一到，兩宮太后親臨檢視以後，慈禧太后有話下來了。
「倭仁的遺缺，該誰補啊？」她這樣問。
問到這話，即是不願讓文祥升任的明確表示，好在恭王已跟文祥商量過，所以答奏得很漂亮。
「照規矩，該由文祥升補。」恭王手指著說，「不過文祥已經跟臣說了，受恩深重，不敢再邀非分之榮，而且剛得協辦不久，資望還淺，應該多歷練歷練。倭仁病故，空出來的大學士一缺，請兩位皇太后另簡資深望重的大臣接補。」
「嗯，嗯！」慈禧太后深為滿意，轉臉向慈安太后問道，「你看，叫瑞麟補，怎麼樣？」
慈安太后因為瑞麟對「大婚傳辦事件」，相當巴結，表示同意：「講資望，瑞麟也夠了。他是那一年進的軍機？我記得是咸豐三年。」
「是！」恭王是跟瑞麟一起進軍機的，記得很清楚：「咸豐三年十月裏。」
「那就叫瑞麟補！」慈禧太后覺得對文祥有疚歉，便看看他說：「你就讓他一步吧！」
聽得這話，文祥趕緊跪下答道：「聖母皇太后的話說重了，奴才惶恐之至。奴才自覺蒙天恩補了協辦，受恩已經逾分，實在不敢再作非分之想。目前大婚費用浩繁，除了戶部的正項以外，全靠各省督撫感恩圖報，共襄大典。瑞麟時傳諭交辦的活計、洋貨，都能敬慎將事，如期辦妥，為昭激勵，應該讓他補這個缺，兩位皇太后的聖裁極是！」
「話雖如此，瑞麟到底太便宜了一點。」慈禧太后停了一下又問，「你今年五十幾？」
「奴才今年五十四。」
「喔！」慈禧太后點點頭說：「那總還可以替朝廷辦二十年的事。」
這意思是來日方長，不必爭在一時。文祥便又磕頭謝恩。接著慈禧太后談起洋務，連恭王在內，軍機五大臣，倒有四個兼了總理衙門的差使，而事無鉅細，盡皆參與的是沈桂芬。文祥是他的薦主