其時正值深秋，紅蓼白蘋，運河兩岸的風光頗為不惡，這天由河入江，到了瓜州地方，張之萬在船裏悶了幾天，想上岸走走，走了一陣，忽然內急，就近找了個茅廁方便。野外孤露，四無隱蔽，倘或此時遇到刺客，是件非常危險的事，於是漕標參將，親自帶領兩百親兵，拿槍的拿槍，拿刀的拿刀，團團將茅廁圍住。正在收割稻子的老百姓，大為驚異，不知道那裏出了甚麼事？
跑去一打聽，才知道是「漕帥張大人」上茅廁。於是張之萬人還未到，他的笑話先到了江寧。魁玉一見了面便拿他打趣，「天下總督，漕帥最闊，拉場野矢都得派兩百小隊守衛。」他喊著張之萬的號說：「子青，你真正是前無古人，後無來者！」張之萬唯有報以苦笑，「玉公，」他說，「我是奉旨來會審的，一切都要仰仗。」
「不然，不然！」魁玉搖著手說：「你是特旨派來的欽差，專為查辦此案，當然一切聽你作主。」
兩個人一見面先推卸責任，但彼此有關，誰也推不掉，那就只有「和衷共濟」商量著辦了。當夜魁玉為張之萬設宴接風，陪客有署理藩司孫衣言、臬司梅啟照、候補道袁保慶。孫衣言也是翰林，比張之萬只晚一科，他的兒子叫孫詒讓，功名不過舉人，官職不過主事，但聲名極盛，對「墨子」的造詣極深，父子二人都是經師，所以張之萬另眼相看。
袁保慶是袁甲三的侄子，他跟孫衣言於馬新貽都有知遇之感。尤其是袁保慶，被委為營務處總辦，平日抓散兵游勇，頗為嚴厲，因此為馬新貽帶來殺身之禍，更是耿耿於懷。在席間與孫衣言兩人，極力主張對張文祥用刑，非要追出主使的人來，才肯罷休。
張之萬抱定宗旨，只聽不說，唯唯否否地敷衍著，等席散以後，魁玉把他和臬司梅啟照留了下來，這才談到正事。
「孫、袁兩公的話，決不可聽。」梅啟照這樣說道，「他們為報私恩，不顧太局，難免激出太亂子來。如今江寧城裏，人心惶惶，安分守己的人家，都閉門不出，袁篤臣家就是如此。」
袁篤臣就是袁保慶。
張之萬吸了口氣：「照此說來，江寧竟是危城！」
「也差不多。」魁玉答道，「但盼滌相早早到任，讓我交出了總督關防。」
「滌相還在請辭，辭是當然不准他辭的，但天津的案子未結，還要入京陛辭請訓，這一耽擱，起碼兩個月工夫。」張之萬說，「我們就想辦法拖它兩個月！這一案只有等滌相來料理。」
「要拖也容易。」梅啟照說，「張文祥不肯供，只有抓他的親屬來問，這樣就拖下來了。」
「他的家屬在那裏？」
「在浙江湖州府德清縣新市鎮。」
「行文浙江，逮捕到案。」張之萬又問，「還有甚麼遠些地方的人好抓？」
「有個時金彪。」梅啟照說，「張文祥曾供過這個人，也是捻匪那裏投降過來的，現在山西當參將。」
「那就行文山西，逮捕到案。」
「是！」梅啟照問道：「請示欽差大臣，那一天提審？」
「我審也無用。」張之萬說，「這一案到最後如何定讞？該有個打算。打算好了我們就照這條路子去走。」
梅啟照深深點頭，看著魁玉，魁玉也點點頭，示意梅啟照提出商量好的辦法。
辦法是替張文祥想好的一套口供，一要顯得確有深仇大恨，完全是張文祥個人處心積慮，必欲得而甘心，藉以搪塞「嚴究主使」的朝命和清命；二要為馬新貽洗刷清譽，而且要隱隱含著因為公事認真，致遭小人之怨的意思，這樣，馬新貽之死，才能有殉職的意味。
這套假口供是如此說法，張文祥本是李侍賢手下的裨將，洪楊平定，他逃到了浙江寧波，與海盜有所勾結，同時開了個小押當，隱姓埋名，苟且度日。
等馬新貽調了浙江巡撫，海盜為患，派兵剿治。在浙江象山、寧海有一處禁地，名叫南田，向來為海盜所盤踞，馬新貽捉住了其中的頭目邱財青，處以死刑，另外又殺了海盜五十餘名，其中頗多張文祥的朋友，平日常受他們的接濟，這一下等於斷了張文祥的財路，因此他對馬新貽恨之入骨。
這以後又有一連串的怨恨，張文祥開小押當，而馬新貽因為押當重利盤剝小民，出告示查禁，張文祥生計頓絕，便起了報復的心。又說，張文祥的妻子羅氏，為人誘拐潛逃，讓張文祥追了回來，但人雖未失，捲逃的衣物為姦夫帶走了，一狀告到巡撫那裏，馬新貽認為此是小事，不應煩瀆大憲，狀子不準。不久，羅氏復又潛逃，張文祥追著了，逼她自盡。至此人財兩空，認為馬新貽不替他追贓，以致他的妻子輕視他，於是立志報仇。
這裡面當然也有片段的實情，像張文祥的妻子，背夫潛逃，即有此事。但從整個供詞看，疑竇甚多，然而除此以外，別無更好的說法，也就只有自己騙自己，信以為真了。
「不過，」張之萬隻提出了這樣一個指示：「一定要兇手自己畫供，有了親供才可以出奏！」
不論案情大小，定罪的根據，就是犯人的口供，這一點梅啟照當然不會疏忽。回去以後，立刻傳見負責主審的江寧知府和上元知縣，傳達了欽差張大人的意思，要他們設法勸誘張文祥，照此畫供。但既不能用刑迫供就範，便只有慢慢下水磨工夫，一拖拖了個把月，尚無結果。
這時的曾國藩，請辭江督，未能如願，已經交出了直隸總督的關防，正預備入京請訓，天津教案總算已化險為夷，殺了兩批兇手，也辦了張光藻和劉傑充軍黑龍江的罪，毛昶熙和丁日昌，亦已分別回任。大局已經無礙，加之曾國藩曾有奏疏，痛切自陳，舉措失機，把張光藻和劉傑辦得太重，「衾影抱愧，清夜難安」，因而亦能見諒於清議。而朝廷為了慰撫老臣，特旨賜壽，由軍機處派人送來御書「勳高柱石」匾額一方，御書福、壽字各一方，以及紫銅佛像、嵌玉如意、蟒袍衣料等等。他這年是六十整壽，生日正在慈禧太后萬壽後一天，兩湖同鄉，就在不久前要把他點翰林的匾額撤除的湖廣會館，設宴公祝。
就在他出京之前，張之萬和魁玉會銜的奏摺到了，說張文祥挾仇「乘間刺害總督大員，並無主使之人」，同時定擬罪名，凌遲處死。消息一傳，輿論大嘩，給事中劉秉厚、太常寺少卿王家璧紛紛上奏，認為審問結果，不甚明確，要求另派大臣，嚴究其事。
不但輿論不滿，兩宮太后及朝中大臣，亦無不覺得封疆大吏死得不明不白，不但有傷國體，而且此風一開，中外大員心存顧忌，會不敢放手辦事，否則就可能成為馬新貽第二。同時就照魁玉和張之萬的奏報來說，前面說張文祥懷恨在心，又以在逃海盜龍啟沄等人，指使他為同夥報仇，因而混進督署行刺，「再三質訊，矢口不移」，後面卻又說：「其供無另有主使各情，尚屬可信」，由「尚屬」二字，可見魁玉和張之萬並未追出實情，所以無論從那方面來看，這一案不能就此了結。
還要嚴辦的宗旨是大家都同意了的，如何辦法？卻有不同的主張。有人以為應該撇開曾國藩，另派欽差查辦；有人以為曾國藩在兩江總督以外，還有大學士的身分，此案應歸他主持。兩宮太后召見軍機，仔細商量結果，決定兼籌並顧。一方面尊重曾國藩的地位，一方面另派大員到江寧，重新開審。同時為昭大公起見，決定用明發上諭：
「馬新貽以總督重臣，突遭此變，案情重大！張文祥所供挾恨各節，暨龍啟沄等指使情事，恐尚有不盡不實；若遽照魁玉等所擬，即正典刑，不足以成信讞，前已有旨，令曾國藩於抵任後，會同嚴訊，務得確情；著再派鄭敦謹馳驛前往江寧，會同曾國藩將全案人證，詳細研鞫，究出實在情形，從嚴懲辦，以伸國法。隨帶司員，著一併馳驛。」
鄭敦謹是刑部尚書，湖南長沙人。道光十五年乙未科的翰林，這一榜是名榜，人才濟濟，在咸豐初年，紅極一時。鄭敦謹的官運卻不算太好，翰林散館，當了刑部主事，外放以後，一直調來調去當藩司，但頗有政績。直到同治改元，才內調為京堂，升侍郎、升尚書。刑部尚書他是第二次做，第一次當刑部尚書在三年前，恰好西捻東竄，山西巡撫趙長齡防剿不力，帶兵的藩司陳湜，是曾國荃的姻親，本人性喜漁色，部下紀律極壞，慈禧太后得報震怒，大年三十派鄭敦謹出京查辦。結果按查屬實，趙長齡和陳湜得了革職充軍的處分，而鄭敦謹鐵面無私的名聲，也就傳了開來。
因此，上諭發抄，輿論都表示滿意，期待著鄭敦謹也像那次到山西查辦事件一樣，必能將這樁疑案辦得水落石出，河清見魚。
鄭敦謹卻是心情沉重，因為他是湖南人，而江寧是湘軍的天下。但又不願藉詞規避。他已經六十八歲，又是歲暮雨雪載途之際，如果說憚於此行，起碼恤老尊賢的恭王會同情他的處境，然而他終於還是在刑部各司中挑了幾名好手，馳驛出京，逕赴江寧。
一路上歷盡辛苦，走了二十多天才到，到的那天正是除夕，曾國藩把他接到督署去守歲，長談竟夕。這一談，鄭敦謹才深悔此行。因為曾國藩說了實話，御外必先安內，天津教