由官曾會銜的奏摺中和摺差所談，京中知道了當時克復江寧的詳情。自龍膊子掘地道，轟出太平門二十餘丈的倒口，是李臣典的倡議，而且就由他在「地保城」與江寧城上，清軍與洪軍炮火互轟、晝夜不絕的苦戰中，加緊開挖。到六月十五，地道完工，隨即填上六百多袋火藥。這天早晨，「忠王」李秀成，還抽調了一批死士，出城猛撲，湘軍幾乎支持不住，功敗垂成。
第二天，也就是六月十六，在直射的烈日之下，引發了藥線。事先由曾國荃召集部下諸將，徵詢志願，排定衝鋒的序列。原籍貴州黎平的朱洪章打頭陣，第一隊從倒口衝上去，「忠王」李秀成親自領兵攔截，四百多人，全數陣亡。等前仆後繼的第二隊兩千多人，一鼓作氣衝了上去，才算站住腳，於是後隊續上，分成三路，中路猛衝，左右兩路繞城抄襲後路，洪軍始有崩潰之勢。
血戰到夜，只見各處偽王府，紛紛起火，據說「幼主」洪福瑱闔門自焚，而「忠王」李秀成卻是被擒了。
曾國藩所開的立功將領名單，李臣典第一，他不在「先登九將」之列，只以挖掘地道成功，為大勝的關鍵所在，因而論功居首。其次是蕭孚泗，因為李秀成是他部下抓住的。至於首先登城，首先入「天王府」並擒獲洪秀全次兄洪仁達的朱洪章，列名第四。
這個捷報一傳，又一次震撼了九城。不但江寧盡歸掌握，洪福瑱焚死，李秀成被擒，大江南北的洪軍雖多，失卻憑依，不戰自潰，是這樣才可以說一句洪楊已平，必無後患。
於是許多寄寓京師，有家難歸的江南人，記起陸游「家祭毋忘告乃翁」的詩，特為設祭，焚香祝告。宮內也是如此，當捷奏遞到的那一刻，兩宮太后所決定的第一件事，就是派醇王奕譞，恭詣文宗陵寢，申告其事。
第二天七月初一，王公親貴，一品以上的大臣，進宮叩賀，各遞如意。然後就要論功行賞了。恭王與軍機大臣已經密議了好幾次，用本朝從無文臣封王封公的先例為理由，封曾國藩為一等候，錫以佳名，號為「毅勇」，這卻又不像文臣的稱號了。
曾國荃的爵位次一等，封為威毅伯，李臣典是一等子爵，蕭孚泗是一等男爵。此一役中，獲「五等封」的，就只這侯、伯、子、男四個人。曾國藩的侯爵「世襲罔替」，其餘的都是及身而止。李臣典甚至一天的「爵爺」都沒有當過，恩封詔旨到日，他已經在七月初二病故了。
此外東南各路統兵大帥及封疆大臣，普加異數，官文和李鴻章也封了伯爵，獨獨浙江巡撫左宗棠和江西巡撫沈葆楨，不在其內，因為浙贛兩地，尚未敉平，封賞不能不緩。但有江寧克復的煌煌恩典在，左宗棠和沈葆楨自然會格外奮勉。這是朝廷一番策勵的深心。自然，京內軍機大臣，軍機章京，各衙門有功的人員，亦都論功行賞。大致說來，賞得其平，人心大悅。但朱洪章僅得五等封外的一個騎都尉，頗有人為他不平，認為曾國荃因為他不是湘軍將領而有意歧視，李臣典的那個子爵，得來未免容易。
過不多久，曾國藩從安慶到江寧親自視察以後，奏報絡繹，詳情愈明，同時也有許多人從前方到京，細談起來，連蕭孚泗的那個男爵，封得也叫人不服。他的得膺上賞，是為了生擒李秀成的緣故，但不是力戰屈人，只不過李秀成逃到山上破廟裏，為鄉民掩護藏匿，他以隨身所攜珠寶作酬謝，不料另有一批鄉民，見利相爭，結果李秀成倒霉，被捆送到官軍營裏，這一營正是蕭孚泗的部下。所謂「生擒」的真相是如此。
另有許多人相信這一個說法，曾國荃的厚愛蕭孚泗，別有緣故。當城破之時，首先衝入的朱洪章，由中路直攻「天王府」，生擒洪仁達，其時已將黃昏，朱洪章進府搜殺，封閉府庫，緊閉轅門，派兩營兵守護，等待曾國荃來處理。隨後，蕭孚泗便來接防，這一夜工夫，把「天王府」中所積聚的財貨，搜劫一空，到了第二天中午，不知如何，一把火起，「天王府」燒得乾乾淨淨。因為蕭孚泗對曾九帥有這番大功勞，所以借生擒偽「忠王」為名，奏報時列名在第二，恰好輪到一個男爵。
這些話雖言之鑿鑿，到底是道路傳聞，可能出於妒嫉曾國荃勳業的有意中傷，但不久有曾國藩的一個奏摺，似乎證實了道聽塗說，不為虛言。
他的奏摺上說：
「歷年以來，中外紛傳，逆賊之富，金銀如海，乃克復老巢，而全無貨財，實出預計之外。目下籌辦善後事宜，需銀甚急，為款甚巨，如撫恤災民，修理城垣駐防滿營，皆善後之大端。其餘百緒繁興，左支右絀，欣喜之餘，翻增焦灼。」
恭王看到這個奏摺，大為不悅，而且也像曾國藩那樣，「翻增焦灼」。慈禧太后曾經提醒他過，大亂一平，百廢俱舉，要早早準備款項，而他想用接收而得的財貨，用於辦理善後的打算，如今是完全落空了！
不過，恭王在眼前還沒有工夫去追究這一層。在同一個摺子中，曾國藩奏報了「洪秀全、李秀成二賊酋分別處治」的情形。洪秀全的屍體，在「天王府」的一個假山洞中發現，經曾國藩親自檢驗後焚燬，李秀成，則在七月初六黃昏處決。上諭原命戮洪秀全的屍「傳首東南」，李秀成則解到京城行「獻俘禮」，曾國藩都未照辦。還有「偽幼主洪福瑱查無實在下落」，尤其不能令人安心，不得不拿曾國藩抄送軍機處的，李秀成的供詞來好好研究一下。
為了天氣太熱，也為了格外保密，恭王把軍機大臣們邀到他的別墅「鑒園」去小飲，傳觀李秀成的供詞，一共一百三十頁，兩萬八千多字，頗花了一些時間，可是這還不是供詞的全部。
曾國藩到江寧，曾親自提審李秀成一次，隨後便委交他的幕僚主審。而實際上所謂審問，只是讓李秀成在「站籠」中書寫親供，從六月二十七寫到七月初六，也不知寫了多少字？寫完就送了命。因為李秀成幾乎是洪軍中唯一能得到百姓同情的一個人，為了他的被俘，江寧鄉民甚至於捉了蕭孚泗的一個親兵去殺掉，彷彿是要為他報仇似的。同時，李秀成雖然已成「籠」中之囚，而洪軍將領見了他，依然長跪請安，曾國藩「聞此二端，惡其民心之未去，黨羽之尚堅」，怕解到京師的迢迢長途，出了甚麼意外，所以未遵朝命，就地正法。
就因為如此，李秀成的供詞，便顯得特別重要，洪福瑱的脫逃，在供詞中就有詳細的透露。城破之日，李秀成奉「幼主」，儲諸王眷屬，在數千死士護衛之下，準備突圍。由於江寧九門都有湘軍把守，不得已暫且隱藏，到了夜半，剝下陣亡清軍的制服，全體改裝，由太平門倒口衝出。李秀成以他的一匹駿馬，供「幼主」乘騎，自己騎了一匹不良於行的劣馬，竟致落後被俘。
這當然情真事確，但此外可信的有多少呢？供詞的抄本，曾經曾國藩刪節，特別是最後一段，李秀成自言，他可以只手收齊長江南北兩岸，數十萬洪軍投降清朝。收齊部眾後，正蔓延於中原的捻匪，可以舉手而平。又說「招降事宜有十要」，洪秀全有「十誤」，這「十要」和「十誤」是甚麼？鑒園的主賓都不知道，因為已「全歸刪節」了。
「何必如此？」恭王搖著頭說：「莫非有甚麼礙語？」
「諸公請聽此一段。」寶鋆大聲唸著李秀成的供詞：「『李巡撫有上海，關稅重、錢多，故招鬼兵與我交戰。』」
這是指李鴻章用上海的關稅，招募洋人戈登．華爾的「常勝軍」而言。在座的人都隱約聽說過，上海的關稅是李鴻章的一大利藪，現在從敵人口中得到證實。由此來看，李秀成的供詞，另有一種可藉以考察東南統兵大臣的作用，便越發需要閱看全文了。
於是在席間商定，用諭旨飭知曾國藩兩事，一是補送李秀成原供刪節的部分，再是查詢洪福瑱的實在下落。
「李秀成既已伏法，洪福瑱一個乳臭小兒，不足為患。」文祥的思考，一向比較深遠，此時提出了一個極現實的顧慮：「大亂將次戡平，用不了這麼多兵力，湘軍如果不裁，不但坐縻糧餉，而且各處散兵游勇，勢將騷擾地方，須早自為計。」在座的人，都以他的話為然，唯有李棠階例外，「不要緊！」他說，「我料定不必朝廷有何指示，曾滌生自己就會有處置。」
「啊，啊！」恭王像是被提醒了甚麼，雙目灼灼地看著李棠階說：「你早年跟曾滌生是講學的朋友，對於曾氏弟兄，知之甚深。曾老九這個人，到底怎麼樣？」
話題就這樣輕輕一轉，到了曾國荃身上。李棠階回憶著二十多年前的往事，徐徐答道：「曾沅甫那時只有十八、九歲，在他老兄京寓中住了不到兩年，功名之士的底子，與他老兄的方正謹飭，根本是兩路。不過曾滌生的品鑒人物，確有獨到的眼光。我記得他送沅甫回湖南，有兩句詩：『辰君平正午君奇，屈指老沅真白眉』，辰君、午君是指他另外兩個兄弟，國潢和國華，沅甫如今建此殊勳，真是他曾家的『白眉』。不過，可惜了！」
「怎麼呢？」
李棠階搖頭嘆息：「百世勳名，都為偽『天王府』一把火燒得大打折扣了！」
這一說，正觸及恭王不滿曾國荃的地方，頓時把一雙長眉皺