一年後，陳獨秀又告別了高君曼與剛一歲的兒子鶴年，隻身去了日本。這是他第五次，也是最後一次赴日，這次的東瀛之行，使他與李大釗等一批發憤改造中國的年輕革命者結下了很深的情誼，也使這位激情萬丈的思想家與革命家充足了電。他不再安於躲在異國的榻榻米上靠在別人主辦的刊物上發表文章來指導人民的思想，他要到爭取民主的最前線親自上陣拼殺！最後一次回到國內的陳獨秀，給自己定好了「崗位責任制」，即：辦一份挽救中國人靈魂的刊物。他的動機十分明確：
欲使共和名副其實，必須改變人的思想；要改變思想，須辦雜誌。
他有過辦雜誌的成功經驗：晚清時，他在家鄉辦過影響極大的《安徽俗話報》，三千份的發行量成為國內白話報刊之最；在日本時，他幫助章士釗編輯過《甲寅》，與李大釗等的相識，即源自該刊上的文字之交。民國初年，論寫論編，陳獨秀都無愧為國內一流人才；論思想之深刻，更是無人比擬。所以，壯志雄心的陳獨秀借群益書社之殼，於當年的九月十五日出版發行了劃時代的《青年雜誌》，第一卷第一號裏的二十七篇文章，他一個人就撰寫了十三篇！
後因基督教上海青年會主辦的週報《上海青年》找上門來，稱有混名之嫌，陳獨秀遂自民國五年（一九一六年）九月一日推出的第二卷第一號起，把刊名改為了《新青年》。眾所周知，《新青年》的創刊，標誌著中國新文化運動的開端。從此，陳獨秀的一篇篇檄文成了喚醒中國先進知識份子睡夢的晨鐘，成了召集隊伍向舊傳統舊文化進攻的傳令書——後來成為國共兩黨精英的那一代人，哪個不曾被陳獨秀的聲音感動得熱血沸騰並因此而投身於自己認定的政治目標？
兩年後，陳獨秀應蔡元培先生之邀赴北京大學任教，除了帶去了高君曼及一雙兒女外，還帶去了自己創辦的《新青年》雜誌。蔡先生胸寬如海，陳獨秀如魚得水，他的刊物在京得到李大釗、胡適、周樹人、周作人、錢玄同、劉半農、沈尹默等新文化運動幹將的參與後，更成為一個時代的號角和整個世紀的旗幟。在北京的日子裡，這位風風火火的「總司令」，講學，撰稿，交友，演講，甚至撒傳單，像旋風一樣掀起了中國近代的一場思想大啟蒙運動。
現在，誰都得承認：沒有陳獨秀所領導的那一場「五四」新文化運動，就不會有現代中國的大批傑出政治、軍事、文化人才的湧現。所以毛澤東也承認，沒有五四運動，也就不會有日後中國共產黨的問世。嗚呼！漫漫中國歷史上，有幾位在野的思想家的號令，能令整個中國的知識份子如此感佩如此回應如此奮起並因此而改變了民族的命運？民國八年（一九一九年）六月至九月，陳獨秀第一次入獄。北洋政府迫於空前強大的社會壓力，只得釋放了這位知識界的精神領袖。
翌年二月，在新一輪牢獄之災降臨之前，李大釗掩護他乘騾車逃離京城，然後南下上海。一如兩年前北上，這次，他又把《新青年》帶回了其發祥地。他成了法租界環龍路老漁陽裏二號的新主人。本來這裡是柏文蔚在滬的寓所。辛亥革命後，柏氏出任安徽都督時，聘陳獨秀為都督府秘書長；差一點讓陳獨秀丟了命的皖省討袁行動，也正是這位柏先生主持的。
陳與柏之情誼很有點像後來的越南共產黨領袖胡志明對毛澤東所言，是「同志加兄弟」。一峰獨秀，萬山景仰。陳獨秀已為中國思想知識界的精神聖哲，而《新青年》則成為所有進步青年心中的聖經。聖哲的故居，聖經的誕生地，能不竭誠拜謁嗎？
眼前這位房東大哥姓趙，五十三歲，這間十二平方米的小屋是在上海美術公司工作的妻子多年前分得的「福利房」。一張舊沙發佔了半壁江山，那邊是一張窄窄的雙人床，他的兒子正在臥床而眠，被我這不速之客擾起，只得披衣而出。床的上方，是一個用角鐵搭起的吊鋪。這難免使人想到了過去上海特有的亭子間。當然，這不是亭子間，亭子間在樓上。房東大哥說：陳獨秀原來住在樓上，亭子間就是他的客房，樓下的這間屋子，是陳獨秀當年的會客室和中共中央辦公室。說著，他把手指向了牆上。牆上，嵌著一塊白色大理石標牌，牌上有一段塗著金粉的字：
中國共產黨第一次全國代表大會決定成立中央工作部，領導當時黨的日常工作。一九二一——二三年，中國共產黨中央工作部在這裡辦公，毛澤東同志也曾一度在這裡工作。
居然沒一個字提到陳獨秀！也許，就是嵌這標牌的地方，當時陳獨秀掛了一塊小黑板，他在上面很不客氣地寫著一行字：
會客談話以十五分鐘為限
不知這個「限時令」對革命同志是否適用。民國九年（一九二○年）春天住進這裡的陳獨秀，把他的家當成了《新青年》編輯部，更當成了中國共產黨的籌建辦公室。一位神秘的俄羅斯男子，就曾在一位滿口山東平度口音的大個子中國人的陪同下，頻繁造訪此宅，十五分鐘對於主客談的重大話題來說，顯然太短太短！這位「老毛子」叫「吳廷康」（即維經斯基，亦譯威金斯基），但「吳先生」的來歷只有陳獨秀本人知道，甚至連在北京寫信介紹他來滬的李大釗也不知道，忠厚的大釗先生只以為這是俄籍同事介紹來的一位元符拉迪沃斯托克記者呢！其實維經斯基是一位蘇共特使，那位陪同者是位華裔蘇共黨員、早年從山東平度闖符拉迪沃斯托克的華僑領袖楊明齋。
他們來華的目的十分明確，即考察中國各種激進的政治團體的實力，進而組建中國共產黨。新解密的史料證明，當初，比之手無寸鐵只會講書辦刊物的中國大學教授們，蘇共決策層更勢利地看好了擁有南方割據政權和國內第一大黨的孫文博士。也就是說，他們本來打算讓國民黨的「教父」孫中山成為中國共產黨的創始人與領導者！只因孫氏不為所用，他們才轉而選擇了「南陳北李」這些勢力尚小的但卻理想純真的馬克思主義者。
維經斯基的多次造訪，完善了陳獨秀的建黨思路。民國九年（一九二○）八月某日，陳獨秀與楊明齋、李漢俊、沈玄廬、陳望道、俞秀松、李達和施存統在此宅成立了一個全新的政黨——中國共產黨。他們共同起草了黨綱，並推舉陳獨秀為本黨總書記。當今世界第一大政黨，就是這樣在上海的陳獨秀的家中成立的。之後的中國社會主義青年團（後改名為中國共產主義青年團）也在此宅內成立起來。必須說明的是，無論「CP」（中國共產黨的英文簡稱），還是「CY」（中國社會主義青年團的英文簡稱），每次開會，共產國際的代表都在場。
關於中共的建黨日期和地點，其實最早的一批中共黨員張國燾和張申府都在回憶文章裏寫過。張國燾說，是年八月底，他從上海回到北京後，把與陳的談話經過告訴了李大釗，「李先生略經考慮，即無保留的表示贊成」。張申府則寫過，那一年的九月中旬，他去上海接羅素，「就住在漁陽裏二號陳獨秀家裏，這就是當時黨部所在。……從上海回京後，我把和陳獨秀談的情況告訴了李守常」。這比人們習慣的建黨日期一九二一年七月，早了差不多一周年！中國共產黨成立之後，陳獨秀與李大釗頻繁聯繫，並分頭致信天津、武漢、長沙、濟南等地的共產主義者，這才有了一年之後的中共「一大」在此宅附近的另一所石庫門房子裏的召開。
後來，隨著陳獨秀政治行情的暴跌，特別是共和國成立之後，人們耳熟能詳的是：一九二一年七月一日是中國共產黨誕生紀念日，與會的湖南省代表毛澤東成了中共創始人，而前一年陳獨秀在上海成立的只是「中國共產主義小組上海組」或「中共上海發起組」。如今，中共黨史專家已經把中共「一大」的準確日期考察清楚了，即並非一九二一年七月一日，而是該年的七月二十三日至三十一日；但權威教科書還是沒把中共到底是何年由何人創立的問題說清楚。
顯然，把第一次全國代表大會的日期說成了建黨日，並不確切，恰如人們不能把一九二四年召開的中國國民黨全國第一次代表大會認定為該黨的成立日一樣，因為國民黨早在十二年前的一九一二年即已宣告成立。因陳獨秀而籠罩在中共黨史上空的迷霧實在太濃！
民國九年（一九二○年）的陳獨秀頭上沒有迷霧，這位導師像陽光一樣暖熱了許多熱血青年的心，他在此不斷接見前來求教者，這其中，就有在北京時見過的李守常手下的湘籍青年毛澤東，當得知毛潤之欲回湖南興辦文化書店卻囊中羞澀後，陳獨秀甚至親自為其在亞東圖書館作保三百大洋！
後來，在大西北的窯洞裏，毛澤東就曾感慨過：就是在上海與陳獨秀的一次長談之後，他才開始轉變為一個馬克思主義者。是啊，對這些如饑似渴地期待以真理果腹的客人們來說，十五分鐘的時間怎麼能夠？建黨之後的陳獨秀，成了職業革命家，他的《新青年》從第八卷開始成了本黨的機關刊。民國十一年（一九二二年）七月一日出版了第九卷第六號後，《新青年》休刊。次年在廣州復刊時，主編已是瞿秋白，