十二月七日夜晚，東京上空，晴朗異常，繁星閃閃。霞關的海軍省和軍令部大廈，三宅阪的陸軍省和參謀本部的機關大樓，和往常一樣燈火通明。因為考慮到單單在這天夜裡把燈光弄得過明或過暗都不利於保密，所以，經過周密研究，使其和往常一樣。
天黑不久，軍令部第五課（負責對美情報）的山口文次郎大佐喘吁吁地跑進海軍省副官室說：「副官，今天亮的電燈似乎比往常多啊！」
經山口這麼一說，杉江副官立即倍加警惕地到院子裡巡視了一遍，看看有沒有人從外面窺伺這裡的動靜。
只要朝海軍省院子裡的汽車司機休息室張望一下，便可看到有許多司機。他們一面對杉江副官所下的「今晚全體待命」的命令疑惑不解；一面則吃著飯團，作為晚飯充飢。
這些飯團是東京海軍通訊部隊加工做來的。杉江之所以命令司機待命，是因為已同陸軍省副官商定，準備明天一早就用軍隊的應急汽車去接內閣成員。
當時，用來監視和襲擊珍珠港美國太平洋艦隊的伊字第四號潛艇（以下簡稱伊四潛艇）艇長中川肇中佐在他的筆記中寫道：
「一二三○時（東京時間，相當於當地時間日落後三十分）露頂（潛望鏡露出水面），歐胡島已遙遙在望。據我記憶，日落後向歐胡島一邊望過去，只見珍珠港、檀香山上空燈火輝煌，毫無燈火管制跡象，敵方情況相當平靜。司令部業已來電指出：拉海納（太平洋艦隊的訓練基地）無敵艦。難道敵艦全在珍珠港？今日天氣晴朗，宜於飛行。期待航空部隊大顯身手。看來，我方必能旗開得勝，對此感到無比高興」。
另一方面，由第三潛艇隊司令佐佐木半九大佐指揮的伊二二潛艇等五艘潛水母艦，為了把五艘特種潛艇運載到指定的啟航地點，正在水面上靜悄悄地駛近珍珠港口。進攻珍珠港的特種潛艇被固定帶縛在潛水母艦後甲板上。
不久，伊二二潛艇在距珍珠港口十三公里的地方停了下來。這天晚上，檀香山的夜空雖然明亮，但比午夜時分要暗淡，似乎是籠罩著一層薄霧的緣故。不過，島上汽車的前燈燈光則清晰可見。另外，指示艦艇駛入珍珠港口的燈塔，紅綠燈光閃閃爍爍；海面上的波濤在月光下照映出白色的浪花。
在這五艘特種潛艇中，由橫山正治中尉駕駛的那艘行駛在最前頭，由岩佐直治大尉駕駛的那艘潛艇行駛在最後，它們每隔三十分鐘有一艘駛入珍珠港口，岩佐駕駛的最後那艘潛艇駛入珍珠港口的時間，決定在日出前一小時，因此從潛水母艦上啟航的時間就要相應提前一小時三十分。
特種潛艇啟航的時間就要到來了。
「這任務交給你啦，好好幹吧！」
「我一定完成任務。」
岩佐大尉同佐佐木指揮官、伊二二潛艇艇長揚田清豬中佐緊緊握手告別。他一邊揮手致意，一邊同佐佐木直吉上士一起從甲板進入艇艙，隨後便輕輕地關上了艙蓋。
伊二二潛艇為了發射特種潛艇，便掉轉航向，艇首朝著外海潛入水下航行。
「特種潛艇準備啟航！」揚田艇長發出口令。
「艇內一切正常，準備啟航。」傳來了岩佐大尉回答口令的聲音。
接著，潛水母艦和特種潛艇之間的電話線和供電線脫落下來。
「啟航！」
這一號令在撒滿月光的海面上蕩漾著。
咔噠一聲，只見縛著特種潛艇的固定帶解脫了。岩佐駕駛的那艘特種潛艇如脫韁之馬拖著一條藍白色的航跡筆直地朝珍珠港口衝了過去。
當時，時間是十二月七日晚上八時四十六分（夏威夷時間凌晨一時十六分），離夏威夷地區日出時間還有五小時十分鐘。地點距珍珠港口十七公里。
在這前後，橫山駕駛的特種潛艇（橫山正治中尉和上田定中士）、古野駕駛的特種潛艇（古野繁實中尉和橫山薰范上士）、廣尾駕駛的特種潛艇（廣尾彰少尉和片山義雄中士）也相繼分別離開伊一六潛艇、伊一八潛艇和伊二○潛艇啟航。
橫山中尉在特種潛艇啟航之前，曾在伊一六潛艇上揮筆寫下了絕命書後，便豪邁地踏上了勇敢的道路。
岩佐等人駕駛的四艘特種潛艇雖已按預定的時間啟航了，但伊二四潛艇運載的那艘由酒卷駕駛的特種潛艇，其回轉羅盤發生了故障，雖經機械師的拚命努力，但仍未修好。沒有羅盤，潛艇就無法航行。
這樣，潛水母艦艦長花房博志中佐就對特種潛艇的啟航問題難以作出決定。但是，酒卷卻已鐵了心，他以沉著的語調低聲說道：
「艦長，回轉羅盤不行的話，我可用磁性羅盤航行。」
於是，酒卷和男少尉便穿上一套嶄新的工作服，戴上一頂戰鬥帽，並且還在衣帽上灑了點特地為今天的出擊而準備的敬神水（這敬神水還是在十一月十八日出擊前在吳軍港買來的），接著，他把一條白色頭巾緊緊地紮在自己的頭上，以後便同稻垣清中士一起鑽進了艇艙。該艇於七日晚上十一時零三分（夏威夷時間凌晨三時三十分）離開潛水母艦啟航，並依靠磁性羅盤定向，朝著珍珠港口方向進擊。
當時，掃雷艇「禿鷹號」和「克羅斯比爾號」正在珍珠港口擔任例行的掃雷工作。值班的預備役軍官麥克雷少尉，舵手阿托里克中士和信號員查維斯上士正站在「禿鷹號」艦橋上凝視著那下弦月月光照射的洋面。
當檀香山阿洛哈塔上時鐘的時針指向凌晨三時四十二分的時候，麥克雷在指示珍珠港入口處的那個浮標西南大約四公里的洋面上，發現有一個白色波浪似的東西向著該艇的左舷方向駛來。這是什麼啊！？——他用雙筒望遠鏡觀察了一下，並將此情況告知了阿托里克，同時監視著它，看看它究竟是個什麼東西。
看來看去，總覺得這東西好像是潛艇上的潛望鏡。麥克雷判斷：要是再保持現在的航向行駛，就有與之發生相撞的危險。於是，他慌慌張張地向舵手發出命令：「左滿舵！」
凌晨三時五十七分，「禿鷹號」立即用閃光燈信號向正在附近洋面上擔任巡邏任務的驅逐艦「守護人號」發出通知。通知說：
「在偏西的航道上發現一艘潛艇，正以每小時九海里的航速在水下航行。」
「守護人號」上值班的預備役軍官蓋沃普納中尉收到這一信號後不知所措。於是，他急忙把艦長奧特布里奇上尉叫醒。艦長飛步奔上艦橋，看完「禿鷹號」發來的信號後當即命令全艦人員進入戰鬥狀態。
但是，他們並沒有探測到類似潛艇那樣的東西，因此到了四時四十三分，進入戰鬥狀態的艦上人員，大部份都又回到了自己的床上。
就在「守護人號」驅逐艦全體人員解除戰鬥狀態後兩分鐘，即八日凌晨零時十五分（東京時間），美國駐日大使格魯匆忙趕到外相官邸拜訪了東鄉外務大臣。他對外相說：
「我已接到羅斯福總統親自簽發的致天皇的電報，因為總統要我晉謁天皇時親自面呈這份電報，所以請你為我安排一個晉謁天皇的時間。」
東鄉外相對此回答說：「無奈已經是深夜了，晉謁天皇的手續只能在明天早晨辦理，不過，能否晉謁天皇，還要看這份電報的內容而定。」
於是，大使說：「那麼請拿去看一看吧！」說罷，便非正式地將那份電報的抄件交給了外相。同時，大使又一再強調指出：「因為事態十分嚴重，請你務必安排一下，使我能夠晉謁天皇。」至此，兩人的會晤便告結束。這時，外相官邸客廳牆壁上的掛鐘剛過零時三十分。
東鄉把格魯送出大門後，就立即前往總理官邸同東條首相進行商議。
東條聽了外相的報告後問道：「羅斯福簽發的電報中有沒有作出什麼新的讓步？」
外相回答說：「什麼也沒有。」
首相聽罷便冷笑一聲說：「那麼，這就不起什麼作用了。」
接著，他又自言自語地說：「現在這個時候，轟炸機已從航空母艦的飛行甲板上起飛了。」
本來，東京中央電信局應該在十二月七日中午（東京時間）就得把這份電報拍出去。可是，電信局根據參謀本部的要求，決定從十一月二十九日傍晚起，除德國和義大利外，凡其他國家拍來的電報一律推遲遞送。因此，美同大使館收到那份電報時已經是七日晚上十時三十分了。這就是說，美國總統致天皇的電報被電信局整整扣壓了十個小時左右。
在珍珠港入口處的海面上，搜索潛艇的工作仍在繼續進行，但是仍然找不到什麼線索。於是，「守護人號」和「禿鷹號」這兩艘艦艇之間於五時三十分和三十四分在無線電話中進行了如下的聯繫：
「請你艇把發現潛艇的距離和前進的航線告知本艦。」
「航線為北二十度偏東，距珍珠港入口處大約一公里。」
「感謝你艇提供的情報……本艦將繼續進行搜索。