當吉川通宵達旦地趕寫軍令部所需要的書面回答時，山本五十六也正在聯合艦隊旗艦「長門號」的長官室裡給他的同學島川繁太郎海相寫信。
山本在這封信中明顯地流露了他對夏威夷作戰必須採取果敢行動的那種焦慮心情。山本寫道：
「經過再三考慮後，我認為歸根到底只有一個辦法，即在開戰之初以強大的航空部隊摧毀敵巢，在物質和精神兩方面給敵人以沉重打擊，使其在一個時期內無法復元。
「只要觀察一下敵軍將領金梅爾的性格和最近美國海軍的思想狀況，我未必認為美國只是依靠逐漸採取正面進攻之戰術，而想到我軍在南方作戰時之皇國本上的防空實力，真是不禁毛骨悚然……萬一敵機突然襲擊東京、大阪，將此兩大城市毀於一旦，在這種情況下，不用說，即使損失不會達到那種程度，但國內輿論（一群愚人之見）將會對海軍提出什麼責難？只要回顧一下日俄戰爭，那就可想而知了。
「對中國作戰說來已有四年之久，在疲憊之餘又要對美、英、中三國同時作戰，而且還要把對蘇作戰考慮進去，要在大於歐洲數倍的戰場上，通過持久戰來孤立地維持十幾年之久的企圖，是毫無道理的。如果要一意孤行，不，迫於局勢不得不打的話，作為艦隊的負責人來說，對那種極其普通的打法總覺得沒有希望，最後將不得不把歷史上的桶狹間之戰、鵯越之戰、川中島之戰的一些打法結合起來進行……」
最後，山本還在信中這樣寫道：
「如果從大局考慮，若能避免日、美、英三國衝突，則避免之。當然，當前應該忍耐、自我剋制、臥薪嘗膽，即使這樣也還需要有非凡的勇氣和力量。為今日形勢所迫的日本，果真能有那樣一種轉機嗎？話雖然說得有點洩氣，但最後也只有聽命於天皇的裁決了」。
在十月三十日下午一時召開的聯絡會議上，就「日美談判的估計」進行了討論。
會議一致認為：「在短時期內，談判沒有希望取得成功」。
於是，日本究竟能讓步到什麼程度？這就成了一個需要討論的問題。討論結果，將意見歸納如下：
關於三國條約，仍按過去那樣處理，不予改變；
反對美國方面提出的四項原則；
關於對華貿易平等的問題，要以「平等原則適用於世界各國」為條件予以同意；
關於撤兵問題，仍按過去決定辦；但不妨將駐兵期限定為二十五年應付一下；
關於日美談判，有人提出這樣的問題，即如果全盤接受美國方面十月二日備忘錄中提出的各項要求，日本將會出現什麼情況？幾乎所有的與會者都認為，「日本將會淪為三等國」。只有東鄉外相認為，「如果容許降低一些條件，情況總會有所好轉的」。
東條首相提議，哪怕通宵開會也要在十一月一日作出決定，於是大家便就下列三個方案進行了研究：
第一方案是，不予開戰，臥薪嘗膽；
第二方案是，決心當即開戰，通過戰爭解決問題；
第三方案是，在決心開戰的前提下，進行作戰準備和外交談判齊頭並進。
三十一日下午，參謀本部召開部長會議，會議一直開到深夜，參謀本部討論的結果是：「立即丟掉同美同談判的念頭，十二月初發動戰爭。今後同美國談判是偽裝外交。」
戰爭指導班則補充了一條意見，說：「如果以別的方案來解決的話，那就會導致會議不歡而散。」
陸軍省針對參謀本部的這一方案，主張「一面開展外交活動，一面進行戰爭準備」。
轉眼間就到了十一月份。一日上午九時，在皇宮內召開聯絡會議，就《帝國國策施行要點》草案進行了討論。會議夜以繼日地進行，反覆討論了整整十七個小時。討論最後結束時，皇宮內大鐘的指針恰好指在第二天（二日）凌晨一時半上。
若以一句話來概括這種前所未有的長時間的討論，那就是，針對統帥部激烈的「主戰論」，東鄉外相和賀屋藏相則主張「和平論」。最後決定採取第三方案：「進行作戰準備和外交談判齊頭並進」。
會上，最先討論的是第一方案：「不予開戰，臥薪嘗膽」。
具體情況是：
賀屋：「就這樣不進行作戰，任其形勢發展，三年後一旦美國艦隊採取攻勢時，海軍是否有取勝的把握？」
軍令部總長永野：「這就難說了。」
賀屋：「是否認為美國艦隊會對我發動進攻？」
永野：「那就不知道了，我覺得有一半可能性。」
賀屋：「如果前來發動進攻，那我們在海戰中能否取勝？」
永野：「與其現在不進行作戰，待三年後再進行，還不如現在就進行。若是考慮到三年後的處境，那麼現在進行作戰會順當些。」
賀屋：「如果戰爭在第三年就有把握取勝，那就不妨進行作戰，但是在永野的說明中這點卻是含糊不清的，而且據我判斷，美國向我開戰的可能性不大，因此，我並不認為結論是可以作戰。」
東鄉：「我也不認為美國艦隊會前來進攻，因此，我認為現在沒有必要進行作戰。」
永野：「俗語說『有備無患』。對方的企圖不清楚，我就放心不下。若等三年，敵人在南方的防禦便會加強，敵艦也將隨之增多。」
賀屋：「那麼，何時進行作戰才能取勝？」
永野（以強硬的語調）：「現在！機不可失，時不再來。」
這樣，第一方案被否定了。於是轉入了第二方案——「決心當即開戰，通過戰爭解決問題」——的討論。
杉山參謀總長首先對十月三十一日參謀本部部長會議所作出的結論進行了說明，該結論是「立即丟掉同美國談判的念頭，十二月初發動戰爭」。
接著說：「我認為現在根據第二方案決心開戰，而外交談判，要把重點放在既要把握開戰的表面理由，又要隱匿開戰的真實意圖上，這是妥當的。」
會上討論情況如下：
東鄉、賀屋：「在下這樣的決心之前，我們希望設法進行最後一次談判，因為要在具有二千六百年歷史的皇國的重大轉折之際，豁出國家的命運。搞欺騙外交也未免太過分了。我們幹不了。」
參謀次長塚田：「首先應該決定的是兩件事，一是決心立即開戰，一是在十二月初發動戰爭。否則，統帥部就無能為力了。希望外交等問題待上述問題解決後再行研究。」
軍令部次長伊藤（這時突然插話）：「海軍方面認為外交談判可以進行到十一月二十日。」
塚田：「陸軍方面則認為談判進行到十一月十三日為宜，到以後就難辦了。」
東鄉：「在外交談判方面規定一個期限是必要的，但作為外相來說，如無成功的希望，就不能搞外交談判。如果在期限和條件方面外交談判都沒有成功的希望，外交談判就不能進行了。那當然就不得不打仗。」
這就有必要對外交談判的期限和條件等問題進行討論。東條首相提議把這個問題同第三方案——「在決心開戰的前提下，進行作戰準備和外交談判齊頭並進」——結合起來一起討論。
塚田對參謀本部的原來方案反覆加以說明，並主張：「外交談判不得妨礙作戰；外交談判可為情況所左右，但期限不變：談判期限定為十一月十三日」。
會上討論說：
東鄉：「十一月十二日未免太苛刻了，海軍不是說十一月二十日嗎？」
塚田：「作戰準備就是作戰行動。飛機和艦艇在準備過程中恐怕會同敵人發生衝突。因此，停止外交談判的日期，應是在這次作戰準備中開始的、幾乎可看作為作戰行動的積極準備的前一天。這一天就是十一月十三日。」
永野：「小衝突是局部性衝突，不是戰爭。」
東條、東鄉：「由於外交和作戰齊頭並進，所以一旦外交上取得成功以後，如果保證不了停止發動戰爭，那就糟了。」
場田：「那是不可能的，談判以到十一月十三日為宜，超過這個期限就會打亂統帥部的部署。」
杉山、永野：「這是一件使統帥部傷透腦筋的事情。」
島田海相（對伊藤次長說）：「總可以把外交談判進行到發動戰爭前的四十八小時吧？！」
塚田（從旁制止說）：「請你不要說了。那是不行的。外相所需要的時間是哪一天呢？」
於是，大家就停止外交談判的期限問題展開了激烈的爭論。這時決定休會二十分鐘。休息時，陸海軍統帥部找各自的第一部部長（作戰部部長）一起進行了研究，結果決定「外交談判可以進行到十一月三十日」，即開戰前五天，接著便繼續開會：
東條：「是否可以定在十二月一日？即使推遲一天也好，因為這樣可以使外