野村大使在收到美國方面十月二日的答覆後，第二天（三日），便向東京發出了一份正確估計形勢的報告：
「我感到日美談判終於陷入僵局。……值得注目的是，美國正在按既定方針行事。要是美國不訴諸武力而繼續奉行現在這種經濟政策，美國或許會達到對日作戰的目的。另外，我的看法是，只要世界形勢不發生根本變化，或日本不改變其對外政策，美國的對日政策也就不會改變。」
與此同時，野村還在四日給豐田外相拍了一份敦促政府慎重行事的電報。電報說：
「倘若我方南進，估計數年之後也許會佔據一個有利地位，不過這樣做不僅在日華事變中必將處於擴大戰線的不利地位，而且還得下決心在太平洋上同英美打仗。而這一戰爭乃是曠日持久的，必須作好思想準備。因此我認為，這是一個極其重大的問題。我希望現在不要急於下結論，待權衡了利害得失後再從容作出決斷。」
但是，九月六日御前會議的決定卻強調說：「通過外交談判，至十月上旬左右倘若仍然沒有希望實現我方要求時，立即下決心對美（英、荷）開戰。」這裡倘若對照一下美國方面十月二日的答覆和野村十月三日的電報，那麼任何一個人都會清楚地看到，早已「不可能有通過外交方式實現我方要求的希望」了。
四日下午三時起又召開聯絡會議。
雖然，這天上午交換情報時出現了這樣一種氣氛：「沒有實現我方要求的希望，想在下午的正式會議上作出決定」；但結果大家還是在下面這一點上取得一致意見：「日本必須對當前外交作出估計，但因為事關重大，務必慎重研究」。於是會議到此結束。
不過，軍令部總長永野在這次會上仍重申他的一貫主張：「現在已經不是爭論不休的時候了，希望趕快採取行動。」
次日（五日），陸軍方面從上午十一時起召開省、部的局部長會議，再次進行討論，終於在下午七時得出這樣的結論：「如果在外交上達不到目的的話，就必須上奏天皇迅速召開決定開戰的御前會議。」
另外，海軍方面也作出決定：「在首相的堅強決心下，明天與陸軍大臣進行暢談，要是尚有談判的餘地，就延遲決定開戰的日期：並就放寬前次御前會議上所定下的那些條件問題進行磋商」。同時，還決定讓豐田外相或富田書記官將此決定轉告近衛首相。
五日上午，當上述討論正在東京進行時，草鹿參謀長返回停泊在有明灣（鹿兒島縣）的第一航空艦隊「加賀號」旗艦，向南雲長官詳細匯報了十月三日訪問山本司令長官時的情況，並立即命令大石首席參謀和源田航空參謀擬出一份夏威夷作戰計劃。大石在他的日記中這樣寫道：
「參謀長返回艦上，他帶來了使人一天也不得安閒的情報。」
於是，第一航空艦隊司令部便開始專心致志地認真擬定夏威夷作戰計劃了。
六日下午三時到六時召開了陸海軍的局部長會議。
陸軍方面像昨天會議所決定的那樣，認為「日美談判已無達成協議的前景」。對此，海軍方面卻認為，「只要陸軍考慮從中國撤兵，談判還是有達成協議的可能」。
由於陸海軍意見對立，沒有作出決議。
從陸海軍的這種動向，可以想見第二天（七日）那種充滿緊張慌忙的氣氛。杉山和永野兩位總長的會談、東條陸相和及川海相的兩次會談、陸海軍主任課長會議，以及近衛和東條的會談等等相繼舉行。
杉山和永野的會談取得了一致意見。永野把一份寫有下列要點的備忘錄親手交給了及川：
一、為了談判而過於延遲日期，這會貽誤戰機，造成困難。
二、要是延遲日期而進行談判，那必須以談判定會達成協議為必要條件。
在東條和及川的會談中，對談判能否達成協議的估計上，兩人的意見存在著根本分歧。
在近衛和東條的會談中，最後成為爭論焦點的是，從中國撤兵的問題，而東條頂回了近衛的意見，說是「沒有考慮餘地」。當時，近衛說：「現在剩下的只是駐兵問題了。是否能以撤兵為原則，而採取實質上的駐兵呢？」東條說：「要是按照野村的想像，輕視這個問題，那是危險的。在撤兵問題上絕對不能讓步。」
撒兵問題之所以成為爭論的中心，是因為野村大使在九月六日同羅斯福會談時，就已同當時也在座的赫爾說過：「三個懸案中的兩個問題（三國條約和日中之間的密切關係）已原則上意見一致，剩下的只有一個撤兵問題了。」另外，野村在十月三日給豐田外相的電報中也一再認為「三個懸案中的兩個問題已大致得到解決，而最重要的一個問題則是撤兵問題。」
七日下午，正當東京夜以繼日地進行緊張工作時，第一航空艦隊司令部把所屬的司令官、參謀、艦長、航空隊長和飛行隊長召集到旗艦「加賀號」上，首次向他們透露了進攻珍珠港的計劃。
在八月底結束作戰訓練，分別返回母港作好戰備的聯合艦隊所屬各艦隊，已按預定計劃完成了戰備作業，並從九月底開始集中到瀨戶內海西部再次進行訓練。
聯合艦隊司令部為了使其部下徹底瞭解大體定下的作戰計劃，從十月九日到十三日這五天內，在停泊於山口縣室積海面的「長門號」旗艦上進行了一次圖上作戰演習。情況如下：
十月九日：各級指揮官聚集在「長門號」上，由山本司令長官訓話，接著，舉杯祝酒，進行一般性圖上作戰演習；
十月十日、十一日：進行一般性圖上作戰演習，十月十二日：進行夏威夷作戰特別圖上演習，接著召開特別圖上演習研究會，十月十三日：當一般性圖上作戰演習研究會和司令級以上人員參加的特別研究會開始進行圖上演習時，山本司令長官作為處理重大時局的一位主將，表明決心地訓話如下：
「值此聯合艦隊之戰備基本完成並即將再次進行訓練以適應開戰需要之際，本人能目睹各艦隊司令長官所屬各級指揮官之英姿，感到無比高興。
想來，帝國當前面臨之形勢，實為前所未有，相當艱難，已處於此種局面，即帝國不日就得對美、英、荷三國積極採取武力行動，以謀求自存自衛之出路。
值此危急存亡之秋，我聯合艦隊之責任，實屬重大，務必作好精神準備，一旦令下，立即赴難，以少勝多，使皇國安如泰山。
要戰勝敵人固屬不易，然我只要擁有必勝之兵力與作好待命之準備，加之深謀遠慮，秘密謀劃，以及官兵一心，竭盡忠誠，勇猛果斷，定會旗開得勝。
你們必須竭盡全力使部下徹底認清當前之緊張局勢與行將到來之作戰任務，以為國效勞之熾烈熱情，向著立即提高戰鬥力與充實戰備之目標邁進。望你們與本人生死與共，萬無一失地完成聯合艦隊之使命。」
接著，聯合艦隊參謀長就對形勢的估計和戰備訓練等問題作了具體的口頭指示。他告訴大家，聯合艦隊己把戰略進攻日期預定為十一月中旬。不過，在這次圖上作戰演習時使用的開戰日期則為十二月八日。
另一方面，九月初用特種潛艇進攻珍珠港的計劃，因在發起襲擊後無法營救艦艇士兵，為山本司令長官所退回。但到了十月上旬，由於對延長續航時間等營救手段下了功夫，研究出了這樣一種辦法：在預定的營救地點，特種潛艇與潛水母艦會合，只營救艦艇士兵，放棄特種潛艇。因此他們再次要求山本司令長官採納這一計劃。山本為他們的熱情所感動，終於默認下來。在這次圖上作戰演習時，山本便以對艦艇士兵的營救工作做到萬無一失為條件，正式予以批准。於是，特種潛艇參加夏威夷作戰問題終於定了下來。
不用說，這個用特種潛艇進攻夏威夷的計劃，是出之於這些青年土官以身殉國的熱情制訂出來的。