第二天（九月六日）上午十時，在皇宮千種廳召開御前會議，對上述草案進行審議。千種廳建於明治二十一年（一八八八年），廳內有著豪華的方格天花板、枝形吊燈和各種傢俱，它是一間僅次於豐明殿的漂亮廳堂。決定明治、大正、昭和三個朝代之國家命運的重要御前會議幾乎都是在這間大廳內舉行的。
這天的御前會議一開始就使人感到氣氛緊張。是戰爭還是和平？——全體與會者都感到日本正處在嚴峻的十字路口上，而這一想法又緊緊地扣人心弦。
會上，近衛首相、豐田外相、鈴木企劃院總裁、杉山參謀總長、永野軍令部總長作了大約一個小時的說明。此後，在戰爭還是和平的問題上同天皇一樣憂心忡忡的樞密院議長原嘉道作了發言，他強調指出，必須全力以赴地通過外交手段打開局面，並措詞尖銳地追問道：
「我總覽了一下草案，看上去似乎是以戰爭為主，和平為輔。不過，對草案的真意可否作這樣理解：始終以外文手段打開局面，倘若仍然無效，那就訴諸戰爭。」
正當杉山想站起來對此進行答覆時，已經知道杉山昨天受到天皇嚴厲斥責的及川海相站起來回答說：
「起草時的意圖和原（嘉道）議長的意見相同。不過，第一項準備戰爭和第二項外交談判，並沒有輕重之分。至於開戰問題則由內閣會議決定後再呈請天皇批准。」
對此，杉山和永野兩人都一言不發。
根據及川提出的保證，原（嘉道）議長再次強調要用外交手段打開局面，他表示：「知道統帥部也同海軍大臣的意見一樣，我就放心了……」
天皇正面坐著一動不動，目不轉睛地注視著會議的情況。這時，他彷彿不能自制地動了動上身，以平常誰也未曾聽到過的那種高亢聲音說道：「我認為原（嘉道）的質問是對的。統帥部為什麼不回答？」
這是一次完全破例的發言。大家都大吃一驚，會議氣氛更加緊張起來了。
大皇陛下從上衣口袋裡掏出一張紙片，並不慌不忙地朗誦起來：「四海皆兄弟，何以起風波。」這是明治天皇作的一首詩。天皇接著補充說：「我很早以前就拜誦這首詩了，我要努力繼承故明治大帝愛好和平的精神……」
就這樣，御前會議在「空前緊張的氣氛」中散會。儘管天皇作了破例的發言，但統帥部和政府卻對此佯作不知，矇混了事；而且最後還通過了不辭對美作戰的《帝國國策施行要點》：
「帝國國策施行要點
帝國鑒於當前之緊張局勢，特別是美、英、荷等國所採取之對日攻勢與蘇聯情況，以及帝國國力之機動性等等，決定對於《適應局勢變化之帝國國策綱要》中有關對南方的對策按照下列各項原則加以執行：
一、帝國為了確保自存自衛，在不辭對美（英、荷）作戰之決心下大體擬以十月下旬為期限，完成戰爭準備。
二、與此同時，帝國對美、英採取一切外交手段，努力貫徹帝國之要求。帝國在對美（英）談判中應達到之最低限度要求事項及與此有關之帝國可以允諾之限度詳見附件。
三、通過上項規定之外交談判，至十月上旬左右倘若仍然沒有希望實現我方要求時，立即下決心對美（英、荷）開戰。對南方以外之其他地區的對策，則根據既定國策加以執行，應特別努力，不使美蘇結成對日聯合陣線。」
這一《帝國國策施行要點》如同前面提到的七月二日御前會議所決定的《適應局勢變化之帝國國策綱要》一樣，並沒有電告我國各駐外使館。
但是，那些密切注視著日本國內形勢的人們，根據「魔術」截獲到的電報，確信當時日本政府正在作出非常重大的決定，這一點是毫無疑義的。豐田外相在八月二十六日拍發給駐美大使野村的訓電（美國於華盛頓時間八月二十六日破譯）中，有一段電文已不折不扣地把當時的一則消息透露了出來。這段電文是：
「現在，圍繞著我國的國際形勢如同我國國內形勢一樣非常緊張。事態已發展到這一地步：我們不得不把最後希望寄託在近衛首相和羅斯福總統的會談上……」
另外，御前會議所討論的內容之一，即「帝國在對美（英）談判中應達到之最低限度要求事項及與此有關之帝國可以允諾之限度」一事，也由野村大使於九月六日親自向赫爾國務卿提出，作為對美國的答覆。
更有甚者，在這天會談中，野村大使還對赫爾國務卿說：「日本政府不再提出要求，下一步就看美國拿出什麼行動來，這是美國方面的責任。」
當時，就美國國內形勢而言，主張對日本採取強硬態度的人多起來了。例如，從蓋洛普輿論研究所的調查情況來看，主張應該不惜對日作戰以阻止日本擴張的人急劇增多，當時，七月份只佔百分之五十六，而九月份則上升到百分之七十。