七月十日召開聯絡懇談會。會上，以外務省的意見為中心，就調整日美兩國關係，特別是對赫爾國務卿的聲明所作答覆問題進行了討論。這時，松岡外相越發採取不妥協的態度。那天，外相的心腹齋藤良衛顧問也出席了會議，他們兩人一呼一應，喋喋不休地主張停止日美談判，但是，由於十二日還要進一步討論這個問題，所以就散會了。
在十二日的聯絡懇談會上，按照預定計劃討論了調整日美兩國關係的問題。
會上，就野村在美國舉行談判一事應不應該停止的問題進行了審議，最後審議決定拒絕赫爾國務卿的聲明，但是否採納外相的建議，仍然留有談判的餘地，如能修改詞句，則修改後再行答覆。松岡和杉山當時談話是這樣的：
松岡：「赫爾的聲明把日本同其保護國乃至領地等量齊觀，因此日本只要不甘居此種地位，就應當予以拒絕。我在這裡建議：拒絕這一聲明，不能再繼續進行談判。」
杉山參謀總長：「我贊同外相的意見，但作為軍部來說，卻馬上就要面臨這樣一種嚴重局勢，即在南方不久便要進駐法屬印度支那，而在北方又要加強關東軍的戰備。因此，在這種時刻流露出要同美國斷絕關係的口吻是不合適的。我感到還是為談判留下餘地較為妥當。」
松岡：「我認為，不管日本採取哪種態度，美國的態度都不會改變。從美國國民的性格來看，是欺軟怕硬的，所以我覺得此時還是採取強硬態度為好。」
近衛首相等人擔心日美關係破裂，他們認為，在拒絕赫爾聲明的同時，應當送去一項日本的建議。於是，接受這一意向的富田書記長、陸海軍的兩位軍務局局長和外務省美國局局長寺崎，他們在十四日辛苦了一整天後擬就了一份建議草案。
可是，當天下午十一時，齋藤顧問奉松岡外相之命，只把拒絕赫爾聲明這一訓令電告野村大使，而沒有把日本的建議告訴野村。對事態感到憂慮的寺崎，於十五日早晨，在只取得大橋外務次官的同意而未經松岡許可的情況下，就把日本的建議電告野村。以此為起點，松岡和近衛就發生了正面衝突。
近衛被松岡弄得束手無策，狼狽不堪。他在去年七月組閣時，天皇曾提醒說：「松岡當外相行嗎？」但近衛當時沒有考慮，因此，他認為現在不能只讓松岡一人辭職，遂決定於十六日實行內閣總辭職。
十六日下午六時半，在首相官邪召開了旨在決定內閣總辭職的臨時內閣會議。
除事先參與商量並已知道內閣總辭職一事的四位大臣（內相、陸相、海相和企劃院總裁）外，其他內閣成員都因此事的突然而以費解的神色表示反對，但大家聽了近衛的說明後，未作再次討論就一致同意總辭職。接下來只剩下一個如何巧妙地把因「病」在家的松岡外相的辭呈取來的問題了。大家都擔心松岡會不會直截了當地提出辭呈。
會上，決定由富田書記長去取松岡的辭呈。雖說這是一項重要任務，但卻是一樁令人討厭的差使。不管怎麼說，要引渡一個搖頭晃腦、誇誇其談的當代光頭怪和尚，那就非要有一個相當能幹的和尚不可。可是，富田還是輕鬆愉快地離開了會議室。
當他走到走廊時，近衛從後面叫了一聲：「富田君」，富田被喊住後，兩人就走進另一個房間。
「不管松岡君說什麼，你可千萬不要同他爭論和鬥嘴啊！因為這是一項重要任務，你要做到不使對方生氣而把他的辭呈拿來……能行嗎？」
「請放心吧！」
富田肩負重任，冒雨訪問了清靜的松岡私邸，結果事情辦得出乎意料地順利。當時松岡雖有長篇大論亂講一通的趨勢，但富田巧妙地避開了他的話鋒，使其大失所望，於是松岡就爽快地交出辭呈來。
當晚九時，近衛匯總了全體閣員的辭呈後，在雨中乘著汽車駛往葉山的天皇行宮。他先向天皇請安問候，然後便呈遞辭呈。第二屆近衛內閣就此宣告結束。
十七日下午五時零五分，天皇下令要近衛重新組閣。這次內閣總辭職，可以說是把同床異夢的人趕出了門外。十八日下午組閣完畢，豐田貞次郎海軍大將接替松岡，他由工商相轉任外相。
參謀本部戰爭指導班在獲悉豐田被任命為外相時有如下看法：「新內閣的性質也許從實質上廢除軸心，依靠英美，陸軍對這次內閣變動的發言權是微不足道的。
「三國同盟是否會實質上被廢除，令人擔心。」
第二天（十九日），日本政府向維希政府發出通牒，要求在七月二十四日凌晨零時以前，就（日本）進駐法屬印度支那南部問題作出答覆。
在參謀本部，對豐田就任外相表示擔心——從實質上廢除軸心和依靠英美——的不只是一個戰爭指導班。第一部部長田中就起草了一份內容強硬的文件，以便向第一次聯絡會議提出。文件說「倘若統帥部要質問政府之真意，則應嚴正指出，一旦政府廢除三國軸心，統帥部要有足夠精神準備。」塚田次長對此文件表示同意，軍令部近藤次長以下的幹部也都沒有異議。
這一天（華盛頓時間十九日），美國方面破譯了一份日本駐廣東（中國南方）總領事於七月十四日拍給外務省的電報。這份電報報告了他從當地日本陸軍當局那裡獲悉的有關進駐法屬印度支那的詳細計劃。這份電報以其「發現了日本在東南亞的軍事計劃」和作為美國最為重視的情報之一而聞名。這是一份電文頗長的電報，其中包含有下列重要內容：
「進駐法屬印度支那的首要目的，在於實現我同對法屬印度支那所要達到的各種目的。次要目的在於如果國際形勢容許，就以法屬印度支那為基地迅速採取行動。
「佔領法屬印度支那後的下一步計劃，就是向荷屬印尼發出最後通牒。在佔領新加坡時海軍將起主要作用……我們要以航空部隊和潛艇部隊斷然地一舉摧毀英美軍事力量。日內進駐法屬印度支那的部隊是第二十五軍」。
果然不錯，第二十五軍自七月十四日起從廣東乘船出發，一批又一批地向著海南島的三亞地方駛去。
可是，根據七月八日美國方面所破譯的關於七月二日御前會議所作的決定事項來看，日本對南方所採取的行動計劃正如下面所引述的那樣，因不夠具體而沒有把握：「……要加強南進的各種準備，實行對法屬印度支那和泰國的既定政策。」
可是廣東拍來的那份電報卻把日本的整個計劃暴露無遺。廣東總領事那份不合時宜的、表示「勤奮」的電報竟一下子破壞了日美談判。
「日本在搞什麼名堂！一面進行日美和平談判，一面又若無其事地推行侵略計劃。」
赫爾國務卿等人頓時對日本產生了一種難以消除的不信任感。像這樣一份對以後事態的發展起著如此重大影響的電報，恐怕是不多見的。
二十一日下午二時，第三屆近衛內閣召開了首次聯絡會議。杉山參謀總長為了反對田中於二十日提出的那個文件草案，並準備刪去其中措詞強硬的部份，因而出席了這一天會議。會上，討論如下：
參謀總長：「社會上似乎有人在想，三國同盟會不會削弱？是不是要回到依靠英美的老路上去？但這種情況絕不應當出現，因為這不僅影響到國內，而且對在第一線的士兵們為國效勞的精神也有很大影響，所以在政治上要特別注意。」
外相：「我覺得在國策問題上不要讓各駐外大使和公使產生一種會不會有什麼改變的想法。因此，我已電告他們既定方針不變，特別是對大島（駐德）、建川（駐蘇）、野村（駐美）、掘切（駐義）等四位大使，我已著意轉告他們，按既定方針辦。另外，我還向德國和義大利駐東京的大使說過：外相更換，日本的態度不變。」
軍令部總長：「現在還有取勝美國的機會，但隨著時間的推移，這種可能性就會變少。到明年下半年就不能相匹敵，而且以後的情況還會越來越糟。美國恐怕會在完成軍備之前，拖延問題，整頓軍備。因此拖延時間對日本不利。如果不打仗就能解決問題，那是再好不過的了。但是我希望大家知道，一場衝突確實難以避免的話，那麼，拖延時間對我們是不利的。」
這天（華盛頓時間二十一日），美國破譯了新任外相豐田於七月十九日拍給日本駐德大使的電報，內云：
「內閣的更迭純粹是為了處理國內問題，並無其他用意。日本的對美政策不變，繼續恪守三國條約所確定的原則。」
美國政府所期待的，是要看一看原先通過「魔術」搞到手的關於七月二日（御前會議）的決定和日本的南進計劃，它會不會因新內閣的成立而有所改變。然而，它通過外交雷達得到這樣的解答，即改組後的近衛內閣並沒有放棄親德方針和進駐法屬印度支那的計劃。
同一天，副國務卿韋爾斯約見若杉公使。約見的目的是為了根據近來世界形勢的發展，把赫爾和他兩人就過去幾個月裡非正式地所舉行的野村大使和赫爾國務卿之間的會談發表看法。
韋爾斯發表了上述看法後，說道：
「根據從各方面獲得的種種情報來看，有明顯跡象表