到六月六日十九時，斯普魯恩斯已結束了空戰，可以再度全面考慮一下自己的處境了。他必須讓「莫里號」和「沃登號」去「西馬倫號」加油，只留四艘驅逐艦掩護二艘航空母艦和六艘巡洋艦。他的任務完成得很圓滿，超出了最盲目樂觀的人的最不切實際的夢想。他明智地告誡自己說，勇敢再向前一步就是愚蠢。而他自己已達到了這個臨界點，於是他決定回師向東與油輪會合。【註：斯普魯恩斯的報告，一九四二年六月十六日；對斯普魯恩斯的採訪，一九六四年九月五日。】
當「企業號」上的人意識到，對他們來說戰鬥已經結束時，全艦上下一片歡樂，正如海軍上尉林賽所說：「我們的許多好朋友犧牲了。不過在戰鬥結束後，參戰的人發現自己還活著，還能再幹它一陣子，還能和夥伴們一起喝上幾杯，就有一種欣慰之感。艦上的主任軍醫一定也有同感。返航途中，他洋洋得意地把四加侖波旁威士忌拿到軍官餐廳。林賽說：「戰爭期間，人們把陳舊的海軍條令拋在一邊，來點人情味，看到此情此景，實在令人寬慰。」【註：林賽的敘述。】
美國還要付出最後一筆代價。六月七日埃蒙斯致函馬歇爾說：
「中途島戰役的第一階段即將結束了。我之所以稱之為第一階段，是因為我認為日本人完全可能捲土重來——
一段時間以來，我一直認為我們顯然應該向威克島發動一次攻擊。前幾天從本土來了四架ＬＢ—３０機，這樣我們的軍艦就具備了足夠的航程。這些飛機現在中途島，如果條件許可，它們將於明晨拂曉前攻擊威克島。我們會把結果電告你的。另外，我很高興地告訴你，廷克將軍將親自率領這次飛行。很遺憾，我不能一起前往。」【註：一九四二年六月七日埃蒙斯致馬歇爾的信，ＰＳＦ８６，羅斯福文件。】
廷克的快心和埃蒙斯的支持只說明他們鬥志旺盛，並不表明他們深明事理。廷克的責任遠遠不只是伴隨四架飛機出擊，他親自出馬並不起多大作用。這四架解放者式機都攜帶了副油箱，各帶四顆五百磅重的炸彈。它們根本沒找到目標。有三架飛機返航，但廷克乘坐的那架轟炸機卻消失得無影無蹤。【註：《珊瑚海海戰、中途島海戰與潛艇乍戰》，第一百五十一頁;《驚人的勝利》，第二百七十九頁；另見一九四二年六月十三日《芝加哥每日論壇》】
六月六日上午，戰敗的日本艦隊一直在向西退卻。鉛灰色的天空，雲層低垂。從海上升起的霧氣像幽靈似地盤旋飄忽、瀰漫在條條桅桿之間。大海本身似乎也反映了此時此刻的氣氛，它「波濤洶湧，濁浪排空」，【註：宇垣日記，一九四二年六月八日。】極不平靜。旗艦上的山本感到頭暈目眩，心裡悶悶不樂，【註：對渡邊的採訪，一九六四年九月二十六日。】但他不經過最後的努力，不會輕易放棄誘使斯普魯恩斯進行水面交戰的希望。
「大和號」得悉「三隈號」和「最上號」身陷困境的消息後，山本下令近籐前往救援。山本剛作出決定，宇垣就開始擔心這個決定是否明智。他在日記中寫道：「敵艦隊的組成似乎是以一、兩艘航空母艦為核心，加上一批巡洋艦。毋庸置疑，『三隈號』已在劫難逃，而且其它艦隻也可能遭到厄運。不僅如此，如果發生最糟的情況，攻略部隊本身怕也難保不遭危險。」
考慮到這些可能性，山本決定把主力部隊全部人馬向南拉，「以應付不測，並尋機在威克島空中掩護的範圍內殲滅敵人」。
山本和宇垣根本沒有想到，破壞他們規模宏大的作戰計劃的美國部隊竟是那麼小。他們深信，原先集結在中途島海域的敵航空母艦有五、六艘，有兩艘已被他們擊沉。他們還認為，這支龐大的艦隊中的一部分兵力正在緊緊地追擊他們，而這部分兵力「至少包括一艘正規航空母艦、兩艘改裝航空母艦、幾艘驅逐艦和巡洋艦」。宇垣心情不安地寫道：「我們認為，這支敵艦隊很可能在殲滅第七巡洋艦戰隊的另一半以及第八驅逐艦分隊後，於明天上午緊緊追趕攻略部隊，再暫時東撤。」
宇垣認為，對日本人來說最佳方案是逼使美艦與近籐部隊進行夜戰。否則，第二天上午他們將別無他擇，只好以主力部隊輕率地向敵人發起攻擊，並隨時驅散來犯的敵機，同時，日本人還試圖利用每一架可以利用的飛機，摧毀敵航空母艦的甲板，炸壞它們的發動機。當然，如果美國人進入威克島範圍之內，戰機將對日本人更有利。但宇垣不相信他的對手會使他如願以償。【註：宇垣日記，一九四二年六月八日。】這一點他全然沒有錯，因為深謀遠慮的斯普魯恩斯一開始就下決心避開威克島的攻擊圈。【註：對斯普魯恩斯的採訪，一九六四年九月。】
山本還是決定冒險打這最後一場大仗。宇垣憂心忡忡地寫道：「這需要下特別大的決心，因為一旦行動出了偏差，整個聯合艦隊都將遭毀滅。」必要的命令均於六月六日十五時發出，至翌日晨以前艦隊照此執行。可是七日晨的空中搜索未發現敵人蹤跡，所以只好放棄以主力部隊冒險進行全面較量的計劃。【註：宇垣日記，一九四二年六月八日。】
但山本不願就此退出戰鬥，決定作一次捕捉美特混艦隊的最後努力。他倉促組建了一支「牽制部隊」。它由「羽黑號」和「妙高號」巡洋艦以及第四驅逐艦戰隊的九艘艦組成，第五巡洋艦分隊司令官商木武雄擔任指揮。該部隊將以無線電發假情報，誘使美國人進入威克島東北海域，使之處於島上航空兵以及潛伏在那裡的潛艇的攻擊之下。【註：「中途島海戰分析」，第一百八十三頁；宇垣日記，一九四二年六月八日。】
高木和他的參謀長長澤浩海軍大佐對這個計劃都並不樂觀，因為他們認為，不等潛艇或威克島的飛機發現美航空母艦，美艦載機就可能發現這支牽制部隊並向它發起攻擊。事實上，高木部隊一直也沒有發現敵人，六月十三日它就解散了。【註：巴德對日本海上自衛隊退休海軍少將長澤浩的採訪，一九六六年二月四日。】
儘管如此，日本的厄運並未就此了結。七日午夜，「磯波號」驅逐艦以兩次轉動三十度的方式向右舷轉六十度時，它的右舷艦首撞在「浦波號」左舷中部，把它的煙囪撞壞了，使它的鍋爐功能受到影響，但它仍能以二十四節的航速行駛。可是「磯波號」右舷艦首被撞掉了幾英尺，速度下降到十一節。宇垣大為惱火，因為他曾經多次告誡過，要驅逐艦進行這類機動時必須小心。
那天有件小事終於弄清了。宇垣寫道：「據瞭解，司令長官的胃痛是蛔蟲引起的。驅蟲藥治好了他的病，我們都很高興。」【註：宇垣日記，一九四二年六月九日。】
然而，這種高興之中夾雜著深深的窘困。那天早晨七時左右，山本登上艦橋時，參謀人員尷尬地，慢吞吞地跟著他，心中都很慚愧，不敢正視他一眼。他們並不是為將軍感到慚愧，而是為聯合艦隊給他丟了臉而感到無地自容。
緊張的氣氛持續了一陣子，誰也沒有說話，還是山本打破了沉寂。他烏黑的眼睛直勾勾地看著忠心耿耿、因失敗而背著沉重包袱的黑島。「黑島，」他若有所思地說，「潛艇搜索幹得不好，這是個大錯誤。」這一實事求是的評論使氣氛得到緩和。他的看法表明，中途島之戰已成歷史，從中可以吸取不少教訓。他們所愛戴的將軍恢復了常態。【註：對渡邊的採訪，一九六四年九月二十六日。】
九日，山本命令「長良號」向「大和號」靠攏，他要召集第一航空艦隊的主要參謀人員到艦上來開會。這幾位代表是草鹿、艦隊書記官大石，當然還有源田。山本面臨的緊迫問題是如何重建一支航空母艦部隊。【註：宇垣日記，一九四二年六月九日。】在這幾位代表到達前，山本把宇垣、黑島、渡邊、佐佐木和有馬召集在一起。他知道，「大和號」的退卻宣告了中途島戰役行動的失敗。他也知道，參謀們已得出了某些不利於第一航空艦隊及其高級軍官的結論。所以他指示這幾個人不要提出這些批評意見。他斷然下令：「絕不許對外人說潛艇部隊和第一航空艦隊要對中途島戰敗負責。責任在我。」【註：對渡邊的採訪，一九六四年十月六日。】
黑島對草鹿一直意見特別大，山本專門叮囑這個容易激動的親信，又說了一句：「不要責怪南雲和草鹿。失敗的責任在於我。」【註：對黑島的採訪，一九六四年十二月五日。】
從「長良號」上過來的四個代表身上還穿著厚厚的冬服，長期鏖戰之後他們都顯得精疲力竭。草鹿拄著根手杖，而書記官的軍服已破爛不堪。【註：「悲劇之戰」。】根據宇垣的回憶，代表們所說的第一句話主要意思是：「除了徹底請罪，我不知該說什麼，」他又不快地加了一句：「當然，他們應該這麼做。」
代表們走進山本的艙室。草鹿作了長篇發言，談了他自己對這次災難性失敗的原因的看法。他講了六個基本點：（一）由於會合有困難，不得不在戰鬥打響前就打破了無線電靜默；（二）搜索飛機在折返前未能發現敵人；（三）準備第二波攻擊時，由於回收飛機造成了混亂局面；（四）轟炸機由於換裝魚雷而耽誤