六月六日，在「大和號」上的山本醒得很早。他意識到中途島之戰已告失敗，心裡很不是滋味。連日來，他胃病發作，神經衰弱，醫治也不見好。司令長官的病除給他本人帶來痛苦外，也使他那個忠心耿耿的幕僚班子憂心忡忡，他們知道，儘管山本想極力掩飾自己的真情實感，這次失利使他心如刀割。【註：對渡邊的採訪，一九六四年九月二十六日；宇垣日記，一九四二年六月八日。】說實在的，就是鐵石心腸的人看到這一局面也會傷心的。
「Ｎ日，即六月七日（日本時間），終於到來了，」宇垣寫道，「在四、五兩個月中進行了以這一天為目標的、全面的籌劃和準備。可是，還沒有等到這一天，局勢就已急轉直下。目前，我們正被迫全力應付最壞的局面。」接著他又加了一句精闢的話：「戰爭是不可預測的，這應當作為一條教訓而加以牢牢地記取。」【註：宇垣日記，一九四二年六月八日。】
在這一片黑暗之中，北方有一線微弱的光在閃爍。在南邊發現這些戲劇性事件的同時，北邊阿留申前線並沒有閒著。六月四日下午，角田派出了十一架俯衝轟炸機、六架水平轟炸機和十五架戰鬥機的精銳部隊空襲荷蘭港。飛行員在目標上空再度遇上了好天氣。這次他們炸毀了四隻油罐、「西北號」營房船、正在修建的一個機庫以及醫院的一翼。在飛往會合點途中，「隼鷹號」航空母艦的飛機在奧特角機場上空與八架Ｐ—４０機遭遇，發生空戰。日本人損失了一架戰鬥機、二架轟炸機，還有二架轟炸機因損壞過重，飛不回航空母艦，在海上墜毀。在日本人空襲荷蘭港的同時，一批Ｂ—２６和Ｂ—１７機襲擊了角田的軍艦，結果兩種飛機各損失了一架，日方沒有任何損失。【註：《珊瑚海海戰、中途島海戰及潛艇作戰》，第一百七十七一一百七十八頁；「中途島海戰分析」，第一百九十—一百九十一頁；《中途島海戰》，第二百一十八頁上，淵田說有九架轟炸機。】
四日下午，山本給細萱的電報時斷時續，當天再沒有進一步的戰事。細萱的參謀長中澤佑斷定肯定出了大問題，當然作出這一推斷無需什麼特別的聰明才智。「綜合所得到的信息，得到的印象是，第一機動部隊遭到了意想不到的重創，不禁感到萬分擔憂。」【註：由千早提供的中澤佑海軍大佐一九四二年六月五日的日記。以下稱中澤日記。】
翌日晨，在獲悉南雲的航空母艦全部被摧毀後，細萱於八時向山本建議「從全面考慮——這時」應中止阿留申作戰。他還說，顯然美國和蘇聯只發現了第二航空艦隊，還沒有發現北方部隊。數小時後，北方部隊收到宇垣的電報說，要給北方部隊增加幾艘軍艦，「徵求我們對實行攻略作戰的意見。」這樣，聯合艦隊的意圖就清楚了，於是細萱就回答說：「在我們得到增援後，攻略作戰可以進行。」【註：同上，一九四二年六月六日。】
與此同時，細萱命令大約在阿達克島西南二百二十五海里的大森仙太朗海軍少將的攻略部隊回師攻佔阿圖島。山本決定攻佔基斯卡島和阿圖島，他於十二時五十九分電令有關部隊：「第二機動部隊交還北方部隊。」【註：《珊瑚海海戰、中途島海戰及潛艇作戰》，第一百八十—一百八十一頁；日本的敘述，第三十九頁。】
宇垣寫道：「他們似乎受到我們這一決定的鼓舞，午後不久就決定於Ｎ日後一天不顧一切地發動阿留申五號行動。他們在什麼情況下作出這項決定的，我們只能猜測，但日後終究應當作出解釋。」山本預料，由於取消了中途島作戰，美國人會變本加厲地保衛並奪回阿留申群島。所以，他於二十三時二十分給細萱調去了「金剛號」和「比睿號」戰艦、「利根號」和「築摩號」重巡洋艦、「瑞鳳號」輕型航空母艦、「神川丸」水上飛機母艦以及十四艘潛艇。這些軍艦在加足燃料後，將立即向北航行。用宇垣的話說就是，聯合艦隊的參謀們希望能有機會「報中途島之仇」。【註：宇垣日記，一九四二年六月八日。】
這裡先提前交待一下，阿圖島和基斯卡島登陸按計劃實現了，但這不足為奇，因為這兩個島上都沒有駐軍。【註：「中途島海戰分析」，第一百九十三—一百九十四頁；《珊瑚海海戰、中途島海戰及潛艇作戰》，第一百八十一一百八十二頁。】由於中途島這關鍵的一環還處於星條旗控制之下，這兩個島對日本就沒有戰略價值。以四艘航空母艦換取兩個霧氣籠罩、沼澤密佈，巴掌大小的島實在得不償失。當然，中澤沒有異想天開地認為自己的部隊還能作出足以彌補日本在中途島損失的舉動。他痛心疾首地說：「對日本帝國來說，六月五日是最晦氣的日子，令人難忘。由於戰爭變得曠日持久，我們應當作出比以往任何時候都更加非凡的努力。」日本應當徹底檢討「全部作戰謀略以及作戰指導方針——」而海軍則應當「盡快制定出應急方針」。【註：中澤日記一九四二年六月七日。】
六月五日下午，為南雲的航空母艦護航的驅逐艦追上了撤退中的大部隊。按照原計劃，應立即把倖存者轉移到大艦上，這樣可以盡可能好地照顧傷員，但這在當時卻做不到。宇垣打算等六日到達原定的以中途島為圓心的六百海里半徑圈以外的加油點，就把他們轉移到各戰艦上去。可是，長夜漫漫，又遇上了惡劣氣候，附近發現敵機的報告令人惴惴不安，所以加油點又改了地方，繼續向西航行一天後才到達。傷員的轉移這時才迅速開始。【註：宇垣日記，一九四二年六月八日。】
轉移工作像一場惡夢。天空沒有星光，艦上實行了燈火管制，巨浪猛烈地衝擊著驅逐艦，大有把它們撞到戰艦上的危險。最後，艦隊只好停下來，讓小船有足夠時間來完成這項大慈大悲的使命。許多傷員被嚴重燒傷，血肉模糊。【註：《中途島海戰》，第二百二十五頁。】航空母艦上撒下來的倖存者幾乎個個都感到膝部和手腕莫名其妙地疼痛。醫生的最後診斷說，這是因爆炸氣浪的衝擊而引起的。【註：天谷的答覆；「悲劇之戰」。】渡邊沒有讓任何傷員上「大和號」，為的是不讓山本看到他們的慘狀而影響鬥志。【註：對渡邊的採訪，一九六四年十一月二十五日。】
到六月六日拂曉，山本大將的麻煩還沒有完結。他的確需要參謀們給他鼓鼓勁、打打氣。六時三十分，他收到「三隈號」一份電報：「發現敵艦載機二架。」【註：宇垣日記，一九四二年六月八日。】它們是五時零二分從「企業號」起飛的十八架ＳＢＤ機中的二架，各攜帶了一顆單重五百磅的炸彈。毫無疑問，其中一架是「大黃蜂號」上的８—Ｂ—２，它的駕駛員威廉·Ｄ·卡特海軍少尉在「企業號」上過了一夜。六時四十五分，他曾報告說發現一艘航空母艦和五艘驅逐艦。【註：斯普魯恩斯的報告，一九四二年六月十六日；一九四二年六月ＶＢ—８作戰日記；「企業號」報告，一九四二年六月十三日。】
斯普魯恩斯所到這個報告後，笑著說：「我們正找它呢！」但他只高興了一陣子。卡特指示報務員報告的是一艘戰艦、一艘重巡洋艦和三艘驅逐艦。問題不是出在報務員身上，就是出在無線電中心，「由於聲音上的誤差，把ＢＢ（戰艦）聽成了ＣＨ（航空母艦）。」「大黃蜂號」用空投情報的方式通知「企業號」說情報有誤。【註：對斯普魯恩斯的採訪；「大黃蜂號」報告，一九四二年六月十三日。】
在錯情得到糾正之前，斯普魯恩斯已下令「大黃蜂號」發動攻擊。七時五十九分，「大黃蜂號」派出二十六架無畏式和八架野貓式。「野貓式一同前往」是出於謹慎。「為了防止原先並未發現的敵機的抵抗」。【註：「大黃蜂號」報告，一九四二年六月十三日。】
與此同時，「大黃蜂號」的另一架８—Ｂ—８機於七時三十分報告說，發現二艘重巡洋艦和三艘驅逐艦。【註：「企業號」報告，一九四二年六月八日。】兩次發現敵情標在圖上後，可以看出兩者相距五十二海里。這足以使斯普魯恩斯相信，他要對付的敵人有兩路。奇怪的是，那天的空戰以及巡洋艦派出的偵察機都沒有把情況搞清楚，當然，這一海域中只有一批日艦，即受傷的「三隈號」和「最上號」以及護航的「荒潮號」和「朝潮號」。【註：「中途島海戰分析」，第一百七十四頁。】
空中觀察時很容易把艦種搞錯。這只是一九四二年六月六日出現的一系列錯情的第一個，因而這一天也成了研究這種錯情的典型材料。
起飛不到兩小時，「大黃蜂號」的俯衝轟炸機發現並攻擊了目標。「參加飛行的所有飛行員都認為，他們的主要目標肯定不是巡洋艦，而是一艘戰艦（也許是「霧島」級）。」不過，分不清「霧島」級戰艦（排水量略大於三萬一千噸）和「最上」級重巡洋艦（排水量約一萬二千噸），對於飛行員們向目標攻擊並沒有太大的影響。【註：「大黃蜂號」報告，一九四二年六月十三日；《日本帝國海軍》，第四十七、一百五十五頁。】
「大黃蜂號」聲稱他們有兩顆一千磅、一顆五百磅的炸彈擊中了一艘敵艦——也許是「三隈號」。他們還說有兩顆炸彈擊中了第二個目標——