六月四日下午晚些時候，和煦的陽光照在海面上，但展現在山本和宇垣眼前的卻是他們做夢也沒想到的一派死亡和毀滅的情景。附近的日艦之間的聯絡也反應出局面混亂得令人寒心。
十六時五十五分，南雲下令「濱風號」驅逐艦艦長折田常雄海軍中佐「與『磯風號』一起為『蒼龍號』護航，同時向西北撤退」。但五分鐘後用無線電向第四驅逐艦分隊司令有賀海軍大佐請示的卻是「磯風號」艦長豐島俊一海軍中佐：「『蒼龍號』已失去航行能力，我該怎麼辦？」【註：日本的敘述，第二十九頁。】
半小時後，有賀命令豐島「在『蒼龍號』附近待命」，還問：「如果火勢得以控制，它是否還能航行？」【註：同上，第三十頁。】
等到十八時仍沒有回答，有賀再次發報給「濱風號」以及「加賀號」的護航艦艇之一「舞風號」：「『加賀號』和『蒼龍號』是否有沉沒的危險，請回答。」兩分鐘後，忠實可靠的豐島對第一個問題作了答覆：「靠自身動力航行已沒有希望了。倖存者都已轉移至我艦。」【註：日本的敘述，第三十一頁。】
大約六百名倖存者上了「磯風號」。豐島不得不命令他們不得隨意走動，因為艦已負重太大，怕萬一發生傾覆。他的命令其實有點多餘，因為從「蒼龍號」上下來的幾乎全是傷員，「磯風號」上一片淒慘的號哭呻吟。許多人雖然從「蒼龍號」上死裡逃生，結果卻在「磯風號」上命歸黃泉。不斷有人死去，屍體被一具接一具地抬進單獨的一個艙間。【註：「悲劇之戰」。】
十八時三十分，正當中途島的轟炸機向機動部隊的巡洋艦發動攻擊時，南雲收到「築摩號」燈光信號報告說，四艘敵航空母艦及其護航艦隻正向西航行。顯然是由於這些令人不快的動向，有賀才無可奈何地給守護「赤城號」和「蒼龍號」的驅逐艦發報說：「各艦要保護自己分管的航空母艦，防止敵潛艇及特混艦隊的襲擊。如敵特混艦隊真攻上來，就採用打了就跑的戰術消滅之。」【註：日本的敘述，第三十四頁。】
這樣的信任實在是令人傷心——命令兩艘驅逐艦與一支特混艦隊交戰並消滅之，這兩艘艦上又滿載著數百名死裡逃生的倖存者，其中許多是傷員，而且艦體的吃水已齊到舷邊上緣。
當落日開始把它那美麗的粉紅色餘暉輕輕地撒向太平洋時，保護「蒼龍號」的驅逐艦正與它保持著一段距離，小心翼翼地繞著它航行。一架美ＰＢＹ機在炮火射程之外盤旋，跟蹤這艘受創的航空母艦，但並無攻擊企圖。大約十九時左右，「蒼龍號」的大火似乎有所減弱。倖存者中官階最高的軍官著手組織人員滅火，企圖再上母艦去拯救它。準備登艦的人員還沒動身，該艦上又發生一次劇烈爆炸，把驅逐艦也震得猛烈搖晃。一股通紅的火苗直衝被夕陽映紅的天空。它似乎是「蒼龍號」的英魂，正掙脫那受傷的鋼鐵軀殼而直衝雲霄。驅逐艦上有人本能地高喊著向它告別：「『蒼龍號』萬歲！」聽到這一聲喊的人，個個熱淚奪眶而出，都跟著喊起來。航空母艦漸漸無聲無息地從海面上消失了。大約十分鐘後，倖存者們又感到水下發生一次猛烈爆炸。海面逐步恢復了平靜，夕陽把空蕩蕩的海面照得通紅。【註：「悲劇之戰」：日本的敘述，第十頁。】
在幾海里之外的藍色海面上，「舡魚號」潛艇的潛望鏡留下了一道白色浪跡。布羅克曼海軍中校跟蹤這艘航空母艦已近三個小時。當航空母艦逐步停了車時，他在自己的崗位上看得著了迷。航空母艦的艦體平穩，艦殼似乎沒受損，起初他看到的烈火和濃煙似乎得到了控制。他還看見艦首前方海面有隻小船，有人企圖把一根拖纜甩上去，另外還能看見前甲板上很多人在忙碌著。
在布羅克曼面前有三個可供選擇的攻擊目標——受損的航空母艦或它的兩艘護航艦艇。它們在航空母艦前方約二海里處，被布羅克曼當成了「巡洋艦」。他認為「舡魚號」靠蓄電池為動力，無法對兩艘快速「巡洋艦」進行長距離追擊，所以就決定結果這艘航空母艦的性命，免得它的艦員把它修復，或拖走。他謹慎地以潛望鏡深度接敵，向航空母艦靠艦橋的右舷方向迂迴，以尋機攻敵。他和軍官們反覆核對日美雙方航空母艦的側視圖，滿意地發現那是艘「蒼龍」級航空母艦。【註：「舡魚號」的敘述。】
實際上，布羅克曼對這幾艘艦的識別是大錯特錯的。他認為是「巡洋艦」的那兩艘其實是「萩風號」和「舞風號」驅逐艦，那航空母艦則是「加賀號」，其上部結構和「蒼龍號」一樣在艦右側。雖然「加賀號」比「蒼龍號」大得多，但從潛望鏡看到的「加賀號」很容易被誤認為是「蒼龍號」，而不會被當成「飛龍號」，因為「飛龍號」的上部結構在左側。【註：《中途島海戰》，第一百八十六頁；《日本帝國海軍》，第一百七十九、一百八十一頁。】
十三時五十九分，布羅克曼在距航空母艦三千四百碼處發射了第一枚魚雷，又在稍近處發射了另外兩枚魚雷。他確信三枚魚雷全部命中，因為十四時十分時敵航空母艦通體是火。【註：「舡魚號」航海日誌，一九四二年六月四日；「舡魚號」的敘述。】
這個錯誤不難理解，它是一廂情願而已。實際上有兩枚魚雷脫靶。當一枚魚雷徑直朝「加賀號」疾駛過來時，通訊參謀三屋看見一條翻滾著的白色浪跡，心想這下航空母艦要壽終正寢了，於是屏氣默禱起來。【註：《我與美國人作戰》，第一百五十五頁。】他的禱告有了靈驗，因為那魚雷擊中艦體後斷成了兩截，沒有爆炸。它的彈頭沉下水，但後半截卻像塊巨大的軟木浮出水面。在附近踩水的幾名倖存者向這只天賜的救生筏游去，感恩戴德地抓住它，其中還有個人爬上去騎在它上邊。看見自己的同伴把美國魚雷當馬騎，這些落水者不禁哈哈大笑，忘卻了眼前的煩惱。【註：同上；「悲劇之戰」。】
布羅克曼看見的那場大火，也許是航空母艦上厚厚的油漆塗層燃燒所致。火從下午開始燒起，接著就向全艦蔓延。在隨後的兩個小時裡，「萩風號」艦長巖上次一海軍中佐熟練自如地指揮著自己的驅逐艦，以深水炸彈攻擊「舡魚號」。「舡魚號」十分不安，全力進行規避，因為深水炸彈對它的攻擊時間很長，爆炸點離它也很近。如果深水炸彈再深一點，那麼，「舡魚號」的歷險記也就到此結束了。實際上，潛艇裡發生了幾處小滲漏。艇員們曾聽見艇的上方一陣奇怪的響聲，彷彿有人在艇身上拖一根鏈條似的。甲板上曾兩度傳來重物撞擊的悶聲。聲納操縱手報告說，指示器上到處顯示有螺旋槳的響聲。原來這時正是「萩風號」從它上方駛過。
「艇長，真是誠則靈啊！」一個炊事值勤兵在「舡魚號」脫險後虔誠地說。在此後很長一段時間裡，他每天都要準備一段佈道的說教貼在佈告欄裡。【註：「舡魚號」航海日誌，一九四二年六月四日；「舡魚號」的敘述；《珊瑚海海戰、中途島海戰及潛艇作戰》，第一百二十九頁注。】
與此同時，「加賀號」上天谷海軍中佐的消防人員與不斷蔓延的烈火繼續搏鬥著，但越來越無濟於事。易燃的油漆把大火帶到全艦各部位，誘發了炸彈庫以及機庫裡炸彈和魚雷的爆炸。劇烈的爆炸氣浪把人、甚至把艦上的鋼板，都像火柴桿一樣掀進大海。【註：天谷的答覆。】
病員艙裡，一位年輕少尉帶著幾名衛生兵在奮戰。大火阻斷了他們同艦上其它部位的聯繫。少尉命令一個姓岡本的衛生兵想辦法把傷員轉移到安全的地方，岡本找了一通之後向少尉匯報說，所有通道都被阻斷。少尉說了聲「謝謝，你費心了」，隨即無可奈何地把眼睛閉了起來。
但一位老資格的士官說，「我們不能束手待斃，可以從舷窗出去。」衛生兵把傷員從舷窗往外推時，天花板已經著火。他們盡量多推出一些傷員，接著他們自己也脫了險。這名英勇的士官急中生智，救了許多人的性命，但他自己卻紋絲不動。他知道自己塊頭太大，從舷窗無法擠出去。岡本爬出舷窗，縱身跳進海裡，被一艘驅逐艦救起。【註：「悲劇之戰」。】
時間緊迫，天谷非作決定不可了，可這是個非常難作的決定。他不是海軍，憑自己的常識，他覺得自己以及他的航空兵弟兄們不但幫不了「加賀號」的忙，反倒成了累贅。他們對於這艘大型航空母艦的複雜操作技術一竅不通，更何況這又是一艘受了重創的航空母艦。現在誰也沒時間教他們。不過富有實戰經驗的海軍航空兵也是寶貴的財富，他們將來更加難得。天谷的理智和實事求是的愛國精神支配著他，要他帶著飛行員們離開「加賀號」，準備重新戰鬥。【註：天谷的答覆。】
但是另一方面，天谷也感到一股難堪的壓力，使他想到了自殺，因為處在他當時境遇的人，自殺符合日本人的傳統做法。不管他是航空兵還是什麼兵，因為官階最高，他擔任了「加賀號」的指揮。在帝國海軍中，當時仍保持著古代的傳統：艦長與艦艇共存亡。日本男子認為，他們是神明所選中的，屬於優等民族，比其他人有教養。他們頭腦中的這一自我形象是根深蒂固的。他們認為任何結局都