「敵艦隊中似乎有一艘航空母艦殿後（五時二十分）。」【註：日本的敘述，第七頁。】「利根號」上的大忙人四號偵察機發回的這個報告使日本人大為震驚，其程度比美機在那天上午扔下的哪一顆炸彈都厲害。
草鹿回憶說：「雖然我們並沒有完全排除這種不測，但我的確大吃一驚。」【註：草鹿的陳述；《聯合艦隊》，第八十五頁。】從理智上接受一個概念是一回事，相信確有其事則又是一回事。「利根號」上的偵察機八時零九分的報告並沒有排除在這一海域有航空母艦的可能性，這一點南雲及其幕僚是一清二楚的，因此他們只是暫時鬆了一口氣。這下真的發現美國航空母艦了，他們感到很是意外。
「糟糕！」草鹿暗自吃了一驚。
一個人頭腦中所考慮的問題，另一個人很難確切知道。但草鹿卻瞭解南雲。只有才幹卓著、忠心耿耿的參謀長對自己的長官才能有這樣的瞭解。一個人對另一個人的瞭解，大概最多也只能達到這種程度。草鹿發現在危急關頭，南雲既沒有鬱鬱不悅，也沒有舉棋不定。草鹿說：「也許他曾一度感到震驚，但我認為，面臨這種突然情況，誰都可能一下子感到很吃驚。」【註：草鹿的陳述。】
這個報告大約在八時三十分送到南雲手中，【註：日本的敘述，第七頁。】而且來得正是時候。僅在幾分鐘之前，天邊曾出現大批飛機，護航艦艇很自然地就把它們當成又一批來犯敵機，於是向它們開了火。【註：「悲劇之戰」。】幸虧有人眼尖，認出他們是我方攻擊中途島後返航的飛機，才沒有造成損失。【註：日本的敘述，第六頁。】友永的返航飛機盤旋著待命降落，這時南雲及其幕僚正在研究分析來自「利根號」上四號機的最新報告。
友永的飛機和偵察機的情報同時到達。這就迫使南雲去作出既十分關鍵又非常棘手的決定。毫無疑問，應當攻擊這艘航空母艦以及為之護航的巡洋艦和驅逐艦。正如源田所說：「我們當時都覺得是中了埋伏。這也促使我們下決心無論如何要與敵人決戰一場。在這方面，南雲的任務是明確的，問題在於，他是立即把當時所有的飛機派去攻擊敵航空母艦，還是讓友永的飛機降落，補充油料和彈藥，再以集團進攻來對付這一威脅？」【註：源田的陳述。】
這時，山口通過「野分號」驅逐艦打信號提出了自己的見解：「宜立即派出攻擊部隊。」【註：源田和草鹿的陳述；「悲劇之戰」；《中途島海戰》，第一百六十九—一百七十頁。據日本的敘述，南雲的戰鬥日誌中沒有記載山口的這個意見。】這是多此一舉，因為如果南雲要徵求他的意見，是會問他的。山口保持了一段時間的緘默，現在再也憋不住了。他性情急躁，求戰心切，又與南雲不睦。而且他似乎毫不懷疑，由他來擔任機動部隊司令，他會比他的上司南雲更稱職。【註：宇垣日記，一九四二年六月八日】
南雲無須這個督促。他是襲擊珍珠港的勝利者，對突然襲擊和速戰速決的作用比誰都清楚。但南雲手上捏著幾百號人的性命。對此，他要對山本，對天皇，對列祖列宗的神靈負責。這時候，機動部隊中能立即起飛的只有「飛龍號」和「蒼龍號」上的三十六架俯衝轟炸機，以及停放在「赤城號」和「加賀號」飛行甲板上的已經換裝上單重八百公斤炸彈的魚雷機。這兩艘艦上其餘的魚雷機還正在換裝炸彈。【註：源田的陳述。】
不宜立即派飛機去殲滅美艦隊有三個原因。第一，實施魚雷轟炸是日本海軍航空兵的專長，水平轟炸無論如何也不理想，效果也差，而俯衝轟炸的效果也不見得好多少。第二，南雲已派不出戰鬥機來為轟炸機護航。他的戰鬥機已全部升空，有的正隨友永的飛機一起在天上盤旋，有的正在追殲中途島的陸基攻擊飛機的殘兵敗將，還有一部分受了傷。所有這些飛機上油料都已所剩無幾。
在這個問題上，草鹿的態度是堅定的。他說：「山口提出的不補充油料彈藥就去攻擊敵艦隊的觀點，我並不完全反對，但不派戰鬥機掩護這一點，我是不同意的。因為我親眼看見了沒有戰鬥機掩護的美轟炸機是怎樣被我方戰鬥機無情地、幾乎全部消滅的。我真心實意地想盡量為他們提供戰鬥機掩護。」【註：草鹿的陳述。】
最後，還有一個重要原因。不清理出飛行甲板，就無法回收攻擊中途島後返航的飛機。每一秒鐘它們的油料都在下降，許多飛機處境危急。源田說：「這關係到第一波一百多架精銳飛機是否會因為在水面迫降而報銷。」
作為第一航空艦隊航空參謀的源田「不禁猶豫起來：難道真要讓大約二百名技術熟練的飛行員在海上迫降，眼巴巴地盼著在一旁待命的驅逐艦來救他們」。另外，他與草鹿兩人意見完全一致，也認為「剛才的戰鬥有力地證明了沒有戰鬥機掩護，空中攻擊部隊是不能給有戰鬥機護航的敵部隊造成什麼損失的」。基於這些原因，源田向南雲和草鹿建議，先回收第一波飛機，再準備發起攻擊。
要把在天上嗡嗡盤旋的第一波飛機收回，首先必須清理飛行甲板，這樣送下機庫的飛機可以趁此機會重新卸下炸彈，換裝魚雷。在艦橋上，南雲綜觀全局、權衡利弊，絲毫沒有陷入哈姆雷特式的沉思和猶豫。源田堅定地認為：「當機立斷的人是絕不會猶豫不決的。」【註：源田的陳述。】收到「利根號」上偵察機的無線電報告頂多一一二分鐘後，南雲就迅速下令：「艦載轟炸機準備第二次攻擊。裝上二百五十公斤重的炸彈（魚雷）。」【註：日本的敘述，第十六頁。】
脾氣很好的增田樂呵呵地說道：「你看看，又得重來一遍！這玩藝兒像快速換裝比賽了。」【註：《中途島》，第一百七十—一百七十一頁。】有些作業隊員則不那麼開心，因為這些笨重的傢伙得由他們來搬運、堆放，卸下、裝上。他們相互議論：「司令部究竟在搞什麼名堂？」【註：「悲劇之戰」。】
經過五分鐘的緊張突擊，甲板清理完畢。八時三十七分，桁端升起「開始降落」的信號。「飛龍號」上的一架轟炸機剛降落，被機槍打傷的駕駛員角野博治海軍大尉就昏過去了。【註：《中途島海戰》，第一百六十四頁。】友永走出飛機，與橋本海軍大尉並肩而行。他若有所思地說：「離島不遠時我們遭到敵戰鬥機攻擊，我以為這下完蛋了。自支那事件以來，我多次死裡逃生，所以我這次即使死，也死而無憾了。但我想，像你這樣的年輕人不該死。」橋本看到自己所衷心欽佩的飛行隊長在這種情況下還記掛著自己，深為感動，心中十分感激。【註：橋本的陳述。】
千早在「赤城號」上降落後氣得哇哇直叫：「把友機當敵機的炮兵指揮官應當撤職！」他和他的隊友山田海軍大尉向艦橋報告說，島上的簡易機場不像日本情報資料所說的只有一個，而是有三個。
「敵人出動戰鬥機沒有？」淵田問道。他急於想瞭解這次襲擊的每個細節，仍然認為這次攻擊嚴格地說是他的事。
「我們離島大約還有十分鐘的時候，格魯曼式飛機出動，弄得我們很狼狽，」山口答道。他還說高炮火力「比預料的要猛」。【註：「悲劇之戰」。】
直到九時十八分，最後一架飛機才降落。這時「赤城號」上忙得不亦樂乎。大約八時三十分，艦橋上又收到「利根號」上那架可靠的偵察機的報告：「又發現巡洋艦二艘，方位八度，距中途島二百五十海里，航向一百五十度，航速二十五節，」八時四十五分，「赤城號」收到一份內容幾乎完全相同的電報。【註：日本的敘述，第十六—十七頁。】
這項報告沒有引起多大波動。草鹿認為這也許只說明敵航空母艦群不是一個，而是二個。這樣，機動部隊就應當攻擊先發現的那個航空母艦群，因為它可能離得近些。【註：草鹿的陳述。】但如果像大多數參謀人員所推測的那樣，這二艘巡洋艦隻是後加入先前發現的艦群的，那將無礙於大局。南雲已經作了決定。甲板下的機庫裡，穿著短襯衫和短褲的艦員們正汗流浹背地把單重八百公斤的炸彈卸下來。他們沒有把這些炸彈送進彈藥庫，而是把它們胡亂地堆在機庫附近。【註：《中途島海戰》，第一百七十一頁。】
按照南雲的計劃，「赤城號」和「加賀號」應當在十時三十分前把所有飛機都加足油，把所有轟炸機都掛上魚雷，作好起飛準備，「蒼龍號」和「飛龍號」最遲不得超過十一時也要把一切準備就緒。他計劃第一波每艦起飛三架戰鬥機，從「赤城號」、「蒼龍號」和「飛龍號」各起飛十八架轟炸機，從「加賀號」起飛二十七架轟炸機。【註：同上，第八頁。】
與此同時，南雲下令「蒼龍號」派出一架高速試驗型偵察機，前去核實「利根號」上那架偵察機所報告的敵情。【註：日本的敘述，第七頁。】大約在同一時間裡，即八時四十五分，阿部下令「築摩號」派一架零型水上飛機去執行同樣的任務。他作出這項決定時，「利根號」上的偵察機報告說它正在返航。【註：同上，第十六頁。】
阿部當即嚴令該機暫緩返航，南雲命令其「打開發報機，準備測向」。這一命令的言外之意就