早在珊瑚海戰役開始前，旨在進攻中途島的訓練工作就已開始。現在，該戰役已經結束，而訓練工作仍在進行。一直關注著這一訓練的南雲痛心地看到人員的素質起了變化。任何懂行的觀察家都看到，這種隨隨便便、馬馬虎虎的演習很難令人相信這就是為襲擊珍珠港曾受過持久不懈的嚴格細緻訓練的海軍航空兵部隊。在許多方面，它確實是今不如昔了。
南雲的四艘航空母艦中，只有被認為運氣很好的堅強的老姑娘「加賀號」仍處於良好狀態，可供飛機起降練習。其餘三艘在海上活動數月後均需大修和補充。因此，五月初的演習一結束，南雲就改「加賀號」為旗艦，直到五月中旬「赤城號」返回瀨戶內海。【註：見《日本對中途島海戰的敘述》（英譯本），第六頁。以下稱日本的敘述。】
總的說來，那些感到對作戰訓練應負主要責任的人對訓練計劃是不滿意的。這種情緒不無道理。雖然每個人都從自己的角度看問題，但一致認為訓練效果不如人意。
在源田看來，時間太緊。他說：「我們沒有充足的時間訓練飛行員。結果，訓練不及珍珠港作戰時那樣充分。只有新近配備的彗星式艦載偵察機例外，它們雖然數量很少，但都受過以跟蹤敵航空母艦為重點的專門訓練。」他承認並「沒有採取特別的訓練措施。因為我相信迄今為止所運用的訓練方法和作戰程序在即將進行的中途島戰役中可以奏效。但是，鑒於珊瑚海戰役的經驗，魚雷轟炸機投放魚雷的高度被盡可能地降到了最低點。」【註：源田的陳述。】
橋口看到了在中途島戰役前與襲擊珍珠港前準備工作的明顯不同：
「襲擊珍珠港之前，進攻訓練極為充分。訓練中使用了珍珠港的模型。結果，飛行員們對該島的地形、各自的攻擊目標、攻擊路線、攻擊方式等等都很熟悉。而中途島戰役開始前訓練時間很短。而且很明顯，當時的重點不是放在訓練上，而是放在完成準備工作和補充上。」
橋口還說，「另一原因也許是艦載機飛行員早已受過了良好的訓練。」【註：橋口的陳述。】顯然，由於六個月來接連不斷地取得勝利，這些老飛行員對於中途島戰前的例行複習並不十分認真。
使南雲擔心的是：準備的時間太少，補充的新手太多。他在中途島戰役以後報告說，由於這些原因，——「除基本訓練外，實際上沒有人受過進一步訓練」。說實在的，人們不禁要問：南雲這些哀傷的話有多少是對當時情況的準確誠實的回顧，又有多少是事後為開脫罪責的托詞：
「毫無經驗的飛行員剛剛達到白天在航空母艦上降落的水平——甚至一些較有經驗的飛行員技術也荒疏了。沒有機會進行聯合訓練，這樣，聯絡部隊、照明部隊、攻擊部隊之間當然不可能協同動作，因此，夜間進攻取得滿意效果的可能性近乎零。」【註：日本的敘述，第五頁。】
水平轟炸機的長機在巖國以戰艦「攝津號」作為靶子進行演練，「技術水平達到相當熟練的程度，但卻沒有機會參加編隊轟炸練習」。由於「攝津號」不能開到俯衝轟炸機的基地附近，因而俯衝轟炸機只能不斷往返於基地與瀨戶內海西部之間，這樣就浪費了寶貴的時間。而且，這些人員「如果每天參加一次以上的俯衝轟炸練習，他們的基本訓練就會受到嚴重干擾」。他們的空戰演習情況也不妙，「僅僅進行了單機空戰實彈射擊和基本訓練。較有經驗的飛行員雖然參加了編隊空戰戰術練習，但也只限於三機編隊」。【註：同上，第五—六頁。】
魚雷機轟炸是日本的拿手好戲，在珍珠港曾立下赫赫戰功。然而現在這方面的情況卻最為糟糕。五月中旬進行了模擬攻擊，由橫須賀陸軍航空隊的軍官擔任裁判，結果並不令人樂觀。事實上，「這些演習的結果很令人失望，連一些裁判員都感慨地說，水平如此低劣的人員竟然能在珊瑚海戰役中取得輝煌戰果，簡直不可思議。」【註：同上，第五頁。】
顯然沒有人告訴他們這些並不是參加珊瑚海戰役的飛行員，他們的驚奇也沒有使他們去探究珊瑚海上的戰果是否確如宣揚的那麼「輝煌」。從戰役結束至五月底，日本淹沒在一片自吹自擂之中。
五月十三日，《日本時報與廣告報》真的大大地吹了一番。一篇未署名的文章樂觀地宣告，「大東亞戰爭開始以來（美國）海軍的這些失敗幾乎排除了日美在太平洋再次進行大海戰的可能性。美國海軍的主力艦隊正躺在太平洋底。美國有無能力再派艦隊到太平洋來是大可懷疑的。」
日本人就是這樣篤定地設想著自己的優勢。對於一支正在準備「將來的一場大海戰」的海軍來說，提倡這種態度是有害的。如果少吹一點，日本人也許會加緊修復「翔鶴號」，補充「瑞鶴號」，它們也許能趕上參加中途島戰役。即便是很瞧不起美國人的作戰效能和戰鬥意志，日本人也應該記著中國的一句古老諺語：「獅子搏兔，亦用全力」。【註：原為一、弗雷德‧塞托、羅傑‧皮努合著《日本驅逐艦艦長》，第一百零三頁。以下稱《驅逐艦艦長》。】
然而，折磨著草鹿的是日本的一句俗話：「一人追兩兔，一隻也捉不住。」他擔心在即將到來的戰役中這句話會應驗在肩負雙重任務的第一航空艦隊身上。他解釋道：
「聯合艦隊的計劃給我們規定了兩個目標：一是作為以攻佔中途島為主要目標的先頭突擊部隊，二是當敵特混艦隊出迎我軍時將其殲滅。從整個作戰計劃考慮，應以前者為主。而且還應考慮到敵可能出動陸基飛機對我發動進攻——我最擔心這一點，因為這意味著第一航空艦隊要同時追逐兩隻兔子。」【註：草鹿龍之介《聯合艦隊》，第七十三—七十四頁。以下稱《聯合艦隊》。】
但是在戰前這一關鍵時期，草鹿沒有向南雲提出意見和建議。他正在東京鼓動高級將領同意像海軍對袖珍潛艇人員那樣，給在珍珠港陣亡的飛行員追加兩級。對於源田、淵田和他們的飛行員來說，這個問題很棘手。使他們極為反感的是：那些作戰勇敢、勇於犧牲、然而又可憐可悲、無甚建樹的袖珍潛艇人員明顯地受到了偏愛。這些船員確實心甘情願地為國家、為天皇盡了忠，理應享受榮譽。但是，飛行員們何嘗不是這樣？而且，飛行員們沒有白白犧牲，他們是完成了任務的。所以，第一航空艦隊全體官兵一致要求給他們的英雄以同樣待遇。但是，這一切都已過去。當前，源田和淵田倒是非常希望草鹿這位能夠安定人心的將領在為下次戰役操勞，而不是為過去的爭論瞎忙。【註：《中途島海戰》，第六—八頁。】
南雲在訓練中遇到的問題繼續迅速增加。「加賀號」從「清晨到黃昏」忙碌於飛機的起降訓練，「但即使這樣，有經驗的飛行員每人也只有一次機會進行黃昏降落」。如果氣候條件允許，他們每天都進行夜間飛行訓練，但由於維修保障和時間有限，「沒有經驗的飛行員只學了最基本的技術。」總之，南雲無法迴避的事實是，「由於需要進行人員補充和調動，各艦的戰鬥效能大大下降」。【註：日本的敘述，第六頁。】
作戰保密也非無懈可擊。草鹿說，「與珍珠港作戰時的情形相比，我們不能不感到對這次作戰計劃的保密問題缺乏細緻的考慮。」【註：《聯合艦隊》，第七十五頁。】的確，該計劃的抄件早已廣泛散發，甚至發到了非參戰部隊。在錨地，聯合艦隊正在準備一次大的行動似乎已經成了公開的秘密。【註：源田的陳述。】
在海軍軍令部，氣氛也是這樣。在珍珠港作戰時率領第六艦隊（潛艇艦隊）的清水光美海軍中將於一九四二年二月哈爾西襲擊馬紹爾群島時頸部為彈片所傷，此時已經康復，臨時在軍令部任職。他「大約每隔一天」到其摯友軍令部次長伊籐整一海軍中將的辦公室小坐。在東京那裡，他看到了中途島戰役的準備情況。他回憶說：「中途島戰役開始前我就有些擔心，因為在軍令部和其他地方，人們過分公開地談論這一戰役，這與珍珠港作戰前的情形差別太大，使我擔心。」【註：對清水光美的採訪，一九六五年一月十六日。】
日本人當時就是這樣自信，而所有這些考慮也只是事後回過頭來看才顯得重要。源田對這一戰役的信心雖不及對珍珠港和印度洋戰役那麼足，但是並沒有預感到災難臨頭，只是朦朦朧朧地感到太受束縛，缺乏靈活性。「機動部隊的行動自由在時間上給限死了。」他解釋說，「由於對中途島發起攻擊的日期已經確定，這就限定了機動部隊發起攻擊的時間及其進攻位置的選擇。」【註：源田的陳述。】
戰前就感到或至少承認自己感到憂慮不安的只是極少數。三和是其中之一。他雖然對取勝未表現懷疑，但確實感到情況不妙，十分不安。五月十四日哀悼高橋之死這天，他在日記中寫道，「據報美海軍正在改變其建造戰艦的方針而轉向建造航空母艦。可以說他們終於明白過來了，跟上了形勢；但如果他們現在就全面轉變，則他們比我們更先進。」這是多麼敏銳、實在的看法！
次日，日本偵察機報告，於南太平洋發現二艘美航空母艦並正確地判斷出這是「企業號」和