聯合艦隊和第一航空艦隊幕僚們的討論還在進行，近籐信竹海軍中將率領他的第二艦隊返回了瀨戶內海。前幾天，他一直率領眾戰艦在日本附近的洋面上游弋，尋找起飛杜利特爾轟炸機群的航空母艦，結果一無所獲。五月一日，近籐登上「大和號」參加「中途島作戰」的預備演習，他當即對即將進行的中途島計劃表示懷疑，他向山本指出，美航空母艦部隊受創甚微，而且中途島守軍可以使用陸基航空兵，但日軍不能。有鑒於此，他希望不打中途島，而集中力量切斷美國和澳大利亞之間的各條運輸線。
可是，山本拒絕更改中途島戰役計劃。他對近籐說，只要能夠做到出其不意，就沒有理由認為日本不能再次取勝。對此，近籐擺出了一個難題：即使中途島拿得下，守得住，可聯合艦隊準備如何保障其供應？宇垣作了十分蹩腳的回答：如果真的無法保障後勤，完全可以在摧毀尚存的一切以後撤出。【註：《中途島海戰》，第九十三—九十四頁。】總之，聯合艦隊的幕僚們沒有進一步考慮到實際存在的，而且又是至關重要的後勤問題。
近籐的建議沒有被採納。當天就開始圖上演習。整個一九四二年暮春和夏季的作戰將分四個階段進行，進攻中途島只不過是整個行動的起點：
第一階段：聯合艦隊主力部隊將攻佔中途島：一支機動部隊將攻佔阿留申群島西部。此舉誘出美太平洋艦隊後，日軍隨即對其實施決定性打擊。使其在以後幾個月內不能成為一支主力。
第二階段：完成中途島—阿留申群島作戰任務後，大部分戰艦將返回本土待命，其餘參加中途島作戰的部隊在特魯克集結，準備七月初進攻新喀里多尼亞和斐濟群島。
第三階段：南雲的航空母艦部隊將空襲雪梨和澳大利亞東南部其他要地。
第四階段：南雲艦隊與新喀里多尼亞—斐濟參戰部隊在特魯克會合，補充給養。八月初，聯合艦隊將以全部兵力攻打約翰斯頓島和夏威夷。【註：《中途島海戰》，第九十五頁。】
龐大的圖上演習由宇垣主持，自始至終，他一直不切實際地盲目樂觀，態度強硬。他深信根本不會存在日本人不能完全控制的局勢。因此，他不允許出現任何可能嚴重影響演習順利達到預期結論的情況，他毫無顧忌地對其他演習裁判作出的不利裁決予以否定。【註：同上，第九十六頁。】
山本已經調集二百餘艘艦船參加這一大規模戰役，並確定六月七日為Ｎ日【譯者註：Ｎ日即進攻日，相當於美軍的Ｄ日。】。選擇這一天進攻可以使南雲和近籐兩支艦隊有充足的時間進行徹底檢修，同時，這一天又是在未來一個多月時間裡利用滿月進行夜戰的最後機會。【註：《中途島海戰》，第七十九頁和八十四頁。】按照計劃，Ｎ日前五天即六月二日，小松輝久海軍中將的先遣潛艇部隊將在中途島以東設置由三個部分組成的警戒線，以便偵察敵艦隊活動情況。第三潛艇戰隊（伊—一六八、伊—一六九、伊—一七一、伊—一七四、伊—一七五）將部署在北緯十九度三十分—二十三度三十分、西經一六七度一線；第五潛艇戰隊（伊—一五六、伊—一五七、伊—一五十八、伊—一五九、伊—一六二、伊—一六五、伊—一六六）將部署在北緯二十九度三十分、西經一百六十四度三十分至北緯二十六度十分、西經一百六十七度一線，最後，第十三潛艇分隊（伊—一二一、伊—一二二、伊—一二三）將作為補給隊，向利相斯基島和弗倫奇—弗里蓋特環礁運送汽油和柴油。【註：同上，第八十九頁；對渡邊的採訪，一九六四年九月二十六日。】
按照海軍軍令部三代的計劃，這些潛艇還負責為兩架各重三十一噸、飛行距離為四千海里的川西二式水上飛機加油的任務。這兩架飛機將從沃特傑環礁起飛，在弗倫奇—弗里格特環礁接受潛艇加油，並對敵兵力及活動進行偵察。因為日本戰前在歐胡島建立的出色的諜報機構已經痛失。在三月四日，已有兩架這種水上飛機飛抵珍珠港上空作摹擬投彈練習並投了幾顆炸彈，但完全是為了嚇唬對方。【註：同上，第八十八頁；巴德對三代的採訪，一九六六年五月六日。】
儘管水下先遣任務極為重要，但潛艇部隊司令小松沒有親自參加演習。不過，他的全體參謀都參加了。在中途島作戰計劃的正式命令中隻字未提潛艇搜索任務。這類作戰命令中的潛艇部分通常是由山本的潛艇參謀有馬高泰海軍中佐負責起草的，但出於某種原因，黑島告訴他不必這樣做。【註：對渡邊的採訪，一九六四年九月二十六日和十月六日。】
就位的下一支部隊是細萱戍四郎海軍中將的北方部隊。他們將於Ｎ日前三天即六月四日進攻阿留申群島。這支艦隊大得令人生畏。它轄有三艘重型巡洋艦、三艘輕型巡洋艦、一艘輔助巡洋艦、十二艘驅逐艦、三艘掃雷艦、一艘佈雷艦、三艘共載一千二百人的陸軍登陸隊和一千二百五十人的海軍登陸隊的運輸艦，還有二艘航空母艦——載有十六架戰鬥機和二十一架魚雷轟炸機的「龍驤號」和搭載二十四架戰鬥機和二十一架俯衝轟炸機的「隼鷹號」。【註：《中途島海戰》，第八十九—八十三頁。】
主攻方向是中途島。南雲的第一航空母艦突擊部隊將於Ｎ日前二天（六月五日）從中途島東北約二百五十海里處開始行動。任務是：清除攻擊範圍內所有敵水面及空中部隊，摧毀中途島海岸設施。按原計劃，南雲將率領襲擊珍珠港時的六艘航空母艦，但由於「翔鶴號」和「瑞鶴號」仍在南太平洋作戰，能否趕回來還不知道，但他能指望「赤城號」、「加賀號」、「飛龍號」和「蒼龍號」四艘航空母艦投入中途島作戰。「赤城號」和「加賀號」共載四十二架戰鬥機、四十二架俯衝轟炸機、五十一架魚雷轟炸機。「蒼龍號」和「飛龍號」也有同樣數目的戰鬥機和俯衝轟炸機，還有四十二架魚雷轟炸機。南雲的支援艦只有戰艦「榛名號」和「霧島號」、重巡洋艦「利根號」和「築摩號」、輕巡洋艦「長良號」，還有十一艘驅逐艦。【註：同上，第八十—八十一、八十五，一百零六頁。】
該計劃要求由水上飛機母艦「千歲號」和「神川丸號」、一艘驅逐艦和一艘巡邏艇組成的籐田類太郎海軍少將的水上飛機母艦部隊於次日攻佔中途島西北約六十海里的庫雷島。這樣，二十四架艦載戰鬥機和八架偵察機將以庫雷島為基地支援主力登陸。
根據演習中的計劃，從塞班島出發的由十二艘運輸船和三艘快速運輸艦組成的田中賴三海軍少將的輸送船團將於同日（六月六日）與從本土向東稍偏南運動的近籐的中途島攻擊部隊主力相會合。【註：《中途島海戰》，第八十六—八十六頁。】為使美國人誤以為日軍主力來自南方，田中的船隊須在此時故意讓敵方發現。【註：對渡邊的採訪，一九六四年九月二十六日。】這就需要精確地計算時間：攻擊部隊既要被敵人發現，又不能過早暴露。
Ｎ日凌晨，田中將使搭載的擁有五千人的部隊登陸，同時從關島開來的栗田健男海軍中將的重巡洋艦「熊野號」、「三隈號」，「鈴谷號」、「最上號」以及二艘驅逐艦實施近距離支援。近籐的主力——戰艦「金剛號」、「比睿號」，重巡洋艦「愛宕號」、「鳥海號」、「妙高號」、「羽黑號」，輕巡洋艦「由良號」，八艘驅逐艦，以及載有十二架戰鬥機和十二架魚雷轟炸機的小型航空母艦「瑞鳳號」——將留在中途島西南稍偏南處掩護側翼。【註：《中途島海戰》，第八十一—八十二、八十六頁。】
山本的主力將如何動作？由戰艦「日向號」、「伊勢號」、「扶桑號」、「山城號」，二艘輕巡洋艦及十二艘驅逐艦組成的高須四郎海軍中將指揮的警戒部隊將按計劃為進攻阿留申群島提供警戒。山本將在「大和號」上，該艦由戰艦「長門號」和「陸奧號」護衛。輕巡洋艦「川內號」、九艘驅逐艦、攜帶八架轟炸機的小型航空母艦「鳳翔號」、攜帶水面作戰時用以騷擾美艦的袖珍潛艇的水上飛機母艦「千代田號」和「日進號」，均作為支援部隊。【註：同上，第八十、八十五頁。】
這樣，山本的指揮位置將在中途島西北六百海里處，遠離潛在的戰場。高須的警戒部隊在山本以北五百海里處。作為整個作戰尖兵的南雲部隊將在山本以東三百海里處。最後，這時已經從阿拉斯加海域返回的角田覺治海軍少將的第二航空母艦攻擊部隊將位於警戒部隊以東三百海里處。【註：《中途島海戰》，第八十六頁。】
如果一切按照計劃進行，這支龐大的艦隊將分散在中太平洋北部一千海里的水面上。每支部隊都將等待著Ｎ日後的某個時候美國太平洋艦隊出現在水天線上。
雖然兵力很分散，但如出現不測，仍可合兵一處集中對敵。不過，並沒有人真正相信會出現這種情況。「幾乎所有的人都認為勝利在握，」渡邊說，「美國艦隊的大部在大西洋。據此，我們相信在太平洋上日本海軍居於優勢。如果指揮得當，不可能不取勝。」【註：對波邊的採訪，一九六四年九月二十六日。】這本身就有個很大的「如果」問題，而且，不用說，這個計劃是建立在美