三月二十八日，黑島召集他的參謀們開始認真研究中途島作戰方案。【註：對渡邊的採訪，一九六四年九月二十五日和一九六五年一月七日。】但不久，他們就遇到了一個需要解決的手續問題。聯合艦隊是帝國海軍的三大部分之一，另外兩個是海軍省和海軍軍令部。三者的職責大體上分別為作戰、內務管理和計劃。制定作戰計劃是軍令部計劃課的專門職責。該課課長由富岡定俊海軍大佐擔任，他聰明，頭腦冷靜，手下全是年輕有為的軍官。
這時，軍令部設想美國反擊日本可能採用的進攻路線有三條：阿留申群島、馬紹爾群島和澳大利亞。軍令部認為最後一條路線對日威脅最大。【註：巴德對富岡的採訪，一九六六年五月六日。】因此，富岡的計劃課贊成攻擊薩摩亞和斐濟群島，相信此舉可誘出美國艦隊來保護它與澳大利亞之間的交通線。但是，山本不同意這種設想，派出兩名代表前往東京與富岡及其參謀們爭個明白。
凡是瞭解山本的人都會估計到他的特使一定是黑島和渡邊。他們兩人對山本極端忠誠，都願拚死實現山本的每一項計劃。
首席參謀黑島飯量、酒量都大得驚人，看起來仍然像埃爾‧格列柯【譯者註：埃爾‧格列柯（Ｅｌ Ｇｒｅｃｏ）：文藝復興時期西班牙畫家。】筆下大齋期的修道士。黑島這個人與眾不同，在這樣一個厭惡、懷疑不隨大流者的國度和時代，他簡直是一個怪人。他頭皮緊繃，腦子雖有些古怪曲折，但卻十分好使。山本對他甚是器重。
渡邊是聯合艦隊參謀班子裡黑島最好的朋友，他也深得山本的寵愛。他高高的個子，瘦骨嶙峋，長方臉，牙齒大而潔白，笑起來十分溫和。渡邊是個出色的計劃參謀，同時又心地善良，單純樸實。【註：這些描寫出於本文作者與渡邊、黑島的長期的友誼。】
四月二—五日，在一系列會議上，他們兩人或一塊兒或單獨地起勁而雄辯地闡述了山本的看法。他們說，首先，斐濟和薩摩亞距離美國本土太遠，即使失守，激起的輿論反應也不大可能強到足以誘出美太平洋艦隊。其次，日本製造的軍艦的快速度是以犧牲續航距離為代價的，到那麼遠的地方去作戰不大現實。第三，美國的海軍航空兵實力仍很強大。【註：對渡邊的採訪，一九六四年九月二十五日；對黑島的採訪，一九六四年十一月二十八日。】
要在這場辯論中取勝絕不是輕而易舉的事。聯合艦隊的代表遭到了各級不同程度的反對。富岡的頂頭上司軍令部第一部部長福留繁海軍中將不喜歡中途島戰役計劃，但沒有表示堅決反對。而富岡本人非常反對。他說，中途島難以補給供應，而且會經常受到美遠程飛機的襲擊。這塊環礁對日本沒有戰略價值。此外，富岡還提出美國是否會覺得不值得派艦隊來冒險。【註：巴德對富岡的採訪，一九六六年五月六日。】
兩位代表說中途島可以作為進攻夏威夷群島的中途站。但富岡及其航空方面的專家三代辰吉海軍中佐根本不聽。他們說，日本沒有這種大規模行動所需的部隊和艦隻，即使有，中途島這區區彈丸之地也難以容下。【註：同上；巴德對三代辰吉的採訪，一九六六年五月六日。】
三代是最強烈反對中途島計劃的。他主張攻打新喀里多尼亞，以切斷同盟國的交通線，迫敵於靠近日本基地而遠離美國的海區進行決戰。作為富岡計劃課裡唯一的飛行員，他從技術角度擺出了種種反對中途島計劃的理由：山本想在那裡建立的空中巡邏不可能覆蓋中途島至阿留申群島的整個區域，情況緊急時。雖能飛出七百五十海里，但五百海里更實際些。即便是飛出六百海里，飛機也只能在這個限度內停留很短時間。這種情況，再碰上惡劣的氣候，就意味著美艦可能會躲過我方偵察。他說，「建立這種巡邏基地簡直是胡來」。他指出，這一方案在紙上看起來挺好，但這樣的基地很難防守，極易受到敵潛艇炮火和Ｂ—１７轟炸機的攻擊。
最後，渡邊打電話向聯合艦隊司令部作了報告。渡邊返回富岡的辦公室後，把司令部的答覆告訴了與會者：山本已經聲明，「如果他的計劃不被採納，他可能辭職」。考慮到山本的地位和威望，軍令部只好十分勉強地撤銷了反對意見。討論珍珠港作戰計劃時的情況重演了——山本僭取了本不屬於他的職責，並以如不如願就辭職相威脅，於是軍令部只好屈從了他那客客氣氣的訛詐。【註：詳見《黎明，我們還在酣睡》，第三十七章。】
三代十分傷心，「掉了眼淚」。福留繁開導他，要他「降低」反對的調子，指示他研究聯合艦隊的計劃並對就該計劃須作出的兵力調整提出建議。【註：巴德對三代的採訪，一九六六年五月六日，奧宮正武在一九五○年五月三日及四日的《日本時報》上發表了一篇題為「中途島之戰」的文章，詳細敘述了在軍令部討論的情況。】黑島和渡邊搖起了橄欖枝，許下諾言說，聯合艦隊在中途島得手後一定去對付斐濟和薩摩亞——有誰能懷疑日本會打贏中途島這一仗呢？【註：對黑島的採訪，一九六四年十一月二十八日。】誰能懷疑聯合艦隊的威力，特別是南雲的航空母艦部隊就在那一天——四月五日重創了停泊在錫蘭科倫坡港內的敵貨船隊後又擊沉了英巡洋艦「多塞特郡號」和「康沃爾號」？【註：淵田美津雄和奧宮正武《中途島海戰》，第四十二—四十三頁。】
軍令部要求修改這一作戰計劃，聯合艦隊表示同意。山本原計劃集中全部兵力攻打中途島，而軍令部的意見是同時也對阿留申群島實施攻擊。攻打阿留申群島不僅是一次牽制性行動——渡邊很喜歡兵分兩路的方法，而且也是海軍對建立「大東亞共榮圈」的一個貢獻。東京方面的計劃者們已經意識到阿留申群島一帶常有惡劣天氣，難以成為有效的基地；但是該地區可以成為經過中途島不遠處並一直延伸到新幾內亞和澳大利亞之間的托里斯海峽這一弧形保護圈的錨地。此外，日軍控制阿留申群島後，即使俄國參加對日作戰，美國也無法在荷蘭港與符拉迪沃斯托克之間實施穿梭轟炸。【註：巴德對三代的採訪，一九六六年五月六日；巴德對渡邊的採訪，一九六六年二月三—四日。】
這樣，有那麼一段時間，雙方皆大歡喜。對聯合艦隊來說，攻打中途島計劃得到了軍令部的批准，而軍令部也得到了聯合艦隊把攻打阿留申群島納入該計劃的保證。最感到高興的也許要數南雲部隊了。四月九日，它對英國在錫蘭亭可馬里的基地內的飛機和設施進行了轟炸，那天晚些時候又擊沉了英國航空母艦「赫爾默斯號」及其護航驅逐艦「吸血鬼號」。【註：《中途島海戰》，第四十三—四十五頁。】
如果說山本還需要什麼來證實堅持攻打中途島的意見的話，那麼一九四二年四月十八日他就找到了證據。那天美國詹姆斯‧杜利特爾陸軍中校率十六架Ｂ—２５轟炸機飛襲了東京、橫濱和其它一些日本城市。日本海軍當局早就估計到了這種可能性。宇垣在一九四一年十二月二十六日就在日記中寫道，「幾乎可以肯定，美國重整部隊後會來報復的——必須保護東京使其不受空襲，這是必須牢記的最重要的事情。」
早在一九四二年二月八日，聯合艦隊作戰參謀三和義勇海軍中佐就預料到「敵空襲東京」的可能性。但認為這並不是個「大問題」。不過，畢竟「——東京是我們的首都，是我們神聖國土的中心。因此，從這個意義上說，無論如何不允許此類事情發生。」【註：三和日記，一九四二年二月八日。】
這位四十三歲英俊、聰明的飛行員並不是無事驚慌的人。他原在霞浦——日本的彭薩科拉【譯者註：霞浦是日本海軍一級航空站，彭薩科拉是美國海軍一級航空站。】任主任參謀的要職。一九四一年戰爭爆發前一個月：山本需要他在海軍航空方面出色的經驗和迅速、準確的專業判斷能力，把他調到身邊當參謀。三和不僅是個訓練有素的飛行員，而且在過去近二十年裡曾在日本海軍航空部隊的各個部門任過職，研究過並熟諳空中戰術和戰略。他畢業於東京海軍參謀學院，因此，將來很有可能晉陞為將官。
南雲及其幕僚們對杜利特爾空襲東京的消息並不感到十分意外。當時，南雲率領「赤城號」從印度洋回國，正駛至台灣與菲律賓群島中間。他們已經預見到美國人遲早要進行這種行動，但估計襲擊將來自航空母艦上的海軍飛機，而且這艘航空母艦得駛到距日本本土三百海里處才行。然而，杜利特爾使用的是陸軍轟炸機，是從距日本本土約七百海里外起飛的。這樣就打亂了日本的防禦計劃，因為，儘管守方已經接到了關於發現美特混艦隊的報告，但他們估計敵機次日才會出現。三和寫道，「因此，當東京來電話說東京和橫濱地區被炸，我們根本不相信。」【註：三和日記，一九四二年四月十八日。】
不僅如此，來空襲的美機飛得比預料的低得多，從日本陸軍戰鬥機眼皮底下溜了過去。淵田及其飛行員們認為美這次空襲戰略實在高超。當瞭解到空襲飛機是單程飛行時，他們對這些人表示了由衷的欽佩。【註：對淵田的採訪，一九六七年八月二十四日。】