納粹對基督教會的戰爭開始得較為溫和。希特勒名義上是一個天主教徒，雖然他曾在《我的奮鬥》中痛罵天主教過問政治，並且因兩個基督教會條要求給予「國內一切宗教派別的自由，只要它們對——德國民族的道德感情沒有危險。黨贊成積極性的基督教信仰」。一九三三年三月二十三日國會把自己的作為立法機構的職權讓給這位獨裁者那天，希特勒對這個德國立法機構發表講演，讚揚基督教信仰是「保障德國民族靈魂的要素」，答應尊重這些信仰的權利，宣稱他的政府的「志向是謀求教會和國家之間的融洽協調」，而且說「我們希望改善我們和羅馬教廷的友好關係」——最後這一句話顯然是為了要獲得天主教中央黨的選票，結果如願以償。
過了差不多四個月不到，在七月二十日，納粹政府和梵蒂岡簽訂了一個契約，保證天主教的自由和該教會「管理它自己事務」的權利。這個協定由巴本代表德國，由當時的羅馬教皇國務大臣巴西利主教，就是後來的羅馬教皇庇護十二世，代表羅馬教廷簽署。這個契約墨汁未乾，就被納粹政府破壞了。但是，由於這個契約簽訂的時候正是這個新政權在德國的初期放肆行為引起全世界強烈反感的時候，它無疑使希特勒政府獲得了非常需要的威望。
七月二十五日也就是批准這個契約後五天，德國政府頒布了一個淨化法令，特別使天主教會感到憤怒。五天後，開始採取了步驟來解散天主教青年聯盟。在以後幾年裡，數以千計的天主教教士、修女和教徒中的著名人士遭到逮捕，其中許多人是由於「不道德」或者「外幣走私」等等捏造出來的罪名而被捕的。我們已經談到，天主教行動組織的領導人埃里希‧克勞斯納是在一九三四年六月三十日的清洗中被殺害的。數十種天主教出版物被禁止發行，甚至懺悔室的神聖性也遭到秘密警察人員的破壞。德國天主教的各級教士，像大多數基督新教牧師一樣，起先曾力圖和新政權合作，但是到了一九三七年春天，他們的幻想完全破滅了。在一九三七年三月十四日，羅馬教皇庇護十一世發出了一個通諭《Ｍｉｔ Ｂｒｅｎｎｅｎｄｅｒ Ｓｏｒｇｅ》（《痛心已極》），指責納粹政府「規避」和「破壞」契約，播種「懷疑、不睦、仇恨、中傷的莠草，播種公開和秘密的根本敵視基督和基督教會的莠草」。這位羅馬教皇在「德國的天際」看到了「摧殘性宗教戰爭的險惡烏雲——這種戰爭除了——滅絕人類以外沒有其它目的」。
馬丁‧涅穆勒牧師曾親自歡迎納粹在一九三三年當政。這一年他的自傳《從潛艇到教壇》（《Ｆｒｏｍ Ｕ—Ｂｏａｔ ｔｏ Ｐｕｌｐｉｔ》）已經出版。這位第一次世界大戰中的潛艇艇長如何成為一個卓越的新教牧師的故事，受到納粹報刊的青睞，得到了特別的頌揚，成為一本暢銷書。涅穆勒牧師像許多新教牧師一樣，認為共和國的十四年是「黑暗的年代」。在他的自傳的結尾，他以一種滿意的口氣說，納粹的革命終於勝利，它帶來了他自己曾經為之奮鬥已久的「民族復興」。他的奮鬥有一個時期是在自由團中進行的，許多納粹領袖都是該團出身。
他很快就嚐到了幻想破滅的可怕滋味。
德國的新教徒，像在美國的一樣，分成許多教派。只有極少數——四五○○萬新教徒中的約十五萬人——屬於浸信會和衛理會之類的各種獨立教會。其餘的人都屬於二十八個路德教派和改革教派的教會，其中最大的是老普魯士聯盟教會，共有一八○○萬教徒。隨著國家社會主義的興起，新教徒又發生了進一步的分裂。其中較為狂熱的納粹份子在一九三二年組織了「德國基督教徒信仰運動」，它的最狂熱的領袖是一個叫做路德維希‧繆勒的東普魯士軍區隨軍牧師。他是希特勒的虔誠信徒，當初就是他從中拉線，促成元首在馮‧勃洛姆堡將軍擔任該軍區司令的時候和後者相會的。「德國基督教徒信仰運動」熱烈擁護納粹的種族學說和領袖原則，並且要把它們運用在一個全國性的教會中，這一教會將把全部基督教新教徒都吸收進來，成為一個全面組織。一九三三年，「德國基督教徒信仰運動」在總數一萬七千名牧師中擁有約三千名，雖然他們在一般信徒中的會員所佔比例大概要大一些。
跟它對立的是另一個少數派集團，自稱為「明認信仰教會」。這個教會有差不多同樣數目的牧師，後來由涅穆勒擔任領導。這個教會反對使新教教會納粹化，不接受納粹的種族理論，並指斥羅森堡和其它納粹領袖的反基督教主張。大多數新教徒則介於二者之間，他們似乎很膽小，不敢參加這兩個敵對集團中的任何一個。他們採取騎牆態度，大多數人最後終於都落入了希特勒的懷抱，承認他有權干預教會事務，服從他的命令而沒有公開反對的表示。
除非人們知道德國新教徒的歷史和馬丁‧路德的影響，否則是不容易瞭解大多數德國新教徒在納粹執政初期的行為的。這位基督教新教派的偉大創立者，是一個熱烈的反猶主義者，相信絕對服從政治權威。他希望德國清除掉猶太人，他主張在把他們打發走時沒收掉他們的「全部現款、珠寶和金銀」，還要「放火焚燒猶太人的會堂和學校，拆毀他們的房屋——讓他們寄宿在棚子裡或馬廄裡，像吉普賽人那樣——處於痛苦和監禁中，因為他們不斷向上帝哭訴我們的不好」——這種主張在四個世紀後被希特勒、戈林和希姆萊不折不扣地加以奉行了。
一五二五年的農民暴動也許是德國歷史上唯一的人民起義，在這次暴動中，路德勸告王公們採取最殘酷無情的措施來對付這些「瘋狗」——這是他對這些鋌而走險的、被蹂躪的農民的稱呼。在這裡，像他關於猶太人的言論一樣，路德使用了直到納粹當政時為止德國歷史上沒有可與相比的粗暴野蠻的言語。這位巨人的影響在德國世代流傳，特別是在新教徒中間。他還留下了另外一些後果，其中一個是，從十六世紀起直到一九一八年王公貴族們被推翻時為止，德國基督教新教派輕易地成為專制主義的工具，世襲的國君和小邦諸侯們成了他們領域裡的新教教會的最高主教。例如在普魯士，霍亨佐倫國王是教會的首腦。除了沙皇俄國外，沒有一個國家的教士們在傳統上是那麼完全屈從於國家的政治權威的。教士們差不多毫無例外地一致支持國王、容克地主和軍隊，在十九世紀時他們竭盡本分地反對自由和民主運動的興起。在大多數新教牧師看來，甚至魏瑪共和國也是該詛咒的，不僅因為魏瑪共和國廢黜了國王和諸侯，而且因為它的主要支持來自天主教徒和社會黨人。在國會選舉期間，人們不能不注意到，新教牧師們——其中涅穆勒是個典型——相當公開地支持共和國的敵人民族黨甚至納粹黨份子。像涅穆勒一樣，大多數牧師對阿道夫‧希特勒在一九三三年崛起當總理表示歡迎。
他們很快就領教了希特勒獲得政權所依靠的納粹暴力手段。一九三三年七月，新教教會的代表們擬就了成立一個新的「全國教會」的組織法，七月十四日得到了國會的正式認可。在選舉第一任全國主教問題上立即發生了一場熱烈競爭。希特勒堅持要讓他的朋友隨軍牧師繆勒獲得這個最高位置，在這以前希特勒已委任他為本人的新教教會事務顧問。教會聯合會的領袖們則提出了著名的牧師弗雷德里希‧馮‧包得爾許溫。但是他們未免太天真了。納粹政府出來干預，解散了若干地方教會組織，把新教教會的幾個主要的德高望重的牧師停職，縱容衝鋒隊和秘密警察來對付不聽話的牧師——事實上，對所有支持包得爾許溫的人進行威嚇。全國主教將由教議會選出，在選舉教議會的代表前夕，希特勒親自發表廣播演說，「敦促」選舉「德國基督教徒信仰運動」的代表，而繆勒就是他們的候選人。這種威脅很有效果。同時包得爾許溫已被迫退出競選，「選舉」結果是大多數「德國基督教徒信仰運動」的代表當選，他們於九月間在維登堡——路德就是在這裡首先公開反抗羅馬的——教議會上選舉了繆勒為全國主教。
但是這位教會新頭子是一個不中用的人，沒有能力來建立一個統一的教會，或者把新教的會眾完全納粹化。在一九三三年十一月十三日，也就是德國人民在一次全國公民投票中以壓倒的多數支持希特勒的第二天，「德國基督教徒信仰運動」在柏林的體育館舉行了一個盛大的集會。這個教派的柏林教區領袖萊因哈特‧克勞斯博士建議捨棄舊約全書「和它的牲畜販子和拉皮條者的故事」，修訂新約全書，使耶穌的教導「完全符合於國家社會主義的需要」。會上擬訂了不少決議，主張「一個民族、一個國家、一個信仰」，要求全部牧師宣誓效忠於希特勒，堅持所有教會都實行亞利安化而排除改宗的猶太人。甚至對那些不肯參加教會戰爭的膽小的新教徒來說，這也使他們覺得太過分了，因此繆勒主教被迫停止克勞斯博士的職務並表示不同意他的意見。
實際上，納粹政府和教會之間的鬥爭，是一個由來已久的什麼許可權歸君主和什麼許可權歸上帝的鬥爭。就新教徒而言，希特勒堅決主張，如果納粹黨的「德國基督教徒信仰運動」不能使各新教教會在全國主教繆勒領