毛澤東在《一個教訓》中說：「雲南工作可能因為腫病這件事，取得了教訓，得到免疫力，他們再也不犯同類錯誤了。」的確，在毛澤東這個批示以後，省委頭腦開始有所冷靜。毛澤東的批示下達以後，省委召開了地、市委書記會議，進行了二十多天的整風。經過討論，省委提出了一些改進措施。十一月三十日，發佈了《中共雲南省委、雲南省人民委員會關於群眾生活若干問題的決定（試行草案）》和《中共雲南省委關於保護個人生活資料所有權的通知》。在前一個文件中，提出了調整勞逸節奏，保證農民必要的休息；除了辦好公共食堂以外，每個社員家庭要有一套小鍋灶，以便社員熱飯、炒菜、取暖等。後一個文件宣佈：「永遠保護社員個人原來的和分得的生活資料所有權。」私人存款不論數目多少，一律屬於私人所有，別人不得提取；私人住房不得收歸公有；允許私人培養豬和家禽；等。
一九五九年一月，又召開了省委第七次全體會議，對一九五八年的高指標進行了調整，降低了鋼、鐵、銅、糧、棉的指標。除了繼續擴建昆明鋼鐵廠以外，各地興建的小高爐陸續下馬。「大戰鋼鐵銅」時抽調的農村勞動力，陸續回到農村。與此同時，省委果斷決定，邊疆地區停辦人民公社，一般不辦公共食堂，已搭起公社架子的地方，仍辦成初級社和高級社；有不願入社的單幹戶，也應當允許；在一部分「直接過渡地區」，仍從互助組辦起。但提出邊疆在條件成熟後要向人民公社過渡。對內地的人民公社也進行了整頓，實行了三級所有、以管理區為基本核算單位。劃小了公社規模，將原來的八百多個公社劃為一千二百八十一個。公社實行「三包」（包工，包產量，包成本），小組和個人實行「四定」（定工、定量、定時、定質），使得管理混亂局面略有好轉。所有這些調整，在指導思想上雖然沒有根本扭轉「一高二快」、「一大二公的」問題，部分調整後的指標仍然是難以實現的高指標，但是，這些調整措施還是起了一定的剎車作用，使共產風、浮誇風有所收斂。邊疆外逃的老百姓開始大批回歸。
但是，到了一九五九年八月，中共中央在廬山召開了八屆八中全會，通過了《為保衛總路線、反對右傾機會主義而鬥爭》等文件。在「免疫力」的作用下略有清醒的雲南，也捲入了反右傾的激流中，「大躍進」的勢頭又陡然升起。
九月中旬，在省級機關中開展了整風學習運動。從九月二十日到十月二十八日，列為重點批判或鬥爭對象的九百八十二人，佔機關參加運動總人數一萬六千三百零四人的六％。有些運動進展較快、鬥爭更為深入的單位，列為重點批判或鬥爭對象的達到八％左右。在這些人當中，廳局長或相當於廳局級的幹部有十一人，佔這一級幹部總數的七．七％；十七級以上的科處級幹部有二百二十二人，佔這一級幹部總數的十二．四％；一般幹部七百四十九人，佔這類幹部總人數的五．二％。雲南大學校長、著名作家李廣田，醫學院院長、長征幹部顏義泉等名列其中。地縣機關也開展了相應的運動，批判和鬥爭的對象比省級機關更多。
農村整風整社的風向也隨之轉變，由原來糾正「五風」變為開展兩條道路的鬥爭和社會主義教育運動。在這場鬥爭中，大批講真話的基層幹部和農民受到批判鬥爭。一度暫時剎車的「五風」重新抬頭。
在反右傾鬥爭的強大衝擊下，一九五八年底和一九五九年上半年推行的一些旨在糾正錯誤的政策，有的停止執行，有的受到批判。省委提出一九六○年要完成糧食產量二百億斤（一九五七年為一百一十六億斤，一九五八年為一百零八億斤，），鋼二十五萬噸（比一九五九年增長四十％），鐵四十五萬噸（比一九五九年增長二十一％），銅一．六十四萬噸（相當於一九五九年產量的三．四倍）。在高指標的壓力下，「苦戰」、「火燒中游」等口號又在報紙上連篇累牘地出現。省委還組織「改造落後工作隊」，到一些縣進行檢查督促。把辦好公共食堂作為農村高舉三面紅旗、實施持續躍進的突出內容。邊疆地區一度停辦的公共食堂有的又恢復起來。這些使得虛報浮誇、強迫命令、瞎指揮和一平二調的共產風又有所猖獗。於是，飢餓、浮腫、死人的情況又繼續出現。
七月底，省委辦公廳綜合報告：「全省腫病繼續有發展，六月底統計為一萬八千人，七月底發展到二萬八千一百八十九人。玉溪、楚雄、昭通、七月份都有很大的發展……僅據玉溪、紅河、麗江、臨滄、昭通不完全統計，自今年一月份起到七月底止，死亡人數七百八十七人，其中文山專區三百九十人，玉溪專區二百二十三人。」
一九五九年八月十九日，玉溪地委報告說，今年春耕期間腫病一千二百人左右，六月份增加到三千人，七月份增加到五千人。從三月到現在，共發生腫病一萬六千二百零八人，死亡五百三十二人。七月份以來，楚雄地區腫病、肝病發展很快，據初步普查的結果，已上升到一萬五千多人。其中，大姚縣上升到七千六百六十七人，楚雄上升到三千零七十三人。大姚縣彌興公社七月一日到二十五日就死亡三百一十三人。彌興公社有些管理區食堂領不到糧食，一二百人的食堂一頓飯只給一二十斤糧食。這個公社大苴區小春以後，公糧和餘糧沒入庫就吃掉了，上面還緊催公糧任務，管理區就把剩下的五萬七千斤種子全部作為公糧入了庫。從七月十七日起，管理區就不能給食堂發糧了。小苴管理區是全地區的先進管理區，一九五五年以來公餘糧從四十多萬斤增加到八十七萬斤。公糧一交，就要吃供應糧。
思茅地委一九六○年九月三日報告說，從二月開始，就出現了零星死人。七月，病情和死亡急劇上升。據現在調查情況，病人已不下一萬五千多人，死亡四千五百四十一人，其中非正常三千多人。據省委指示，集中一百八十多個點進治療。到八月，全縣還有病人一萬三千一百六十五人，八月就死亡一千三百五十八人，平均每天三十多人。
據硯山縣縣委一九六○年統計，一九五九年秋收分配的結果，平均每人每天口糧三兩以下的六十一個隊、八千一百二十七人；三——四兩的有三百四十三個隊、五萬零九十二人；五——六兩的有三百五十七個隊、四萬零八百九十人。平均口糧四兩以下的佔總人口的三十五％，六兩以下的佔總人口的六十五％。這還不包括寅吃卯糧的數字在內。明德公社綠采大隊去年分配每天口糧二．三兩，今年五月缺糧。縣委書記縣長到那裡搞安排生活的試點，反覆搞了三次，時間持續三個月，都沒有正式供應糧食。直到餓死九個人，才按五兩口糧供應，繼續死亡多人。生活困難的地區普遍出現賣衣服、傢俱、被子、手飾等物品換點巴蕉充飢。在這種情況下，社員出工不積極，也有人棄農經商。縣委就通過開展一場群眾性的對敵鬥爭來解決問題，在短時間內，鬥爭了五百多人。對敵鬥爭更影響了生產，截至六月五日，硯山全縣十六萬畝稻田只栽了六萬畝。
由於「五風」重新抬頭，品質差的幹部為非作歹，農民繼續遭受迫害。楚雄縣蒼嶺公社黨委副書記余某在春天插秧時公開在支部書記會上講：「五十歲以上的社員肝病、腫病不給治療。凡是有病的人一律按半勞動力發口糧。」有些乾瘦病、腫病人因此活活餓死。余親自動手打了四十六人，其中打死四人，打殘九人。朝陽寺生產隊社員張發良，在大拐子犁田，牛吃了幾口秧，余看到後用牛擔擊張胸部，張當場吐血。張受傷不能勞動，余又將張的糧食標準降低。張在大山咀犁田時，因餓得沒有力氣，抬不動犁，被余看見後又打了一次。五月十六日，張在大溝邊犁田，餓得不行就拿了一點餵牛的豆子吃，被余看見，就將牛解掉一條，讓張代替牛拉犁。張拉不動，余就用牛棍亂打，用腳亂踢。張被打得皮破血流，跪在地上求饒，余繼續毒打，直把張被活活打死。余經常用扣口糧的辦法來懲罰社員，致使六七十人生病和餓死。桃園生產隊社員汪兆富兄弟二人，由於六天沒給口糧，到山上找野菜，餓死在山上。汪兆富的妻子也餓死在家裡。陳家壩生產隊十二天沒有口糧，全隊七十六人只好吃菜根。八十六歲的社員程樹生咬不動菜根活活餓死。他家還有四個月的小孩子沒有奶，求余批點米給小孩度命。余把申請米的條子撕掉，還罵了一噸。過幾天小孩也餓死了。桃園管理區共有一千六百九十二人，乾瘦病、腫病二百零五人，死九十八人。七十一歲的社員鄭關氏餓得上吊自殺，她兒子從田裡回來料理喪事，余對鄭明理拳打腳踢，不準往外抬，直到屍體腐爛才讓抬出去。余某對社員如此殘忍，自己卻大搞特殊化。他家一九六○年吃了豬肉一百六十二斤，牛肉二百六十斤，雞四十六隻、魚一百七十三斤。他家養三條狗，每月供應口糧九十斤。一母狗下了六隻小狗，還供應了大米六十二斤。群眾說：「余文明對社員不如狗。」余文明在一九五八年就打社員，一九五九年春天有所收斂。一九五九年秋天反右傾後更加囂張。這樣一個壞幹部，在一九六○年的群英會上卻獲得了銅質獎章，又評上了「四好幹部」，並由桃園管理區支部書記