一九六○年十二月上旬，中共西北局蘭州會議，討論了甘肅的問題，揭發了張仲良、何承華、阮迪民、王秉祥等人的錯誤，認為他們的問題是「一私一左」，改組了甘肅省委，由汪鋒代替了張仲良的省委第一書記的職務。新省委對部分地委書記如竇明海、劉逄皓、胡學義等也進行了揭發批判，改組了部分地委。同時根據信陽經驗，在農村進行民主革命補課，在農村奪權，有幾萬人被批判鬥爭。信陽的一條經驗就是對農村幹部進行「集訓」和「特訓」。新省委在一九六一年二月二十七日發出了《關於舉辦集中訓練班和特別訓練班的規定》。這個規定說：「凡是官僚主義分子，嚴重官僚主義分子，和其他有嚴重錯誤的分子，如不立即調離當地，就會阻礙整風整社運動，不利於發動群眾者，可實行集訓，凡是鑽進來的階級異己分子和拉出去的蛻化變質分子，對勞動人民進行了階級報復，殘害人民，不懲辦不足以平民憤者，應首先進行特訓。」根據這個規定，全省共集訓、特訓了一萬零八百六十九人，其中集訓六千一百零五人，特訓的四千七百六十四人。在集訓隊和特訓隊周圍架上了機槍，他們在裡面接受批鬥。但據甘肅省的老幹部說，被集訓和特訓的人數實際要比這個數大得多。
一九六二年底，阮迪民、王秉祥努力為自己翻案，張仲良不敢翻案，但同情支持他們。他們批評西北局蘭州會議「不是在肯定成績的前提下，揭發批判缺點和錯誤，從中吸取教訓；而是否定成績，一切皆非，一味地揭發，一味地批判。」他們認為，「甘肅沒有特殊錯誤，只有一般性的錯誤，是執行中的問題，許多事情是請示了中央的。」還批評「集訓、特訓打擊面太寬了。」「信陽經驗不符合甘肅的情況」「清水經驗是錯誤的」。
不僅是上述幹部要求翻案的，一九六二年底，在執行錯誤路線而挨整的幹部中很多人有這樣一種看法：甘肅省沒有特殊錯誤，只是同其他省一樣的一般錯誤。他們列舉了中央領導人當時如何支持他們的事例，說許多事情是請示了中央的，頗有委屈情緒。這種情緒不僅在省一級幹部當中，在縣以下幹部中更為嚴重。在一九六一年十一月二十八日《定西地委轉報各縣委擴大會議對中央和省委負責同志的一些意見》中，比較集中反映了基層幹部的這種情緒。這個材料是定西地委一九六一年十一月二十五日報給甘肅省委的。現摘要如下：
甘肅出了大問題，中央一些領導同志親自視察，也曾派工作組到甘肅工作，對甘肅工作評價很高，卻沒有反映問題。引洮工程中央知道，開工時發過賀電，朱德、習仲勳也視察過，沒有發現問題糾正錯誤。譚震林同志是主管農業的，全國農業出了問題與他有關。他曾說過『糧食已經過關』、『繩索牽引是農業發展的方向』，還說『貨幣是貨幣又不是貨幣，商品是商品又不是商品，這是初級的按勞分配』。這些說法給下面的幹部增加了糊塗認識。共產風，大辦食堂，吃飯不要錢，都是中央提出來的，應該由中央負責。劉主席視察河南工作時提出一縣一社，對下面影響很大。『五風』是上面颳起來的，下面的強迫命令是檢查團逼出來的。省委講對過去的錯誤不查責任，可是張仲良、竇明海還是書記，而對下面不是集訓、特訓，就是撤職查法辦。省委、地委書記雖然沒有直接傷害人命，但下面違法亂紀是他們逼出來的。這幾年發生錯誤的原因是：『上面出題，下面發揮；下面胡幹，上面支持』。一切歸罪下面是不公平的。
一九六二年十二月三日甘肅省委三屆四次會議上通過的《中共甘肅省委關於兩年來貫徹執行西北局蘭州會議精神若干問題的檢查報告》中批評了基層幹部抱怨上級的情緒。報告中說，這種說法「是想把責任推給中央和毛主席，是非常惡毒的。」「甘肅的錯誤，有一般性和特殊性兩個方面，特殊性錯誤是主要的，這是客觀存在的事實。」「所謂特殊性，就是甘肅的錯誤，在多數情況下，是由張仲良等同志的個人思想品質所造成的。」
從留下的歷史資料來看，說甘肅省的問題完全是張仲良的個人思想品質問題造成的，顯然是不符合事實的，也是不公道的。在當時的制度下，「上有好者，下必甚焉」，全國各地都出現了饑荒，但各地程度不同，其中嚴重程度決定於「甚」的程度。張仲良的「甚」在哪裡？上述的報告中列舉了幾件事：一，中央曾規定國家給公社的投資，七十％用於扶助窮隊，三十％用於公社。而甘肅省改為全部用於水利建設和社辦企業；二，毛主席給六級幹部的黨內通訊，張仲良不但沒有貫徹執行，反而用自己的名義另發了「關於給生產小隊下放五項權利的意見」來代替；三，中央提出的水利方針是「以蓄為主，小型為主，社辦為主」他們改為「蓄引提並舉，大中小結合，小型為基礎，大型為骨幹」；四，中央規定反右傾只在黨內進行，他們卻在黨外搞反右傾鬥爭；等。現在看來，這些「甚」並不算冒尖。河南、四川、安徽的「甚」，更為嚴重。張仲良後來調到江蘇擔任省委書記處書記，由封疆大吏降為副省級執委官員。