各地整風運動的發展是不平衡的。中共中央認為在高級幹部整風學習的同時，普遍整風要繼續開展下去。一九四三年四月十三日，中共中央發佈《關於繼續開展整風運動的決定》，明確規定繼續開展普遍的整風運動的任務主要是兩項：一是糾正幹部中的非無產階級思想，二是肅清黨內暗藏的反革命分子。
為了實現前一項任務，毛澤東強調：「自由主義是目前黨內鬥爭中的主要不良傾向，在整風中必須克服此種傾向，才能達到徹底整風之目的」。因為：「整風是一個偉大的黨的思想鬥爭，實行此種鬥爭的武器就是自我批評。有自由主義偏向的人則不願拿起這個武器，尤其是許多中級與高級幹部害怕自我批評，這種現象必須在此次整風中著重地糾正過來。」為了搞好整風運動，毛澤東提出注意領導方法的極端重要性。他指出，一九四二年的整風，凡是取得成績的，都是採用了一般號召和個別指導相結合、領導骨幹和廣大群眾相結合的方法。「從群眾中集中起來又到群眾中堅持下去，以形成正確的領導意見，這是基本的領導方法。」「我黨一切領導同志必須隨時拿馬克思主義的科學的領導方法去同主觀主義的和官僚主義的領導方法相對立，而以前者去克服後者。」
後一項任務，也就是審查幹部的工作，是在王實味問題等發生後提出來的。毛澤東認為：「整風是思想上的清黨，審幹是組織上的清黨。」中共中央決定由中央總學委負責領導這項工作，日常事務由康生主持。為了加強對審幹工作的領導，中央還成立了反內奸鬥爭委員會，由劉少奇任主任，康生、彭真、高崗為副主任。
在當時十分複雜的社會政治環境下，在各種敵對勢力千方百計對中國共產黨和根據地進行滲透和破壞的情況下，對幹部隊伍進行一次認真的審查是完全必要的，通過這項工作可以清除特務，純潔革命隊伍。鑒於以往的經驗教訓，毛澤東向有關負責工作人員強調：「我們過去在肅反中有很沉痛的教訓。我們這次無論如何不要搞逼供信，要調查研究，要重證據。」七月二日，毛澤東寫信給康生，要求把他闡述防奸工作的兩條路線的一段話刊載在《防奸經驗》第六期上。毛澤東寫的這段話是：「防奸工作的兩條路線。正確路線是：『首長負責，自己動手，領導骨幹與廣大群眾相結合，一般號召與個別指導相結合，調查研究，分清是非輕重，爭取失足者，培養幹部，教育群眾。』錯誤路線是：『逼，供，信。』我們應該執行正確路線，反對錯誤路線。」但是，在實際工作中，由於過分嚴重地估計了敵情，由於抗日根據地處於同外界隔絕的狀況，對幹部的歷史狀況的調查研究十分困難，在這方面所花的力氣不多，出現了嚴重的偏差，一個時期搞得「特務如麻」。七月十五日，康生在中央直屬機關大會上作了危言聳聽的《搶救失足者》的報告後，更出現相當普遍地大搞「逼供信」的過火鬥爭，使整風運動中的審幹工作變成了搶救失足者運動，單在延安地區十幾天內就駭人聽聞地揪出所謂特務分子一千四百多人，造成大批冤假錯案，使審幹工作大大偏離了正確的軌道。
中央黨校副校長彭真和中央社會部副部長李克農看到問題的嚴重性，向毛澤東作了報告。毛澤東聽完後說：我看是擴大化了。我們要很快糾正這一種錯誤做法。我們的政策是一個不殺，大部不抓。這些同志的問題是會搞清楚的，現在可不能隨便作結論。我們如果給哪一個同志作錯了結論，那就會害人一輩子。現在作錯了我們要給人家平反，給受害的同志道歉。要徹底糾正這種「左」傾擴大化的錯誤。他後來總結審幹工作的教訓時指出，發生錯誤的原因主要是兩條：一條是缺乏調查研究；一條是沒有區別對待。
在康生作了《搶救失足者》的報告以後一個月，八月十五日，中共中央作出《關於審查幹部的決定》，以中央文件正式公佈毛澤東提出的「首長負責，自己動手，領導骨幹與廣大群眾相結合，一般號召與個別指導相結合，調查研究，分清是非輕重，爭取失足者，培養幹部，教育群眾」的審幹工作九條方針。這九條方針的正式下達起了重要的作用。參加過延安整風的鄧力群回憶說：「我們這些負責審查幹部工作的，搞了逼供信，被審查的不願也不能交代政治問題，雙方的關係很緊張。正是這個時候，中央下達了毛主席的《九條方針》，它解放了被審查者，也喚醒了審查者，使我們從自己的親身經驗中，認識了主觀主義的極大危險性。」十月，毛澤東在綏德反奸大會材料上的批語中，又提出「一個不殺大部不抓，是此次反特務鬥爭中必須堅持的政策」。
這年年底，延安審查幹部的工作轉入甄別階段。一九四四年一月，毛澤東在書記處會議上總結時，指出一種已經出現的嚴重傾向：過去延安重視知識份子，不重視工農分子；「搶救運動」以來，又走到完全不相信知識份子。現在應估計大多數知識份子是好的。他要求對搞錯的同志「均應平反，取消特務帽子，而按其情況作出適當結論」。「在反特務鬥爭中要注意保護知識份子」。
為了防止延安審幹工作中的錯誤在其他地區再發生，毛澤東還要求各地做到：靈活地運用坦白運動，不要機械地搬用延安各機關的經驗；要正確地估計敵人的力量，不要把一切從敵佔區及國統區來的學生、知識份子、軍人、文化人、技術工作人員等都看成是特務分子，不可將一切敵後或大後方的黨組織或「左」傾革命團體，都看成是紅旗政策的特務組織；要教育幹部注重調查研究，不要輕信口供，要在幹部和群眾中深刻地廣泛地進行反對逼供信的教育，要懂得逼供信的絕大害處；堅持一個不殺、大部不捉的原則。這些意見對各地審幹運動健康發展有重要指導意義。
對延安審幹工作中出現的偏差，毛澤東主動承擔了責任，並不斷總結教訓。他多次向受到錯誤傷害的同志「脫帽鞠躬」，「賠禮道歉」。一九四四年五月，他在中央黨校講話時說：整風中的一些問題，是則是，非則非，搞錯了的，摘下帽子，賠個不是。說到這裡，他向大家行禮賠不是。同年十月，他再次在中央黨校講話，說：去年「搶救運動」，搞了十幾天，我們馬上就使它停止了。「搶救運動」的基本錯誤是缺乏調查研究和缺乏分別對待這兩點。一九四五年二月，他又一次在中央黨校講話，說：在審幹中，「整個延安犯了許多錯誤，誰負責？我負責，因為發號施令是我。別的地方搞錯了誰負責？也是我，發號施令的也是我。」「我是黨校的校長，黨校也搞錯了，如果在座有這樣的同志，我賠一個不是，因為搞錯了。」毛澤東的自我批評，化解了許多人心中的怨憤，重新實現了同志之間不存芥蒂的團結。
整風運動的一個重要內容是反對主觀主義，但在審查幹部工作中卻出現了由於主觀主義而造成的大量冤假錯案，這是不應該發生的錯誤。但由於中共中央和毛澤東發現並糾正了這個錯誤，它在延安整風中只是一個支流。
當整風運動按照毛澤東的部署向前發展的時候，傳來了共產國際解散的消息。這件事也有利於正確解決中共黨內高層領導的問題。
中國共產黨自從在黨的二大決定加入共產國際後，作為它的一個支部，不僅思想上受到共產國際很大影響，組織上也得受到它的一定約束。共產國際對中國革命做過許多有益的工作，也做過不少錯誤的決定。中國共產黨在處理各種政治上以至組織上的重大問題時，常常不能不考慮到共產國際的態度這個因素，儘管在後期共產國際對中國共產黨的干預已經越來越少了。
一九四三年五月二十日，季米特洛夫致電毛澤東，通報關於共產國際主席團將於二十二日宣佈解散共產國際一事。當翻譯師哲將國際來電送給他時，毛澤東興奮地說：「他們做得對，我就主張不要這個機構」。二十一日，毛澤東主持中央政治局會議，討論國際來電。會議決定：先由毛澤東覆電季米特洛夫，表示贊成共產國際主席團的提議；待共產國際公開宣佈主席團的這一提議後，中共中央再作正式決定。二十六日，中共中央收到蘇聯《真理報》發表的共產國際執委會主席團《關於提議解散共產國際的決定》後，立即召開政治局會議，一致通過《中國共產黨中央委員會關於共產國際執委會主席團提議解散共產國際的決定》。
當天晚上，中央書記處召開延安幹部大會。毛澤東在大會上講話。他首先充分肯定了共產國際在它存在的整個歷史時期中，在幫助各國組成真正革命的工人政黨上，在組織反法西斯戰爭的偉大事業上，特別是在幫助中國革命事業上，有巨大功勞。接著指出，但是現在共產國際這個革命的組織形式，已經不適合鬥爭的需要了，如果還繼續保存這個組織形式，便反而會妨礙各國革命的發展。現在需要的是加強各國民族共產黨，而無需這個國際的領導中心了。他強調：共產國際的解散，不是為了減弱各國共產黨，而是為了加強各國共產黨，使各國共產黨更加民族化，這就增加了我們的責任心。共產國際的解散，更便利了中國黨能夠獨立自主地按照中國的實際情況去處理中國革命問題。
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