自武漢會戰後，國軍進入第二期作戰，我陸軍進入山嶽地帶，採正規戰與持久戰配合，作持久戰計劃，我海軍為配合游擊戰，分段封鎖長江各要隘，以鞏固重慶陪都，同時發展敵後游擊。
茲將我海軍游擊戰與佈雷狀況略述如下：
1、武漢上游區——國軍自武漢撤退後，海軍為阻敵進攻計，乃由海軍第二艦隊司令曾以鼎指揮七個中隊，分佈內河各要點，以阻敵進攻，並襲擊敵艦。
A、川江區——我為阻止敵軍，鞏固陪都，於宜昌萬縣間構築總砲臺四座，配屬艦、砲、野山砲及固定雷區漂雷隊，阻塞敵艦活動。
B、武漢上游區——保衛武漢戰役時，海軍砲隊構成城陵磯要塞，另派艦艇扼守金口、新堤、岳陽、長沙等處。後敵機以大編隊轟擊我各守備要塞，我中山、楚謙、楚同等艦，於三十年十月下旬均被炸沉，官兵傷亡一百餘名，城陵磯要塞失守。
C、荊河洞庭區——國軍自武漢撤退後，建阻塞線於石首，以固定水雷及漂雷並用。雖宜昌失守，荊河仍為我水雷控制，致敵陸海軍不能取得聯絡。自岳陽失守後，為鞏固湖防乃佈雷於湘資沅澧各水道，以控制洞庭湖。故於第一、二、三次長沙會戰，均能阻止敵艦進入湘江以侵我長沙，使長沙據點鞏固，獲得長沙三次大捷。
2、武漢下游區佈雷隊游擊戰
國軍自棄守武漢後，由漢口至吳淞口之長江水道，為敵運輸兵員糧彈之主要航線。海軍為達妨礙敵軍運輸之目的，乃將武漢下游劃為若干佈雷區，協同沿江戰區游擊隊以鑽隙突入長江沿岸，實施水上佈雷，以阻止敵軍交通。嗣海軍佈雷縱隊下轄五中隊，協助長江南岸第三戰區所派出之游擊隊，突入長江南岸實施佈雷戰，劃分為第一佈雷區，由湖口起至蕪湖止；第二佈雷區，由鄂城起至九江止；第三佈雷區，由新堤、浬仁口起至龔家台止。各佈雷區自二十九年一月起至抗戰勝利為止，於長江流域上自監利，下至江陰，共炸沉敵艦十六艘，商船二被，汽艇六十六艘，官兵傷亡與物資為數不計。
3、閩海、浙東、珠江、東江、西江、邕江各水道，海軍均派有佈雷隊，協助當地陸軍佈雷作戰，收相當戰果。