廿六日下午三點，擔架抬到了協和醫院。
根據第二天北方報紙的消息：「孫君一入醫院，體溫脈搏更高，各醫院斷定病症已至緊急時期，非立即施行手術不可。」
國民黨檔案中，先生動手術的時間是當天下午六點。關於手術的過程，《國父年譜》寫著：「檢查全肝，肉眼亦可見全肝已堅硬如木，病症完全是肝癌不治之症，無從割除。當晚由德、美、俄三國醫生取肝上之極微三部分，以作試驗品，一面洗淨肝臟，縫以綁帶。據用顯微鏡詳細察驗之結果，先生之病確為肝癌，且已至末期，其病遠因在十年以上，近因亦在兩三年以之，實無藥可醫。當時醫學界甫有用鐳錠放射法，以圖停止癌之發展，然已無及，至是西醫為之束手」。
二月五日《申報》載了一篇《孫中山入醫院割治後之病狀》，對於手術室裏的狀況記敘甚詳：「割治之處，在體之左側，切開約五英寸許。因局部曾用麻醉藥，並以析法禁住血管流血，故施術時本人不覺痛楚，出血亦甚少。切開後，當用如即笛之具，將肝部之膿吸出，盛以盤。盤中置脫脂棉，每吸取膿一部分，即置於棉中，命人送出室外，交專門家化驗。及膿吸盡，乃施洗滌之術，並見肝部果生有惡瘤，即癌是也。……其吸出之膿，經分析化驗之結果，斷其病已起在十年以前。憶民國五年前，中山先生即患胃病，蓋即此肝部之癌作祟也。施治後，二十六日之夜，經過殊未見佳」。