我辭卸國民政府的教育部長以後。於民國十九年（一九三○年）十月回到北京——這時已改稱北平。但北京大學校名以歷史關係名未改。旋奉當時任行政院長的蔣委員長之命，再度承乏北京大學校務。
學生遊行示威的次數已大見減少。國都遷往南方以後，政治活動的重心已跟著轉移，學生們示威反對的對象已經不多，只有日本的侵略偶然激發學生的示威行動。日本在東北發動侵略以後，此時已經向關內迅速擴展。
民國二十年（一九三一年）九月十九日早晨，我正坐在北大校長室裏辦公，忽然電話傳來前一天發生的驚人消息：日本人已經在瀋陽發動突擊，國軍為避免衝突，已撤出瀋陽。
我在前面曾經逐點指出日本畏華的來龍去脈，概括地說起來，發展過程約略如下：
一八九四年（甲午）中日第一次戰爭以後，中國這位小姐開始崇拜日本英雄。她塗脂抹粉，希望能獲意中人的垂青。但是她所崇拜的對象卻報以鄙夷的冷笑。記得小時候曾經作過一篇短文，呈給日文教師中川先生請教。裡面提到「中日同文同種」的話，我的日文教師筆下絕不留情，隨筆批道：「不對。不對，中日兩國並非同種，你的國將被列強瓜分，可憐，可憐！」這個無情的反駁，像一把利劍刺進了我稚嫩的心靈，記得那天晚上，我不禁為國家的前途流淚。
中國固然無法獲得她意中人的愛情；但是她希望至少能與日本做個朋友。想不到日本竟出其不意地掏出匕首向她刺來，差一點就結束了她的性命，這就是大家所知道的「二十一條」要求。從此以後，她才逐漸明白，她的意中人原來是個帶著武士道假面具的歹人。後來日本倒轉頭向她示愛，她也一直不肯再理睬他了。因為這時她已經知道得很清楚，他向她追求不過是為了她的豐厚妝奩——中國的天然資源而已。
接著來的是一幕謀財害命的慘劇。日本這個歹徒，把經濟「合作」的繩子套到她脖子上，同時又要她相信那是一條珍珠項鏈，叫做東亞共榮圈。民國二十年九月十八日晚上，正當大家都沉睡的時候，他忽然把繩圈勒緊了。
她從夢中驚醒，馬上拔腳飛逃。但是套在她脖子上的共榮圈卻始終無法擺脫，她逃得愈遠，繩子就拖得愈長，而且繩子的另一端始終掌握在歹徒魔術師的手裏。她在驚駭之餘大呼救命。美國國務卿史汀生呼籲英國與美國聯合向日本提出嚴重抗議。西蒙爵士代表英國拒絕了。弄得史汀生孤掌難鳴，日本因而得以肆無忌憚地繼續推行既定政策。
對中國並不太熱心的一班朋友，在李頓爵士率領之下，懶洋洋地前來營救。他們訪問了犯罪的現場瀋陽，並且宣告日本有罪。瀋陽郵政局的義籍局長樸萊第在他給李頓爵士的備忘錄裏明白指出：如果列強不在東北就地阻遏日本侵略，他相信不出三年，他的祖國義大利就要染指阿比西尼亞。那位樸局長把備忘錄交我讀了一遍並且自語道：「但是我人微言輕，誰肯理會小小一位郵政局長的話呢？」
「對不起，小姐，」中國的朋友說：「我們除了宣佈對你同情之外，實在無能為力了。」
同情是有了，援助卻毫無蹤影。
幾個月以後，我因事回到南方。民國二十一年（一九三二年）一月二十八日下午，我前往上海車站，準備搭火車回北平。進車站後，發現情勢迥異平常，整個車站像荒涼的村落。一位車站警衛是認識我的，他告訴我，已經沒有往外開的車子。「看樣子，日本人馬上要發動攻擊了。」他說，「你最好馬上離開這裡。恐怕這裡隨時要出事呢！」
那天夜裏，我突然被一陣炮聲驚醒，接著是一陣軋軋的機槍聲。我從床上跳起來，隨著旅館裡的人跑到屋頂觀望。天空被車站附近射出來的炮火映得通紅。日本侵略似乎已經追在我腳跟後面。從北方到了南方，我所住的十層高樓的旅館在租界以內，日本炮火不會打過來的。我同一班旅客都作隔岸觀火。隆隆的大炮聲，拍拍的機槍聲終宵不斷。第二天早晨，我再度爬上屋頂，發現商務印書館正在起火燃燒，心裡有說不出的難過。好幾架日本轟炸機在輪番轟炸商務印書館的房子。黑煙衝天，紙片漫天飛舞，有些碎紙片上還可以看到「商務印書館」的字樣。
日本已經展開對上海的攻擊。結果引起一場民國二十六年（一九三七年）以前最激烈的戰事，但是中國終於被迫接受條件，准許日本在上海駐兵。
從民國十九年到二十六年的七年內，我一直把握著北大之舵，竭智盡能，希望把這學問之舟平穩渡過中日衝突中的驚濤駭浪。在許多朋友協助之下，尤其是胡適之、丁在君（文江），和傅孟真（斯年），北大幸能平穩前進，僅僅偶爾調整帆篷而已。
科學教學和學術研究的水準提高了。對中國歷史和文學的研究也在認真進行。教授們有充裕的時間從事研究，同時誘導學生集中精力追求學問，一度曾是革命活動和學生運動漩渦的北大，已經逐漸轉變為學術中心了。七年之中只有一次值得記錄的示威運動。當日軍迅速向長城推進時，京滬一帶的學生大聲疾呼，要求政府立即對日作戰。大規模的示威遊行不時在南京發生，北平的學生也亟欲參加此一救國運動。有一天，一大群學生聚集東火車站，準備搭乘南下的火車。軍警當局不准他們上車，這班男女青年就日夜躺臥在鐵軌上，不讓火車出站。最後當局只好讓幾百名學生南下，與他們在南京的同志會師。
我們頭上的烏雲愈來愈密，此後幾年中我們為了爭取時間，只好小心翼翼地在淺水裏緩緩前進，不敢闖進急流，以免正面撞上日本侵華的浪潮。但是我們的謹慎是與俗法不同的。每當日本的第五縱隊偽裝的學者來這「文化中心」（實際上他們卻把北大看成反日運動的中心）「拜訪」時，我們總是毫無保留地表示我們的態度。記得有一位日本學者曾經對北大教授們滔滔不絕地大談中日文化關係。結果我們告訴他，除了日本的軍事野心之外，我們可看不出中日之間有什麼文化關係存在。「只要你們肯放棄武力侵略的野心，中日兩國自然就能攜手合作的。」
這些學者，包括地質學家、經濟學家、生物學家等等，不時來拜訪我們，希望爭取北大的「友誼」。他們一致埋怨我們的反日運動。我們告訴他們，我們不一定是反日，不過我們反對日本軍國主義卻是真的。但是他們一心一意要滅亡中國，除了中國完全投降，他們絕不會改變方針。
這時，駐屯東三省的日本關東軍正迅速向長城之內推進。國軍先沿長城浴血奮戰，繼在河北省北部步步抵抗，最後終於撤退到北平及其近郊。傷兵絡繹於途。各醫院到處人滿。北大教職員也發動設立了一所傷兵醫院，由內子陶曾毅主持院務，教職員太太和女學生充任職員和看護。因為這醫院的關係，我與作戰部隊有了較密切的接觸，同時，獲悉他們的心理狀態。他們認為作戰失利完全是由於缺乏現代武器，尤其是槍枝，因而以血肉之軀築成的長城，終被敵人衝破了。
國軍以血肉築成長城抗禦敵人的彈雨火海，主要的憑藉就是這種不屈不撓的精神。這種精神使中國在漫長痛苦的八年之中愈戰愈勇，雖然千千萬萬的人受傷死亡，中國卻始終連哼都不哼一聲。我們雖然節節失利，卻終於贏得戰爭。
戰事正在沿長城進行時，當時的軍政部長何敬之（應欽）將軍曾親至北平指揮作戰。他和我都希望能達成停戰以換取時間。我訪晤英國大使藍浦生，探詢他有無出任調人之意。他說日本大使館的須磨先生曾經對他暗示，日本也希望停戰。藍浦生大使當即拍電報向倫敦請示，倫敦覆電同意由他出任調人。我們經由美國駐華大使詹森先生把這件事通知華盛頓。但是這個計劃終於胎死腹中，因為當時的外交部長羅鈞任（文幹）告訴在南京的英國大使館說，除了他本人之外，誰也無權與外國辦交涉。
不久日軍突破國軍沿長城佈置的防線，步步向北平逼近，北平軍民已開始準備撤退。
我當時因為割盲腸之後正躺在北京協和醫院，對外面的情形很隔膜。有一天清早，我聽到日本飛機在頭上盤旋，直覺地感到情勢不妙。我得到主治醫生的許可，忍痛步行到何敬之將軍的寓所。他見我還留在北平城內，很感意外。他告訴我日軍馬上會發動攻擊，勸我快離開北平，於是我準備第二天就離開。第二天早晨，我的電話響了，是何將軍打來的：「我們已經談妥停戰，你不必走了。」我馬上打電話把這消息轉告胡適之。
「真的嗎？日本飛機還在我們頭上盤旋呢！」他說。
「何敬之將軍剛剛打電話來這樣說的。」我所能回答的也僅此而已。後來才知道黃膺白（郛）已代表中國在午夜簽訂塘沽協定，根據此項協定，日軍在佔領河北省北部以後，將暫時停止前進。
日軍佔領上述地區後，就在當地成立「自治政府」，並催促留在河北的國軍司令官與他們合作，在北平也成立一個「自治政府」。北平城內謠言滿天飛，說河北省境內的司令宋哲元將軍即將對日本人屈服。北大教授就在這緊急關頭發表宣言，聲明誓死反對華北的所謂「自治運動」。事實上，