一、武漢政府的危機
北伐的勝利實賴革命的武力與民眾運動的結合。武力握於國民黨之手，民眾運動大都由中共領導。一九二五年一月，中共第四次全國代表大會特別強調工人農民的重要，社會主義青年團改為共產主義青年團。中共在湘、鄂的活動已有六年的歷史，革命軍到達之後，湖南農民運動的發展尤為迅速。一九二六年十一月，有農民協會的縣份超過五十，會員一百三十二萬人。十二月，全省農民協會議決減租、減押，禁止高利貸，反對苛捐雜稅。一九二七年一月，會員增至二百萬人。這年一二月間，毛澤東考察五縣農民運動的報告，謂農民已將土豪劣紳、不法地主的特權徹底打倒，農民協會成了唯一的權力機關，「順之者存，違之者亡」。富室大家，無不被目為土豪劣紳【註：湖南士紳葉德輝以醜詆農民協會被殺，曾國藩的後人住宅，遭受搗毀】。
工人運動以武漢為激烈，一九二六年底，湖北總工會有會員三十萬人，動輒開會、遊行、罷工，有的是為改善待遇或其他權利，有的是為政治外交問題，不少中外工廠、商店因而閉歇，造成工人大量失業。一九二七年三月，單是漢口即達二十萬人，四月，增至三十萬人。復以長江下游被南京封鎖，貨運阻塞，日用必需品短缺，工廠原料不給，物價高漲。政府又集中現金，凡完納國稅，流通市面，均以中央、中國、交通三銀行鈔票為限，禁止現洋現銀出口。於是紙幣慘跌，物價猛漲，商業幾同停頓，日用必需品無從購買。財源枯竭更是致命傷。湖北每月稅收僅為過去的四分之一，湖南為五分之一，江西為二分之一【註：湖北每月稅收僅一百八十萬元，支出需一千萬元，湖南每月稅收僅七十萬元，支出需二百五十萬元，江西每月稅收僅九十萬元，支出需一百七十萬元】。鮑羅廷不得不採行「戰略退卻」，保護外人財產、商業及小資產階級，力戒中共的幼稚病，以期維護市場，解決工人失業問題。然而未能收效，各方依然惶惶。
四月二十七日，中共在漢口召開第五次全國代表大會【註：中共舉行第四次全國代表大會時，黨員約一千人，此時黨員多達五萬七千九百人。陳獨秀續任總書記兼政治局主席，周恩來、彭述之、瞿秋白、蘇兆征為常務委員，張國燾長組織部，彭述之兼宣傳部，周恩來兼軍事部，瞿秋白兼農民部，蘇兆征兼職工部】，共產國際代表魯易主張立即施行土地革命，使革命「深入」，使湘、鄂、贛基地趨於鞏固；鮑羅廷主張從緩，先完成北伐，使革命「擴大」，將華北收入勢力範圍。鮑羅廷雖有陳獨秀的支持，魯易終獲勝利。大會認為中國現時的革命，仍建築在工人、農民、小資產階級的聯合上，工人為領導者，農民要有軍事、政治力量，全力向封建勢力鬥爭，變國民革命為土地革命，沒收所有公田及地主土地，取消地主士紳的所有權利，建立農民的鄉村自治政府，組織農民自衛軍。湖南農民協會會員約四百五十萬人，湖北二百五十萬人，勢焰之熾，如火如荼。軍官大都擁有田產，家屬同受擾害，遂激起了他們的直接行動。
首先發難的為駐防武漢上游宜昌的師長夏斗寅。夏為鄂籍國民黨將領中之有實力者，北伐克復湖北有功，而無所獲。經南京策動，一九二七年五月六日，乘武漢軍北入河南，率部東下，欲一舉而顛覆武漢政府。十九日，進至武昌附近，武漢大震，動員所有力量，始予擊退。不料另一軒然大波，起於長沙。唐生智除了權位慾外，並無政治立場。北伐之前，他以佛教的護法者自居，所部軍長何鍵則為舊傳統的擁護者。五月十九日，何的父親被長沙工人逮捕，二十一日，何部團長許克祥等解散工人糾察隊、農民自衛軍，封閉湖南總工會、農民協會，捕殺共產黨人。是為「馬日（二十一日）事變」。二十三日，何鍵自河南要求武漢政府拿辦擾亂後方軍人之人。二十四日，唐生智命湖南省政府緩和農工與軍人衝突。鮑羅廷與中共，深感事態嚴重，以為唐生智全軍叛變，主用法律手續解決，保護工廠、商店，禁止工會逮捕脅迫工人以外之人，不許擾及軍人家屬及剝奪軍人財產土地。武漢政府初派鮑羅廷等赴長沙查辦，為許克祥所拒，改命唐生智全權處理，結果許克祥記過了事，等於對軍人低頭。同月二十九日，第三軍長兼江西省政府主席朱培德勒令中共黨員離贛，停止工會、農民協會的活動。
二、武漢分共
蔣中正清黨為史達林對華政策的重大挫敗，但他仍要中共與國民黨左派合作，變武漢政權為工農革命的獨裁政權，國民黨居其名，共產黨居其實，方不致再發生類似清黨之事。一九二七年五月十八至三十日，正當共產國際召開第八次執行委員會之時，夏斗寅進軍武漢，「馬日事變」連續而至，於是又有「中國問題決議案」，訓令中共執行，使國民黨左派純粹的成為中共的傀儡。一為堅決的進行土地革命，由農民協會實際奪取土地，不用國民政府下令沒收。二為國民黨的老領袖正在動搖和妥協，必須從下面吸收更多的新的農工領袖加入國民黨中央，改組國民黨的現存機構，由新領袖補充。三為根除對不可靠的將領的依賴性，動員兩萬共產黨員，加上湖南、湖北的五萬革命農工，編組新軍。四為以有聲望的國民黨人為首，組成革命軍事法庭，懲辦反動的軍官。最後是要中共留在國民黨內，掌握無產階級革命之權，俟資產階級的民主革命接近勝利時，即建立蘇維埃。
在軍人反共的情勢下，鮑羅廷認為目前必須遷就國民黨左派，承認民眾運動「過火」，不僅要保護工人農民利益，亦須保護中等階級的工商業利益。魯易主張改造國民黨中央，成為工農獨裁製。中共初時意見不一，終以魯易奉有共產國際的命令，六月四日，決定對國民黨左派表示強硬態度，要求立即討伐少數叛徒，削平湖南的反革命，宣布農工組織及中共得在湖南享完全自由，並發表告農民書，打倒許克祥，打倒大地主及土豪劣紳。六月五日，魯易將共產國際訓令送交汪兆銘，希望會商。汪以為這是消滅國民黨的陰謀，當天由政治會議議決解除鮑羅廷的顧問職。第二天，汪與唐生智等赴鄭州會晤馮玉祥。
在武漢與南京勢不並存的情況下，雙方皆欲爭取馮玉祥的合作。中共欲使馮為己用，一箭雙鵰，將南京、武漢的政權一併消滅。汪兆銘於六月十日至十一日的鄭州會議中，說馮共攻南京，為馮所拒。馮主張武漢、南京合一，共同北伐。魯易函馮，勸摧毀南京，奪回廣州，肅清兩湖、江西的反共勢力。此事不僅非馮心之所願，亦非其力之所能【註：馮玉祥與南京亦有接觸，馮志在華北，重返北京，雖有蘇俄的軍械援助，而軍費困難萬狀。武漢不遑自顧，南京則允予接濟】。汪為保全武漢的地位，決定回師，自行東征，將新得的河南讓之於馮，用作北方屏障。唐生智懼兩湖地盤為中共所奪，一力贊成。六月十三日，汪等返至武漢，唐生智、張發奎軍相繼南撤。
魯易以馮玉祥態度動搖，主張公開反馮，並發動武漢總罷工，抗議國民政府縱容許克祥。鮑羅廷、陳獨秀一致反對。六月十五日，中共電覆共產國際，謂命令無法執行，沒收土地應暫從緩，工農民主獨裁，短期內不能完成，改組國民黨左派及拋去汪兆銘至為不易，目前仍須與國民黨及軍事領袖維持良好關係，糾正農民過火行動，以平息軍官與左派國民黨的恐慌。鮑羅廷與魯易亦均欲拉住汪兆銘、唐生智，允給以借款，贊成東征。汪、唐知道共產國際要解決國民黨及其一切軍隊，萬難與中共繼續合作。
鄭州會議後九天，馮玉祥東去徐州，與蔣中正會議。蔣主先定武漢，馮不同意，結果是由馮致電武漢，指責中共行為，促鮑羅廷回國。另與蔣聯名聲明，繼續北伐。大致說來，仍為蔣的勝利，馮亦獲得南京每月二百萬元軍餉的實惠【註：與蔣、馮有淵源的黃郛、孔祥熙為促成蔣、馮接近的有力人】。
北伐軍克復南京、上海後，統治山西的閻錫山，與蔣已有聯絡，對武漢雖亦周旋，惟不準中共在山西活動。六月六日，閻接受南京任命的北方革命軍總司令名義，不就武漢給予的第三集團軍總司令，並勸張作霖與蔣攜手。六月十八日，張作霖在北京稱大元帥，自云為孫中山的老友，對於不違背三民主義的國民黨，一律友視，對於甘心赤化者問罪興討，前者係指南京，後者係指武漢。
六月二十五日，何鍵在武漢對所部官兵發出反共文告。二十六日，唐生智禁止湖南民眾活動。二十七日，中共號召工、農、小資產階級結合為革命聯盟，對新軍閥作戰。二十八日，湖北總工會糾察隊被唐生智解散。共產國際命中共對馮玉祥宣戰，勿再信任軍人，應組織自己的武力。但認為汪兆銘較其他背叛革命者為堅定。就在此時，汪示意國民政府農政部長譚平山、勞工部長蘇兆征辭職，親共的鄧演達首先離開武漢。中共中央連日集會，仍謀與汪、唐聯合東征，魯易則主張南征。七月三日，中共中央決定遣走魯易。七月六日，武漢政治會議通過汪的討伐南京提案，張發奎部向長江下游移動。共產國際不滿中共中央，召回鮑羅廷，命改組中共中央，退出武漢政府，暫不退出國民黨，在國民黨內