一、直系的崩潰
吳佩孚之能一躍而起，並非全憑他的武力，輿論的同情，實有至大的影響。從此以後，他自以為所向無敵，不惟兵戈不休，而且行事乖方，譽望日趨沒落。黎元洪被逐，曹錕竊位，直系愈為人所不齒，失敗已成必然。奉系、皖系與孫中山的反直系聯合陣線，直系軍人的攜貳，更加速了直系的崩潰，導火線為江浙戰爭。
據有浙江的盧永祥，為碩果僅存的皖系軍閥，事事與直系作對，曹錕、吳佩孚視為眼中釘。在直系軍閥中地位僅次於吳佩孚的江蘇督軍齊燮元對於盧永祥之把持上海，有芒刺在背之痛，所爭的是上海兵工廠、稅捐與鴉片。一九二三年七月，盛傳直系將對浙、滬用兵，因江浙士紳奔走呼籲，英、美、法、日公使抗議警告，得以暫告無事。十一月，暗通直系的淞滬警察廳長被刺而死，齊燮元所派的繼任者不能到任，又成劍拔弩張之勢。福州督理孫傳芳不甚得志，謀向浙江發展，與齊相結。一九二四年初，有一支皖系軍隊為孫所敗，北走浙江，為盧永祥收編，吳佩孚要他解散被拒，命齊、孫進兵。盧處於直系包圍之中，自以實力足與齊、孫相抗，又與張作霖、孫中山同盟，不甘示弱。九月三日，齊、盧之戰爆發於上海、蘇州之間，兵力各約五、六萬人。孫中山立即宣布北伐，張作霖動員奉軍西進，段祺瑞通電討伐曹錕。齊雖有吳佩孚及安徽、江西之援，仍戰盧不下。孫傳芳得浙江地方軍內應，長驅而前，直指杭州【註：吳佩孚所派援軍約一萬餘，安徽、江西軍一萬餘，孫傳芳軍二萬餘】，盧軍退集上海，浙江入於孫傳芳之手。十月十三日，盧永祥終不能抗拒齊、孫的夾擊，東走日本，齊盧戰爭結束，北方直奉的大戰則正在進行。
兩年以來，奉軍積極整頓，兵工廠大事擴充，並成立空軍，日本是最大的支持者。九月中旬，奉軍約十五萬人，分向山海關、熱河進攻。吳佩孚昧於大勢，初以為張作霖不敢輕舉，至是自洛陽入京，調兵遣將，倉促應戰，仍然驕妄自大，氣焰灼天，目無餘子，以為必勝。吳自當山海關，而以熱河一路付之馮玉祥、王懷慶【註：王懷慶部並無作戰能力，馮玉祥軍約三萬餘人，素稱精練】，合後續部隊，總計二十萬人，復有海軍助戰。但軍費不足，武器陳劣，士氣不揚，能戰者不足十萬人。吳曾與蘇俄大使加拉罕密談，希望蘇俄給奉軍以壓力。又商請日本公使芳澤謙吉，准其由南滿鐵路運兵，事實上皆不可能。英、美對吳同情，希望直軍獲勝。日本惟恐直軍之不敗，輿論為奉軍聲援，內閣的決策是予張作霖以善意的支持、適當的指導，維護滿、蒙利益。必要時採機宜措施，並派松室孝良少佐【註：松室後任馮玉祥顧問】伺察吳的動靜。
馮玉祥與吳積不相能，對曹錕復懷怨望，結合不滿曹、吳的直系將領胡景翼、孫岳，聯交國民黨與蘇俄，黃郛是運籌人之一【註※】。直奉戰爭甫起時，據說日本住友會社諮議寺西秀武大佐即策動馮玉祥反吳，陸軍大臣宇垣一成、駐華公使及武官均預其謀，曾以一百萬日元，由三井銀行經天津日本駐軍司令交段祺瑞再轉付與馮。馮軍沿途逗留，十月十九日，乘山海關戰事方酣，自熱河還軍，二十三日，突入北京，迫曹錕下令停戰，所部改稱國民軍，馮任總司令兼第一軍軍長，胡景翼及孫岳分任第二軍、第三軍軍長。吳佩孚聞警趕回天津，奉軍乘機猛攻，日軍不準直軍使用秦皇島（山海關西南的海口），直軍大潰。吳浮海而南，擬在武昌組織護憲軍政府不成，北去河南，為陝軍師長憨玉琨及胡景翼所迫，退回湖北，一敗塗地，寄身於長江兵艦，渡其水上飄泊生涯，時為一九二五年一月。馮玉祥稱是役為首都革命。
※註：胡景翼為陝軍師長，孫岳為直軍旅長。胡屬國民黨，參加過陝西靖國軍，馮玉祥任陝西督軍時來歸。孫為舊革命黨人，馮駐軍北京時，和他交結。馮為基督教徒，外人稱為「基督將軍」，與國民黨中的基督教徒徐謙、馬伯援有交。馮與蘇俄的關係，始於越飛在華之時，與加拉罕尤近。黃郛留學日本，屬同盟會，曾參與辛亥革命及二次革命，遊歷歐、美，為一軍事政治家，一九二三至一九二四年，歷任北京政府要職，講學北京大學，與馮過往頗頻。
馮玉祥佔有北京，曹錕去職，由黃郛代理國務總理，攝行總統職務。第一件事，亦是最為人注意的事，是修改清室優待條件。強制溥儀（宣統）出宮，北京不再有所謂皇帝。次為請孫中山北上指導，最後與張作霖推段祺瑞為臨時執政。十一月二十四日，段在北京就任，黃郛的攝政內閣辭職，不再置國務總理，新任各部首長大半屬皖系，曹錕的憲法與臨時約法被廢。
直系督軍齊燮元、蕭耀南、孫傳芳，初欲出兵援助吳佩孚，以大勢已去，宣布擁戴段祺瑞，藉圖苟全。段亦思保存直系的殘餘，以維持均勢。張作霖、馮玉祥合謀擴張地盤，張的野心尤大。國民軍孫岳佔領保定，胡景翼任河南督辦，沿京漢鐵路南下。奉軍李景林佔領天津，任直隸督辦。段以盧永祥為蘇、皖宣撫使，張宗昌率奉軍為前鋒，沿津浦路南下，山東督軍附段，安徽督理被逐，齊燮元退往上海，盧永祥入駐南京，兩人又成了三個月前對抗之勢，不過交換了東西的位置【註：《上海新聞報》諷之為足球比賽的換邊或換球門】。孫傳芳恐奉軍進取浙江，一九二五年一月，助齊舉兵。奉軍擊敗齊軍，進抵上海，與孫傳芳對峙。經段祺瑞調停，孫軍奉軍各自後撤，上海永不駐兵，兵工廠由總商會接管，有如中立區。
驅逐吳佩孚出洛陽，鄭州的憨玉琨以為河南應為己有，但為胡景翼所不許。一九二五年二月，胡對憨攻擊，陝西督軍劉鎮華助憨，孫岳助胡，三月，憨戰敗自盡，劉喪失了陝西。
反直系戰爭爆發，孫中山擬全力北伐，破釜沉舟，不作返粵之計。以各軍多不奉命令，復為商團所牽，遲遲不能行動。待商團事變敉平，馮玉祥佔領北京，孫決定北上，命胡漢民代行大元帥職權，譚延闓主持北伐軍務，進兵江西。十一月初，贛軍方本仁來附，北伐軍始得前進。方本仁志在地盤，反戈攻擊北伐軍。譚延闓湘軍僅一萬餘人，均飢疲之眾，一九二五年一月，敗回廣東。所以此次反直系戰爭，孫中山在軍事上一無所得。直系盛時據有十餘省，戰後僅餘浙江、福建、湖北。
二、國民黨的時局主張，張作霖、馮玉祥的對立
恢復中國在國際的自由平等，為國民黨的一貫主張，改組之後，更強調帝國主義勾結軍閥的罪惡。反直系戰爭一起，孫中山發表宣言，揭示「此戰之目的，不僅在覆滅曹、吳，尤在曹、吳覆滅之後，永無同樣繼承之人，以繼續反革命之惡勢力。換言之，此戰之目的，不僅在推倒軍閥，尤在推倒軍閥所賴以生存的帝國主義。蓋必如是，中國方能脫離次殖民地之地位，以造成自由獨立之國家」。接著發表北上宣言，申明國民革命在消滅武力與帝國主義結合、為帝國主義所利用的現象，使之與國民結合，擁護國民利益。對於時局，主張召開國民會議，以謀統一與建設，對外廢除一切不平等條約，對內實現民治。在國民會議召集之前，先召集一預備會議，由現代實業團體、商會、教育會、大學、學生聯合會、工會、農會，共同反對曹、吳各軍及政黨代表組成【註：一九二三年七月，中共曾要求國民黨號召全國商會、工會、農會、學生會及其他團體代表開國民會議】。一九二四年十一月，孫由粵抵滬，招待記者，說明中國當今禍亂的根本，在軍閥與援助軍閥的帝國主義者，召集國民會議為對待軍閥，廢除不平等條約為對待帝國主義。此後反覆闡述中國不統一的真正原因，不在內而在外，帝國主義者援助軍閥，中國受到不平等條約束縛，所以必須廢除不平等條約。
列強、軍閥對於孫中山的主張，極力反對，多方和他為難。公使團擬阻止他在上海登岸，上海英、美報紙主張禁止他入住租界，不許他在上海過冬，不理他的廢除不平等條約的要求。十二月，孫經日本抵天津，法國領事不準在法租界舉行歡迎會。公使團因對孫敵視，亦不容和他接近的馮玉祥及馮所支持的黃郛內閣，拒不赴黃郛的宴會。段祺瑞答應了遵守過去的條約，公使團始承認他的臨時執政。孫至為憤怒，對段嚴詞指責。
廢除不平等條約非一蹴可就，召開國民會議為刻不容緩之事，段祺瑞為敷衍計，宣布先召開由各省區代表組成的善後會議，再產生國民會議。孫要求善後會議兼納人民代表，段只允限於各軍首領、各省區長官、及有勳勞和特殊資望地位的人。國民黨、中共激烈反對，不參加一九二五年二月開幕的善後會議，希望人民自行制定國民會議組織法，各地紛紛成立國民會議促成會【註：一九二五年一月，中共召開第四次全國代表大會，反對善後會議為重要決議之一。時黨員一千餘，青年團員四千餘】。結果善後會議一無所成，國民會議亦未能召開。
一九二四年十二月底，孫中山扶病到北京，一九二五年三月十二日逝世，遺囑國民黨員，繼續為喚起民眾，聯合世界上以平等待中國的民族，共同奮鬥，於最短期間促使國民會議及廢除不平等條約的實現。所指以平等