一、北方的皖系、直系、奉系
直皖兩系軍閥之爭，並未因徐世昌上台而緩和，反而愈趨尖銳。直系在中央的勢力不及皖系，但據有直隸及長江三省形勝財富之區，外聯南方的桂系，復有聲譽鵲起，能戰敢言的吳佩孚，其勢確不可侮。馮國璋未得蟬聯總統，直系公開向皖系進攻。所採策略，第一為對內繼續主和，打擊段祺瑞的武力統一政策。吳佩孚逕與南方協議停戰後，進而反對選舉總統，段斥其妄談政治，吳反唇相譏，不顧段的威嚴，並勸阻徐世昌勿就非法總統，作人傀儡。徐世昌以種種原因與南方議和，不能不謂為直系在政治上的勝利。議和無成，吳再三詆責安福系。第二為對外明白反日，反對巴黎和會對山東問題的處置，反對北京政府逮捕學生，等於聲討段的親日賣國，摧殘愛國青年。一九二○年一月，全國各界反對與日本直接交涉山東問題，吳亦連電力爭，立場與國民一致，大受讚揚，被視為愛國軍人。第三為聯絡其他與皖系利害矛盾的軍閥，特別是奉系。張作霖因惡徐樹錚而惡段，轉聯曹錕【註：一九一九年十二月，馮國璋病卒，曹錕繼為直系首領】，支持與安福系不睦的靳雲鵬組閣。吳佩孚要求自湖南撤軍，段擬罷免河南督軍趙倜，代之以吳光新，阻止吳佩孚的歸路，隔斷曹錕與長江三省的聯絡。曹錕、吳佩孚支持趙倜，盛傳直、蘇、鄂、贛、豫、奉、吉、黑八省同盟，皖系亦有魯、皖、浙、閩、湘、晉、陝、甘、熱、察、綏十一省同盟之說。
南方陸榮廷及湘軍總司令譚延闓與直系結為一體。湖南督軍張敬堯的暴戾為軍閥之尤，湘人恨之入骨，「驅張」運動，如火如荼。吳佩孚與陸、譚協議，由吳率軍北上，與皖系一決雌雄，一任南軍攻取湖南。一九二○年三月，吳得廣州軍政府六十萬元之助，開始撤防，不理北京的制止令。五月，吳離衡州，順湘江而下，軍威甚壯，張敬堯目送其過長沙，不敢阻攔。譚延闓的湘軍跟蹤而進，連下長沙、岳州，張敬堯部奔潰，湘人到處截擊，幾成為南人仇殺北人之勢，是後湘境無北軍。此為直皖兩系戰爭的序幕。
吳佩孚抵漢口後，聲稱「順從民意，主張正義，消除奸惡，促成和平，力爭外交，一俟軍隊運輸完畢，即日揮戈北指」，無異對段祺瑞的宣戰書。張作霖應徐世昌召，入京佯事調停，實與直系共謀推倒皖系。段組織定國軍，討伐曹錕、吳佩孚，曹錕與張作霖、李純通電討伐安福系；段的兵力約七萬人，曹部約三萬人，奉軍約二萬人，主力集於北京、保定、天津三角地帶。日人助段軍，曹錕要求外交團制止。日本以英、美同情直系，有所顧慮。吳佩孚斥段「認賊作父，……實敵國之忠臣，民國之漢奸。……今日之戰，為救國而戰，為中華民族而戰」，激昂慷慨，人心無不殷望其掃蕩親日派，惟恐其不勝。此為直系戰勝的最大原因。
七月十四日，戰鬥開始，分東西兩線，三天後，西線皖軍敗於北京、保定之間，東線直軍得奉軍之助，亦獲勝利。兩年來段祺瑞在日本扶植下，編練的數萬邊防軍大半覆沒。段祺瑞罷職，徐樹錚等被通緝【註：對於段派的處分，徐世昌、張作霖均主從寬，僅通緝徐樹錚、段芝貴、王揖唐等，均由日本公使館收容。計洪憲帝制、張勳復辟、及此次被懲要犯，無人真正受到罪罰，日後均免通緝，大都再出任官】，安福俱樂部解散，新國會消滅。把持北京政府的段祺瑞失勢，代之而興的為曹錕、張作霖。
兵與槍為軍閥的命脈，權利與地盤是他們爭奪的目標。段軍敗後，直軍、奉軍爭相收繳段軍的兵與槍。戰勝段軍以直軍之功為大，奉軍因利乘便，將段軍槍砲捆載而去，直軍至為不平，此為直奉交惡之始。對於整個時局，吳佩孚主開國民大會解決。國民大會由農會、工會、學生聯合會代表組成，制定憲法，審查中外條約、密約及政府所借外債與用途，決定總統、內閣問題，深得社會及內外稱頌。吳自以為汗馬功高，一言九鼎。張作霖悍然反對，斥吳不過是一師長，無資格妄言國事，吳愈為憤憤。內閣總理靳雲鵬在直皖戰前為安福系逼走，戰後得曹、張的擁護而復起。
至於地盤的分配與軍隊的擴張，以及戰勝者的加官晉爵，為當然之事，曹錕任直魯豫巡閱使，仍兼直隸督軍，吳佩孚任直魯豫巡閱副使，駐紮河南洛陽。李純任蘇皖贛巡閱使，仍兼江蘇督軍，曹、吳部新增五六萬人，合舊有之眾，約十餘萬人。張作霖先已是東三省巡閱使，現在又得到察哈爾、熱河兩區，所部號稱二十餘萬。不久李純暴卒【註：官方宣布李係自殺，或雲遭人謀害】，張作霖保張勳繼任，直系力爭，李部師長齊燮元以近水樓台，作了江蘇督軍，北方成為直系、奉系大軍閥對峙之局，內閣全視他們的愛惡為去留。總統徐世昌全恃彌縫撥弄，苟延殘喘。
二、南方的桂系、滇系、國民黨與聯省自治
北方軍閥火併，南方亦互訌不已，一方面為桂系及政學系（會）；一方面為滇系及國民黨。孫中山離粵後，軍政府完全受桂系、政學系把持。一九二○年二月，唐繼堯為駐粵滇軍統率問題，聯合國民黨與桂系、政學系相爭【註：駐粵滇軍原由李烈鈞統率，經政學系運動，改歸李根源。唐繼堯命仍受李烈鈞節制，桂系助李根源，李烈鈞戰敗】。軍政府總裁伍廷芳及參眾兩院議長林森、吳景濂相繼而去。四川熊克武曾與唐繼堯合力驅走投靠段祺瑞的督軍劉存厚，後因不堪唐的凌迫，轉附政學系，為唐及親國民黨的川、黔軍所敗。熊以川人治川為口號，聯合附唐的川軍將領劉湘，並與劉存厚言和，轉敗為勝，滇、黔軍退出四川。同一時期，廣州亦起重大變化，軍政府卒為國民黨推翻。是後南方內爭，仍然不已，四川尤戰無虛日。
孫中山主持軍政府時，將粵軍二十營收歸直轄，由陳炯明率領，移駐粵東。及孫中山去職，陳炯明懼為桂系所乘，積極進攻閩南，佔有漳州等地，實力漸增，成為國民黨的唯一武力【註：一九一九年十月，中華革命黨正式改名中國國民黨】。桂系與直系一氣，國民黨與皖系聯交。孫中山乘直、皖之戰，促陳炯明攻粵，由皖系的福建、浙江督軍濟以餉械。一九二○年八月，陳炯明回師，粵人痛惡桂軍，其情形一如湘軍之驅逐北軍。十月，岑春煊、陸榮廷宣言解除軍政府職務，廣東督軍莫榮新於勒索商民巨款後出走，粵軍入廣州。孫中山宣布軍政府依舊存在，陳炯明任廣東省長。三個月前桂系助直系推翻皖系，現在皖系又助國民黨推倒桂系，南北繼續對立。
一九二一年初，舊國會在粵重開，孫中山擬改軍政府為正式政府，以期內收統馭之效，外以對付列強【註：南北和談時，公使團以部分關餘歸廣東軍政府，孫中山回粵，公使團謂軍政府不能代表南方，停止撥付。孫擬強行接收海關，外國軍艦示威阻止，孫至為憤慨】。陳炯明欲保境自守，獨有廣東，阻撓未成。五月，孫中山就任總統，轄區僅有廣東，而廣東的實權則在陳炯明之手【註：陳炯明除任廣東省長、粵軍司令外，孫中山又畀以內政、陸軍部長】。北方軍閥及公使團對孫一致反對，廣西陸榮廷陳兵粵邊，準備東侵。六月，粵、桂之戰再起，粵軍先下廣西梧州，八月再下南寧，李烈鈞所統滇、黔、贛聯軍亦佔領桂林。但西南其他各省仍不奉孫的號令。
辛亥革命期間，已有仿行美國聯邦政體之議，但民國政府仍然是中央集權制。二次革命後，袁世凱實行獨裁，地方分權之說又起。及南北分裂，主張聯邦制者漸多。為避用「邦」及「分權」字樣，改稱「聯省自治」。先由各省製成省憲，組織省政府，實行自治，再由聯省會議，制定聯省憲法，組織中央政府。實際是為了遷就軍閥割據，希望達成表面的統一。南方軍閥地狹力弱，但圖自保，殘餘皖系督軍恐被吞噬，均表贊同。直系軍閥地廣兵眾，吳佩孚踵行段祺瑞的政策，思席捲海內，反對最力。孫中山認為中國之亂，由於軍閥之目無法紀，大軍閥自恃暴力，攘奪權利，固然須予以摧毀，聯省自治無異保護小軍閥，使各佔一省，說不上自治，徒只削弱中央，不能統一。
民國初年，倡導聯邦制的多為湘人，如政論家章士釗、李劍農。其後湖南以受北洋軍閥及南北戰爭之禍獨甚，名流熊希齡正式提出聯省自治說。北軍被驅逐後，湘人謀置身南北之爭之外，保持中立，進行益亟，研究系力贊其成。直、皖之戰甫了，一九二○年七月，湖南省長兼總司令譚延闓即宣布自治，創制省憲，「本湘人救湘、湘人治湘之精神，採行民選省長制，以維湘局」。梁啟超與熊希齡為草自治根本法，各公團反對省議會包辦，軍人又相傾軋，變亂頻作。十一月，譚延闓去職，由師長趙恆惕繼任，剪除異己，一九二一年四月，完成湖南省憲法草案。
雲南唐繼堯對四川用兵失敗，宣布閉關自治。一九二○年，率領黔軍自四川返貴州的盧濤，逐走督軍劉顯世，亦樹自治旗幟。同年熊克武、劉湘宣布四川自治，劉湘任總司令。一九二一年，自四川退回雲南的滇軍師長顧品珍驅走唐繼堯，仍以自治號召。北方各省議會及各團體同在作自治運動，皖系浙江督軍盧永祥的「各省自定省憲，實現地方自治」通電，尤為