一、南北戰爭及北洋軍閥的內在矛盾
復辟亂平，段祺瑞絕不許黎元洪再任總統，黎亦知復職為不可能，宣布去位。段自行任命閣員，人選盡屬於以梁啟超為首的研究系與段派，人稱段、梁內閣【註※】，馮國璋對於總統志在必得，於法於勢，亦非他莫屬。馮所兼的江蘇督軍由直系的李純繼任，皖系得了湖南。馮繼承的法統係以約法為根據，段與研究系的梁啟超、湯化龍拒絕恢復約法命脈所繫的國會，所持理由：一為民國已因復辟而亡，應照一九一二年的辦法，成立臨時參議院，重訂國會組織法與選舉法，召開新國會；二為督軍團既以全力打破國會，今再恢復，將生莫大反動；三為國會兩度試驗失敗，不盡職守，惟以查辦質詢為事，毫無成就，威信已喪，囂張惡習難改。真正原因是不願國民黨控制的國會存在，結果召來了南北正式對立。臨時參議院於一九一七年十一月集會，段派議員佔三分之二，研究系佔三分之一。
※註：梁啟超任財政總長，研究系及接近研究系的湯化龍、林長民、汪大燮、張國淦、范源濂分任內務、司法、外交、農商、教育總長。段祺瑞自兼陸軍總長，海軍總長為劉冠雄，交通總長為曹汝霖。先是交通系首領梁士詒因帝制遭受通緝，曹繼主交通銀行，自立門戶，人稱「新交通系」，最為段所信任。
督軍團滋鬧之時，孫中山及雲南督軍唐繼堯等再三力爭維持約法國會。及國會二次解散，桂系的廣東、廣西督軍指為非法，不承認不依法定手續成立的政府，國會未恢復前暫行自立。復辟事起，孫中山斥段祺瑞召禍致亂，前往廣州，倡導護法，斥段為「以叛討叛，以賊討賊」，請國會議員南來行使職權。德國為牽制北京政府，資以巨款，策動第一艦隊響應，由海軍總司令程壁光率領，與孫中山一致行動。唐繼堯憤段挑撥川軍攻擊滇軍，亦不承認段的國務總理。陸榮廷時任兩廣巡閱使【註：以往革命黨譚人鳳及軍閥張勳所任的長江巡閱使只是名義，至陸榮廷任兩廣巡閱使，而以部將分任粵、桂督軍，始有固定轄區，此後巡閱使遂成為超級督軍，有似清代的總督，而權勢過之】，只求保有已得利益，而以湖南為南北緩衝區，屢勸馮國璋恢復國會，馮不能自主。段決心武力對南，動員北軍，進向湘、川，以傅良佐代譚延闓為湖南督軍，吳光新為長江上游總司令兼四川查辦使。唐繼堯以段相欺太甚，自稱川、滇、黔靖國軍總司令，增兵入川。陸榮廷有唇亡齒寒之懼，請西南各省共同應付湘局，均以擁護約法為名。到達廣州的國會議員僅一百餘人，距法定人數甚遠，因稱非常會議，議決設立軍政府，推孫中山為大元帥，唐、陸為元帥。唐、陸並非真為護法而反段，陸更不願受孫的節制，拒不任職，反對另組政府，聲言廣東以後發生任何問題，概不負責。廣東督軍陳炳焜僅指段祺瑞的內閣為非法，仍認為馮國璋的代理總統為合法，反段而不反馮。一九一七年九月一日，軍政府勉強成立，伍廷芳、唐紹儀、孫洪伊、程壁光、胡漢民等分長各部，實空有其名。不過中國從此分裂，除了南北兩個政府外，各軍閥各自為政，為期最少十年。
南北之戰初起於四川，滇系督軍羅佩金擬以省長畀川軍師長劉存厚，段祺瑞、梁啟超則以之授與研究系的黔軍戴戡。劉乘川人銜怨滇軍奪佔利權，聯合四川將領攻羅，北京以戴戡代羅。劉又轉攻黔軍，戴戡敗死。唐繼堯出兵討劉，段祺瑞出兵援劉，自是川戰不休，不過南北的主力戰則在湖南。
湖南督軍譚延闓被段免職後，乞援於廣西。陸榮廷與梁啟超、馮國璋近，桂軍徘徊不前。及北軍佔領長沙，兩廣受到威脅，陸始決定出兵，退至湘南的譚延闓宣布與西南各省一致。北軍進攻不已，廣州軍政府下令討伐段祺瑞、梁啟超。一九一七年十一月，南軍屢捷，北軍內部不和，紀律敗壞，到處遭受襲擊，南軍奪回長沙。四川滇軍雖為附段的川軍所敗，附南的川軍則合黔軍大破北軍，佔領重慶，北軍退出四川。
馮、段暗鬥，為北軍戰敗的原因之一。段要用武力征服南方，馮欲結南方，用備緩急。段主明令討伐南方，為馮所拒，僅令唐繼堯撤退入川的滇軍，對入湘的陸榮廷軍置之不問。在湖南的北軍主將為直系師長王汝賢，他主張停戰，對段隱事指摘，請馮與南方商議，召集國會。江蘇督軍李純等以反對日本軍械借款為名，對段詰責。十一月，段請辭職，責王汝賢受南方離間，顯為對馮而發。馮佯稱此時不應言和，段打消去意。第二天，馮下令將皖系的湖南督軍免職，授意直系各督軍要求撤兵。段又請辭，馮先准其解除兼陸軍總長，並免去徐樹錚的陸軍次長、吳光新的四川查辦使。再准段辭去國務總理，由王士珍代理，段、梁內閣告終，研究系自戴戡被殺，對段已生怨尤【註：研究系欲在西南奠立基地，段祺瑞欲自有西南】。復以對南用兵，主管財政的梁啟超窮於應付，新交通系的交通總長曹汝霖大借日款，手到錢來，梁相形見絀。梁有政治抱負，五年來兩度入閣，一見賣於袁世凱，再失歡於段祺瑞，國民黨惡之尤深，梁於政治雖仍不忘情，已不能有所作為。
皖系不甘罷休，徐樹錚煽動直隸督軍曹錕、山東督軍張懷芝，糾集奉天督軍張作霖、山西督軍閻錫山等要求馮國璋等討伐南方。梁士詒代段向日本活動，寺內允一力為助。直系長江三督軍【註：江蘇李純、湖北王占元、江西陳光遠】再請馮停戰，召開時局會議，陸榮廷、唐繼堯與相唱和。皖系策動潮州、汕頭駐軍獨立，龍濟光侵擾南路，以牽制廣東，使不暇自顧。馮以皖系脅迫，湖北荊州、襄陽響應南軍，命曹錕、張懷芝出兵鄂、湘，以劉存厚為四川督軍，起段祺瑞督辦參戰（歐戰）事務。不數日，又佈告弭戰（內戰），命各軍暫停止前進，以待協議。
馮對南方軍人，只重視陸榮廷，忽略了唐繼堯。劉存厚督川，尤為唐所不能容忍。一九一八年一月，南方因北軍進攻荊州、襄陽，湘桂軍、粵軍、滇黔軍亦分向岳州、福建、成都進攻。馮為擺脫皖系的壓力，前往南京，為安徽督軍倪嗣沖阻回。北軍雖在湖北得勝，岳州則為南軍佔領。徐樹錚引奉軍入關，在秦皇島劫奪北京政府購自日本的軍械，進向天津、北京。張作霖要求以段祺瑞組閣，與段通謀的徐世昌對馮警告，非如此將起兵變，幕後策劃的為日本公使林權助。三月二十三日，段重任國務院總理，直、皖系的鬥爭劇烈。
段再出前五天，北軍奪回岳州，繼佔長沙，曹錕部師長吳佩孚（一八七四至一九三九）實為首功，而湖南督軍反為皖系的張敬堯所得，且欲奪去曹錕的直隸地盤，曹、吳因之離心。徐樹錚調奉軍南下，段祺瑞至漢口說曹錕再戰，徐樹錚親訪吳佩孚，許以巨款，南方對吳亦極力爭取。六月十五日，吳佩孚與南軍言和，張作霖與徐樹錚不睦，湖南奉軍北撤【註：徐樹錚飛揚跋扈，對直系軍人威脅利誘並施，一面槍殺前陝西將軍陸建章，一面以曹錕為川、粵、湘、贛四省經略使，許以副總統。張作霖之助皖系，意在軍餉，疑徐樹錚從中舞弊，尤不滿其擅自調動奉軍】。自閩攻粵的浙軍叛變，陝西靖國軍蜂起，吳佩孚續請罷兵，通電詆段，段的武力統一政策失敗。
二、日、段勾結
參戰問題為引起內戰的近因。日本為擴張在遠東的權利，尤其是在中國的利益，誘導最力。一九一六年二至三月，分與英、法、俄、義成立諒解，四國允日本繼承德國太平洋及東亞的權利，日本負責促成中國參戰。段祺瑞之力主參戰，意在提高關稅、延付庚子賠款、廢除辛丑條約對於中國的軍事限制。日本與協約國答應於中國參戰後，以善意商談，美國公使芮恩施復謂如中國參戰，可予以財政援助。張勳復辟不成，日本內閣決以段祺瑞為唯一對手，供給金錢武器。八月十四日，北京政府正式對德宣戰。原來反對參戰的南方領袖在廣州軍政府成立後，亦採同一行動，實際雙方所參之戰為內戰。
宣戰後，日本請協約國支持段的政府，勿予反對派任何鼓勵或援助。美國允贊助中國在國際上得享大國應有的地位與優待。對於中國希望的事項，協約國承認關稅得按貨物實價值百抽五的原則徵收，詳細辦法由委員會另訂【註：由於物價上漲，各國不允修正海關貨價表，一九○二年以來，中國所徵關稅，不足百分之二點五】，庚子賠款緩付五年，中國軍隊得暫時駐紮天津附近二十里內。日本以近年對華貿易已躍居首位，堅決反對將關稅提高。對於切實值百抽五的詳細辦法，又多方阻撓，歷時一年，方議定進口貨照一九一二至一九一六年的平均物價計算，一九一九年八月起實施。庚子賠款的德、奧部分，因宣戰而自然取消，緩付的只是其餘各國所得，每年約二千餘萬元。天津附近駐兵，以防範德、奧人民的行動為限。美國恐日本控制中國，另與中國換文，中國保證軍備軍需自行支配管理，自行處理有關此次戰爭的軍事措置。但十一月二日，美國務卿藍辛（R. Lansing）與日本特使石井菊次郎的協議，則承認日本在華有特殊利益，特別是中國與日本所屬的接壤地方。根據這個協議，日本認為美國已承認它在華特殊地位，美國的解釋是只