一、慈禧的第二次政變
自一八六一年來的二十餘年，中國繼續在內亂外患的困擾中，其得以勉強渡過大難，是因為地方督撫尚能振作，中樞執政大臣，相與配合，慈禧並非唯一的權力人物，尚不敢肆行無忌，一意孤行。更重要的為左右中國命運的列強利害不盡一致，互相牽制，任何一國不能單獨行動。慈禧原是一個仇外者，英、法軍進入北京前後，據說她曾主盡殺洋人。及中外和議成立，仍勸咸豐再與英、法開仗。其後為奪取政權，不得不結納頗得外人好感的恭親王。恭親王倡行新政，既多出外人的勸導，她又不得不降志以從。但是恭親王終不能滿足她的權力慾，屢予裁抑，必去之而後快。
恭親王的異母弟醇親王奕譞，秉性憨直，對於恭親王的煊赫權勢不免妒嫉，尤不滿其對外措施。一八六九年，曾主驅逐洋人，激勵紳民，打毀天主教堂，天津教案盛傳為他所主使。事後因懲兇賠款，憤請辭職，斥「在事諸臣汲汲以曲循夷心為務」，恥與同列，並謂「欲盡君臣大義，有傷兄弟私情，欲循兄弟私情，又昧君臣大義」。夷務之無起色，由於「辦夷務之臣即秉政大臣，諸事有可無否所致。……常有萬不可行之事，諸臣先向夷人商妥，然後請旨集議，朝廷勢不得不允。此等跋扈情形，實盛世不宜有者」。慈禧正要利用他以對抗恭親王，溫諭慰留。恭親王大為不安。
光緒繼統，醇親王為了避嫌，自請開去差使。恭親王亦謂昔為父子，今為君臣，如仍值朝列，於禮不便，應令歸邸第。不無排擠之心。但醇親王貴為皇父，無形的影響仍大。慈禧復有意籠絡優崇，每遇國防外交大事，皆命以親王身份預議。他的發言，常具有決定作用。一八七六年，文祥病卒，恭親王形單勢孤。一八八○年，慈禧的太監違禁攜物出宮，與護軍互毆，慈禧定要嚴懲護軍，與恭親王發生激烈爭辯，嫌隙愈深。慈安太后平時不多所可否，惟遇重要之事，仍可從中協調。一八八一年慈安去世，恭親王與慈禧之間失去了緩衝。
恭親王年逾五旬，飽嚐憂患，無復早年的豪氣，與慈禧同樣好貨。越南事起，清議激昂，慈禧、醇親王隱為護持。他與李鴻章成為指責的目標，益使其前瞻後顧，舉棋不定，忽戰忽和。慈禧召見之時，恭親王反以慈禧五十生辰演戲、進呈禮物等淺俗末節之事瀆請，不僅為慈禧所輕鄙，同僚翁同龢亦譏其瑣屑，缺乏識量。於是樞臣奉職無狀的彈章隨之而上，慈禧即以「邊防不靖，疆臣因循，國用空虛，海防粉飾，不可以對祖宗」相責。一八八四年四月八日，恭親王再遭譴懲，與全體軍機大臣悉被革罷，代之以禮親王世鐸及醇親王的親信工部侍郎孫毓汶等，遇有緊急要件，會商醇親王辦理。至於總署，醇親王久謂辦理夷務之臣應與秉政之臣分開，二天後，命貝勒奕劻管理。
慈禧宣布黜懲恭親王的理由是軍機處為用人行政樞紐，恭親王「始尚小心匡弼，繼則委蛇保榮。近年爵祿日崇，因循日甚，每於朝廷振作求治之意，謬執成見，不肯實力奉行。屢經言者論列，或目為壅蔽，或劾其萎靡，或謂其簠簋不飭，或謂其昧於知人。……只以上數端，貽誤已非淺鮮」。所說雖非完全無因，其實不過是表面口實。新任的軍機大臣更等而下之。經驗、才識、資望，遠不能與舊任相提並論，貪鄙且尤過之。詔下之日，朝野驚愕，謠傳騰起。原劾恭親王之人，亦謂越南正有軍事，不宜概易生手，「恭親王才力聰明，舉朝無出其右」，請仍令在軍機處行走。另有一位御史謂恭親王等多為二十餘年親舊，有贊佐之功，縱有小過薄愆，面加戒飭已足，今則以為舉不足信，一朝俱罷，實難服天下之心。醇親王並非明達有為之人，禮親王復懵懂不曉世務，大權落於孫毓汶之手。從此事事專仰慈禧鼻息，「賄賂公行，風氣日壞，朝政益不可問」。以往清流黨喜於言高論，君臣尚略有顧慮，現在清流黨的魁杓李鴻藻被罷，張佩綸、陳寶琛等外放，不久落職。中法戰後九年，內外無何重大戰亂，以為天下太平，諸事日益廢弛。
總署與軍機處為平行機構，舊有總署大臣多由軍機大臣兼領，彼此一氣，現在總署成為軍機處的隸屬。新任大臣大半不兼軍機大臣，包括總管大臣奕劻。奕劻（一八三六至一九一六）為遠支宗室，既乏赫赫之功，又從未涉足洋務，名望能力皆無可述。他自知難以勝任，瀝陳種種窒礙。一為上下之情易隔，遇事不能隨時請旨；二為中外之隙易生，外人將對總署輕視；三為樞臣辦理洋務必至隔閡，事理必至掛漏；四為總署與疆臣勢將呼應不靈，甚或受到各方藐忽。洋務為當前大端要政，重洋務必須重視總署，總署之權必不可輕，軍機兼理之法必不可改。樞臣秉國之鈞，焉可不明洋務？樞臣不兼及洋務，不成其為軍機大臣，總署不責成樞臣，亦不成其為總理衙門，所以軍機處與總署斷不可分。但是慈禧與醇親王認為以不合為上。此後十年（一八八四至一八九四），總署大臣約為九或十人，其中兼軍機大臣者不過二、三，奕劻不在內。直至中日甲午戰爭，恭親王復起，總署與軍機處的關係始再恢復。
慈禧與恭親王在明爭暗鬥、貌合心離之下，尚能勉強相處二十餘年，而與醇親王共事不久，即生嫌隙。慈禧揮霍無度，嗜利好貨，為之通關節的為宦官李蓮英，醇親王嘗有諷勸，漸為慈禧所惡，憂憤成疾。一八八九年三月，光緒親政，仍受制於慈禧。翌年，醇親王再病，終於不起。
二、北洋艦隊的成立
一八七五之興辦海軍，係以東方新興的日本為假想之敵。一八八二年，李鴻章鑑於日本的步步進逼，中國兵船僅可扼守海口，難以決戰大洋，且分駐數省，號令不一。不似日本之統歸海軍省節制，呼應一氣。萬一中日有事，勝負不易逆料，除在德國訂造「定遠」、「鎮遠」兩鐵甲船外，須再添購新式快船為輔佐，中樞與地方合謀，方可成一局面。年餘之後，再請統一海軍事權，設立海軍部，置北洋水師提督，延聘洋將。時中法戰爭已起，陸戰尚互有勝負，海戰則一再失利。戰後痛定思痛，決大治水師，續購鐵甲快船。一八八五年十月十二日（光緒十一年九月初五），正式設海軍衙門，命醇親王總理，慶郡王（奕劻）及李鴻章會同辦理，漢軍都統善慶，兵部侍郎曾紀澤幫同辦理，所有水師悉歸節制調遣，先練北洋一支，由李負責。十一月，第三批海軍學生赴英法。「定遠」、「鎮遠」及「濟遠」三船到大沽。
海軍衙門設置的前二日，李鴻章電促前被英國召還的琅威理再來。赫德恐中國海軍受德、法或美人控制，亦去電懇勸，並請英外部敦促。琅威理要求採行英制，僱用英人，授以訓練全權，得李同意後，於一八八六年三月到津。五月，醇親王、李鴻章校閱水師操練，李意氣至豪，琅威理獲授海軍提督銜。八月，北洋艦隊游弋朝鮮洋面，轉赴日本長崎，與日本巡捕衝突，各有死傷。琅威理請對日開仗，李鴻章持不可，互給撫卹了事。有謂如用琅威理議，一舉而挫日本艦隊，以後的中日海軍強弱，必大不同。一八八七年，「致遠」、「靖遠」、「經遠」、「來遠」四快船自英、德駛至。翌年十二月，北洋海軍成，丁汝昌任提督，前在英留學的林泰曾、劉步蟾任左右翼總兵，各艦管帶亦多為留英學生。除已竣工的大沽軍港外，旅順、大連、威海衛均在興建、佈置。琅威理主再經營膠州灣。以力有不逮而未果。旅順最具規模，一八八○年著手佈置，船塢由法人承辦，砲台由漢訥根主持，一八九○年工竣。
北洋艦隊共有大小兵船二十二艘，其中十二艘購自英國，五艘購自德國，餘為自造，另有練兵魚雷艇各若干，約計四萬噸，炮一百二十餘門，官兵四千餘人，以「定遠」、「鎮遠」兩艦為巨擘，各七千餘噸，次為「經遠」、「來遠」等五艦，各約二千數百噸。成軍前數月，李鴻章從琅威理及各將領之議，請續購戰艦，曾紀澤亦有建白，均不獲採納，曾紀澤且受同僚旗人傾害，抑鬱而卒（一八九○）。一八九一年五月，第二次校閱後，李稱旅順船塢已成，軍艦有了歸宿根本，大連、威海衛砲台行將完工，海軍戰備尚能日新月異，就渤海而論，已有深固不拔之勢。但實際情形並不如他說。前此戶部以籌款困難，主停購船械，裁減勇營。李的左右勸他奏駁，不論允否，亦可披露心跡，李不之從，怕的是有違慈禧之意。時慶親王奕劻主海軍衙門，更難期有所獻替，北洋海軍發展，陷於停頓。
海軍餉絀，原因不一，慈禧移用巨款於園庭修建，關係至大。初以創立海軍之時，傳說李鴻章命人托李蓮英轉告慈禧，將來圓明園工程可併入辦理。圓明園計劃作罷，又議改修禁城附近的三海。李鴻章之經營北洋海軍，是為鞏固京師門戶，醇親王意欲自行掌握，並趁便以修三海，逢迎慈禧。一八八六年，囑李以創建京師水操學堂名義，借款百萬兩。李以越事為人所不諒，恐蹈恭親王后塵，唯命是從，即作為海軍經費開支。三海並不能令慈禧滿足，定要仿照圓明園的規模，別營頤和園，以「頤養天和」。一八八八年三月，正式宣布興建，三年竣工，用款由海軍經費挪墊，且曾藉動出使經費。究竟提用幾何，說者不一，有雲一