一、教案疊起
在自強運動的推進期間，中國連續不斷地遇到外來的困擾。首為教案，十之八九與天主教有關。中國重開教禁是出於無奈。天主教士以往活動對象為官紳士大夫，現在轉向庶民。可能是因為他們受過一百餘年的委屈，如今時異勢移，西方在中國的聲威，與往日大為不同，不免趾高氣揚。
依照條約，第一，他們享有治外法權，具有特殊身份，不受中國管治，並常庇徇中國教徒。一八六一年總署雖曾與法使議定，不準教士過問公私事件，但又通令各省，依禮接見教士，示以體面。無形中提高他們的地位，益使其昂然自大，藐視官府，不時進出衙署，干預詞訟。州縣畏其勢焰，一味縱容。不肖之徒，爭相入教，作姦犯科，欺凌善良。貧窮之人復貪圖小惠、作其爪牙。第二，舊有天主堂及教產均應賠還，這是他們生事的另一藉口。雍正禁教以來，教產悉遭沒收。屢經滄桑，原址大都改建，或數易其主，難以查明。因之或重索賠償，或於原址以外，強行擴展，或硬指高屋華室為當年教堂，勒迫遷讓，且於體制有關之地，以及書院、會館、公所、倉廠、寺廟、庵堂，為闔境紳民所重者，皆任意需索作抵，復利用置買田產，建造自便之權，霸佔土地民房，亦為常事。
早年天主教之所以頻遭攻詆，以至被禁，不外政治的猜忌，名教禮俗的鑿枘，今則又加以實際的利害衝突。過去反教者多為官紳士大夫，今則又加以平民。官紳士大夫所憂慮的為世道人心、國家安危，平民所憤恨的為切膚之痛。官紳自始即認為教士心懷叵測，隱蓄異志，假邪說以惑眾誣民，借行教以窺探山川地理，一旦有事，外則脅之以兵，內則會合響應。西人之開疆土，蠶食小國，率用此術。經鴉片戰爭，與英法聯軍之役，覬覦中國益急，其所以和議而退，乃畏中國人民之眾，不得不先以通商取中國財利，以傳教結中國人心。國家安危繫於人心，人心一離，國本動搖，洪秀全即係假借基督教煽構。
中國以名教為治，天主教不敬祖宗神祇，所奉唯上帝，所尊為教王、神父，等於無父無君，悖理敗倫。教化民德大壞，以致忘本而無忌憚。入教的婦女與男子齊集一堂，禮拜誦經。婚嫁悉由自願，不經媒妁，不拜天地。甚至傳說神父常藏少婦，新婚初夕，神父與新婦共宿；終身不嫁的修女，亦須承倚神父。可謂廉恥道喪，人倫澌滅。育嬰堂收養孤兒，目的在挖眼剖心，用以製藥。開設醫院、學校及救災卹貧，亦係別有用心。凡此誤解，清初的反教者已屢屢言之。道、咸年間信以為實者尤眾。
一般人民仇教的最大原因。為教士的橫行霸道，教民助紂為虐。一八七○年曾國藩的一段扼要解釋，足可說明個中內情，不過他漏掉賠還教產之事。他說：「天主教屢滋事端，……但求教民之眾多，不問教民之善否，其收入也太濫，故從教良民甚少，莠民甚多。詞訟之無理者，教民則抗不遵斷，賦役之應出者，教民每抗不奉公。教中犯案，教士不問是非，曲庇教民，領事亦不問是非，曲庇教士。遇有民教互鬥，平民恆屈，教民恆勝。教民勢焰愈橫，平民憤鬱愈甚，鬱極必發，則聚而卒思逞。」總署復從法使之請，凡祈神賽會、修廟、演戲、建蘸，教民免予攤派，更令百姓憤嫉。教士外出乘坐轎輿，盛陳儀衛，布列銜牌，自稱欽命，儼然是方面大員，一樣為他們所厭憎。
來華歷史較短的新教士行事，與天主教士不同。他們為數不眾，十九世紀六十年代，不足二百人，七十年代，為數四百餘人，仍集中於通商口岸，側重文字宣傳，信徒約有數千。一八六六年，英國教士戴德生（James Hudson Taylor）創立內地會（China Inland Mission），為新教開一新紀元。他個人生活儉樸，刻苦耐勞，組織不分派別國籍，十年之間，浙江、江蘇、安徽、江西均有會所，漸及其他各省，教徒增至一萬三千人。
民教衝突之事，自一八六一至一八七○年，十年之間，不下數十起，遍及十餘省，幾悉與天主教有關。以貴州、江西、四川、天津諸案為最嚴重。貴州主教初一到達，即與官府分庭抗禮，時坐大轎，僱用鼓吹，招搖過市。提督田興恕少年氣盛，通諭地方官痛斥教士，命稽查驅逐，最好藉故繩之以法。一八六一年，時有教堂被搶，教會、學堂被焚，教民遇害。次年，又以教民不參加祭賽，法國教士一人及教民四人被殺。法使向總署抗議，英、俄助之，要求嚴懲田興恕，賠償謝罪，限期答覆，否則將自行辦理。恭親王認為事關國家體制，只許賠償，不能抵命。交涉四年，終於將田興恕發往新疆，充當苦差。
江西的法國主教，自稱總理江西教務，全權大臣，巡撫升炮開中門以迎，教民借勢鴟張。一八六二年，南昌府試，童生搗毀教堂、育嬰堂，法使以絕交開戰相威脅。巡撫沈葆楨謂傳教並非用兵，不可以力屈人，須以信服人，「若謂懾之以兵力，期收效於旦夕，則匹夫不可奪志。……勸人為善者當不出此」。最後賠償了事。
一八六三年四川重慶天主堂醫院、學堂被毀，教民數十人被殺，起因是法國主教強指寺院為教產。結果川東道撤職，四川總督、成都將軍議處，賠款十五萬兩。一八六五年四川酉陽法國教士被毆而死，法使聲言，將派兵船入川，總督允懲兇、賠款。同年又以賠還南京天主堂不遂所願，法使警告恭親王，倘不如所請。即行絕交，「清朝國祚勢將不保」，恭親王只有照允。一八六八年、台灣天主堂及英國教堂被毀，英海軍砲擊安平，殺傷官兵二十餘人，並勒索兵費。江蘇揚州天主教育嬰堂及內地會教堂被毀，上海英領事不俟查辦，率領兵船脅迫兩江總督曾國藩，承認其全部要求。一八六九年，發生第二次四川酉陽案。鄉團與教民互鬥，團民死者一百六十餘人。法國代辦羅淑亞（J. de Rochechouart）又以絕交開戰相恫嚇。接著貴州遵義天主堂被毀，毆斃法國神父一人、北京雖命湖廣總督李鴻章前往處理，羅淑亞仍率兵船溯江而上。李鴻章在重慶將酉陽教案主犯正法後，趕返漢口，續將遵義教案議結。同年，英軍殺害潮州鄉民六十九名，焚燒民房四百餘間，此事雖與教案無涉，而給予中國朝野的反感則一。在此不斷的刺激與壓迫下，不惟保守的醇郡王奕譞（一八四○至一八九一）、大學士倭仁力主對外備戰，開明的恭親王奕訢亦說羈縻不可常恃。翌年，軒然大波又起於通商口岸、京師門戶的天津。
一八七○年春夏之交，天津時有小兒走失，天主教仁慈堂的幼童又常有死亡，謠言係遭謀害，剖心挖眼，用以製藥、煉銀，被捕拐匪復供稱受天主堂指使。於是民情洶洶，六月二十一日，包圍天主堂。法國領事豐大業（HV Fontanier）面詰三口通商大臣崇厚，咆哮不遜，開槍示威，打毀器物，憤憤而去。途中槍傷天津知縣隨從，致被毆斃。法國領事館、教堂慈仁堂被焚，法人及俄、比、英、義人十餘人被殺。
一向橫蠻的法國代辦羅淑亞立召軍艦前來，要求嚴辦首從各犯，各國公使亦聯銜抗議。詔命直隸總督曾國藩持平辦理，並將天津地方官議處，派崇厚為出使法國大臣。醇郡王奕譞則謂津民宜加撫循，地方官勿輕更動，海防應密籌，住京洋人宜密察。曾國藩立意不與法國開釁，力辯洋人挖眼剖心之誣，出示查拿兇犯，修葺教堂，嚴禁滋事，並將天津知府、知縣撤任。於是京內外議論紛起，斥其偏護洋人。
中樞雖亦欲保全和局，惟仍囑曾國藩勿失民心，同時命沿江沿海戒備。羅淑亞堅持將天津府、縣及涉嫌的某提督正法，法軍艦即直駛天津。北京亦不得不調兵遣將，召李鴻章克日率部北來，情勢至為緊張。時普法戰起，羅淑亞的氣焰一挫，各國復恐普、法之爭波及東亞，均希望津案速結。旋以曾國藩舊病復發，調為兩江總督【註：曾國藩原已患病，至是以內外交迫而轉劇，自謂「內慚神明，外愧清議」。兩江為湘軍的勢力範圍，原任兩江總督馬新貽與湘軍無何淵源，一八七○年八月被刺而死，復命曾國藩任之，一八七二年三月卒】，以李鴻章繼為直隸總督。九月，李鴻章到天津，十月，將天津府、縣發往黑龍江效力，滋事人犯二十五名處死，二十五名軍流，賠償法國損失二十一萬兩，撫卹二十八萬兩，崇厚赴法國謝罪。
總署成立以來，所遭遇的棘手問題，雖一一解決，而十年以來所恃的對外講信修睦方針，並未收到預期成效。外人有心相暱之說，不全可信，所謂對華聯好政策，一遇實際交涉，即置之腦後。中國自強運動，不僅不能仰賴外人的同情支助，反使保守派振振有詞。總署懲前毖後，於一八七一年擬訂一教務章程，包括停止或限制教堂收養孤兒，祈禱時不應男女混雜，教士不得干預公事，教民滋事，曲直由地方官憑斷，教士不得任意遨遊，信教者須查明身家，教士與地方官往來應守禮節，舊有教堂不得任意索還。但英、美、法均不同意，民教衝突依然不息，各國的侵略亦日甚一日。
二、日本吞併琉球與進犯台灣
日本與西方接觸遲於中國十二年。鴉片戰爭給予中國的挫辱，是日本的