一、總理衙門與南北洋大臣
一八六○年北京議和之後，恭親王等所重視的事，為今後如何與西人相處，以求彼此相安。鴉片戰前，海上國家的對華貿易，歸廣東當局處理。五口開港，中外商務分歸兩江、兩廣總督主持，而以兼有欽差大臣銜的兩廣總督為重心。英、美、法的外交代表駐香港、澳門或廣州，遇事不易和他們商談，久已不滿，希望能與北京直接往來。此為修約要求的由來，亦為第二次戰爭原因之一。
戰後英、俄、法、美四國公使正式駐京。按照中俄條約，俄使可與軍機處來往，他國公使當然可以援行，但非清廷所願。因為軍機處掌理最高軍政，不惟涉及機密，亦有關體制。再者，今後中外交涉益繁，必須悉心經理，專一其事，期能合乎機宜。恭親王等考慮的結果，擬訂《辦理通商善後章程》六條，其中之一為京師設立「總理各國事務衙門」，以王大臣領之，並派軍機大臣兼管，庶免歧誤。應置司員，分別於內閣、部院、軍機處各司員章京內挑取，輪班入值。一八六一年一月二十日（咸豐十年十二月初十日），詔如所議，派恭親王與桂良文祥辦理。此為中國專設外交機構的開始，亦為關於新政的第一項措置。
總理各國事務衙門初名總理各國通商事務衙門。恭親王以中外交涉不限於通商，為免外人滋生疑慮。對外簡稱總理各國事務衙門。刪去「通商」二字，通稱為總理衙門，再簡稱為「總署」或「譯署」，性質與軍機處頗多相似之處。其一，兩者均為臨時組織，並非正式官署，擬俟外國事務較簡，即予裁撤。實際上今後洋務日多一日，終成為永久機構。其二，兩者的組織均為委員制，各有首領一人，大臣均為兼任，司員由他處調用。總署大臣初為三人，僅文祥為軍機大臣。稍後恭親王、桂良均入軍機處，續加入的寶鋆亦係軍機大臣，總署與軍機處幾成一體。軍機大臣通常四至六人，總署大臣常在十人左右。其三，兩者的名實均不相符，軍機處原司用兵機密，後成為一切政令之地。總署原司中外通商交涉，後成為洋務的總匯，商務、教務同歸辦理；海關、輪船、火器、學堂以及鐵路、電線、礦務、海軍等，凡與西洋有關的新政，亦無不由其籌劃主持。簡言之，同、光年間的自強事業，俱屬於總署，成敗亦繫於總署。恭親王主持總署約二十四年（一八六一至一八八四），在此其間，軍機大臣兼值最久的為文祥（一八六一至一八七六）、寶鋆（一八六一至一八八四），後為沈桂芬（一八六九至一八八○）、李鴻藻（一八七六至一八八四），文祥又為早期的關鍵人物。
恭親王等擬訂的辦理通商善後章程中有一條為南北口岸分設大臣，理由是口岸增加，北起牛莊，南迄瓊州，地方遼闊，如仍俱歸原設的五口欽差大臣辦理，「不獨呼應不靈，各國亦不願從。且天津一口，距京甚近，各國在津通商，若無大員駐紮辦理，尤恐諸多窒礙」。時五口欽差大臣，已自廣州移置上海，先由兩江總督兼任，旋由駐上海的江蘇巡撫署理。天津開埠後，以直隸總督不能專駐該地，將天津、牛莊、登州三口合設一辦理通商大臣，遇有要求，會同直隸總督、山東巡撫、奉天府尹辦理，通稱為北洋通商大臣。舊有五口及新增長江沿海各口，仍令駐上海的欽差大臣辦理，通稱為南洋通商大臣。
通商大臣的設置，除上述理由外，尚別有用意。一則各口事務如有專人辦理，總署既可減輕負荷，必要時復可用作緩衝。再者中外交涉，均在天津、上海辦理，駐京公使，將無事可為，日久或自行退去。一八七○年以天津對外交涉日繁，裁撤三口通商大臣，改以直隸總督為欽差大臣，所有洋務、海防事宜，均歸經營，每年春間移駐天津，冬令再回保定。這時直隸總督已為李鴻章。同年命兩江總督曾國藩充辦理南洋通商事務大臣。從此南北洋通商大臣，成了兩江、直隸總督的固定兼職。畿輔為重鎮，直督為疆吏領袖，李鴻章又久於其位，北京倚為干城，北洋的重要性遠在南洋之上。北洋大臣大都為出身淮軍系統的人物，南洋大臣大都為出身湘軍系統的人物。
二、赫德與海關
新政或洋務的推動，直接間接皆受了西方的刺激和啟發。以個人而論，關係尤大的應推赫德（一八三五至一九一一），不論其動機如何，而其影響則不可否認。
赫德（Robert Hart）為愛爾蘭人，以優異成績畢業於貝爾法思特（Belfast）皇家學院，習語文、哲學。一八五四年來香港，受知於總督包令。初任寧波英領事館助理翻譯，一八五八年調廣州領事館助理及英法管理委員會秘書。翌年，任廣州領事館翻譯，轉粵海關副稅務司。一八六一年第一任總稅務司李泰國因醫治舊傷，請假返英，自行指派江海關稅務司費資賴（GH Fitz-Roy）與赫德共同代為負責。費資賴不通中文及中國事情，實際歸赫德主持。李泰國時年二十九，赫德年二十六，這兩位青年均長於行政組織，但性情大不相同。李泰國狡悍跋扈，陰狠自大，赫德比較和易，事理明達。是年六月到京，先見文祥，繼遏恭親王，報告徵收情形及今後應採辦法。又建議購置兵輪，入江助剿。文祥、恭親王對他的印象極佳，正式委他代辦總稅務司事務。長江開埠，本應俟亂平之後，因赫德之請，提前辦理。湖廣總督官文之得知北京政變消息，即來自赫德。一八六三年，李泰國去職，赫德實授總稅務司，直至一九○八年。
清朝海關行政一向操之於與內務府有關的人員，營私吞蝕，弊竇叢生。五口通商後，對內矇混如故，對外復乏知識，外商乘機偷漏，以多作少，虛報貨品，常將貴重者列入價廉者之內，甚至全部走私入口；土產出口，亦常概不報驗。由商人兼任的各國領事，與之互通一氣，以至每年數百萬兩的正額無法徵足。一八五四年，上海海關由外人代理，一八五九年洋稅務司制度正式成立。李泰國曾擬訂海關行政計劃，及新關開辦章程，規模漸備，恭親王給他的劄諭說明總稅務司的職責，一為幫同海關監督辦理各口岸海關事宜，一為考核海關洋員功過。據赫德估計，今後每年可得一千萬兩【註：時各關每年所收近七百萬兩，一八七一年後，超過一千一百餘萬兩】。一八六四年赫德與總署議定海關募用外人幫辦稅務章程，赫德有任免關員的全權，總稅務司衙門自上海遷設北京。洋員包括正副稅務司、幫辦、扦手，除極少數的法、美、德人外，悉為英籍，雖係以個人才學為準，亦與他們國家的貿易額有關，各國公使力事爭取。稅務司總攬一切，關監督形同虛設。七十年代。洋員共約四百人，旋達六百人，薪金總數至百萬兩以上。每一稅務司年薪自三千兩至六千兩，或九千兩，副稅務司年薪自三千兩至三千六百兩，助理自九百兩至二千兩【註：美國哈佛、耶魯等大學畢業生亦有來應徵者，哈佛出身的馬士（HB Morse）等四人係一八七四年參加】。低級人員如書辦、文吏、通事等為華人，年薪僅二三百兩至一二千兩。洋員估價驗貨，往往不盡不實，陰袒外商，復常為其本國蒐集情報，並非盡忠於職守。
李泰國時期卜魯斯已說，此一外人管理海關制度，不但可保證中國稅收，並可保障英國利益，又可作為中國的外交顧問，供給英國情報，無形中左右中國政府。赫德期間，稅收逐年上增，十餘年後，每年達二千萬兩，為最可靠的財源。同治年間，新政的經費，十九取之於此，中央與疆吏對他信任有加。他的影響力量更大，新政的舉辦多出於他的建白。恭親王、文祥遇事徵詢他的意見，有時任用督撫亦和他商量，外交問題，自不待言。他如新式教育及郵政亦歸他兼管，最大的權力仍在財政。關稅所入，先扣除賠款外債。一八六○年對英、法的賠款，除一百三十萬兩由戶部及直隸、廣東支付外，餘悉於各海關稅項下提四成攤給。一八六一至一八六四年上海所借的外債六十三萬兩，一八六二年及一八六四年福建所借的六十五萬兩，一八五七及一八六六年廣州所借的六十二萬兩，及左宗棠西征期間的借款，或由關稅歸還，或由關稅擔保，此後成為常例。
九十年代倡導變法的陳熾，對於外人掌管海關之害有如下之論：「天下事利之所在，即權之所在，不可輕易假人者也。乃有非我族類，久假不歸，盤踞要津，根深蒂固。清關釐稅歲入三千萬，仰其鼻息，以為盈虛。引黨數百人，糜工二百萬。漸而陰持朝議，顯綰邦交。偶或侵之，顛蹶立至，噸鈔數及百萬，本國家有利之源，乃一意把持，據為己有。……家資之富，可以敵國。……阻撓稅則，左袒西商，……貌類忠誠，心懷鬼蜮。……英君主授以男爵，功在彼國，其事可知。西人之入中國者，尊敬畏服，望若天人，視官吏蔑如也。」赫德的權勢確是極大，除了恭親王、李鴻章，當時無人可與比擬。不過如專就海關本身而言，他的建樹終不可泯滅。總計赫德在華五十四年，任職海關四十九年，其中四十六年為總稅務司。
三、英、美的合作政策與外交誘導
一八六○年之後，恭親王、文祥立意與西方國家和好相處。各國亦欲逆取順守，互不猜忌，使中國安定，方好享受已得權益