咸豐、同治兩朝，可謂多事之秋。除縱橫南北的太平軍，出沒黃、淮流域的捻與白蓮教及遍擾兩粵、閩、台的天地會外，僻遠地區的西北、西南亦叛亂疊起，先後二十年，無一不直接、間接與太平軍相關，或多或少受到太平軍的影響。
一、貴州的苗與教
貴州漢、苗交錯，地瘠民貧，歲賦所入，僅當浙江一大縣，官祿兵餉多仰給他省。苗性強悍，素稱難治。改土歸流後，官吏貪暴，一切供應力役，悉取之於苗民。漢人復侵奪其地，重利盤剝，苗民生計陷於絕境，以致鋌而走險。嘗謂：「吾輩不知何者為反，以兵來則戰，以好來則撫，飢則掠，怒則殺耳。吾不擾官，官乃擾吾，惟有強者勝耳。」此為苗疆多事之主因。以往官府所恃的是武力鎮壓，太平軍起，部分戍軍他調，協濟餉銀不至，治安遂不克保。此次事變，通名為苗亂，其實苗人之外尚有夷人、回人，及更多的漢人，不過首先發難，勢力最大的則為苗人。
一八五五年，苗亂起於黔東，張秀眉為首。漢人領導的白蓮教紛起響應。白蓮教支派不一，各以紅、黃、白、青布作為頭巾、衣褂、旗號，有紅號、黃號、白號、青號之別，官方稱曰「號匪」。此外尚有齋教、燈花教、太平教。就中以紅號、黃號、白號為大，分佈於黔東及黔東北十餘縣，與苗聯合後，蔓延及於全省，合計約三十萬人。一八六○年，石達開部的一支，自廣西進入黔南，與苗教逼攻貴陽。清命湘軍赴援，苗教聞兵至，四散伏匿，兵過復行嘯聚。太平軍平定後，北京從曾國藩之議，命湖南巡撫統籌黔事，由在四川的湘軍策應。一八六七年，西路湘軍平定貴州西北，一八六八年，東路湘軍攻破教黨的根據地荊竹園（屬石阡）。一八六九年，苗軍大敗東路湘軍，惟以久戰無糧，勢漸窮蹙。一八七○至一八七一年，湘軍屢勝。一八七二年五月，苗教的根據地台拱、凱里失陷，張秀眉被俘，降者十餘萬，被殺者二萬餘，全黔底定。苗民存者僅十之二，各地城廓田廬亦多變為廢墟，苗人精壯殆盡，漢人亦流離失所，死亡幾半。
二、雲南的回、漢反滿軍
雲南變亂的原因，與貴州略同，在貴州是漢、苗不和，在雲南是漢、回仇視。回民有信仰、有組織，文化程度高，民族意識強，與漢人雜處，風俗各異，利害衝突，相互輕侮忌恨，會黨復從中播弄。回民勢眾心齊，有清真寺公費，緩急相通；漢人亦團練自衛，各出「保家錢」、「買命錢」。法令規定回民有犯，加等科罪，牧令每遇漢、回相爭，往往偏袒漢人，回民不得其平，逕行尋仇報復。一八四五年，滇西永昌（保山）漢回爭地互鬥，官軍助漢攻回，回民死者四千餘。他處回民繼起，燒殺漢人家室，歷久不平。一八四七年，林則徐任雲貴總督，剿辦回亂，懲處滋事漢人，命雙方具結互保，此後七八年間，相安無事。
雲南回教徒中最具聲望的為大理掌教馬德新，曾赴麥加朝聖，遊君士坦丁堡。洪秀全假基督教自立王朝，他何嘗不可以回教作號召？杜文秀、馬如龍（獻）均入其門。杜文秀為保山秀才，頗有才略，永昌變起，親至北京上控，聞見益廣，遂生輕視清室之心。馬如龍為臨安武生，勇狠好鬥。一八五四年，亂事擴大，回民抗官兵，漢人殺回民。馬德新嗾使回眾，包圍昆明，城內回民數千被屠。雲南西部之亂，繼之而起，一為李文學領導的夷人、漢人，據有彌渡，以「剷除滿清贓官，殺絕漢家莊主」，田畝悉歸庶民，不別夷、漢為口號。一為杜文秀領導的回民，是年九月，奪佔大理，蓄髮易服，建號「平南」，稱總統兵馬大元帥。他知道漢眾回寡，欲成大事必須聯合漢人，亦要結好夷人。承認「三教（回、漢、夷）各有根本，各行其是，既同營幹事，均宜一視同仁」，相助相安。「春秋祀孔子，錢帛濟貧民，委鎮地方，回、漢同任，招待賓客，回、漢同席。」所屬官職，漢人居其大半，漢兵十之七八，回兵十之二三。設學校，給耕牛，興修建，建行店，以安士、農、工、商。他說他之舉兵「純為滿人奪我中夏，傷我同胞，滅我回族」，「但得回、漢同心，以雪國恥。……始則除滿，次則樹漢，三則除奸」。除了宗教信仰與太平軍不同，反滿的立場是一致的。
由於地理的關係，初期杜文秀的重要性原不及馬如龍。馬如龍的勢力距昆明不遠，可以直接威脅省城。一八五七年，昆明二次被圍，數月不解，總督恆春自縊，人民餓死數萬。清廷改取安撫政策，授馬德新以管理雲南清真寺事務之權，回眾陸續退散。一八五九年官軍西征，杜文秀力不能拒。翌年，馬如龍又攻昆明，西征軍腹背受敵。馬如龍與杜文秀曾有協議，如杜先有省城，馬聽杜號令，如馬先有省城，杜聽馬號令，鹽課均分。馬屢攻省城，杜未相助，反獨佔鹽課之利，馬遂起不平，杜亦對馬生忌。馬餉糈不足，練勇更是他的勁敵，既不能佔領昆明，成功可能殊鮮。一八六二年，馬受雲南巡撫的招撫，此為滇亂的重大轉變。從中運用的為岑毓英。
岑毓英原為廣西西林土司，一八五六年，募勇來滇，歷任知縣、知府，馬如龍投降後，岑一躍而代理雲南布政使。馬德新希望取得平南王的封號未成，一八六三年春，召東路回首馬榮，襲據昆明，殺總督潘鐸。岑聯合馬如龍，驅逐馬榮，從此馬德新漸無能為。馬如龍屢勸杜文秀歸順，杜以勢成騎虎，自信縱不能大成，亦可偏安小就。一八六七年，杜乘岑毓英駐軍遠東，大舉東進，昆明附近城池盡為所有。如以雲南情勢而論，十分危殆，但就全局來看，官軍已漸入佳境。中原捻亂已近尾聲，北京以湘謀黔，以川謀滇。一八六八年，授平定黔西的湘軍統帥劉嶽昭為雲貴總督，岑為雲南巡撫。岑回援省城，劉為固後方，各省協餉續至。岑再施其分化政策，說杜的大將漢人李芳園來歸，杜軍大敗，省城四圍肅清。
雲南地鄰越南、緬甸，勢力已進入越、緬的法、英謀乘機擴張利權。久在雲南傳教的法國高司鐸（P. Fenouil）代岑毓英、馬如龍製作彈藥，來自上海的法國軍火商塗普義（Jean Dupuis）為他們購運軍火，設廠造炮，並有法國武官為他們練兵。英人司萊登（Edward B. Sladen）亦自緬來騰越貿易。杜在緬甸開設商號，所以杜軍亦有洋槍，惟不及岑、馬的精利。收復昆明附近諸城後，再度西征，大理勢危。一八七一年，杜遣使前往倫敦，乞援納貢稱臣，但無所成。一八七二年十二月，岑毓英攻下大理，杜文秀自盡，降回三萬餘人被殺，李文學亦兵敗被擒。次年，岑部克騰越，雲南亂平，前後十八年。
三、陝甘回與馬化龍
陝甘為漢、回雜處的另一地區。一八六二年，太平軍進入陝西，關中回勇潰散滋擾，與漢人互相焚殺，渭河南北數百里咸為焦土，西路及甘肅回紛起響應。清命多隆阿與勝保分由皖、豫赴援，勝保一再失利，革職治罪。翌年，多隆阿先肅清東路，解西安之圍，續肅清西路，屠殺極酷，回眾退甘肅【註：一八六四年，多隆阿進攻來自四川的藍大順於盩厔，受傷而死】。
甘回有新教、老教之別，互爭不已，官府左袒老教。馬化龍為新教首領，與滇回相通。一八六一年，亂事初起於西寧，以馬桂源為首。翌年陝亂大作，馬化龍舉兵於寧夏金積堡，控有隴北、隴東，稱「總統隴郡兩河（黃河、湟水）等處地方軍機事務大總戎」。繼起的為據有河州的馬占鰲，佔有肅州的有馬文祿，甘肅全省僅存蘭州、秦州、鞏昌三府。滇亂為回、漢聯合，甘亂為回、漢仇殺。甘肅地本乏糧，加之耕耘廢時，回騎剽疾，出沒隴東，西來官軍糧運時為所阻，統將又多貪蝕。屢為回敗，譁潰相繼。清廷不得已，授湘軍將領楊岳斌為陝甘總督。楊原統水師，用違所長，一籌莫展。一八六六至一八六七年，蘭州兵變，同時捻眾西來，陝回再起，以白彥虎等為著，與馬化龍相結。甘肅土寇董福祥聲勢亦大，蹂躪陝北，關、隴全境幾乎不保。於是以左宗棠代楊岳斌。
左的戰略為「剿捻宜急，剿回宜緩。欲清西陲，必先清腹地，然後官軍無後顧之憂，餉道免中梗之患」。一八六八年，左自陝回師，追擊西捻。及西捻蕩平，重返西安。西北用兵最感困難的為無法就地取給。左原擬「且防且剿，且戰且耕」。事實上不易做到，仍賴東南、華中諸省協濟。復向上海洋商兩次借款三百四十萬兩，由海關擔保攤還，用以購置洋槍【註：主持人為胡光墉】。左先靖陝北土寇，降董福祥，繼破隴東陝回【註：湘軍中多哥老會黨，關中甫平，左軍因哥老會的煽動，相繼在陝、甘之交譁變】。
一八六九年秋，左軍進攻金積堡。金積堡形勢險要，周圍堡寨四百餘座，北經蒙古，交通俄人，輸入洋貨、槍砲。回眾拚死力戰，左軍屢攻不下，大將劉松山陣亡。一八七一年一月，馬化龍糧盡，請降，被凌遲處死，甘回瓦解。一八七二及一八七三年河州及西寧回降。一八七三年，左收復肅州，屠回民七千餘，甘境肅清。此為左宗棠西征的第一階段，第二階段為進軍新疆。
四、阿古柏並據新疆
清朝對新疆的措施，天山南路不同於北路。北路本為蒙