一、紀綱隳壞
太平軍的宗教信仰、政治、經濟、社會政策與措施，無論反對者斥其如何怪誕詭譎，當清廷失去控馭、人心思變之秋，確能收一時煽惑脅制之效。而其初期上下一心，甘苦相共，領導人正當少壯之年【註：金田起事時，洪秀全三十七歲，馮雲山年與相若，楊秀清、蕭朝貴、韋正均在二十歲上下，石達開約二十歲，秦日綱二十餘，胡以晃三十餘】，朝氣蓬勃，實尤足多。中期之後，一切全非，卒至敗亡。外在的情勢轉變，固然有關，根本所在，為其自身的日趨腐化、惡化，喪失了淬礪奮揚之氣。
宗教對於太平天國的創建確有極大作用，然亦受了宗教之累。宗教為洪秀全羅致了不少狂熱的信徒，不惜犧牲一切以從，亦因此激起衛護名教者的反抗，招來了勢不並立的勁敵。他原是假宗教以愚人，沒想到竟至作法自斃。在前期，有天父下凡之說，結果演成自相殘殺；在後期，他仍強調諸事均有天父、天兄作主擔當，太平一統，即將到來。但何以久久未能實現，屢屢喪師失地？不惟一般人不再盲從，甚而他的高級將領的信心亦生動搖。而他本人似乎反陷溺愈深，極力使自己神化，一心依賴神力，忽視現實，失去理智，無異自愚。李秀成曾反覆言之。一八六○年，再破江南大營之後，洪秀全「格外不由人奏，俱信天靈」，一味靠天，不肯信人。安慶行將不守之時，李勸他預防湘軍來圍天京，反大受責斥，說是「爾怕死！朕天生真命主，不用兵而定太平一統」，「殘妖易滅，功勳易成」。但太平軍之日暮途窮，則為顯然的事實，自欺而不能欺人。有人說他精神錯亂，亦可謂為執迷不悟。在如此領導下的軍政，尚有何希望？
經過天京的內訌，洪秀全偏信他的親族寵幸，任其胡作亂為，上下離心。李秀成勸他「擇才而用，定製恤民，申嚴法令，肅正朝綱，依古制而惠四方，求主禮而卹下，輕世人糧稅，仍重用翼王」，終不見聽。洪仁玕雖有才識，但乏功勳，到天京不滿半月，封為軍師、干王，要人悉歸其制，眾望不孚。曾國藩的幕僚趙烈文曾說，自洪仁玕執政，「諸宿將多不服，賊勢之衰，蓋由於此」。一八六一年，洪仁玕以援安慶失敗革職，朝政復歸洪仁發、洪仁達。李秀成見政情日壞，「屢俱本奏，天王不從，越奏越怒」，甚至說：「政事不與你相干，王次兄勇王（即福王洪仁達）執掌，幼西王出令，有不遵西王令者，合朝誅之。」幼西王為蕭有和，天王之甥，是一個十幾歲的黃口孺子。
濫封爵職為太平天國的另一致命傷。早期除東、西、南、北、翼王及燕王（秦日綱）、豫王（胡以晃）外，無其他王號。天京內訌後，洪氏兄弟首先封王，其次為陳玉成、李秀成，至一八六一年前期，仍僅十人左右。此後愈封愈濫，多至二千七百餘人，一因出於猜忌，採眾建政策，以分削宿將實力，李秀成的大將陳坤書之封護王，即為一例。一欲借名號以收買臣屬，但事姑息，不明賞罰。強有力者互不相下，「各守疆土，招兵固寵」，不顧根本，此為洪仁玕之批評。「黨羽無定數，酋長無定謀，……偽王……不甚服偽天王、忠王之調度，各爭雄長，苦樂不均，敗不相救」，「此王所踞之地，常為彼王劫掠」，此為曾國藩的批評。李鴻章亦說：「增封多王，內亂猜忌，愈散漫不可制。」左宗棠說：「賊中偽王……彼此猜忌，勢不相下。」李秀成認為亡國大誤之一，即在濫封多王。至其他爵職，亦大量增加。一八五七至一八五八年之間，新設義、安、福、燕、豫等爵號，「不及一年，舉朝內外，皆義、皆安」。洪仁玕曾感慨地說，大家「動以升遷為榮，幾若一歲九遷而猶緩，一月三遷而猶不足」，若「再隱忍姑息，我輩無生理」。主將初僅數人，其後至少數百。天將、朝將、佐將，更不可數舉。一八六一年，有一位到過南京的英國人說，天京幾全是公職人員，均為消費者，亦是破壞者。
後期太平軍紀律的惡劣，為無可否認之事。號稱治軍嚴明的李秀成，亦不能約束所部。一八六○年，江寧李圭被虜，年餘後逃出，著有《思痛記》，記事尚能持平。據云：是年江蘇丹陽被李秀成部佔領後，「殺戮之殘，蹂躪之酷，無日無之。……弱者存活，十不二三。……行此事者，大抵湘、鄂、皖、贛等籍人，或流氓地痞，裹附於賊，或戰敗而降賊者。其真正粵賊，則反覺慈祥愷悌，轉不若是之殘忍也」。「賊亦令禁止騷擾百姓及劫掠衣物等，……顧賊眾奉行者少，而以清軍之降附者尤為兇殘貪暴。」又據江西高安縣志，「癸丑（一八五三）賊至，所擾惟典舖大家為甚。乙卯（一八五五）再至，惟以仇視官紳，苛勒殷富以售其黠，淫掠焚殺猶未甚也。至辛酉（一八六一）逆酋李秀成至，而禍斯極矣，分擾各屬，放手焚殺，恣意淫掠，各鄉勇男婦死者不下數千人，所過成焦土」。
浙江為太平天國晚期的主要轄區，兵戈連年不休。太平軍到後，人民流離逃亡，田畝荒蕪，耕種者不過十之二、三，粟、麥、油、鹽，搜索一空。加之釐捐局卡林立，抽剝重重，以至商賈斷絕，百貨騰貴。曾國藩說，以往百姓不待脅迫，「甘心從逆，樂為賊用，……今則民聞賊至，痛憾錐心」。「粵匪初興，粗有條理，……今則男婦逃避，煙火斷絕，耕者無顆粒之收，相率棄業。賊行無民之境，猶魚行無水之地；賊居不耕之鄉，猶鳥居無土之山，實處必窮之道，豈有久理？」「昔年粵匪所至，築壘如城，掘壕如川，堅深無匹，近亦日就草率。」外人亦言晚年太平軍，缺乏戰意，惟以燒殺破壞為事。
李秀成、李世賢的直接統治區，情況最稱良好，頗具條理，農民之田，以實種為準，五畝以下，免徵租捐。缺乏資金的商人，可向官請領本錢，或發給貨品，作定價格，售後還七成，留三成以供轉運，或定期還本，不取利息。蘇州、杭州一帶，市肆貿易如常。
糧食始終是太平軍的大問題，佔有南京的第二年，已有匱乏之虞，晚期許多城池，因之不守。有權勢的各王仍度其奢靡生活，大治府第庭園，競尚豪華，李秀成亦不例外。南京下關的英國副領事福禮賜（RJ Forrest）謂修建天京忠王府的工匠一千餘人，壯麗僅次於天王府。王冠為金製，鑲以珠寶。李鴻章謂蘇州的忠王府由七百人修造，三年尚未竟工，已是瓊樓玉宇，曲欄洞房，如神仙窟宅。花園三四所，戲台兩三座，為李鴻章平生所未見之境。浙江嘉興陳炳文的聽王府，磚瓦木石皆取之鄉鎮，用費出自田捐。江蘇金壇李世賢的侍王府，一座宮殿，可容千人。一位英國人說，南京無絲毫興盛氣象，絕不為人民設想，專恃劫掠為生，而又十分腐化，吸食鴉片及飲酒、賭博之風盛行。執掌朝政的蒙得恩，就是一個煙癮極大的人【註：據英國人說，在一八五八年，南京吸食鴉片的，已佔三分之一人口】。
二、全局瓦解
一八五七年翼王石達開的出走，關係太平天國的命運極鉅，不僅失去了一位有才能的軍事政治領袖，兵力亦因之大為削弱，安慶附近的駐軍隨之而去的約六、七萬人，江西省尤眾。估計太平軍的實力損失恐在一半左右。一八五九年，石達開自贛東經浙西、福建、贛南，西入湖南，擬進向四川，與湘軍劉長佑、李續宜劇戰於寶慶，遭受挫敗，改而南趨廣西。石部約二十萬人，以長江流域之人及廣東天地會為多，寶慶戰敗，軍心渙散，紛紛脫離。進入廣西之後，軍食不給，前途茫茫，士氣益為沮喪，或折而東走，或相繼敗亡，窮蹙已極。一八六一年，石率殘部約一萬餘人，再入湖南，取道湘、鄂邊地。翌年，進入四川東南境。四川地險民富，為清軍主要餉源之一。一八五九年，藍大順、李永和起於川、滇之交，北擾岷江流域，直逼成都，據有產鹽地區，聲勢頗大。石達開謀與聯絡。新任四川總督駱秉章率湘軍先至，藍、李屢為所敗，李不久戰死。一八六三年，石達開繞道滇邊渡過長江上游，經寧遠（西昌）北趨越雋，為大渡河所阻，遭土司與清軍夾擊，陷於絕境，全軍敗沒，石亦被俘。
一八六二年南京城外會戰。李秀成解圍失敗。翌年初，渡江西進，謀合陳玉成舊部與捻攻略皖北，期撼動湘軍大本營所在的安慶，並打通巢湖一帶糧源。以所部戰志不揚，無功而返。時逢青黃不接，餓斃不少。六月，自浦口南渡，復遭湘軍水陸截擊，損折十萬人，可謂慘敗。南岸太平軍所控制的僅餘蘇州、杭州、南京等城。
一八六三年七月，李鴻章的淮軍與常勝軍分路進向蘇州，戈登、程學啟為主將，配有大砲輪船，法國人訓練的洋槍隊，亦參加作戰。時白齊文以撤職懷恨，糾合舊部，投蘇州太平軍，仍不得意。九月，李秀成自天京回援蘇州，與幕王譚紹光反攻失利，白齊文降於戈登。十一月，太平軍內變，李秀成以事不可為，出城西去。十二月，納王郜永寬等殺譚紹光以降。程學啟入蘇州，誅郜永寬等。戈登大怒，與李鴻章決裂，不受節制，因為事前他與郜永寬曾有諒解，更憤李鴻章破壞了今後他的瓦解敵人策略。李部繼下無錫，進攻常州。太平軍鑑於蘇州殺降，堅守困鬥。一八六四年二月，戈登承英公使卜魯斯之意，續行參戰。卜魯斯對他說，這全