一、信仰統制
宗教對於太平天國具有莫大的影響力。洪秀全自稱是親承天父上帝之封的人間真主，這種資格和他的權力出自神授。但是他的宗教並非真正的西方基督教，而是中國化的，經過他改造的基督教，可名之曰「上帝教」或「洪教」。二十四歲以前，他所讀的是中國經史，所習聞的是佛道、神巫，他的初步基督教知識，與上帝觀念，得之於簡陋晦澀的《勸世良言》。他要以自己的理論。利用宗教以達成政治目的。他不是教徒，而是「上帝教」或「洪教」的教主，與耶穌為昆仲，甚至權力超過耶穌。他說古代君民，皆拜上帝，中外一同。西洋因天兄耶穌捨身救世，遵行大道到底，中國自秦世「開神仙怪事之厲階」，因而「差入鬼路」。滿洲竊據之後，「誘人信鬼愈深，妖魔作怪愈極」，天父又命次子，即洪秀全降生，拯救陷溺。
上帝初似只有兩子，約在一八四八年以後，馮雲山、楊秀清、韋正、石達開成了他的第三、第四、第五、第六子，蕭朝貴因為娶了洪秀全之妹，稱為「天婿」或「帝婿」。楊秀清又是天父的化身，並代世人贖病，稱為「贖病王」，一八五三年，復加「勸慰師」（Comforter）、聖神風（Holy Ghost）之號，《新約》是有「錯記」的，他可以「招證」。楊是風師，蕭是雨師，馮是雲師，韋是雷師，石是電師，秦日綱是霜師，胡以晃是露師。《賊情匯纂》的編者【註：張德堅初撰《賊情集要》，後至曾國藩所設採編所，一八五五年成《賊情匯纂》】斥其「人襲神號，尤亙古之奇聞，於勿惑鬼神之戒又何在？實亦彼教之罪人」。言雖中肯，要知道他們本以神自居，而並非人。
上帝教的規條嚴苛異常，儀式尤為煩瑣。拜上帝者必須向上帝悔罪，十天條必須熟記，犯者死罪。平時朝晚祈禱，每飯感謝上帝，有了災病及生日、滿月、嫁娶、作灶、做屋、堆石、動土等事，均要祈禱祭告。每屆七日禮拜，先一日鳴鑼高呼：「明日禮拜，各宜虔敬，不得怠慢。」不到者，初次枷號七週，杖責一千，兩次不至，斬首示眾。禮拜時頌上帝恩德，唱讚美詩，天王、東王以至翼王，均在讚美之列。然後讀聖經、信條，一唱百和。並朗誦悔罪奏章，高呼「殺盡妖魔」，再誦天條等。每二十五家，有一禮拜堂，軍行所至，必擇宏敞房屋，備禮拜之用。所有廟宇神偶，在所必燒必毀。教育完全宗教化，編刻了許多訓練及宣傳的書冊，自《三字經》、《幼學詩》以至洪秀全的詔書及《舊約》、《新約》，共十餘種【註：計為《三字經》、《幼學詩》、《千字詔》、《天父詩》、《太平詔書》，包括《原道救世歌》、《原道醒世訓》、《原道覺世訓》、《天道書》、《天情道理書》、《舊遺詔聖書》。（舊約）、《新遺詔聖書》（新約）、《天（真）命詔旨書》（真約）等】，均為士子所當時時攻習，無不充滿了上帝教氣氛，文字通俗，自成一格。清軍擄獲者，汗牛充棟，足征其刊印之多。
儒家思想與上帝教的教義，多不相容，洪秀全升天時，上帝曾說：「孔丘所遺傳之書，甚多差謬」，「教人糊塗了事」。耶穌亦說這些書教壞了人。孔丘私逃天下，被天使追回捆綁，痛加鞭撻，永不準下凡。一八五三年宣布，「凡一切孔、孟、諸子百家，妖書邪說，盡行焚除，皆不準買賣藏讀」。所有書籍一律須經天王「蓋璽」頒行，「不使天下良民仍受妖書經傳之蠱惑」，如「世間有書不奏旨，不蓋璽而傳讀者，定然問罪」。太平軍通過與統治地的藏書，「非付之一炬，即用以薰蚊燒茶」。特設「刪書衙」，削正四書、五經及「凡情諸書」中的「妖話」，再由天王御筆改正【註：一八六一年，總理朝政的洪仁玕謂「孔、孟之書不必廢，其中合於天情道理者亦多，既蒙真聖主御筆欽定，皆屬開卷有益者，士果備而習焉，則煥乎有文，斐然成章」，政策為之一變】。
對於知識分子，太平軍力事爭取，所至出榜招賢，希望共建勳業，勸各方投效保薦，「自貢所長」，當「量才錄用，家口厚給資糧」。一八五三年起，開科取士，亦有秀才、舉人、進士之分，試題均出於《舊遺詔聖書》、《新遺詔聖書》、《天命詔旨書》。會試中者，封授官職。但對於被擄官吏紳衿、儒生，則極端凌虐，「或挫折以死，或分為各館充當書手，號曰『先生』，所辦無非寫奏章、誥諭、封條、出告示、造家冊等事，一切軍令，概不與聞，蓋防有用之才之算己也」。
二、兵民合一
太平軍舉事之始，首定軍制，以《太平軍目》一書為準。軍為最大單位，置軍帥一人，其下為師帥、旅帥、卒長、兩司馬、伍長。每軍官兵合計應為一萬三千餘人【註：一八五五年，據說共有九十五軍，各軍人數多寡不一，有不及二百人者，約計共為十三萬，當不只此數】。入湖南後，添立土營、水營。土營以礦工組成，專司穴地攻城；水營以船多為上，負有作戰運輸兩種任務。此外有木營、金匠營、織營、鞋營、繡錦營、鐫刻營，總稱諸匠營，「各儲其才，各利其器，凡有所需，無不如意」，但令隨營奏技，卻不役使打仗。初期置有女營，每軍二千五百人，至進入湖南為止，女兵約居四分之一。此後以兵源已無問題，長江一帶婦女又大半弱不勝軍，悉編入女館，女兵有減無增。別有童子兵，為官長所私有，經宗教灌輸，臨陣勇敢，信仰不二，執法無私，及壯大成年，遂為忠實幹部。
對於軍律、訓練，反覆叮吁，要嚴束隊伍，賞罰分明，秋毫莫犯，不許騷擾鄉民。天晴操練士兵，下雨習讀天書，講解分明，互相開導，「人人共識天情，永遵真道。倘若遇有妖來，號鼓一響，趨府聽令，踴躍向前，一德一心」。行營、定營各有規式，陸路、水路、點兵、查察，均有號令條禁。
《賊情匯纂》亦盛讚太平軍制之優，兵術之良，軍紀之整，謂「逆賊荒誕暴虐，惟於軍制似有法則，渠賊，……於行陣機宜，山川形勢，頗能諳習。……試觀其始定軍目，似亦具條理，由本及末，一氣通連，頗得身使指應之效。其於陣法，任意詭造，……然可保既敗不致全潰，……且能反敗為勝。賊之營壘，操縱亦若有把握，度其必不防也，則朝行暮宿，若於慎防堅守之處，則重壕重牆，甚至封垛如城，其負固各無所不至」。又雲「賊於隊伍之制，條目井井，旋敗旋熾，仍未見其窮蹙。所恃無他，蓋始定軍目，不愆於法」。「操練士卒，條分隊伍，屯營治壘，接陣進師，大小相制，視眾如寡，頗能聯合一氣，分合咸宜。」「賊之梟張全恃行軍有法。其法至嚴，凡有失利取敗，違令私財，重則立斬，輕則責降，略無姑息。有功亦破格升遷，賞不逾時。朝為散卒，暮擢偽帥。」「使人人矢鬥可幸生，退則必死之志。……桀驁不馴之徒，甘心服役，身臨矢石而不惴，膏塗草野而無悔。」
太平天國的組織，為軍事、政治、經濟、社會一元化，而以宗教貫注之。政治體系中的鄉官，與軍事體系中的軍帥以下各級均同。「家備戎裝，人執軍械」，「有警則首領統之為兵，殺敵捕賊；無事則首領督之為農，耕田奉尚」。理論上是「五人為伍，五伍為兩，四兩為卒，五卒為旅，五旅為師，五師為軍，以起軍旅，以作田役，以比追胥，以會貢賦」。但未能徹底實施，兵源大都為裹脅而來。
三、官制與政事
太平天國的政府組織至南京而大備，分朝內官、軍中官、守土官、鄉官，整個制度為軍事化。從中央到地方，幾全為武銜。軍師至丞相、檢點、指揮、侍衛、將軍為朝內官。宮內（天王府）、及東殿（東王府）、北殿（北王府）、翼殿（翼王府）又各有職官，東殿規模之大，過於宮內。女官名號與男官同，但員額大減。總制、監軍、軍帥以下為軍中官。守土官有總制、監軍之別，每郡（府）置總制一人，各州縣置監軍十人，受命於中央，除了治軍統軍，並上給貢賦，下理民事。軍帥至兩司馬為鄉官，按戶口多少而設，多為本鄉之人，軍事之外，宗教、教育、司法、政治、經濟均歸其負責。每日兩司馬在禮拜堂教讀所屬二十五家的童子，禮拜日為男婦講道理，頌讚祭告上帝。每七週由師帥、旅帥、卒長更番至所屬兩司馬講聖書，兼查其是否遵守條命及勤惰。遇有爭訟，先由兩司馬聽其曲直，如不能平息，依次上達。伍卒與民能遵守條命及力農者，由兩司馬保舉。各級官員，定三年一保升、奏貶，均由天王主斷。其優點為資功課職，頗協眾情，缺點是極端集權，運用不靈。
定都南京之後，天王養尊處優，侈然自得，深居不出，遇大喜慶，方設朝會。即使東王有事晉見，亦須請旨，批定日時。所有政事，悉由侯、丞相商議停妥，具稟翼王，翼王認為可行，代東王撰成誥諭，送東王府蓋印，再送北王府登簿，仍歸翼王府匯齊，由佐天侯交官分遞，「一切文書多不能面白，故纖芥之事，必具稟奏，層層轉達，以取偽旨」。「在外賊目，大小事件，動輒具稟，重複累贅，筆墨繁多。」一八五四年間，清軍所俘獲的稟諭，成束成捆。行政手續如此煩瑣，難免彼此暌隔，猜忌日生，「禁令則徒立科條，軍務則全憑文告，氣脈不通，已成麻痺