一、耶穌會士的貢獻
東西海道大通後，第一位來東亞的基督教徒為耶穌會領袖之一的西班牙人沙勿略（St. Francis Xavier）。他於一五五二年抵廣東上川島，以明人對佛朗機印象惡劣，未能進入中國大陸，齎志以歿。葡人有了澳門，給耶穌會士若干方便。一五七九年義大利籍的羅明堅（Michael Ruggiero）到達該地，越三年，西去兩廣總督所駐紮的肇慶，以報時鐘饋贈官府，以天文算學啟迪士大夫，改著僧袍，遵行中國禮俗，他是首先來中國內地的耶穌會士。不過真正奠立天主教在中國根基的則為另一義大利人利瑪竇（Matteo Ricci，一五五二至一六一○）。
利馬竇幼年在羅馬研習法律、天文、算學、物理、製造、地理，一五八二年抵澳門，翌年亦去肇慶，一切照羅明堅所為。他多才多藝，儀表談吐不俗，深知欲使中國人歸附耶穌基督，教士自己首須成為中國人，尤須從知識方面轉變中國人的觀念。他與羅明堅建造了一座教堂，陳列報時鐘、樂器、圖書以及印刷精美的書籍。最引起中國人的興趣的是世界地圖，和栩栩如生的聖母像。復手製日晷儀器，加以講說，更令人感到新奇，入教領洗的漸多。一五八六年羅明堅隨肇慶知府北上，取了一個中國姓名，此後每一來華教士莫不如是。他到過江西、浙江、湖廣、桂林，復回肇慶，再返歐洲，擬請教王遣使北京，以教廷多事，無暇顧及。
萬曆初年為來華耶穌會士的準備時期。其後利瑪竇前去韶州，易僧裝為儒服，於一五八九年至北京，因遭疑忌，改去南京，仍與縉紳交遊，名噪一時。一六○○年，再至北京，萬曆對他所進呈的報時鐘、西琴特別喜愛，許他留居。有了這個機會，利瑪竇本其一貫作風，講學論道，五年之間，信教者二百餘人，徐光啟（教名保祿Paul）、李之藻（教名涼庵Leon），均在其內。明季來華教士，「大都聰明特達之士，意專行教，不求利祿。其所著書，多華人所未道，故一時好異者咸尚之，故其教驟興」。眾教士之中，利瑪竇之功最大，開啟了西方文化輸入中土的先河，引起此後一百年中國人對西方學術的研究風尚。西教與西學並行。一六一○年利瑪竇卒，萬曆欽賜葬地。
製曆授時，中國一向視為大政。明代所用的為參用回回法所製的大統曆，日久常有舛誤。利瑪竇去世之年，欽天監推算日蝕不驗，詔命曾從利瑪竇習曆象學的徐光啟、李之藻，與耶穌會士熊三拔（Sabbathin de Ursis），參與修曆，因之引起舊派的敵視。一六一三及一六一四年間，驅逐澳門葡人之議復起。南京的禮部侍郎沈㴶斥西士變亂曆法，誑惑人心，與澳門諸番通謀，陰圖不軌。以往萬曆帝的優容教士，由於喜愛鐘、琴，此時既涉及政治問題，自不能讓他們再留，各地耶穌會士均被解送澳門。
中國與西人初一接觸，即為其炮銃所震。當耶穌會士被逐之時，正滿洲努爾哈赤建元稱號之年，跟著大舉西犯。利瑪竇早已告訴徐光啟、李之藻，兵為國家大事，攻守器械，須新新無已，西洋砲銃奇巧，攻無不摧。至是以遼事急切，徐光啟請練兵自效，召葡人教炮、造炮，囑李之藻、楊廷筠（教名彌格Michael）派人赴澳門洽辦。一六二一年，葡兵百人，攜炮北上，中道被阻。同年瀋陽、遼陽失守，徐光啟再請購西炮，於是西士龍華民（Nicolas Langobarde）、陽瑪諾（Emmanuel Diaz）入京，葡兵二十四人攜火器續至。一六二六年，明軍寧遠之捷，即得力於西洋砲。善製西炮的孫元化（教名依納爵Ignatius）曾參與是役。一六二九年，徐光啟復請練兵製器，召葡人攜大砲十尊北來。翌年，徐光啟再遣人赴澳門置辦，募葡兵、華兵。以葡人多所要挾，反對西教者，復謂西炮非不可用，惟須以白蓮教為戒，事遂不成。一六三六年清軍進薄北京，明廷命四年前入京的耶穌會士日爾曼人湯若望（Jean Adam Schall von Bell）設局造炮，先後成五百二十尊。但潰決之局已成，新武器並未能挽救明的命運。
一六二九年，欽天監推測日蝕又誤，徐光啟依西法所推則驗，奉命開設曆局，延用西士。徐卒後二年（一六三五），新的曆書儀器全成，推測無不密合，貢獻最大的為湯若望。算學物理與天文曆法密切相關，利瑪竇首與徐光啟合譯《幾何原本》，復與李之藻合譯關於比例級數之書。物理方面，湯若望介紹光學，艾儒略（Jules Aleni）介紹力學，熊三拔、李之藻介紹水法。
天文曆法的傳入，增進了中國人對於時間的知識；地理學的傳入，改變了對於空間的觀念。自利瑪竇在肇慶繪刻世界地圖，中國人始知五大洲及地圓之說；到京進呈的貢品中，復有《萬國圖誌》。他如哲學、生理學以及繪畫，耶穌教士均有介紹。宗教書選述，自然尤多。一八二○年有一位會士帶來典籍七千部，有如西域高僧之傳入佛經。
利瑪竇卒時，信徒約二千五百人。三十年後，達十萬以上，而以崇禎朝（一六二八至一六四四）為最盛。徐光啟嘗向崇禎進天主之說，湯若望出入禁中，亦屢以為言，宮中立有教堂。一六三六至一六四○年間，后妃入教者三人，宮女七十八人，內監四十人，皇室一百十四人，各省無不有教堂教徒。南明弘光及隆武曾遣耶穌會士赴澳門求兵，為教徒瞿式耜（教名Thomas）所擁立，皇太后、皇后、太子均受洗禮。
約在一六三二年，有一位信奉西教最篤的浙江鄞縣人朱宗光，他寫過兩篇文章，一篇推崇西方文物軍政，一篇闡揚基督教義。在前一篇中，他說：「太西諸國原不同於諸蠻貊之固陋，而更有中邦所不如者。道不拾遺，夜不閉戶，尊賢貴德，上下相安，我中土之風俗不如也。天載之義，格物之書，象數之用，律曆之解，莫不窮源探委，我中土之學問不如也。宮室皆美石所製，高者百丈，飾以金寶，緣以玻璃，衣裳楚楚，飲食衍衍，我中土繁華不如也。自鳴之鐘，照遠之鏡，舉重之器，不鼓之樂，莫不精工絕倫，我中土之技巧不如也。荷戈之士，皆萬人敵，臨陣勇敢，誓死不顧，巨砲所擊，皆使堅城立碎，固壘隨移，我中土之武備不如也。土地肥沃，百物繁衍，又遍賈萬國，五金山積，我中土之富饒不如也。以如是之人心風俗，而鄙之為夷狄，吾惟恐其不夷也。」三百餘年前有此了解，洵屬難能。
二、西學西教的發展
明清交替之際，在南方的耶穌會士為支持南明的恢復運動而努力，留居北京未去的則轉而擁護滿清的新政權，頗得青睞。攝政王多爾袞到京後，限內城居民於三日遷出，俾八旗居住。湯若望奏稱，天主堂內存有新修曆書雕板、測量天象儀器，及禮器經典，不易搬移，儀器倘有損失，修正購辦亦多困難，請准西洋教士仍居原寓。多爾袞準如所請，另給上諭，加以保護。新王朝需要新時憲，多爾袞以湯若望的新曆法，合乎天象，「天運已新，允宜用此新法」。湯若望復面陳新法正確無謬，多爾袞即將所纂曆本頒行，命湯若望為欽天監正，這是以往西洋教士所未曾有，而為其後一百餘年他們所常任的職位。各地教士亦多賴湯若望之蔭庇。一六五○年順治帝親政，湯若望的寵眷愈隆，不時獻替忠言，講說道理，歡洽有若家人，曾於京師賜地建天主堂，御書堂額，御製碑記。甚至太后與大臣商議大位繼承問題時，亦取決於他。耶穌會士希望順治成為中國的君士坦丁大帝。康熙初年，大臣輔政，湯若望因曆法舊派楊光先誣陷下獄，賴太皇太后之力得以釋免，一六六六年卒。
英明好學的康熙親政後，不僅恢復了西洋教士原有的地位，給予的渥待，且過於順治之時，為在華耶穌會士的黃金時代。一六六九年，以欽天監楊光先推測不驗，製器無方革職。授比利時籍的南懷仁以欽天監監副的職銜，負實際製曆之責，他是利瑪竇、湯若望之後的第三位傑出的耶穌會士。吳三桂亂起，南懷仁又奉命鑄炮，先後成六百八十尊。召見時賜坐、賜饌，禮遇之隆為滿、漢大臣所罕有。他歿於一六八八年，追贈禮部侍郎，予諡勤敏，派大臣致祭，此又為西人所未有過的殊榮。尋復遣官祭墓，稱道他「學擅觀天，克驗四時之序，識通治曆，能符七政之占【註：七政為日月五星】。非惟推步無差，抑且藝能兼備，鑄為軍器，較舊式而呈奇，用以火攻，佐中堅而制勝。恪恭不怠，奉職惟勤，術數咸精，造思獨敏」。御製碑文，尤念念不忘其「覃運巧思，督成大器，用摧堅壘，克裨戎行」的大功。三藩之役，滿清存亡所關，南懷仁所鑄大砲為清軍制勝的一大關鍵。接替他治曆工作的為閔明我（Philippus Maria Grimaldi），法國的耶穌會士白進（Joachim Bouvet）。張誠亦於此時攜帶天象儀器、書籍三十箱入京。
治曆、造炮為南懷仁受到寵眷的直接原因，康熙的濃厚求知慾，愈使彼此關係親密。他幾乎每日入宮，為康熙講幾何、代數。一七一三年，設算學館，選八旗世家子弟學習，兼及曆象、樂律。御製的《