阿塔納修斯的確是逃過了一場兇險萬分的災難，這位傳奇人物的冒險經歷的確吸引大家注意。在聖提奧納斯大教堂被敘利阿努斯軍隊攻佔的那個難忘夜晚，大主教非常冷靜且無比威嚴地坐在寶座上，等待死神的來臨。當大家的禮拜活動被憤恨怒吼和驚恐尖叫打斷時，他卻鼓舞嚇得發抖的會眾高唱《大衛之歌》，慶祝以色列的上帝戰勝埃及驕橫而瀆神的暴君，用來表達他們堅定的宗教信仰。教堂的門終於被撞開，陣雨一般的箭矢射向人群，手舉刀劍的士兵闖入聖所，鎧甲在聖壇周圍明亮的燈光照耀下，閃爍著陰森可怖的光芒。 阿塔納修斯的周圍圍繞著虔誠的僧侶和教士，他懷著高尚的情操拒絕他們撤離的要求，並聲稱在最後一名會眾安全離開前，他不會放棄自己的職責。那天夜晚的黑暗和混亂非常有利於主教的逃離。儘管他混雜在沸騰的人流中，被擠倒在地失去知覺，全身不能動彈，但他最後重新恢複了大無畏的勇氣，躲開士兵急不可待的追捕。阿里烏斯派的嚮導早已告知那些士兵，阿塔納修斯的人頭將是皇帝最喜歡的一份重禮。從那個時刻開始，埃及大主教完全從敵人的眼前消失，在絕對隱匿的環境中度過六年時光。
阿塔納修斯誓不兩立的敵人，用專制的手段統治整個羅馬世界。窮追猛打的君王絲毫不肯放鬆，一封緊急的信件被送到衣索比亞王子面前，要讓阿塔納修斯在地球上最遙遠和最荒涼的地方也無法存身。伯爵、禁衛軍統領、護民官和全國軍隊先後都參與了搜捕逃亡的主教。皇帝的詔書讓一切行政和軍事力量都隨時處於戒備狀態，許諾對不論死活能交出阿塔納修斯的人將予以重賞，還宣告對膽敢私下窩藏全民公敵的人員，施以最嚴酷懲罰的條例。然而，蒂巴伊斯沙漠此時已住著大群野蠻而又馴服的狂熱信徒，寧願聽從教長的命令而不管君王的法令。安東尼和帕科米烏斯為數眾多的門徒，都把逃亡的大主教視為他們的父親，敬佩他所表現出的和他們所信奉的嚴格信條相一致的忍耐和謙卑，並把他說出口的每一個字都收集起來，當成閃爍著智慧之光的箴言。他們深信所有的祈禱、齋戒和守夜的功德，都比不上為保護真理和正義所表現的熱情和所經歷的危險。埃及的修道院一般建在偏僻荒涼的地方，像是在高山頂上或位於尼羅河的小島上。然而，眾所周知，塔本涅 神聖的號角或喇叭，卻能從各處召集來數千名體魄強健和意志堅強的僧侶，他們大多數是來自附近鄉村的農民。當他們的藏身之處遭到強大軍隊的襲擊，他們要是無法抵抗，就全都保持沉默引頸受戮，也絕不會改變他們的民族性格。就是說，他們所堅持的民族性格，讓他們即使受到多麼殘酷的拷打，也不會在一個埃及人面前供出他決心保守的秘密。亞歷山大里亞的大主教就這樣消失在一群人民中間，他們紀律嚴明而且要誓死保衛他的安全，每當危險臨近時，便會用得力的手把他從隱匿的處所轉移到另外的地方，直到最後他來到可怕的大沙漠地帶。按照無知和盲從的迷信說法，那裡住滿妖魔鬼怪。
阿塔納修斯的隱居生活直到君士坦提烏斯死去才告結束，其間他大部分時間是和赤膽忠心地充當他的侍衛、秘書和信使的僧侶一起度過。但是，為了與正統基督教會保持密切聯繫，每當搜捕的風聲有所緩和，他便不得不走出沙漠，潛入亞歷山大里亞，把自身的安全交給朋友和追隨者去安排。他經歷的種種冒險的行徑，完全可以作為一部引人入勝的小說題材。有一次，他曾躲在乾涸的貯水池裡，直到一個女奴要將他出賣。 還有一次他找到更為離奇的避難所，躲進一位年僅20歲修女的住房，她以文雅嫻靜的美麗氣質聞名全城。她在多年以後追憶說，有一天半夜時分，大主教只穿著寬鬆的內衣突然出現在她面前，使她感到十分驚愕。他邁著匆忙的步子走過來，告訴她自己得到了上天的啟示，讓他來到友善的屋頂下尋求保護，所以求她一定設法保護他，讓他免於危險。虔誠的修女答應他的請求，始終信守依靠自己的機智和勇敢所作的諾言，沒有向任何人透露神聖的保證，立刻把阿塔納修斯引進最隱蔽的內室。從此她以朋友般的關心和僕人般的殷勤，隨時注意他的安全和舒適。在危險沒有解除之前，她一直按時給他送來書籍和飲食，給他洗腳，處理來往的信件。而且她更要小心注意，品格高尚、不能玷污名譽的聖者，和能引起最危險衝動的美貌少女共處一室，兩人之間親近的私下來往，一定要保持光明磊落，絕不讓人存有任何疑竇。
阿塔納修斯在遭到迫害和流放的6年生活中，曾多次前往看望這位美麗而忠誠的朋友。從他公開宣稱親眼看到里米尼和塞琉西亞會議的進行情況來看，我們不得不相信他確實在會議召開期間曾秘密來到會場。為了親自與朋友進行交談，也為了親眼看到敵人走向分裂並擴大相互間的矛盾，對於一個細心的政治家來說，這樣大膽而危險的行動也許確有必要，何況亞歷山大里亞又與地中海每個港口都有貿易來往和航運聯繫。勇敢的大主教從神秘莫測的隱匿所，向阿里烏斯派的保護者毫不中斷地發動進攻，及時散發讓人們爭相閱讀的文章，他在文章中呼籲正統基督教會要聯合起來，並不斷鼓舞教士和信徒的信心和士氣。在他公開寫給皇帝本人的《申辯書》中，有時在表面上讚揚溫和的政策，也會在私下氣憤填膺地大聲抨擊，充分揭露君士坦提烏斯是懦弱而邪惡的君王、殺害家人的劊子手、與公眾為敵的暴君、教會裡的反基督分子。儘管獲得勝利的君王在統治極盛時期，曾在東方懲治加盧斯的莽撞，在軍營平息維特拉尼奧的野心，在戰場殲滅馬格嫩提烏斯的軍團，在高盧壓制西爾瓦努斯的叛亂，但卻在一雙看不見的手中，受到一種既無法醫治也無法報復的創傷。在基督徒的王國中，君士坦丁之子卻是第一位感受到這些為宗教事業效命的信條的強大威力，是完全能夠抗拒任何暴君和虐政的侵犯的。